L'ADN fantôme: Quand l'invisible laisse des traces
Author: Benjamin Allegrini
Date: 2025-04-29T22:00:00+00:00
Description: Un souffle, une écaille, un fragment de peau. Tout s'accroche, s'accumule, persiste. L'ADN environnemental traque l'invisible, révélant le spectre biologique de chaque être. Des rives du Maroni aux neiges du Montana, Benjamin Allegrini suit ces empreintes fantômes. Une révolution scientifique qui capte la présence sans la voir, dissèque sans toucher. Entre anecdotes fascinantes et réflexion critique, L'ADN fantôme bouleverse notre rapport à la biodiversité et questionne la façon dont nos outils redéfinissent notre lien au monde. Un souffle, une écaille, un fragment de peau. Tout s'accroche, s'
Publisher: les liens qui libèrent

L’ADN FANTÔME

Un souffle, une écaille, un fragment de peau. Tout s’accroche, s’accumule, persiste. L’ADN environnemental traque l’invisible, révélant le spectre biologique de chaque être.

Des rives du Maroni aux neiges du Montana, Benjamin Allegrini suit ces empreintes fantômes. Une révolution scientifique qui capte la présence sans la voir, dissèque sans toucher. Entre anecdotes fascinantes et réflexion critique, L’ADN fantôme bouleverse notre rapport à la biodiversité et questionne la façon dont nos outils redéfinissent notre lien au monde.

Naturaliste passionné, Benjamin Allegrini a exploré la faune et la flore de France avant de mener des recherches en Afrique et en Asie. Aujourd’hui, il dirige un écosystème de sociétés spécialisées en écologie, dont un laboratoire pionnier de l’ADN environnemental.

Cofondateur de L’école des vivants, il signe avec L’ADN fantôme son premier ouvrage.

Alain Damasio est un écrivain de nouvelles et de romans de science-fiction au succès public immense.

Fasciné par ce sujet puissant, il transcende l’exercice de la postface par une volte-face : il signe une fiction qui met en tension, dans un thriller intime, ce que L’ADN fantôme libère secrètement. Son « Immeuble Zéro » laisse augurer nos hybridations futures et questionne notre identité d’humain face à une Évolution qu’on ne peut décrypter sans aussi la pervertir.

Benjamin Allegrini

L’ADN FANTÔME

Quand l’invisible laisse des traces

Volte-face d’Alain Damasio

ÉDITIONS LES LIENS QUI LIBÈRENT

© Les Liens qui Libèrent, 2025

À Charles et Jade.

« C’est qui papa ? »

« Regardez, un bec long et pointu, une queue courte, une calotte noire, des barres alaires jaunes. Un Tarin des aulnes, mâle, typique ! »

À mon grand-père, qui nous a quittés
pendant la rédaction de ce livre.

« Il y a un oiseau jaune qui chante bien dans le jardin. Gros comme un Merle. »

« Un Loriot d’Europe. »

« Celui avec la huppe est de nouveau là cette année. »

« La Huppe fasciée, oui. Bonne nouvelle ! »

« Les Mésanges charbonnières se sont installées dans la boîte aux lettres. J’ai installé une autre boîte à côté et j’ai prévenu le facteur pour éviter qu’il les dérange. »

« Tu as bien fait, merci pour elles. »

BIOGENÈSE

« J’ai tant regardé les oiseaux
Ils sont restés dans mon œil
et j’ai vu dans mes cils
un rouge-gorge ou un roitelet
s’ébrouer 1. »

Clara Muller

Un trrrr trrrr trrr trrr, que j’avais ignoré jusque-là, perce soudain le calme relatif dans lequel je suis plongé et m’attrape. La lumière est intense en ce début d’après-midi de juin. Écrasante même. Nous sommes dans le Vaucluse, rien d’étonnant à cette période. Mes jumelles dans les mains, le regard affûté, je concentre mon attention en direction de ce son et plus précisément vers la haie de Rubus qui longe le jardin familial. Quelqu’un bouge à l’intérieur. Il s’agit d’un oiseau bien trop pressé à mon goût, passant de branche en branche au cœur de cette Rosaceae épineuse. Il reste toujours à l’ombre et évite soigneusement les quelques rayons qui réussissent à se frayer un chemin dans ce labyrinthe végétal.

Comme souvent, la patience finit par me donner gain de cause. Je le distingue enfin. Trapu. Agité. Accroupi sur une frêle tige épineuse. Le dos est gris, les flancs sont ternes. La gorge blanche contraste avec sa calotte bien noire. Mais surtout, il a une caractéristique qui reste gravée dans ma mémoire plus de vingt-cinq ans après, un cercle oculaire rouge !

Plus une minute à perdre, j’ouvre mon livre des Oiseaux des pays d’Europe de Jiří Felix. Il a cette odeur des vieux livres, mélange de poussière et d’humidité, et semble provenir d’un héritage lointain. Avec ses 256 illustrations, je vais forcément trouver mon bonheur ! La déception ne se fait pas attendre. Rien n’y ressemble. La qualité des dessins, proche de ce que faisait le comte de Buffon au XVIIIe siècle, n’en est pas la raison. Je suis certain de ce que j’ai vu.

Mais qui es-tu ?

Les mois passent, et c’est mon grand-père qui finira par me donner la réponse en m’offrant pour les fêtes de Noël ce qui deviendra ma bible pendant des années, L’Album ornitho de Lars Svensson. 4 000 dessins. 848 espèces. 22 cm × 31 cm. Et quelque 2 kilos.

Je tourne les pages fébrilement. Gaviidés, Podicipédidés, Ciconiiformes, Anatinés, Falconiformes, non ce n’est pas ça… Charadriiformes, Laridés, Procellariiformes, toujours pas. Turdidés, Sylviidés :

Les Sylviidés sont actifs et leurs mouvements sont vifs. Ils sautillent ou volent constamment d’un endroit à l’autre et lèvent ou agitent souvent nerveusement ailes et queue, se tiennent de longs moments cachés dans la végétation, et ne se laissent apercevoir que brièvement dans la plupart des cas.

Cela y ressemble bien, je me rapproche du but. Fauvette épervière Curruca nisoria, Fauvette des jardins Sylvia borin, Fauvette à tête noire Sylvia atricapilla, Fauvette babillarde Curruca curruca. Non, il manque le cercle oculaire rouge… Puis enfin, page 284, elle est là : la Fauvette mélanocéphale Curruca melanocephala. Un mâle adulte.

J’avais 11 ans et ce fut une révélation pour moi. Ce guide ne me quittera plus, à tel point que je finirai par le connaître par cœur. Il deviendra semblable à ces manuels scolaires usés, passés de main en main pendant des dizaines d’années. Malgré sa taille, je le transporterai toujours dans mon sac à dos, jusqu’à ce que je fasse l’acquisition de sa version de poche, le fameux Guide ornitho 2, véritable épiphanie pour les ornithologues de ma génération. 15 cm × 20 cm, c’est parfait, il rentre dans la poche d’une veste. Il présente aussi l’avantage de pouvoir servir tour à tour, dans une même journée, de support pour poser un gobelet, de boîte à rêves lorsque je tombe par exemple sur un Jaseur boréal Bombycilla garrulus au détour d’une page, mais aussi d’oreiller quand la nuit m’oblige à interrompre mes observations et que l’observatoire en bois dans lequel je suis confortablement installé m’incite à les poursuivre. Les années passant, je réussis à faire quelques économies et, enfin, je m’offre une longue vue. Pas celle qui me faisait rêver évidemment, avec son rapace sur fond gris ou vert, mais une version beaucoup plus modeste, rustique, avec un oculaire large comme l’ongle de mon pouce et ses aberrations chromatiques aux abords du champ de vision. Je viens néanmoins de franchir une nouvelle étape, je peux voir plus loin, je peux voir plus de détails. Le club des limicoles, petits échassiers, majoritairement inféodés aux zones humides, me devient accessible. Ils sont souvent craintifs, relativement similaires à l’œil nu, mais j’ai enfin la possibilité de détailler le plumage de chaque oiseau. À moi la minutie des scapulaires, des rémiges primaires et secondaires, la couleur des tarses et des mandibules ou encore des sous-caudales. Ce qui n’était qu’un limicole indéterminé devient, au prix de longues heures d’observation et d’une grosse migraine en fin de journée, un Bécasseau minute Calidris minuta, un Chevalier stagnatile Tringa stagnatilis ou, plus rare encore, un Pluvier fauve Pluvialis fulva. Mais une autre approche me convoque : je découvre, grâce aux ornithologues plus expérimentés, une autre manière de gagner en intimité avec les oiseaux : la capture et le baguage.

ÉVOLUTION

Je ne me souviens plus de l’heure qu’il était, peut-être 23 heures, quand, à côté du feu qui chauffait notre théière, une Hirondelle rustique Hirundo rustica vint se poser. J’étais dans le Sahara, non loin de Djanet, en expédition naturaliste avec quelques amis herpétologues 3 et ornithologues. Bien que j’aie été habitué à observer la migration sur des cols de montagne, cet événement m’a durablement marqué. Ce petit être de 15-20 grammes était en train d’essayer de traverser l’un des plus grands déserts au monde. Un endroit a priori hostile à de nombreuses formes de vie. Cherchait-elle de l’aide ? Pourquoi était-elle seule alors que cette espèce est souvent grégaire ? Je ne pouvais m’empêcher de penser aussi aux innombrables embûches qu’elle rencontrerait sur son trajet avant d’arriver – probablement – dans un village européen. Au petit matin elle reprit sa route, sans nous laisser de traces visibles ou d’indications quant à sa destination.

Très tôt dans notre histoire, les humains, du moins les plus attentifs, se sont rendu compte de la disparition des oiseaux à certaines périodes de l’année. Certains pensaient que les oiseaux hibernaient, d’autres qu’ils pouvaient se métamorphoser. L’idée de la migration des espèces apparut au XVIe siècle, vraisemblablement grâce à Pierre Belon, un pionnier des sciences naturelles. Il faudra pourtant attendre encore un à deux siècles pour définitivement adopter cette hypothèse. Les ornithologues essayaient alors d’étudier leurs mouvements sans trop de succès, faute de moyens adaptés. C’est au XIXe siècle que la solution sera trouvée. Après quelques tentatives infructueuses, Hans Christian Cornelius Mortensen, un instituteur danois, passionné d’oiseaux, eut l’idée en 1899 de poser à la patte de 162 Étourneaux sansonnets Sturnus vulgaris une petite bague en aluminium. Sans nouvelles des oiseaux bagués la première année, il recommencera en 1900 et recevra un retour de bague pour deux oiseaux tués, un en Norvège et l’autre aux Pays-Bas. La méthode est ingénieuse et simple, il suffit d’orner la patte de l’oiseau d’une petite bague de métal sur laquelle est généralement gravé un code alphanumérique unique. Le baguage ne tardera pas à s’imposer comme la norme pour étudier les oiseaux dans leur milieu naturel. En France, les premiers suivis datent de 1923 et, en seulement un siècle, plusieurs millions d’oiseaux seront ainsi bagués par des amateurs ou des professionnels. Le Centre de recherches sur la biologie des populations d’oiseaux du Muséum national d’Histoire naturelle assure la collecte, le traitement et l’archivage des données.

Entendre l’inaudible

Au fond, ce sont les Chiroptères, communément appelés les chauves-souris, qui auront le plus d’impact dans ma vie de naturaliste adulte. Souvent mal-aimées et plus difficiles à observer du fait de leurs mœurs nocturnes, elles constituaient le groupe de mammifères le moins étudié à la fin des années 1990-début 2000. Quelques passionnés se réunissaient régulièrement au muséum de Bourges, sous l’impulsion de Michèle Lemaire et Laurent Arthur – grandes sources d’inspiration pour des générations de chiroptérologues français. Cependant les cohortes de naturalistes impliqués sur le sujet comme on en trouve aujourd’hui n’étaient malheureusement pas légion.

Lorsque j’ai commencé l’étude et l’observation passionnante de ces petits mammifères volants, la méthode la plus couramment utilisée, en dehors de prospections dans des lieux propices avec une lampe de poche ou une frontale, était la capture avec des filets japonais. Il s’agit de filets spécifiquement dédiés à l’étude de ces animaux. Ils sont composés de petites mailles plus fines que celles utilisées pour les oiseaux, et de poches dans lesquelles les chauves-souris tombent lors de leur trajet en vol et finissent par s’emmêler. Avant que je me presse pour les délivrer !

Les chauves-souris ont une caractéristique plutôt rare dans le règne animal : elles se déplacent essentiellement grâce aux cris d’écholocation qu’elles émettent. Lorsque ce cri émis par le larynx heurte un obstacle, une proie ou un élément du paysage, il leur revient aux oreilles. Leur cerveau le transforme alors en une image sonore de leur environnement. Le son leur permet de voir. Une autre façon d’habiter le monde. Si je parviens parfois à entendre quelques cris dans les basses fréquences comme ceux du Molosse de Cestoni Tadarida teniotis, la plupart me sont totalement inaudibles – et cela ne s’arrange pas l’âge avançant. En moyenne, l’oreille humaine peut percevoir des fréquences comprises entre 10 et 18 kHz, là où les chauves-souris de l’Hexagone émettent sur une gamme allant de 10 kHz à 110 kHz, qui relèvent donc du domaine de l’ultrasonore. Elles peuvent ainsi être en chasse à quelques mètres de nous sans que nous le réalisions. Pour les entendre, un intermédiaire est nécessaire pour compenser notre déficience auditive : un détecteur d’ultrasons. Ce boîtier capte ces sons et les restitue dans une plage audible pour l’être humain. Soit en direct pour saisir le rythme de leur communication, soit en les ralentissant pour tenter de cerner les subtilités de la langue des reines de la nuit. Ces ultrasons sont rendus visibles ensuite, grâce à un logiciel, sous la forme de sonagrammes. L’inaudible devient alors audible pour nous.

Très vite j’absorbe de manière boulimique la littérature à ma disposition sur le sujet, je rencontre les pionniers de la bioacoustique, comme Yves Tupinier. Et surtout je passe des heures, des nuits, dehors, immergé dans ce concert acoustique ultrasonore, à les écouter, à les enregistrer puis à essayer de les identifier. Terminées les nuits bredouille sans une chauve-souris dans les filets – sans aucune information nouvelle. Je peux enfin à chaque sortie rencontrer plusieurs espèces. Le nombre de données et d’observations explose littéralement grâce à cette méthode. Les cartes de répartition des Pipistrelles, Oreillards, Sérotines et autres Rhinolophes sont totalement chamboulées. Bien sûr, dans les premiers temps, la méthode acoustique d’identification connut un accueil plutôt contrasté dans la communauté des naturalistes. D’un côté les convaincus de la première heure, de l’autre les plus sceptiques : êtes-vous certains de son identification acoustique ? Les critères morphologiques ne sont-ils pas plus fiables ? Il faut poursuivre l’étude acoustique, augmenter les bases de références (un catalogue de séquences acoustiques certifiées), pour rassurer les dubitatifs. Apprendre aussi quelques notions nouvelles de physique acoustique, ce qui n’est pas toujours une évidence pour un biologiste. Dix à quinze ans plus tard, ce débat n’existe pratiquement plus. L’étude des Chiroptères par les cris est désormais bien ancrée. Nous sommes même capables de déterminer la plupart des espèces grâce à des logiciels qui proposent des déterminations automatiques. Les chauves-souris sont également les gagnantes de cette évolution méthodologique, il devient de moins en moins nécessaire de les déranger par la capture 4.

Les limites d’Homo sapiens

Pour chaque groupe taxinomique que j’ai pris plaisir à observer, à découvrir, à étudier et à inventorier, un outil est nécessaire. Tout naturaliste combine ses sens d’Hominidé avec un ou plusieurs outils d’observation, des guides, des clés, des sonothèques et tout autre document permettant l’identification. Néanmoins, je reste largement limité par ce que ma vue, mon ouïe et à l’occasion mon odorat me permettent d’appréhender.

Je vois et j’entends des espèces, même si je ne peux distinguer que rarement les individus entre eux.

Je vois et j’entends des espèces qui sont là en même temps que moi – aux horaires et aux conditions climatiques qui me permettent d’être là.

Je vois des espèces qui veulent bien se montrer.

Je vois des espèces de taille suffisamment importante pour mes yeux.

Je vois et j’entends ce que je cherche.

Je vois et j’entends ce que je sais identifier.

Dans mes pires cauchemars je vois une espèce totalement inconnue. Je suis là dans un pays que je ne connais pas, sans jumelles, sans détecteur d’ultrasons, sans filets et surtout sans guide ou clés d’identification. Aucun repère. Il devient urgent pour moi de me réveiller…

Ce cauchemar peut prendre une forme plus inattendue encore. Notamment lorsque des problèmes d’identification et plus largement de taxinomie se posent concernant des espèces que je pense pourtant bien connaître. Bien que la classification du vivant existe depuis la Grèce antique, la taxinomie, cette branche des sciences naturelles « posée » méthodologiquement par Augustin Pyramus de Candolle en 1813, connaît d’abord un véritable essor au XVIIIe siècle grâce au naturaliste suédois Carl von Linné, qui définit une nouvelle nomenclature. Il propose à l’époque de regrouper les êtres vivants qui partagent des caractères communs, notamment morphologiques, puis de les classer selon une nomenclature binominale en latin : un nom de genre, un nom d’espèce. Un langage commun vient de naître pour les naturalistes et les scientifiques du monde entier – toujours valable actuellement. Une base commune pour lancer un premier recensement de la diversité végétale, fongique et animale du système-Terre.

RÉVOLUTION

Le 10 juillet 2008, avec quelques confrères zoologistes et spéléologues franco-marocains, nous partons explorer l’un des plus grands réseaux souterrains d’Afrique : la grotte Win-Timdouine. 19 kilomètres de galeries, dans la partie occidentale du Haut Atlas, à environ 70 kilomètres au nord-est d’Agadir. Une véritable originalité en Afrique – le troisième plus grand réseau du continent. Pendant un mois, l’équipe composée d’entomologistes, d’hydrobiologistes, de chiroptérologues, de malacologues 5, d’ethnobiologistes, de spéléologues et de grimpeurs, soit plus de 31 membres spécialistes de leur domaine, parcourt la zone à la recherche des habitants des lieux. De mon côté, je consacre l’essentiel de mon temps aux chauves-souris. Nous organisons de nombreuses prospections dans la cavité. Tous les protagonistes sont mobilisés en fonction de leurs compétences. Les spéléologues prennent largement part aux recherches des Chiroptères, la plupart ayant l’habitude de croiser certains d’entre eux. Chaque galerie est attentivement fouillée à la lampe torche ou frontale. Nous portons une attention particulière aux draperies, ces concrétions calcaires ressemblant à des tentures suspendues, ou encore aux nombreuses cloches et fissures qui ornent le plafond de la cavité. Enfin nous disposons des enregistreurs automatiques à l’intérieur de la grotte, pour évaluer l’intensité de l’activité chiroptérologique, celle de la journée comme celle de la nuit. Le nombre de cris enregistrés par tranche horaire nous indique les différents régimes d’activité. Les journées et les nuits sont chaudes, ce qui nous facilite largement l’étude de terrain – en posant par exemple des filets au-dessus des rares points d’eau. Une quinzaine d’espèces de Chiroptères sont trouvées, mesurées, pesées, identifiées. Nous réalisons également une brève description des milieux environnants, des cortèges floristiques et faunistiques les plus visibles. Pour chaque espèce, nous enregistrons les cris d’écholocation afin d’alimenter une base de références qui sera publiée 6 ensuite sous la forme d’une clé d’identification des Chiroptères par détection ultrasonore. Nous profitons aussi de ces captures pour effectuer des prélèvements à des fins d’analyses génétiques. À ce moment-là en Europe, les études moléculaires connaissent un développement considérable. L’ADN est le support de l’information génétique. Il est possible, en analysant finement les successions des nucléotides d’un fragment de gène, d’en tirer un code-barres génétique caractéristique d’une espèce ou d’un genre. Nous pouvons ainsi plus « facilement » retracer, par exemple, l’histoire évolutive de chaque espèce, les liens de parenté d’un individu avec d’autres de son espèce – ou avec d’autres espèces.

Regarder l’ADN

Nous collectons ainsi plusieurs centaines d’échantillons sur les chauves-souris lors de cette mission scientifique. Aucune ne nous apparaît réellement différente de celles que nous connaissons, en dehors de quelques variations par rapport aux cris d’écholocation ou à la couleur du pelage. Toutes les espèces sont assez aisément identifiées. Par ailleurs, une équipe internationale de chercheurs révise la systématique – c’est-à-dire l’étude des relations évolutives entre les espèces – du Minioptère de Schreibers Miniopterus schreibersii, une espèce cavernicole présente sur l’ensemble du bassin méditerranéen. Les échantillons de patagium collectés leur sont envoyés pour analyse 7. Loin de l’image de compétitions acharnées entre laboratoires de recherche, dans notre cas l’entraide fonctionne bien. La connaissance de ces mammifères menacés prime avant tout. Les échantillons du Maroc sont ainsi comparés avec ceux d’individus en provenance d’Albanie, de Chypre, de France, du Liban, de Roumanie, de Russie, de Slovénie, de Tunisie et de Turquie. Quelque temps après, les résultats nous reviennent et sont sans appel : il n’y a pas une espèce de Minioptère au Maroc comme nous le pensions, mais deux ! Dont une totalement inconnue. La notion d’espèce est un concept polymorphe encore largement débattu, et sa complexité est telle qu’un livre ne suffirait pas à en traiter tous les aspects. Je vais simplifier un peu, mais dans son acception biologique et générale, une espèce est un ensemble d’individus partageant des caractères communs et interféconds entre eux dans des conditions naturelles.

Des investigations supplémentaires sont nécessaires. Il faut être sûr. Renseigner des documents, analyser la littérature, vérifier, revérifier, caractériser les différences de tous les critères – morphologie, habitats, comportement, écholocation – et pas seulement les critères génétiques. Ces critères sont vite confirmés, même s’ils sont subtils pour nos regards d’humains. Nous sommes donc clairement dans le cas d’une espèce dite « cryptique », c’est-à-dire une espèce qui en abrite potentiellement plusieurs sur la base des critères généralement morphologiques, et que seule la génétique permet de différencier de manière formelle. L’espèce fera ensuite l’objet d’une description collective dans les règles de l’art 8, qui sera publiée quelques années plus tard, en 2014, dans la revue scientifique de taxinomie animale Zootaxa.

Décrire une nouvelle espèce, c’est non seulement compléter l’arbre du vivant, mais c’est aussi et surtout le début d’une nouvelle enquête passionnante sur son écologie, ses interactions avec les autres vivants, ainsi que l’occasion de partager des connaissances avec le reste de la communauté scientifique – d’autres formes d’interaction avec d’autres vivants, nos collègues. C’est également peut-être le sentiment d’entrer très modestement dans le club restreint des naturalistes qui ont marqué l’histoire de la chiroptérologie, comme l’ont fait par exemple Louis Jean-Marie Daubenton (1716-1800), pionnier de l’étude des chauves-souris avec sa première description anatomique précise, Heinrich Kuhl (1797-1821), qui a décrit de nombreuses espèces de chauves-souris encore reconnues aujourd’hui, Johann Leisler (1772-1813), connu pour ses travaux sur la biologie des petits mammifères, notamment la chauve-souris qui porte désormais son nom (Nyctalus leisleri), ou encore Étienne Geoffroy Saint-Hilaire (1772-1844), célèbre pour sa théorie de l’unité de composition organique et ses recherches sur les mammifères.

Au-delà de la satisfaction de la description d’un être vivant nouveau pour la science, c’est beaucoup de nouvelles questions qui naissent et remettent en perspective tant ce que j’avais appris que la fiabilité de mon approche naturaliste. Combien d’espèces ont pu être mal identifiées par les seuls caractères morphologiques ? Combien existe-t-il d’espèces cryptiques ? Utilisons-nous les bons outils ? Regardons-nous de la bonne manière ?

C’est une révolution pour les taxinomistes. Rien que chez les Chiroptères en Europe ces vingt dernières années, c’est une dizaine d’espèces qui ont été découvertes grâce à l’approche génétique, la plupart indistinguables sur la base de critères morphologiques extérieurs. La dernière très récente, dont la description a été publiée 9 le 18 octobre 2023, est le Murin de Corse Myotis nustrale 10, endémique de l’île de Beauté.

Les descriptions d’espèces nouvelles, qu’il s’agisse d’oiseaux, de mammifères ou d’invertébrés, sont désormais pratiquement toujours accompagnées d’une analyse génétique moléculaire et partagées à l’ensemble de la communauté scientifique internationale au travers de plateformes accessibles en ligne. Toutefois, à l’instar des exemples évoqués précédemment, ces analyses génétiques nécessitent de capturer les espèces visées, et de faire des prélèvements – souvent invasifs.

Et s’il était possible de s’en affranchir ? De trouver les molécules d’ADN directement dans les lieux de vie fréquentés par ces êtres vivants ? Dans l’eau, dans les sols, dans l’air ?

Chercher les traces

C’est un microbiologiste, Andrew Ogram, alors chercheur à l’université du Tennessee, à Knoxville, qui ouvre la voie en 1987, en étudiant par l’ADN les bactéries présentes dans les sédiments 11. Il est le premier à parler d’ADN environnemental (ADNe). L’ADN n’est plus prélevé sur des individus ou des espèces cibles comme évoqué un peu plus haut, mais échantillonné depuis une matrice environnementale – en l’occurrence ici des sédiments. Pendant vingt ans, les études portent quasi exclusivement sur des micro-organismes de type bactérien.

Le véritable big bang intervient en 2008 quand Gentile Francesco Ficetola, alors post-doctorant au laboratoire d’Écologie alpine de l’université de Grenoble 12, publie dans Biology Letters, sous la codirection de Pierre Taberlet et Claude Miaud, un article que l’on pourrait traduire par : la détection des espèces par l’utilisation de l’ADN environnemental présent dans des échantillons d’eau 13.

Son attention se porte sur un anoure, c’est-à-dire un amphibien sans queue (Crapauds, Grenouilles, Pélodytes, Discoglosses…) qu’on peut de ce fait opposer aux urodèles (Tritons, Salamandres…) qui en sont dotés. Introduite en 1968 en Aquitaine, la Grenouille taureau Lithobates catesbeianus est l’une des 4 espèces invasives présentes en France sur les 27 espèces d’anoures. Avec ses presque 25 centimètres et son poids conséquent – elle peut peser jusqu’à 1 kilo – elle est connue pour être particulièrement vorace et peu exigeante dans le choix de ses proies, provoquant ainsi des déséquilibres importants dans les milieux qu’elle « colonise 14 », d’autant plus sûrement qu’elle le fait d’une manière qui peut être par ailleurs très rapide, environ 5 kilomètres de rayon par an. Il faut ajouter que les recherches sur les amphibiens ne sont pas toujours aisées. Les scientifiques procèdent, selon les circonstances, avec des outils simples mais efficaces : une épuisette, par écoute nocturne ou par piégeage lumineux, ou encore par l’observation de têtards lorsque les adultes ont quitté le milieu aquatique pour la prochaine étape de leur cycle de vie. Mais la recherche des espèces invasives, souvent exogènes, est une priorité d’action, dans la mesure où il s’agit d’une des principales causes de perte de la biodiversité. C’est donc Lithobates catesbeianus que Francesco Ficetola choisit comme modèle d’étude. En étudiant la Grenouille taureau, son hypothèse était qu’il devait être possible de retrouver des fragments d’ADN laissés par la Grenouille dans son habitat.

Pour tester cette hypothèse, il réalise une expérience dans deux environnements distincts : le premier, le milieu naturel, directement au cœur des populations connues des Lithobates, le second totalement contrôlé en laboratoire. Pour ce dernier, Ficetola remplit des aquariums avec 3 litres d’eau collectée à plus de 1 000 mètres d’altitude, de sources naturelles de montagne éloignées de 80 kilomètres des zones d’habitat les plus proches de la Grenouille. Dans chaque aquarium sont installés respectivement 1, 5 ou 10 têtards, un aquarium n’en contenant quant à lui aucun. L’expérience est répliquée six fois. Au bout de vingt-quatre heures, 15 millilitres d’eau sont prélevés dans chacun des bassins. Sur la base de ces prélèvements, l’ADN est extrait, puis amplifié par PCR 15. Les résultats sont un succès, et le sont à double titre. D’une part, des traces d’ADN de la Grenouille sont retrouvées dans l’eau en milieu naturel, donc uniquement sur les sites où elle est effectivement bien présente et, d’autre part, dans l’environnement de contrôle, uniquement dans les aquariums contenant des têtards, indépendamment du nombre de ceux-ci. Cette étude a non seulement montré qu’il était possible de retrouver des traces d’ADN dans l’environnement d’une espèce cible, mais également dans les cas de faible densité. De nouvelles perspectives s’ouvrent pour les inventaires des espèces difficiles à détecter, rares ou menacées. Enfin, il devient possible de détecter précocement les espèces invasives, avant même que leur présence ne soit perceptible par une densité significative dans l’écosystème.

Reste maintenant à tester ce dispositif dans d’autres conditions, d’autres matrices, pour d’autres espèces.

Quand l’Ours livre ses secrets

C’est là qu’un autre personnage joue un rôle clé dans l’avancée des connaissances sur l’ADN environnemental. Il s’agit de l’Ours isabelle, un habitant de la chaîne de l’Himalaya, sous-espèce de l’Ours brun que nous avons en Europe. Au-delà d’être la plus petite espèce d’Ours brun en termes de dimension, avec ses 1 à 2 mètres, il est surtout connu pour avoir en partie inspiré la légende du yéti. Ursus arctos isabellinus a aussi cette caractéristique d’être le mammifère terrestre, autre qu’humain, avec le taux de reproduction le plus au bas au monde : 8,5 ans pour sa première reproduction et ensuite 1,33 ourson tous les 5 à 7 ans. Mieux comprendre son écologie est ainsi particulièrement important dans une perspective de soutien à cet ursidé très rare.

La chercheuse Alice Valentini 16, alors doctorante, s’intéresse de près au plantigrade et plus particulièrement à son régime alimentaire. Elle est la première à se lancer dans la recherche d’ADN, cette fois non plus dans l’eau, mais dans les fèces 17. À ce moment-là, les connaissances sur les Ours isabelle sont principalement fondées sur leur observation directe lorsqu’ils sont en train de s’alimenter dans leur milieu naturel. Nous savons qu’ils sont quasi exclusivement herbivores, contrairement à leurs congénères, qui le sont plutôt préférentiellement si on considère leur alimentation moyenne sur une année. Identifier dans les fèces des plantes digérées relève d’un exploit laborieux si ce n’est d’un miracle. L’étude des fèces laissées par les animaux est pratiquée de longue date par les naturalistes afin d’étudier les régimes alimentaires. Les restes sont ensuite analysés à la loupe binoculaire. En plus d’être une méthode assez longue et fastidieuse, elle présente l’inconvénient de ne pas permettre de repérer les organismes consommés trop digérés. Afin d’éprouver la méthode, Alice Valentini inclut également dans ses travaux la Marmotte de l’Himalaya Marmota himalayana, le Tétras-lyre des Alpes Lyrurus tetrix, et quelques invertébrés comme des criquets, des limaces et des escargots.

En 2009, ses résultats sont publiés, en collaboration avec d’autres chercheurs, dans Molecular Ecology Ressources 18. Les analyses par ADN environnemental révèlent qu’à 75 % le régime alimentaire de l’Ours isabelle est composé d’herbacées et plus particulièrement de Poaceae et Cyperaceae ! Autrement dit de l’herbe telle que nous pouvons la nommer sans un regard de botaniste… Elle est faiblement calorique, voilà donc une des explications de la petite taille de l’Ours isabelle, et de son très bas taux de reproduction.

Dans cet article, Alice Valentini démontre surtout que cette nouvelle méthode est non seulement rapide et simple à mettre en œuvre, mais aussi qu’elle peut s’appliquer à l’analyse à grande échelle du régime alimentaire d’un large éventail d’espèces herbivores, incluant les invertébrés.

Une nouvelle forme de pistage

Prenons maintenant un litre d’eau de mer pour y analyser les traces biologiques. C’est l’idée de Michael Stat de l’université Curtin en Australie en 2017 dans le cadre d’une expérience qui fera grand bruit et modifiera considérablement la manière dont nous pensions connaître le monde. Sur les 25,4 millions de séquences d’ADN trouvées dans cet échantillon d’eau de mer, la très grande majorité – 22,3 millions (soit 85,9 %) – nous est totalement inconnue ! Sur les 14,1 % de séquences restantes, soit 3,1 millions de séquences, 94,5 % sont assignées à des bactéries, 2,4 % à des eucaryotes, 3 % à des virus, 0,4 % à des archées. Au sein de ces eucaryotes, seul 1,2 % appartient à des poissons. La partie immergée de l’iceberg – cette célèbre analogie de notre connaissance du monde vivant – n’a jamais été aussi vraie.

Ce résultat ne se limite toutefois pas à une prouesse technique : il met en lumière les limites structurelles de notre approche du vivant. Jusqu’à présent, notre connaissance reposait sur des méthodes favorisant les formes de vie isolables, capables de subsister en dehors de leurs interdépendances naturelles. Les bactéries, par exemple, se reproduisent rapidement et prospèrent souvent dans des milieux artificiels, ce qui les rend faciles à isoler et à étudier. En revanche, les organismes complexes ou ceux dont la survie dépend d’interactions spécifiques avec leur écosystème – comme certaines espèces symbiotiques, mutualistes ou des formes microscopiques intégrées dans des biofilms ou des chaînes trophiques – restaient inaccessibles. Ces « invisibles » échappaient à nos méthodes de prélèvement et d’analyse traditionnelles, car ces dernières ne permettaient probablement pas de capturer les interactions indispensables à leur existence. En imposant des conditions excluant ces dynamiques, nos cadres d’analyse avaient d’office rendu ces créatures non seulement inconnues, mais inconnaissables.

Cette découverte agit comme un miroir : elle révèle moins le vivant que notre manière de le saisir, dévoilant une faille épistémologique majeure. Ce que nous croyions connaître du monde n’était qu’un fragment, façonné par les biais de nos méthodes et les contraintes matérielles de nos outils. Ce litre d’eau de mer, en déployant une biodiversité insoupçonnée, nous rappelle que nos cadres d’analyse ne sont jamais neutres : ils tracent les contours de ce qui est visible et occultent tout ce qui échappe à leur logique. Ce n’est donc pas seulement une nouvelle page de la biodiversité qui s’ouvre ici, mais une interrogation radicale sur la manière dont nous interagissons avec ce que nous cherchons à connaître.

Tous les êtres vivants laissent des traces. Nous, Homo sapiens, les avons pistées depuis environ 300 000 ans grâce aux odeurs, traces de pas, griffades, fèces, bruits, chants… En écrivant ces quelques lignes, je ne peux m’empêcher de penser au philosophe Baptiste Morizot qui écrit dans Sur la piste animale :

Le traqueur voit donc l’invisible, au sens littéral du terme, comme le médecin qui diagnostique la présence d’une invisible bactérie cachée dans les viscères du seul décryptage d’un faisceau de symptômes à la surface du corps. Il accède à l’invisible par les discrètes traces visibles que l’invisible laisse (et rien n’existe sans laisser de traces) 19.

« Rien n’existe sans laisser de traces. » Cette dernière phrase, je me la répète inlassablement.

Les traces dont Baptiste Morizot parle sont principalement celles de la Panthère des neiges Panthera uncia, du Loup gris Canis lupus, des Ours Ursus sp. Il nous invite à voir par les yeux de ces grands mammifères et plus précisément par les indices qu’ils laissent à ceux qui veulent bien les chercher. Nous savons depuis longtemps déchiffrer les empreintes laissées par les êtres vivants – qu’il s’agisse de traces de pas, de marques sur une écorce, de restes de repas ou de poils accrochés à une branche. Désormais, nous pouvons aussi révéler les fragments d’ADN qu’ils disséminent dans leur sillage, comme autant de nouveaux indices à pister. La technique de pistage évolue.

Ces traces que j’observe désormais au laboratoire, issues d’une traque de terrain, sont différentes de celles que j’ai connues jusqu’à présent. Ces traces, ce sont des millions de molécules, des fragments de gènes, elles sont invisibles à l’œil nu, mais omniprésentes. Laissées par chaque être vivant, comme une extension d’eux-mêmes. Un moyen temporaire de faire territoire, comme le dirait la philosophe Vinciane Despret. C’est un véritable changement de paradigme qui s’opère.

Je ne scrute plus l’horizon à la recherche d’un mouvement.

Je ne tends plus l’oreille en direction d’un craquement de feuille.

Je ne renifle plus l’odeur huileuse d’une épreinte 20 de Loutre Lutra lutra.

Je ne suis plus happé par le chant de la Chevêche d’Athéna Athene noctua ou de l’Œdicnème criard Burhinus oedicnemus.

Ce que je perds en mettant mes sens en sourdine, je le gagne en vision sur cet univers cryptique.

Celui de l’invisible.

De l’inaudible, de l’inodore.

De ces traces auxquelles mes techniques et mes outils de naturaliste ne m’ont pas donné accès jusqu’à présent.

De ce que mes yeux et mes oreilles ne peuvent capter.

De ces vivants qui ne sont pas toujours dans mes guides de terrain.

De ceux qui sont très discrets, rares ou imperceptibles.

Je regarde désormais le vivant autrement. Au travers d’une nouvelle technique que j’accompagne dans son développement. Un nouvel Umwelt 21. Le paysage n’est plus seulement visuel, acoustique ou olfactif. Il est aussi moléculaire.

Il n’est plus subdivisé comme je le percevais à chaque immersion au cœur du sauvage : les oiseaux d’un côté avec mes jumelles, les chauves-souris de l’autre avec mon détecteur d’ultrasons… Désormais, en plus de ma loupe de botaniste, de ma longue vue, de mes filets, j’ai un nouvel outil dans ma besace.

Dans chaque échantillon qui arrive au laboratoire, le vivant est là dans toute sa diversité. L’Aigle royal Aquila chrysaetos, majestueux rapace, côtoie la bactérie intestinale Escherichia coli. La Leucorrhine à front blanc Leucorrhinia albifrons, une libellule discrète, partage l’espace avec la Drosera à feuilles rondes Drosera rotundifolia, une plante carnivore. La Loutre d’Europe laisse ses traces parmi les Mycètes, ce vaste règne des champignons, tandis que le Sonneur à ventre jaune Bombina variegata, petit amphibien au chant singulier, croise le Murin à moustaches Myotis mystacinus, une chauve-souris plutôt forestière.

Là où l’évolution des techniques traditionnelles s’inscrivait dans un effort pour pallier des biais et affiner les échelles d’observation, l’ADNe offre un saut qualitatif et conceptuel : il transforme l’échelle même d’analyse en rendant accessibles des informations jusque-là hors de portée. Il ne s’agit donc pas simplement d’une progression ou d’une évolution comme on pourrait le penser, mais bien d’un bouleversement épistémologique.

Cette révolution redéfinit non seulement les protocoles de terrain, mais aussi la manière dont les naturalistes pensent et interagissent avec les écosystèmes, établissant un pont inédit entre la biologie moléculaire et les sciences de la conservation.

Un antagonisme dualiste ?

Je ne suis pas un écrivain, en tout cas pas comme ceux qui me font vibrer. Je ne suis pas un philosophe, comme ceux qui accompagnent mes pensées. Je suis d’abord un naturaliste. Un entrepreneur ensuite – aussi, pourrait-on dire. « Entrepreneur », un mot qui à lui seul cristallise des tensions et des malentendus. Aller vers l’entrepreneuriat est un choix. C’était une décision mûrement réfléchie, une volonté d’explorer des voies nouvelles, loin des cadres dans lesquels j’avais longtemps évolué, souvent bénévolement. Je ressentais une forme d’urgence à mettre mes compétences au service d’une utilité différente, complémentaire, là où elles pourraient avoir un impact. C’était aussi l’occasion de me confronter à des défis inédits, de sortir d’une zone de confort bien connue pour embrasser une certaine incertitude. Ce choix m’a placé dans un espace complexe, où se rencontrent et s’entrechoquent deux visions du monde. À la croisée des chemins, je me retrouve souvent pris en étau entre deux identités, deux manières d’être, qui semblent à première vue incompatibles, presque contradictoires, comme si leur coexistence dans un même corps relevait d’un paradoxe.

D’un côté, une vision où le sensible règne en maître, où les liens avec le vivant se tissent dans une attention incarnée, presque viscérale, et où cette relation est vécue comme une cohabitation indéfectible. De l’autre, une vision façonnée par les dynamiques modernes : un monde où la technologie, la gestion et l’efficacité réorganisent nos pratiques, souvent au détriment d’une rencontre immédiate avec le vivant. Et moi, là-dedans ? Je vacille entre ces deux polarités. Parfois, je me laisse emporter par la première, embrassant une pratique naturaliste romantique, proche des éléments, connectée au terrain. D’autres fois, j’endosse le rôle d’un agent économique, rationnel, qui applique des méthodes et des outils issus de logiques productivistes. Ce dualisme, je le ressens profondément, car il structure une part importante de ma pratique et de ma réflexion.

Ce tiraillement n’est pas nouveau. On reproche parfois aux « amoureux de la nature » de ne pas incarner une pureté absolue ; au militant écologiste qui porte un tee-shirt fabriqué en Chine ou roule au diesel, on oppose l’injonction de cohérence totale, comme si le moindre écart invalidait ses engagements. Diviser pour réduire la puissance, simplifier pour mieux discréditer : cette logique est un symptôme de notre époque, un artifice destiné à détourner le regard des véritables questions. Fragmenter, réduire, aplatir : telle est la mécanique, illustrée par Jean-Pierre Goux dans La Petite Princesse à travers le personnage de Lucy Spencer, confrontée à ces mêmes stratégies de division et d’érosion symbolique 22.

C’est ce dualisme, cette tension entre deux pratiques, que je cherche à explorer aussi dans cet essai. Je ne le fais pas comme un observateur extérieur, mais comme une partie prenante, un acteur profondément impliqué dans cette transformation. Où la technique ne se limite plus à accompagner mes observations, mais s’impose comme un prisme à travers lequel je perçois désormais le vivant. Et au cœur de cette révolution, il y a l’ADN environnemental : un outil qui bouleverse les frontières de notre savoir, révélant des mondes invisibles, mais qui soulève aussi des interrogations fondamentales sur ce que signifient connaître, comprendre, et habiter le vivant.

Précision avant d’aller plus loin

Lorsque je parle de naturalistes – ce qui va être très fréquent dans les pages qui viennent – je me réfère aux passionnés et aux amoureux de la vie sous toutes ses formes, et non à la définition proposée par Philippe Descola dans Par-delà nature et culture. Pour Descola, le naturalisme désigne une ontologie propre aux sociétés occidentales modernes, caractérisée par la séparation fondamentale entre nature et culture. Cette distinction structure profondément la manière dont ces sociétés conceptualisent et interagissent avec le monde naturel, en opposant un sujet humain à un objet non humain. Bien que je comprenne la pertinence de ce cadre analytique, je dois confesser qu’il me laisse un petit goût d’inconfort, presque de frustration. Je lui en veux un peu. En définissant le naturalisme de cette manière, Descola introduit une ambiguïté qui, à mes yeux, obscurcit une discipline autour de laquelle s’est construite ma vie, et qui porte un héritage bien plus riche que cette lecture conceptuelle.

Pour moi, le naturalisme est tout autre chose : c’est une science, une passion, un art de vivre, une culture. C’est une ontologie vécue, enracinée dans une pratique quotidienne, dans une manière d’agir et d’interagir avec le vivant. C’est une cosmologie en acte, façonnée par des siècles d’observation, d’émerveillement et de savoirs accumulés. Je n’ai pas trouvé de concept alternatif qui rende justice à cette profondeur. « Amoureux de la nature » ou « passionné » sont des termes bien trop réducteurs, presque régressifs, incapables de restituer l’envergure épistémologique et sensible du naturalisme tel que je le conçois. Le mot « naturaliste » est donc conservé ici, vous l’aurez bien compris.

Enfin, dans ce contexte, il est important de souligner un détail pratique mais significatif. Certes, vous l’aurez peut-être déjà remarqué au fil des pages, mais autant le dire clairement : chaque fois qu’un être vivant est mentionné pour la première fois, il apparaît avec son nom vernaculaire suivi de son nom latin. Cette convention n’a rien de gratuit. Il ne s’agit pas d’une coquetterie, mais d’abord d’une question de respect pour l’identité propre à chacun. C’est aussi un choix lié à l’héritage et à la transmission du savoir, avec un autre avantage non négligeable : les noms latins sont souvent très parlants. Ils nous renseignent sur ceux qu’ils désignent, parfois mieux qu’une longue description.

« Rien n’existe sans laisser de traces. » Faisons-les exister. Moléculaires ou pas…

1. Clara Muller, « J’ai tant regardé les oiseaux… », Sœurs, no 12, « Animales », printemps 2024, p. 4.

2. Lars Svensson, et al., Le Guide ornitho, 3e éd., Delachaux et Niestlé, 2023.

3. Spécialistes des reptiles.

4. Cette dernière reste aujourd’hui principalement circonscrite à des programmes scientifiques de surveillance, de dynamique des populations ou d’éthologie.

5. Spécialistes des mollusques.

6. Thierry Disca, Benjamin Allegrini, Vincent Prié, « Caractéristiques acoustiques des cris d’écholocation de 16 espèces de Chiroptères (Mammalia, Chiroptera) du Maroc », Le Vespère, no 3, 2014, p. 209-229.

7. Avant les travaux publiés en 1996 de Jessica Worthington Wilmer et Elizabeth Barratt (« A non-lethal method of tissue sampling for genetic studies of Chiropterans », Bat Research News, vol. 37, no 1, 1996), toutes deux chercheuses de l’université de Queensland, l’étude génétique des Chiroptères reposait essentiellement sur des prélèvements de sang, de doigts de pied ou encore de biopsie des muscles. Cette méthode présentait l’inconvénient d’être particulièrement invasive voire même létale dans de nombreux cas. Notamment chez les petites espèces comme la Pipistrelle commune, qui ne pèse que 5-6 grammes en moyenne dans nos contrées. Ces deux chercheuses proposèrent ainsi d’effectuer un prélèvement de tissus dans le plagiopatagium, peau qui se situe sur l’aile entre les doigts, et l’uropatagium, peau entre les jambes et la queue des chauves-souris. Un emporte-pièce stérile, du type de celui qui est utilisé en dermatologie, permet de faire un prélèvement de 2 à 8 mm en fonction des espèces étudiées. Le trou se résorbe ainsi entre deux et quatre semaines sans affecter la survie des individus, les chauves-souris étant habituées à s’accrocher et s’abîmer les ailes lors de leurs sorties. Le prélèvement effectué est préservé dans un tube stérile contenant de l’alcool ou du gel de silice, l’ADN se conservant bien après un séchage rapide.

8. Son petit nom : Miniopterus maghrebensis Sébastien J. Puechmaille, Benjamin Allegrini, Petr Benda, et al., « A new species of the Miniopterus schreibersii species complex (Chiroptera : Miniopteridae) from the Maghreb Region, North Africa », Zootaxa, vol. 3794, 2014.

9. Sébastien J. Puechmaille, Serena Dool, Grégory Beuneux, Manuel Ruedi, « Newly described and already endangered : a new mammal species endemic to Corsica », Revue suisse de zoologie, vol. 130, no 2, 2023.

10. « Nustrale » signifiant en corse, bien entendu, « de chez nous ».

11. Andrew Ogram, Gary S. Sayler, Tamar Barkay, « The extraction and purification of microbial DNA from sediments », Journal of Microbiological Methods, vol. 7, no 2-3, 1987, p. 57-66.

12. Le LECA est une émanation de l’université Savoie-Mont-Blanc, de l’université de Grenoble-Alpes et du CNRS. Il s’agit d’un laboratoire de référence à l’échelle européenne et mondiale en écologie moléculaire.

13. Gentile Francesco Ficetola, Claude Miaud, François Pompanon & Pierre Taberlet, « Species detection using environmental DNA from water samples », Biology Letters, vol. 4, no 4, 2008, p. 423-425.

14. Le terme « coloniser », note le chercheur Michael Hathaway, est omniprésent dans les discours de la biologie. Il évoque le fait qu’un de ses collègues, Jess, un indigène Modoc du nord de la Californie, lui a fait prendre conscience « que le fait d’utiliser le terme “coloniser” en biologie a pour effet de naturaliser la colonisation comme quelque chose que toutes les espèces feraient ». Mais il note aussi que, malgré tous ses efforts, il a trouvé très peu d’alternatives. Michael J. Hathaway, What a Mushroom Lives For, Princeton University Press, 2022, p. 215, note 29.

15. La PCR (Polymerase Chain Reaction) est une technique de biologie moléculaire qui permet d’amplifier rapidement une séquence d’ADN spécifique, en la dupliquant jusqu’à des millions de fois grâce à une enzyme (ADN polymérase : une petite machine biologique qui assemble les briques de l’ADN pour le copier).

16. En collaboration avec le Scandinavian Brown Bear Research Project et le LECA. En cotutelle avec l’université de la Tuscia et l’université de Grenoble.

17. Terme principalement utilisé dans les domaines de la biologie, de la médecine, de la recherche et de l’écologie pour désigner des excréments ou une crotte tout simplement.

18. Alice Valentini, Christian Miquel, Muhammad Ali Nawaz, et al., « New perspectives in diet analysis based on DNA barcoding and parallel pyrosequencing : the trnL approach », Molecular Ecology Ressources, vol. 9, no 1, 2009, p. 51-60.

19. Baptiste Morizot, Sur la piste animale, Actes Sud, 2018.

20. Les épreintes concernent surtout les carnivores comme la loutre et servent au marquage territorial, contrairement au terme « fèces » qui désigne les excréments de tout animal.

21. Imaginé par le biologiste et philosophe estonien Jakob von Uexküll au début du xxe siècle, l’Umwelt est une manière de comprendre que le monde est perçu différemment par chaque être vivant, en fonction de ses propres capacités sensorielles et de ses interactions avec son environnement. Je vais l’employer de temps en temps tout au long de ce livre, n’ayant pas trouvé dans la langue française un terme permettant de le qualifier de manière aussi juste.

22. Jean-Pierre Goux, Révolution bleue : La Petite Princesse, Eyrolles, 2024.

UNE RÉVOLUTION NATURALISTE

« La préoccupation de l’immense majorité des hommes de notre temps est de rechercher en toutes choses la méthode absolument la plus efficace 1. »

Jacques Ellul

Les résultats sont là. Enfin. 2 000 kilomètres de côtes parcourus durant l’été 2023. 700 points d’échantillonnage par ADN environnemental depuis Banyuls jusqu’à Menton en passant par la Corse. Un inventaire d’une telle ampleur en si peu de temps est une première mondiale.

Pas de doute, ils sont à la hauteur des espérances. 267 espèces de poissons recensées, soit 85 % des espèces potentiellement présentes dans la zone ! Et cela en une seule et unique session de terrain… En se plongeant plus précisément dans les données, sur les 21 espèces qualifiées comme « en danger » sur la liste rouge de l’UICN 2, nous en avons trouvé 17. Incroyable. Il y a même deux espèces de Requins très rares. Le Requin à peau bleue Prionace glauca – en danger critique d’extinction. Mais aussi le Requin ange, ou Ange de mer Squatina squatina – encore plus rare que le précédent car éteint sur la côte continentale mais encore présent sur 11 points du littoral corse !

Dans ce flot de bonnes nouvelles, j’en oublierais presque les mauvaises. Parce qu’il y en a, au rayon des espèces invasives. Il s’agit d’une des principales menaces qui pèse sur la biodiversité – en concurrençant les espèces locales pour les ressources, en introduisant des maladies, et en modifiant les habitats naturels. La présence du Crabe de vase Rhithropanopeus harrisii, en plusieurs points sur des sites de lagunes et des sites côtiers – comme l’étang de l’Or à Montpellier ou encore à Port-Louis – n’est pas réjouissante. Le détecter reste toutefois important pour suivre son installation et agir si cela est encore possible.

Les premières informations tirées du programme BioDivMed 3 s’arrêtent-elles à une simple liste d’espèces ? Certainement pas. Nous pouvons aussi en tirer déjà des enseignements plus généraux. Par exemple que les zones protégées montrent une efficacité notable, avec des hotspots 4 de biodiversité concentrés dans le sud et le nord-ouest de la région, de Carry-le-Rouet et la réserve de la Côte Bleue en Provence-Alpes-Côte d’Azur jusqu’au sud de Perpignan en Occitanie. Ces zones abritent une forte densité d’espèces menacées. À l’opposé, les secteurs de l’est de Toulon et la côte sableuse d’Occitanie affichent une biodiversité plus faible. Un moyen d’évaluer l’efficacité de certaines politiques publiques.

Le sourire me gagne tant les résultats sont exceptionnels par leur finesse. Qui aurait pu imaginer cela possible il y a dix ans en contexte marin ? Probablement personne.

Alors que l’évolution désigne dans son acception générale un processus progressif qui améliore ou approfondit des techniques existantes, une révolution se caractérise par une rupture radicale qui bouleverse les paradigmes en place. L’ADNe dépasse les méthodes traditionnelles basées sur l’observation directe ou l’analyse morphologique, en permettant d’accéder directement au matériel génétique, même à partir d’échantillons infimes ou anciens.

En contexte marin – pour rester sur mon exemple – où les inventaires d’espèces ont toujours été limités par des contraintes de temps et d’efforts de terrain, l’ADNe transcende ces limites, permettant une couverture spatiale et temporelle inédite.

Ainsi, loin d’être une simple continuité des techniques naturalistes, l’ADNe incarne une révolution. Une révolution qui chamboule notre manière d’explorer et de comprendre le monde qui nous entoure. Tout comme l’héliocentrisme a déplacé le « centre » de notre vision cosmologique et nous a forcés à réévaluer nos croyances, l’ADNe décale notre perspective sur le vivant et les écosystèmes. En révélant des informations invisibles. En nous sortant d’une approche « espèce » pour nous emmener vers une vision plus écosystémique, celle des écosystèmes et de leurs interactions. Embarquant au passage les espèces macroscopiques que nous avions l’habitude d’observer en même temps que toutes les invisibles.

Voyons maintenant comment cette révolution invisible transforme notre perception du monde vivant, en nous révélant ce qui échappait encore à nos sens.

1. Jacques Ellul, La Technique, ou l’enjeu du siècle, Armand Colin, 1954, rééd. Economica, 2008.

2. L’Union internationale pour la conservation de la nature (UICN) est une organisation internationale dédiée à la conservation de la biodiversité et à l’utilisation durable des ressources naturelles, notamment connue pour sa Liste rouge des espèces menacées. Elle rassemble un réseau mondial de gouvernements, d’ONG, de scientifiques et d’experts pour promouvoir des pratiques durables et influencer les politiques environnementales.

3. Cette mission est à l’initiative d’un consortium d’acteurs publics et privés, tels que : l’Agence de l’eau Rhône-Méditerranée-Corse, l’unité mixte de recherche Marbec (le programme est dirigé par le Pr David Mouillot), l’université de Montpellier, les sociétés Spygen et Andromède Océanologie, les associations OceanoScientific et We are Méditerranée.

4. Ici je parle de points chauds de biodiversité, c’est-à-dire des zones concentrant une quantité importante d’espèces rares et menacées – sans critères plus objectifs que cela.

En quête des espèces cryptiques

« Pister, c’est parfois comme rentrer à la maison le soir, une très grande maison avec le ciel pour plafond, et suivre à travers les pièces les traces omniprésentes laissées par les êtres qui vivent avec nous ici ; les petits indices poignants de leur activité journalière, tout ce qu’ils ont fait lorsqu’on était absent : le bol non rangé sur la table de la cuisine avec son reste à peine coupable de céréales ; ici des chaussons abandonnés devant la douche ; tous ces petits indices où l’on peut pister l’activité d’un être cher, ses préoccupations, jusqu’à son état d’esprit. Son art d’habiter, et de cohabiter avec nous, enchevêtré à nous, dans ce monde commun 1. »

Baptiste Morizot

L’air est froid et sec. Autour de moi, quelques Mésanges noires Periparus ater chantent. Des cris réguliers de Mésanges huppées Lophophanes cristatus et de Roitelets également. Un Pic noir Dryocopus martius pas trop loin. Des Becs-croisés des sapins Loxia curvirostra. Pour parfaire l’ensemble, des odeurs de Sapins blancs Abies alba. Il n’y a guère que le bruit métallique de mes raquettes – indispensables avec cette épaisseur de neige – qui vient troubler cette odyssée sensorielle. Je ne manque pas de m’arrêter sur chacune des traces que laissent les mammifères et parfois certains oiseaux. Ici des traces d’Écureuil roux Sciurus vulgaris en forme de V dues à ses déplacements par sauts. Là, celles d’un Chamois Rupicapra rupicapra dans une neige immaculée. De temps en temps, c’est un Renard roux Vulpes vulpes qui vient couper perpendiculairement le sentier que j’emprunte. Mais je ne m’attarde guère. Ces traces me sont familières et ne présentent globalement pas de difficultés particulières lorsqu’il s’agit de nommer leurs auteurs. L’exploration continue, mêlant attention naturaliste et réflexion : celle des traces tangibles laissées par le vivant, et celle de l’esprit, où chaque pas nourrit la pensée et renforce la connexion au vivant. C’est à peu près à mi-parcours, au moment où le dénivelé diminue, que je remarque des traces qui viennent m’arracher à mes pensées. Les traces sont rondes. Plutôt homogènes en termes de taille, et relativement grosses. Pas de traces de griffes sur les quatre doigts. Un gros chat… Je suis quelque part entre le massif des Bauges et la Chartreuse, en Savoie. Le Lynx boréal Lynx lynx est établi dans le secteur. Il reste toutefois rare, et surtout très difficile à observer, y compris lorsqu’on le cherche. Je n’ai rien avec moi pour prendre des mesures. C’est toujours quand on en a besoin que l’on n’a pas le matériel adapté. Je n’aurais pas eu mes jumelles, c’est à ce moment précis que j’aurais vu une espèce d’oiseau rare impossible à identifier à l’œil nu. Je sais à quel point les erreurs sont faciles à faire à partir des traces. À quel point il est fréquent de se tromper en fonction de l’inclinaison du substrat, de la température, qui peut élargir artificiellement les empreintes. Ne suis-je pas influencé par ce que j’aimerais trouver – les fameux biais de confirmation ? Par cette sapinière très favorable à l’espèce ? Je n’ose y croire, même si une petite musique au fond de moi me dit qu’évidemment il s’agit bien d’un Lynx.

La recherche des mammifères, notamment des espèces rares et discrètes, représente toujours un défi. Cela est particulièrement vrai pour la plupart des carnivores, en raison de leur faible densité. Les besoins de connaissances sont donc importants, tout comme les moyens à déployer : installation de pièges photographiques, ou camera traps, sur les territoires supposés ou nouveaux, photo-identifications pour les individualiser, récoltes de poils et de fèces, écoutes nocturnes pendant la période de reproduction, suivi des empreintes… Le pistage dans la neige, en particulier, est utilisé depuis de nombreuses années pour surveiller ces animaux capables de parcourir de grandes distances en une seule journée. Certaines de ces espèces, que je vais vous présenter un peu plus loin, illustrent parfaitement cette capacité. Les traces ont largement permis d’améliorer les connaissances que nous avions. Cependant ces dernières ne sont pas exemptes de risques d’erreur importants sur le terrain, et sont soumises aux aléas climatiques qui peuvent rapidement les altérer, rendant l’observation ou la donnée peu fiable voire douteuse, et les estimations de taille de populations faussées (à la hausse ou à la baisse). Ceci a des conséquences directes pour la conservation des carnivores sous le feu des projecteurs. Et si cette méthode visuelle de collecte de traces dans la neige pouvait être rendue plus fiable en recherchant dans les traces les molécules d’ADN laissées par les individus ? En l’occurrence ici celles d’une espèce rare et discrète, le Lynx ? J’aurais pu atténuer mes doutes. Et les vôtres certainement.

En janvier 2019, une équipe de biologistes américains a publié un article dans le journal Biological Conservation 2, à propos d’une étude qui s’est déroulée dans le Montana pour expérimenter l’ADN environnemental comme outil d’identification des traces laissées dans la neige par trois mammifères menacés : le Lynx du Canada Lynx canadensis, la Martre pêcheuse Pekania pennanti et le Glouton Gulo gulo.

Comme souvent, deux conditions expérimentales étaient nécessaires : l’une avec une preuve formelle des collectes d’échantillons de neige et des traces clairement identifiées, et l’autre basée sur des traces relevées à l’aveugle. Pour le premier cas, des échantillons de neige ont été prélevés peu de temps après avoir été pris en photo par des camera traps. Les secondes proviennent de relevés opportunistes des équipes de chercheurs entre janvier et avril 2018. Ces relevés ont tous été réalisés dans des conditions stériles pour le matériel de collecte, à l’aide d’une pelle et de bidons de 2 litres pour la conservation de chaque échantillon de neige.

Le premier test, conçu pour vérifier la possibilité de retrouver des traces d’ADN dans des empreintes spatialement et temporellement identifiées à l’aide de pièges photographiques, donne des résultats plutôt concluants : deux tiers des essais ont fonctionné comme prévu 3.

Concernant le deuxième cas de figure, au total 31 échantillons de traces de neige ont été collectés. Le Lynx du Canada a été trouvé dans 11 échantillons sur 11 prélevés dans les traces de neige identifiées par un naturaliste sur le terrain comme lui appartenant. 3 sur 3 également pour la Martre pêcheuse. Et enfin, les analyses sur le Glouton ont permis de détecter son ADN dans 13 des 17 échantillons prélevés ! Les résultats sont donc particulièrement bons et prometteurs.

Cependant, le résultat qui me frappe le plus n’est pas celui-ci. Dans deux lignes de traces différentes, ce n’est pas seulement l’espèce visée qui a été trouvée. En particulier, dans l’un des échantillons prélevés à Seeley Lake, dans le Montana, la piste d’un Lynx renfermait également celle d’un Glouton ! Un mammifère peut en cacher un autre. Comment cela est-il possible ?

Imaginez-vous marchant dans la neige, sans raquettes. Vous voyez cette poudreuse de 50 centimètres de profondeur dans laquelle on s’enfonce si facilement et qui a cette fâcheuse tendance à s’immiscer entre vos chaussettes et vos chaussures en l’absence de guêtres ? Quel serait votre premier réflexe ? Probablement de suivre les traces déjà foulées…

Notre Glouton n’échappe pas à cette logique. Nombreux sont les mammifères qui, face à la neige profonde, profitent des chemins déjà tracés par d’autres pour avancer. Ainsi, ce qui semblait être le simple passage d’un Lynx se révélait en réalité être le parcours de plusieurs espèces de carnivores. À l’époque de ma balade dans les bois, si j’avais prélevé l’ADN dans les traces supposées de Lynx, j’aurais pu aisément confirmer la présence de ce gros chat des forêts si discret. Mais peut-être aussi d’une autre espèce qui aurait marché dans ses pas…

Les auteurs de cette étude suggèrent également qu’en plus d’avoir une identification fiable des espèces qui déposent ces empreintes, il pourrait être envisagé de mettre à disposition du plus grand nombre cette technique dans le cadre de projets de sciences participatives 4. Ils soulignent également que, bien évidemment, si la méthode a fonctionné pour les trois espèces cibles, elle pourra être employée pour d’autres vivants cryptiques.

Un géant d’eau douce discret

Avec ses 4 909 kilomètres de longueur au maximum, sa longueur effective n’étant pas certaine, le Mékong n’est pourtant que le dixième plus grand fleuve du monde, mais il est en revanche le troisième plus riche en termes d’espèces de poissons. Il abrite également quatre des six espèces de poissons d’eau douce les plus grandes du monde. Trois d’entre elles, qui sont le Poisson-chat géant du Mékong Pangasianodon gigas, la Carpe géante Catlocarpio siamensis et le Panga géant Pangasius sanitwongsei, sont évaluées comme étant en danger critique d’extinction sur la Liste rouge de l’UICN. Globalement l’Asie du Sud-Est est confrontée à une diminution majeure de sa biodiversité, principalement à cause d’une démographie croissante et de son niveau de consommation qui augmente concomitamment.

Les milieux aquatiques ne sont pas épargnés. La ressource en eau est particulièrement touchée à cause notamment de son utilisation grandissante à des fins agricoles, industrielles ou de production d’énergie, affectant ainsi l’ensemble des êtres vivants liés à ces écosystèmes fragiles. S’ajoute l’activité de pêche, voire de surexploitation comme dans le cas du Poisson-chat géant du Mékong. Endémique du Mékong, Pangasianodon gigas est un des plus gros, si ce n’est le plus gros poisson d’eau douce, mesurant plus de trois mètres et pesant jusqu’à 300 kilos. Ce poisson herbivore aurait vu ses effectifs diminuer de 80 % ces vingt dernières années, amenant ainsi cette espèce à un niveau proche de l’extinction. Malgré sa taille et son charisme 5, les connaissances sur le poisson géant du Mékong sont très lacunaires, en raison notamment du manque de techniques 6 et de suivis efficaces ciblés, mais aussi depuis l’interdiction de sa pêche, qui était une source de données évidente, bien que funeste. Une nouvelle méthode, reposant sur l’ADN environnemental, est justement ce que propose un article publié en 2016 dans la revue Global Ecology and Conservation 7.

Avant de tester l’idée directement sur le Mékong à l’aveugle, l’équipe de chercheurs a expérimenté la méthode en conditions contrôlées. En l’occurrence grâce à la filtration de huit échantillons dans des bassins du centre de recherche sur les pêches de Sri Chiang Mai dans la province de Nong Khai, en Thaïlande, qui contenaient en captivité la fameuse espèce dans des densités variables. Assez rapidement, les résultats ont permis de montrer la fiabilité de la méthode, quelles que soient les densités, et de valider l’efficacité du couple d’amorces 8 utilisé pour amplifier l’ADN 9.

En avril 2014, les investigations sur le Mékong ont pu commencer. Compte tenu des contraintes logistiques, de l’accessibilité, ainsi que des données récentes sur la présence de l’espèce et son écologie, six sites stratégiques ont été sélectionnés entre la confluence du Tonlé Sap et le nord de la Thaïlande. On sous-estime souvent les défis liés au choix des lieux pour mener une étude, qu’il s’agisse de la préparation en amont ou des imprévus rencontrés une fois sur place, qui peuvent réserver leur lot de surprises.

Revenons au poisson géant du Mékong. Je vous passe les détails du laboratoire ici pour me concentrer sur les résultats obtenus. Sur les 36 échantillons analysés, un seul des 6 sites – celui de Ban Pa Tung en Thaïlande – a permis de trouver l’espèce tant recherchée. Ce site est d’ailleurs proche d’un rare lieu de frai connu historiquement pour l’espèce. En quoi ce résultat est-il intéressant, me direz-vous ?

Tout d’abord, aussi grosse soit-elle, réussir à détecter cette espèce, et en une seule campagne d’inventaire, relève déjà de l’exploit. C’est la preuve que cela peut fonctionner dans un milieu très vaste – un des plus grands fleuves au monde – et pour une espèce en densité très faible puisqu’elle est proche de l’extinction. Nous sommes ici loin des conditions des premiers tests effectués avec l’ADN environnemental, sur des amphibiens, dans des mares de seulement quelques dizaines de mètres carrés. La méthode va donc désormais pouvoir être déployée dans d’autres grands fleuves. Les auteurs de cette étude proposent par ailleurs que la méthode puisse être utilisée dans l’ensemble des zones définies comme prioritaires sur le Mékong pour la préservation des poissons.

Enfin, détecter des molécules d’ADN dans ce type d’environnement dépend également beaucoup de l’écologie de l’ADN. Un fragment d’ADN n’est évidemment pas un organisme. Ce n’est qu’une trace, comme pourraient l’être les reliefs d’un repas d’une Loutre d’Europe Lutra lutra déposés sur un rocher. Deux chercheurs américains, Matthew A. Barnes et Cameron R. Turner, ont ainsi proposé en 2016 dans la revue Conservation Genetics une écologie de l’ADN environnemental 10. Mais dans quel but ? L’idée est de comprendre comment ce matériel extra-organisme se disperse dans un milieu, dans quel état ou de quelle manière. Et finalement, comment à chaque échantillonnage par ADN environnemental, qui concentre des multiples traits de vie de centaines ou milliers d’espèces, nous pouvons en déduire une histoire, ou une cartographie des vivants d’une rivière, d’un lac, d’un océan…

Alors quelles sont les origines de l’ADN environnemental ? Malgré la rareté du Poisson-chat géant du Mékong, nous avons pu le retrouver grâce aux molécules qu’il a laissées dans son habitat. Comme ses congénères, il respire l’oxygène dissout dans l’eau grâce à ses branchies. L’eau pénètre par la bouche, entre dans le pharynx puis ressort par les ouïes. À ce moment-là, quantité de petites cellules contenant de l’ADN sont relâchées dans l’eau. Il va également perdre au gré des mauvaises rencontres quelques écailles, ou laisser ses excréments dans l’eau, libérant encore une fois quantité de molécules d’ADN. On sait peu de choses sur ses modalités de reproduction. Cependant, à l’instar de nombreuses espèces de poissons, bien qu’ils soient présents en faible densité dans le fleuve, les mâles féconderont les œufs une fois par an, libérant des milliers de gamètes et, par la même occasion, des molécules d’ADN. La quantité d’ADN dans l’environnement varie ainsi en fonction des différents traits de vie des espèces, de leur abondance.

Donc la quantité d’ADN que nous pouvons retrouver varie. Mais est-ce qu’elle évolue aussi dans le temps ? Si je le formule autrement, combien de temps vont persister les traces moléculaires que notre Poisson-chat va laisser dans son lieu de vie ?

Dans les milieux aquatiques, les molécules d’ADN restent détectables pendant seulement quelques jours 11, dégradées par des facteurs abiotiques, comme les UV ou la température, mais aussi biotiques, notamment par les micro-organismes tels que les champignons ou les bactéries. Maintenant, sous quels états l’ADN environnemental se déplace-t-il dans l’environnement ? On distingue tout d’abord l’ADN intracellulaire, qui est contenu dans des cellules vivantes ou récemment expulsées dans le milieu, notamment chez les bactéries, les protistes et certains organismes microscopiques comme le zooplancton. Ensuite, l’ADN extracellulaire qui correspond à l’ADN libre dans l’environnement, non confiné dans une cellule intacte. Il peut provenir de la lyse de cellules mortes, mais aussi être activement libéré par des organismes vivants à travers des sécrétions biologiques (mucus, urine, fèces) ou la perte de tissus. Par exemple, chez un poisson-chat, l’ADN peut être relâché dans l’eau via la perte d’écailles ou l’excrétion de mucus lors de la respiration.

On connaît encore mal les mécanismes de dispersion des molécules d’ADN. On sait toutefois que dans ce fleuve Mékong, dans lequel habite le fameux Poisson-chat géant, le transport des molécules est variable, de quelques mètres à plusieurs kilomètres.

Cette « écologie » de l’ADN est particulièrement importante dans l’interprétation des résultats post-laboratoire. Sa compréhension fine améliore la qualité des données et la fiabilité des analyses écologiques provenant d’ADN. Elle explique ainsi en partie pourquoi assez peu de molécules ont été détectées pendant cette étude. Les investigations concernant cette espèce se poursuivent actuellement en augmentant le nombre de points d’échantillonnage pour améliorer les probabilités de détection. Espérons que ces nouvelles données améliorent sa connaissance et sa conservation.

L’insaisissable Cachalot nain

Les mammifères marins font partie des vertébrés les plus fragiles de la planète avec près de 40 % d’entre eux qui sont considérés comme menacés 12. Leur comportement généralement discret, conjugué à une grande capacité de dispersion sur une aire géographique importante, rend l’observation de ces espèces difficile, y compris par les experts. La plupart des données de cétacés ont pour origine quatre grands types : les observations depuis la côte, les échouages, les relevés aériens ou encore par acoustique lors de plongées. Ces méthodes permettent de collecter chaque année, pour les espèces les plus communes, plusieurs milliers de données qui enrichissent progressivement nos connaissances sur ces animaux, leur répartition et leur écologie. Quant aux espèces rares ou discrètes, les données proviennent essentiellement d’observations issues d’échouages, de pêches accidentelles ou encore d’observations sporadiques compilées ensuite. C’est largement insuffisant pour pouvoir élaborer des plans d’action de conservation adaptés et pertinents pour nombre d’entre elles.

Malgré ses presque 3 mètres de long, le Cachalot nain Kogia sima est une de ces espèces dont on ne connaît pas grand-chose. Il présente aussi le désavantage pour les naturalistes qui l’étudient de beaucoup ressembler, morphologiquement, au Cachalot pygmée Kogia breviceps. De nombreuses observations restent donc notées en Kogia sp. dans les carnets de terrain ou les bases de données pour signaler la présence soit du Cachalot nain soit du Cachalot pygmée, mais il est difficile d’aller plus loin dans la détermination tant ils sont proches – ce qui ne présente pas un grand intérêt pour les connaissances et la conservation de l’espèce. Pour illustrer ce propos, dans le Pacifique colombien, en 2020, seules 6 observations de Kogia sima ont été confirmées dont 5 provenant d’échouages. C’est en partant de ce constat qu’une équipe de scientifiques de l’unité Marbec de l’université de Montpellier, en collaboration avec l’INVEMAR, l’Institut colombien de recherche marine, a décidé de lancer une étude par ADN environnemental en Colombie 13, et plus précisément aux abords d’une île rocheuse protégée, nommée Malpelo, à environ 490 kilomètres de la côte colombienne. Cette île n’a pas été choisie au hasard par l’équipe de scientifiques, mais parce qu’elle abrite une faune marine exceptionnelle – étudiée de longue date – notamment des requins tels que Sphyrna lewini, ou encore des Mérous. Par ailleurs, depuis 1995, le gouvernement colombien a déclaré l’île « sanctuaire de la Faune et de la Flore ».

Au total 13 transects 14 de 5 kilomètres de long ont été effectués sur cette zone en mars 2018. Grâce à des pompes péristaltiques placées de chaque côté du bateau, 30 litres d’eau de mer ont été passés dans chacun des filtres stériles prévus à cet effet. Immédiatement après a été ajouté un tampon de conservation 15. Stockés à température ambiante, les filtres ont ensuite été envoyés au laboratoire pour analyse.

Les résultats ? 20 092 190 lectures de séquences d’ADN appartenant à des vertébrés, 4 321 072 appartenant à des mammifères, 469 appartenant à Kogia sima ! Cette espèce rare est en fait bien présente. Elle n’avait juste jamais été observée en trente ans sur ce site pourtant bien étudié. Les conditions écologiques, notamment la température de l’eau et la localisation faisaient que sa présence était jugée comme tout à fait possible. Mais il n’y avait aucune preuve jusqu’alors. C’est réparé. Alors en quoi cela est-il important ? Finalement cette zone était déjà connue pour être riche en biodiversité marine.

Cette étude constitue une avancée significative en démontrant la capacité de l’ADN environnemental à détecter, dans un milieu marin, une espèce aussi rare et discrète que le Cachalot nain. Ce résultat est particulièrement notable compte tenu de la mobilité exceptionnelle de l’espèce, capable de parcourir des centaines de kilomètres en quelques jours, et de sa difficulté à être différenciée de son espèce jumelle sur la base de critères morphologiques traditionnels. L’ADNe dépasse ainsi les limitations des méthodes visuelles et acoustiques, fournissant un outil extrêmement précis pour identifier ces espèces insaisissables. Par ailleurs, l’étude souligne que même dans des zones marines intensément surveillées telles que l’île de Malpelo, des lacunes importantes subsistent dans notre connaissance de la biodiversité. L’ADNe révèle la présence de taxa jusqu’alors non détectés, démontrant que ces écosystèmes, bien que considérés comme relativement bien étudiés, abritent encore des mystères à élucider. Enfin, cette technique offre un avantage logistique et méthodologique considérable pour la conduite d’inventaires à grande échelle. Là où les approches traditionnelles, comme la plongée sous-marine, limitent les relevés à quelques centaines de mètres par jour, l’ADNe permet d’examiner plusieurs kilomètres d’habitats marins dans le même intervalle de temps. Cette extension du champ d’investigation ouvre des perspectives cruciales pour le suivi des aires marines protégées à l’échelle mondiale, fournissant des données plus complètes pour évaluer l’efficacité réelle des mesures de conservation. L’ADNe s’affirme ainsi comme un outil stratégique dans le suivi et la gestion durable des espèces marines menacées, en permettant une acquisition de données plus fine et plus étendue que jamais.

1. Baptiste Morizot, op. cit.

2. Thomas W. Franklin, Kevin S. McKelvey, Jessie D. Golding, et al., « Using environmental DNA methods to improve winter surveys for rare carnivores : DNA from snow and improved noninvasive techniques », Biological Conservation, vol. 229, 2019, p. 50-58.

3. Seul un échantillon n’a pu amplifier l’ADN sans qu’il soit possible d’en expliquer la raison avec certitude.

4. En plein essor, les sciences participatives ou collaboratives permettent aux citoyens de participer activement à la production de connaissances scientifiques au travers de protocoles standardisés et réalisables, en général, sans grandes compétences techniques. Ce type de programme se développe fortement dans le domaine des sciences naturelles. J’en parle un peu plus loin dans cette première partie.

5. L’esthétique des espèces et leur « beauté » influencent fortement les liens émotionnels que l’être humain peut avoir avec le reste du vivant. C’est ce que l’on pourrait nommer le « capital sympathie ». Il coïncide souvent avec le degré d’investissement que notre espèce met pour en protéger certaines – ce qui malheureusement ne correspond pas nécessairement aux enjeux de conservation. Cela a été montré par exemple chez les poissons récifaux, ou nombre d’espèces évaluées comme ayant une faible « valeur esthétique » aux yeux des humains étaient les plus menacées : Juliette Langlois, François Guilhaumon, Florian Baletaud, et al., « The aesthetic value of reef fishes is globally mismatched to their conservation priorities », PLOS Biology, vol. 20, no 6, 2022.

6. Il est souvent très difficile d’étudier les poissons dans des fleuves aussi larges et puissants avec des filets ou lors d’une pêche scientifique avec électricité.

7. Eva Bellemain, Harmony Patricio, Thomas Gray, et al., « Trails of river monsters : Detecting critically endangered Mekong giant catfish Pangasianodon gigas using environmental DNA », Global Ecology and Conservation, vol. 7, 2016, p. 148-156.

8. Un couple d’amorces est constitué de deux courtes séquences d’ADN synthétiques, conçues pour se lier spécifiquement aux extrémités opposées de la région cible à amplifier lors d’une réaction de PCR (que j’ai expliqué un peu plus tôt dans le texte). Ces amorces servent de points de départ pour l’ADN polymérase, permettant la copie exacte de la séquence d’ADN située entre elles, et ainsi l’amplification de cette région en de multiples copies pour des analyses ultérieures.

9. L’ADN étant en quantité tellement faible qu’il nous faut le multiplier pour l’observer. J’y reviens un peu plus tard dans le détail.

10. Matthew A. Barnes & Cameron R. Turner, « The ecology of environmental DNA and implications for conservation genetics », Conservation Genetics, vol. 17, 2016, p. 1-17.

11. Sauf s’ils sédimentent. J’y reviens un peu plus loin…

12. S. Díaz, J. Settele, E. S. Brondízio, H. T. Ngo, M. Guèze, et al. (dir.), The global assessment report on biodiversity and ecosystem services of the Intergovernmental Science-Policy Platform on Biodiversity and Ecosystem Services, Summary for policy makers IPBES, 2019.

13. Jean-Baptiste Juhel, Virginie Marques, Andrea Polanco Fernández, et al., « Detection of the elusive Dwarf sperm whale (Kogia sima) using environmental DNA at Malpelo island (Eastern Pacific, Colombia) », Ecology and Evolution, vol. 11, no 7, 2021, p. 2956-2962.

14. Une méthode utilisée pour collecter des données sur les espèces et leurs habitats dans une zone donnée. Il s’agit d’une ligne imaginaire ou matérialisée sur le terrain, le long de laquelle les observations ou les mesures sont effectuées de manière systématique.

15. Il s’agit d’une solution liquide qui permet la préservation à température ambiante des brins d’ADN, ceux-ci pouvant facilement être dégradés sous l’action de bactéries, des champignons ou des UV.

Observer l’ensemble

« Les régions vraiment critiques qu’il conviendrait de surveiller avec soin sont plus probablement les tropiques et les mers proches des rivages continentaux. C’est dans ces régions, qui ne font l’objet de presque aucune surveillance, que des entreprises nocives risquent d’être pratiquées jusqu’à un point de non-retour avant que les dangers soient reconnus 1. »

James Lovelock

Une estimation récente rapporte qu’il y aurait sur la planète environ 8 à 12 millions d’espèces – à comparer avec les 2,3 millions d’espèces connues que recense en 2023 Catalogue of Life (COL). Selon une autre étude, plus ancienne, on en compterait entre 5 et 30 millions 2. Dans tous les cas, le nombre total d’espèces sur Terre est bien supérieur au nombre de celles que nous avons déjà décrites, représentant peut-être à peine un dixième des espèces encore présentes aujourd’hui 3. Difficile de le dire avec précision.

La prise de conscience récente de l’immensité du vivant, encore largement inconnu, trouve ses racines dans les travaux de Terry Lee Erwin (1940-2020), entomologiste américain du Smithsonian Institute. Au début des années 1980, Erwin a mené une expérience devenue célèbre par sa méthode peu conventionnelle : il a pulvérisé un insecticide sur Luehea seemannii, un arbre des forêts tropicales du Panama, pour échantillonner les insectes qui y vivaient. Pendant plusieurs années, il a collecté les spécimens. Aujourd’hui, une telle méthode serait difficilement approuvée. Mais le point crucial réside dans ses résultats : 80 % des espèces collectées n’avaient jamais été décrites par la science 4. Cette découverte a mis en lumière l’étendue de notre ignorance, en contraste frappant avec l’illusion de maîtrise que nous entretenons souvent.

Pour ma génération, ce choc s’accompagne d’un second : l’effondrement actuel de la biodiversité. Nous vivons une sixième extinction, accélérée par le réchauffement climatique, qui pourrait anéantir la moitié des espèces d’ici la fin du siècle. Face à ce dilemme, de nombreux chercheurs ont appelé à une « urgence taxinomique 5 » : prioriser la description des espèces et approfondir nos connaissances sur elles. Pourtant, le rythme des expéditions scientifiques dédiées à l’exploration globale du vivant demeure bien trop lent pour faire face à cette urgence. Cela dit, il ne s’agit pas de laisser entendre que la connaissance du vivant devrait se limiter à la simple description des espèces. Nommer les espèces est essentiel, mais insuffisant pour enrayer l’extinction en cours. Comprendre leurs rôles, leurs interactions et leurs écosystèmes est tout aussi crucial.

Plusieurs lacunes ou déficits sont à surmonter. On en identifie généralement sept 6, que je souhaite succinctement présenter ici.

Le premier déficit est qu’en effet la plupart des espèces ne sont pas encore décrites. On le nomme le déficit linnéen, en rapport avec Carl von Linné et sa classification binominale pour « ranger » les espèces.

Le second est que, pour une majorité d’espèces, nous ne connaissons pas non plus leur répartition géographique. S’agit-il d’une espèce présente uniquement dans certaines montagnes des Alpes ? Dans l’ensemble des Alpes ? Dans toute l’Europe ? Il est nommé cette fois le déficit wallacéen, en l’honneur d’Alfred Russel Wallace, grand biogéographe.

Le troisième est connu sous le nom de déficit darwinien. Inutile de préciser son origine, sans jeu de mots… L’idée est que nous connaissons également très mal la phylogénie des espèces, c’est-à-dire les liens de parenté. La Taupe d’Europe Talpa europaea est-elle proche parente du Rat-taupe Nannospalax leucodon 7 ? Ou s’agit-il d’une convergence évolutive ?

Vient le tour du déficit prestonien. Frank W. Preston (1896-1989) était un ingénieur et écologiste anglais. Il a marqué l’histoire des sciences pour avoir rédigé plusieurs articles majeurs en biologie, notamment sur les variations spatio-temporelles des espèces – ce qui donne le nom à ce déficit, celui du manque de connaissances sur l’abondance des espèces et leurs variations numériques dans l’espace et le temps. Les populations de Campagnol terrestre Arvicola terrestris varient-elles d’une année sur l’autre ? De manière homogène dans cette prairie ?

Le suivant et cinquième de la liste est le déficit hutchinsonien. George Evelyn Hutchinson (1903-1991), anglais lui aussi, a profondément marqué par ses travaux l’écologie moderne. Le déficit hutchinsonien est le manque de connaissances sur les modes de vie des espèces et leur vulnérabilité aux modifications de leurs habitats. Le changement climatique et le reboisement sont-ils en train d’affecter les populations de Traquet oreillard Oenanthe hispanica dans les Alpilles ? Enfin, les deux derniers points concernent davantage des questions sociétales.

La recherche fondamentale sur de nombreuses formes de vie demeure rare et insuffisamment financée, bien qu’elle soit essentielle pour comprendre les aspects fondamentaux de la biologie des espèces et permettre de futures découvertes. Ce manque de soutien s’accompagne d’un défi scientifique majeur : la méconnaissance du grand public quant au rôle et aux interactions des êtres vivants dans les écosystèmes.

Enfin, le dilemme politique : la plupart des décideurs politiques ne sont pas conscients des enjeux cruciaux liés à la conservation des diverses formes de vie.

Il est vertigineux de constater l’étendue de notre ignorance, même sur les espèces déjà décrites, lorsque l’on cherche à combler ces lacunes. Une nouvelle approche s’avère nécessaire. Un nouveau moyen d’accélérer la collecte des connaissances. Dans quelle mesure les suivis faits par ADN environnemental pourraient-ils répondre à ces déficits de connaissances ? Et même d’en hâter l’acquisition ?

Ne pas s’arrêter à ce qui est rare

En parlant de lacunes, s’il y a un territoire français où la biodiversité reste à explorer et pour lequel nous avons un certain nombre de déficits linnéen, darwinien, wallacéen… c’est bien la collectivité territoriale de la Guyane. Sur ses 84 000 km2 de territoire, la Guyane française est encore largement dominée par les milieux naturels, contrairement à l’Hexagone. C’est aussi une des forêts primaires les mieux préservées, pour l’instant. Avec plus de 740 espèces d’oiseaux recensées, environ 180 espèces de mammifères, presque autant de reptiles, plus de 400 espèces de poissons dont au moins un tiers endémiques, la Guyane est de loin le territoire français le plus riche en termes de nombre d’espèces. Chaque année de nouvelles espèces sont découvertes, venant compléter l’inventaire du vivant. Un véritable eldorado pour de nombreux naturalistes. C’est exactement ce que j’ai ressenti la première fois où j’ai eu la chance d’y mettre les pieds, jumelles en main et sens en alerte. Chaque journée m’a offert la découverte d’une espèce inconnue pour moi !

Malgré tout, les connaissances sur la biodiversité de ce territoire sont encore très parcellaires et les découvertes à faire encore nombreuses. La Guyane est également l’espace français après Mayotte dont la croissance démographique humaine est la plus forte – nécessitant des infrastructures, principalement sur le littoral, de plus en plus écrasantes pour les habitants humains autochtones 8 et non humains. Ces deux facteurs conjugués, à savoir le manque de connaissances naturalistes sur ce département et la pression humaine croissante, justifient, plus que jamais, de réaliser des inventaires de cette biodiversité.

C’est l’une des missions que s’est fixée depuis 2017 Vigilife – un consortium international de partenaires publics et privés –, à laquelle je participe activement. Réuni pour faire face à l’ampleur et à la rapidité de l’érosion de la biodiversité, Vigilife se donne pour objectif d’accélérer et de faciliter les inventaires à travers le monde 9. Il vise à créer un « observatoire mondial du vivant » en s’appuyant sur des technologies avancées, comme l’analyse de l’ADN environnemental, pour étudier et surveiller la biodiversité avec une précision et une efficacité accrues. Cet observatoire est alimenté par des programmes qui collectent des données rendues ensuite publiques sur une plateforme Internet. Les données peuvent ainsi être exploitées par des ONG, des instituts de recherche ou encore des décideurs dans une optique de protection du vivant. Les fleuves sont depuis toujours des lieux d’une vitalité exceptionnelle et le sont encore plus dans le contexte d’aridification et de chaos climatique global que nous connaissons. Ils font à ce titre l’objet d’un programme spécifique de Vigilife, appelé « fleuves sentinelles ». Le fleuve Maroni en fait partie, au même titre que le Rhône, le Danube ou encore le Zambèze.

À l’évocation du Maroni, je me replonge immédiatement dans mes lectures du romancier Colin Niel et des aventures qu’il nous fait partager au cœur de la Guyane.

À cette heure matinale, le fleuve dévoilait une ambiance singulière. La canopée de la rive surinamienne baignait dans une brume laiteuse, agrippée comme un paresseux aux feuillages. Des bruits de moteurs provenaient de tous côtés. Le chant rauque des singes hurleurs résonnait dans le lointain. Le Maroni, tel un animal aux innombrables organes, s’éveillait lentement 10.

Cette description poétique du Maroni rappelle les défis et la beauté sauvage de la région, des éléments qui ont inspiré notre propre mission.

Novembre 2021, l’expédition part pour dix-huit jours depuis Saint-Laurent-du-Maroni en Guyane, avec à son bord une équipe de naturalistes. L’objectif ? Inventorier, grâce à l’étude de l’ADN environnemental, le vivant dans son ensemble, depuis les procaryotes jusqu’aux vertébrés, en passant par les bivalves. Il ne s’agit plus de s’arrêter à ce qui est rare. En 2017, le fleuve Maroni avait déjà fait l’objet, avec cette technique, d’une première expédition pilote portée par le laboratoire Évolution et diversité biologique de l’université Toulouse III-Paul Sabatier et Vigilife. Pas moins de quatre publications scientifiques 11 ont été produites grâce à cette première mission, témoignant de l’importance et du nombre des découvertes réalisées. Cette fois, il n’est plus question d’évaluer l’intérêt de cette technique mais bien de réaliser cet inventaire de manière standardisée sur les 600 kilomètres du fleuve. Personne n’avait jamais fait un inventaire aussi exhaustif sur un fleuve aussi grand. Une première mondiale !

Comment cela a-t-il été réalisé ? La mission a été découpée en deux périodes. Une première début novembre 2021 sur la partie aval de l’estuaire jusqu’à Maripasoula, avec une seule pirogue de grande taille. L’équipe se compose alors d’écologues, de chercheurs, d’hydrobiologistes et d’un piroguier. Dix-neuf sites sont échantillonnés pendant quatre jours.

Lors d’une deuxième période, mi-novembre, l’inventaire se poursuit vers l’amont du fleuve Maroni avec comme objectif de remonter le plus haut possible. C’est une équipe renforcée qui repart, ajoutant ainsi une deuxième pirogue pour des raisons de sécurité et pour optimiser le rythme des prélèvements. La remontée se fait sous la pluie une bonne partie du temps, ce qui facilite néanmoins le passage des sauts – affleurements de la roche dans le fleuve, générant des rapides – en raison du niveau d’eau plus élevé qu’attendu à cette période. Les nuits se passent en bivouac dans la forêt rivulaire : feu de bois pour cuisiner et hamac entre deux arbres pour dormir. Les traditionnels carbets ont disparu du paysage depuis quelques jours déjà, témoignant de l’éloignement de la civilisation vivant sur le littoral.

Cinquante-sept sites sont ainsi échantillonnés, soit un prélèvement tous les 10 kilomètres. Ce prélèvement se fait par pompage de chaque côté de la pirogue en réalisant lentement des transects berge à berge de manière à intégrer au maximum les conditions environnementales sur chaque site et être le plus représentatif possible du milieu. Le pompage des 30 litres d’eau nécessaires requiert trois éléments : une crépine, un filtre et une pompe. La crépine consiste tout simplement en un préfiltre pour stopper les plus gros éléments telles des petites branches ou des feuilles. Elle est installée dans l’eau, au bout d’un tuyau. Le filtre ? Il ne s’agit pas de n’importe lequel puisqu’il fait une dizaine de centimètres de haut et contient à l’intérieur une membrane d’une porosité de 0,45 micron adaptée à ce contexte aquatique. Et enfin une pompe péristaltique, reliée à un tuyau, pour amener l’eau dans le filtre. Les molécules d’ADN sont ainsi retenues grâce à la membrane. Il ne reste plus qu’à y ajouter une solution permettant la préservation de l’ADN à température ambiante.

Au moment où j’écris ces lignes, il est encore difficile de mesurer l’étendue des résultats 12. Cependant quelques chiffres clés permettent de comprendre en quoi l’ADN environnemental permet de réaliser rapidement des inventaires à large échelle et sur un temps très court. Prenons le cas des mammifères. En Guyane, comme dans de nombreux pays, ces êtres vivants sont souvent nocturnes et très discrets. A fortiori dans un contexte où ils sont chassés et braconnés 13, comme c’est le cas dans ce territoire. Hormis les mammifères marins, la Guyane abrite 189 espèces de mammifères dont une large majorité de chauves-souris, environ 100 espèces. Combien avons-nous alors détecté de mammifères ? 60 % des espèces connues pour l’ensemble de la Guyane en une campagne sur le Maroni ! Les résultats ne se sont pas limités aux espèces aquatiques : l’ensemble des mammifères habitant les différents milieux a été détecté. Pour bien le comprendre, je vais essayer de l’illustrer avec un groupe que j’affectionne particulièrement, les chauves-souris. Dans nos prélèvements, plus de 40 % des espèces de mammifères identifiées par ADNe sont des Chiroptères. Ces mammifères volants ne fréquentent le Maroni que pour chasser des proies, boire ou se déplacer en le survolant. Laissant ainsi quantité de molécules d’ADN dans l’eau, que nous retrouvons ensuite dans les filtres. Nous comprenons bien ici que les chauves-souris ne sont pas inféodées au milieu aquatique comme pourra l’être une Loutre géante.

Enfin, toujours dans ce groupe des mammifères, une nouvelle espèce de chauve-souris a été détectée pour la Guyane. Bien qu’attendue par les experts locaux des Chiroptères en raison de sa présence dans les pays limitrophes, sa présence n’avait pu jusqu’alors être confirmée par les méthodes traditionnelles comme la capture. Un autre exemple assez marquant est la détection, là aussi d’une espèce qui n’est en rien aquatique, un Opposum très rare en Guyane : Hyladelphys kalinowskii. On ne sait rien sur lui, le répertorier constitue déjà une avancée. Décrit en 1992 par Philip Hershkovitz, un mammalogiste américain, ce marsupial n’a fait l’objet jusqu’alors que de très rares observations au Brésil, au Pérou et en Guyane française. Enfin, la totalité des espèces de primates, soit 8 espèces hors humains, depuis le commun Singe-écureuil Saimiri sciureus, en passant par le Singe hurleur roux Alouatta seniculus, jusqu’au rare Saki satan Chiropotes satanas, ont été retrouvées pendant la mission grâce aux molécules d’ADN !

L’arrivée au laboratoire

À ce stade, nous entrons dans le cœur méthodologique de l’ADN environnemental. Ce passage apporte des précisions essentielles sur les aspects techniques du processus, pour ceux qui souhaitent aller plus loin. Chacun est libre d’aborder ces pages à son rythme, selon sa curiosité et son envie d’approfondir.

Les échantillons collectés sur le Maroni commencent un tout autre voyage lorsqu’ils parviennent au laboratoire. Ils sont généralement expédiés dans un simple carton, aux dimensions d’une valise – environ 60 cm × 40 cm × 30 cm. À première vue, rien ne le distingue de centaines d’autres. Il ne révèle ni sa valeur ni son contenu. Seule la provenance inscrite sur l’étiquette laisse deviner la précieuse cargaison qu’il renferme. À l’intérieur, une cinquantaine de filtres rangés dans des boîtes, alignés à la verticale, attendent d’être décryptés. Ces filtres ne montrent rien des informations qu’ils contiennent : pas un être « vivant » visible à l’œil nu. Pourtant, il y a quelques semaines, ils capturaient le paysage moléculaire du Maroni. En les observant, il est facile d’imaginer le Piauhau hurleur Lipaugus vociferans lançant son cri rauque pour saluer les naturalistes sur la pirogue, le vol flamboyant d’un Ara rouge Ara macao traversant les rives ou encore la Loutre géante Pteronura brasiliensis glissant silencieusement à la recherche de Cichlidés ou de Carassins.

Au laboratoire, la température froide et contrôlée de la pièce tranche nettement avec la chaleur humide des rives tropicales. Tout est réglé avec une précision méticuleuse. L’improvisation et l’aléa n’ont plus leur place. Chaque étape, millimétrée, est le résultat de quinze années d’expertises, de recherches, d’échecs, de réussites et d’innovations, illustrant le soin apporté à l’analyse de ces précieux échantillons.

Une fois le colis réceptionné, avant toute chose a lieu la vérification du matériel reçu : l’état des filtres, les numéros de chaque filtre – sous forme d’un identifiant unique – comparés avec la liste des échantillons. Le partenaire est averti de la bonne réception et de l’état des échantillons. En effet, il y a là le fruit de plusieurs jours de terrain – dans des conditions pas toujours faciles, parfois même épiques. Chaque filtration est porteuse d’espoirs immenses, symbolisant la possibilité de découvertes significatives. Il n’est donc pas utile que je précise plus encore à quel point ce message est important pour l’équipe partenaire. L’attente des résultats, qui prendra quelques semaines, est toujours interminable tant les ambitions et les espoirs sont grands. Nous espérons découvrir de nouvelles espèces 14, comprendre mieux les écosystèmes, et apporter des connaissances cruciales pour la conservation. Cette attente est marquée par une impatience fébrile, chaque membre de l’équipe imaginant déjà les révélations potentielles que ces échantillons pourraient contenir.

Les échantillons peuvent désormais être programmés dans le planning pour passer en analyse. Ce n’est pour eux que le début d’un long parcours de pistage dans les différentes salles de laboratoire. Sept grandes étapes sont nécessaires pour rendre « visibles » ces brins d’ADN, sept étapes avant de pouvoir les faire exister en les nommant.

La mise en tube : c’est la première de ces étapes. Les échantillons vont alors dans une salle dédiée, avec des conditions particulières de circulation de l’air – une surpression empêchant l’air extérieur 15 d’entrer dans la salle. L’air est ainsi ultra-filtré, évitant le passage de molécules d’ADN extérieures. Sont requis surchaussures, chaussures de laboratoire, blouse, charlotte, gants, le tout à usage unique pour éviter toute contamination avec l’extérieur. Tout objet arrivant dans cette salle est dûment décontaminé de l’ADN présent à sa surface.

Les odeurs froides et aseptisées de javel qui règnent dans cette pièce sont comme une antithèse à celles des humus des forêts tropicales. Le blanc des murs et de la paillasse s’opposent totalement au vert du feuillage d’un Fromager Ceiba pentandra. À cette étape, les molécules d’ADN sont détachées dans la membrane du filtre. Celui-ci est secoué pendant quelques instants pour faciliter leur transfert dans la solution tampon. Cette dernière est optimisée pour la conservation de l’ADN à température ambiante. Elle a aussi pour rôle de détruire les membranes des cellules éventuellement encore intactes à ce stade de la manipulation, afin de libérer l’ADN qu’elles contiennent. Le filtre est ensuite vidé pour récupérer la solution tampon qui contient l’ADN, qui est à ce stade sous des formes variées – accroché à de la matière organique, sous une forme libre ou encore emprisonné dans un noyau cellulaires. La solution tampon contient aussi des lipides (provenant des membranes cellulaires), des protéines, des organismes unicellulaires, des matières en suspension… À l’instar des cabinets de curiosités, tout est mélangé. Il ne s’agit encore que d’une pièce remplie d’énigmes à décrypter.

L’extraction de l’ADN : L’objectif est à cette étape de n’avoir plus que l’ADN, un ADN purifié. Pour cela, des kits spécialisés permettent de fixer l’ADN sur de la silice – qui est utilisée pour son fort pouvoir d’absorption. Plusieurs lavages sont réalisés, puis une élution 16 permet de détacher l’ADN de la silice. L’extraction terminée, les molécules d’ADN sont théoriquement pures et sous une forme libre – elles ne sont plus enfermées dans les noyaux. Elles se trouvent dans une petite goutte de 200 µl de liquide aussi transparent que de l’eau, au fond d’un petit tube en plastique d’une contenance de 1,5 ml. Au début de cette étape, il y avait 80 ml de solution tampon et maintenant c’est un volume de 200 µl qui reste : l’ADN est ainsi 400 fois plus concentré que dans le filtre de départ !

L’amplification de l’ADN : L’accès à la salle dédiée à cette étape requiert des précautions maximales. L’ADN étant en quantité tellement faible, il est indispensable de le multiplier pour l’observer. Comment multiplie-t-on de l’ADN ? En ajoutant des amorces, des petits fragments d’ADN – en général environ 30 à 40 paires de base. Ces amorces vont reconnaître la zone à multiplier de la molécule d’ADN qui nous intéresse, elles ont été conçues à cet effet. Cette zone est par exemple un morceau de gène intéressant pour l’identification des poissons. On ajoute aussi une enzyme, la polymérase, qui reconnaît les amorces lui servant de point de départ pour fabriquer le brin complémentaire d’ADN. Enfin sont ajoutés en même temps des nucléotides libres pour permettre cette fabrication. L’enzyme réalise cette synthèse un grand nombre de fois, pour pouvoir obtenir une grande quantité du fragment d’intérêt, c’est-à-dire des fragments de l’espèce ou des espèces qu’on recherche. L’ADN est à ce stade amplifié mais il reste cette fois des enzymes, des nucléotides libres, des fragments d’ADN, etc.

La purification : De nouveau, l’objectif est de nettoyer l’ADN amplifié. C’est ce que l’on nomme la purification. Le travail à réaliser est sensiblement le même que pour la phase d’extraction dans une version simplifiée puisqu’il y a moins de lavages. Silice et élution nous permettent d’obtenir les fragments d’ADN propres sous forme libre. Comme pour la plupart des étapes, cette « manip » – comme on dit dans le jargon des laborantins – se fait généralement en binôme afin de rendre l’exécution de la tâche plus agréable. D’autant qu’aucune des traces moléculaires à analyser ne peut émettre les vocalises si spectaculaires de la Coracine chauve Perissocephalus tricolor ou de la bruyante Ortalide motmot Ortalis motmot. C’est un autre type d’écosystème, fait de compétences, de technicité, d’humains attentifs et passionnés dans l’accomplissement de leur tâche.

La préparation de librairie d’ADN : C’est la dernière étape avant le point culminant qui est le séquençage. Pour séquencer, l’utilisation de machines spécialisées nécessite que les échantillons soient conditionnés d’une certaine façon : c’est ce que l’on nomme la « préparation de librairie ». Certaines machines sont capables de lire les différents nucléotides qui composent le fragment d’ADN. Toutefois, elles ont besoin d’avoir l’ADN sous un format particulier. Des morceaux d’ADN connus sont donc ajoutés aux fragments d’intérêt. À ce stade, il n’y a plus que les fragments d’intérêt. Une extrême concentration est de mise, on ne peut s’empêcher de fantasmer sur l’ADN de toutes ces espèces qui pourraient se trouver dans ces échantillons mais qu’on ne voit jamais dans toute leur vitalité. Ce privilège est réservé aux naturalistes explorateurs.

Le séquençage : C’est le climax de l’analyse de l’ADNe : le passage du biologique au numérique. Pour parvenir à cette étape, il est nécessaire de préparer l’ADN pour qu’il respecte le formalisme demandé par la machine. Grâce aux librairies ajoutées à l’étape précédente, la machine – un séquenceur – peut lire les différents nucléotides qui composent les fragments d’ADN. Un peu comme un CD dans une chaîne hi-fi. Un fichier texte avec plein de A, T, C, G – les bases nucléotidiques. Des gigas de données par run, c’est-à-dire par session de séquençage. Parfois jusqu’à 15 gigas. Le séquenceur est capable de lire 100 millions de séquences, soit une centaine de filtres, en même temps ! 500 000 séquences par échantillon en moyenne.

La bio-informatique : C’est la dernière grande étape avant la transmission des résultats. Terminé le laboratoire. Place aux longues minutes, parfois des heures, devant l’ordinateur. Moi qui me plaignais du mal de tête que j’avais en scrutant avec la longue vue les limicoles camarguais, là c’est autre chose encore. Les gigas de données récupérés du séquenceur sont analysés par un logiciel informatique, dédié à cet effet. C’est un outil sophistiqué, capable d’attribuer chaque séquence à un projet et à un échantillon spécifique, tout en filtrant efficacement les erreurs telles que les faux positifs, les faux négatifs et les erreurs de séquençage. En comparant ces séquences aux bases de référence 17, il est possible d’identifier l’espèce à laquelle elles appartiennent. Après quelques dernières vérifications pour assurer la cohérence des résultats avec la taxinomie et l’écologie des espèces, les résultats tant attendus sont obtenus. Ils sont ensuite partagés avec l’équipe, un moment particulièrement apprécié pour les projets les plus exotiques. Ces projets offrent une échappatoire, un moyen de voyager par procuration à travers des écosystèmes lointains, apportant une touche de nouveauté qui tranche agréablement avec le quotidien. Une fois ce partage effectué, les résultats sont envoyés aux partenaires. Étonnamment, bien que les espèces ne soient pas physiquement présentes dans notre laboratoire, la simple évocation de leurs noms dans les tableaux de résultats invite à une certaine rêverie parmi les membres de l’équipe. Une sorte de lien invisible se crée entre le technicien et le Jaguar Panthera onca ou le Tapir terrestre Tapirus terrestris qui arrivent des profondeurs de la forêt guyanaise. Je suis d’ailleurs toujours surpris, mais aussi rassuré, lors des entretiens d’embauche des futurs collaborateurs, que dans la très grande majorité des cas les candidats évoquent spontanément ce goût pour le « monde sauvage ».

Les résultats se présentent sous la forme d’une liste d’espèces, rappelant les carnets de terrain de mon enfance, en mieux écrits. Toutefois, ces espèces, inconnues de tous, ne pouvaient être révélées sans ce processus long et complexe, alliant chimie, haute technicité, savoir-faire, biologie moléculaire et informatique. Ce subtil mariage de disciplines permet de dévoiler les secrets cachés au cœur des échantillons, révélant des mondes invisibles qui, autrement, resteraient à jamais inconnus…

L’ADN environnemental, une ontologie figurative
de l’hypothèse Gaïa ?

James Lovelock, en collaboration avec d’autres scientifiques, pose au début des années 1970 l’hypothèse que l’ensemble des êtres vivants forme un vaste superorganisme – Gaïa, du nom de la déesse grecque – capable notamment de maintenir l’atmosphère de la Terre pour répondre à ses besoins globaux 18.

En tant que biologiste, au premier abord cette idée entre en conflit avec la pensée darwinienne qui veut que les espèces évoluent sous la pression de l’environnement, et non l’inverse. Ces deux visions sont souvent confrontées lors de débats scientifiques contradictoires. À bien y réfléchir, je crois que nous pourrions les considérer comme complémentaires. Deux facettes d’un même phénomène. D’un côté, Darwin se concentre principalement sur les mécanismes évolutifs à l’échelle des individus ou d’une population. De l’autre, Lovelock observe les mécanismes de rétroactions et leur environnement à l’échelle planétaire. La façon de porter le regard n’est pas la même. En tant que naturaliste, chaque exploration attire mon attention sur tous les êtres vivants « visibles » ou « audibles ». Qu’il s’agisse de plantes, de mammifères ou d’arthropodes, je les consigne méticuleusement dans mes carnets et mes bases de données. Je peux identifier certaines espèces instantanément d’un simple coup d’œil. Parfois, il me faut les documenter plus en détail en prenant des photos, des mesures, ou en revenant ultérieurement pour les identifier à l’aide d’ouvrages spécialisés ou de conseils d’experts. Mais appréhender la totalité du vivant est une tâche bien au-delà de mes sens, aussi aiguisés soient-ils. Essayez, dans votre jardin ou dans un parc à proximité de chez vous, de faire l’inventaire des oiseaux, en même temps que celui des insectes, des plantes et des reptiles. Vous verrez vite la difficulté de la tâche…

Observer l’ensemble des formes de vie à l’œil nu ou à l’oreille est tout simplement impossible. Pourtant, lorsque la patience ou la chance me permettent de capturer un instant, je deviens témoin d’interactions qui révèlent la complexité du vivant : par exemple, un Bourdon terrestre Bombus terrestris attiré par la splendeur d’une Ophrys jaune Ophrys lutea. Je suppose alors que la forme et la couleur de cette fleur exercent une attraction visuelle, tout comme elles le font pour moi. Mais ces apparences suffisent-elles à expliquer une connexion si précise entre deux êtres vivants si différents ?

La réponse, bien sûr, dépasse cette simple hypothèse. Ce type d’interaction, à première vue évidente, recèle une profondeur insoupçonnée lorsqu’on y regarde de plus près. En 2019, deux chercheurs américains ont révélé un aspect méconnu mais essentiel de cette relation entre plantes et pollinisateurs : les microbes 19. Ces micro-organismes, invisibles à l’œil nu, jouent un rôle central dans la communication entre les fleurs et leurs visiteurs. En plus des couleurs et des odeurs émanant des plantes elles-mêmes, des bactéries présentes sur les corolles influencent directement l’odeur perçue par les bourdons. Avant même de toucher ou de visiter une fleur, ces pollinisateurs jugent sa qualité grâce à l’odeur modifiée par les procaryotes.

Cette découverte redéfinit notre perception de ce que nous appelons le « mutualisme ». Loin d’une simple relation entre deux espèces visibles, ces interactions incluent des réseaux invisibles, complexes, où les microbes agissent comme des médiateurs. Ils relient le visible et l’invisible, révélant une dimension fascinante de la biodiversité. En tant que naturaliste, ces vivants invisibles incarnent une vérité essentielle : notre perception du monde, confinée aux limites de nos sens, ne fait qu’effleurer la complexité et l’interdépendance des écosystèmes. Ces bactéries, souvent reléguées à l’insignifiance dans notre compréhension intuitive, se révèlent pourtant être des actrices fondamentales, tissant des connexions subtiles mais décisives au sein du vivant. Cette observation souligne une leçon essentielle : appréhender la vie dans sa globalité exige de dépasser les évidences sensorielles pour saisir les mécanismes invisibles qui structurent les écosystèmes.

Ce n’est probablement pas pour rien que Lynn Margulis, une célèbre microbiologiste, a soutenu Lovelock et contribué très tôt à l’hypothèse Gaïa. Dans Microcosmos, elle écrit :

Parce que le microcosme échappe à l’œil nu, nous avons tendance à minimiser sa signification. Pourtant, des trois milliards et demi d’années où la vie a existé sur Terre, l’histoire entière de l’humanité, des cavernes aux gratte-ciel, ne représente même pas 1 %. Non seulement la vie a pris naissance sur la Terre très tôt dans l’histoire de la planète, mais pendant les deux premiers milliards d’années, celle-ci fut habitée uniquement par des micro-organismes bactériens. En fait les bactéries et leur évolution sont si cruciales que la division fondamentale entre les formes de vie sur Terre ne réside pas entre les plantes et les animaux comme on le croit communément, mais entre les procaryotes – les organismes composés de cellules sans noyau, c’est-à-dire les bactéries – et les eucaryotes – toutes autres formes vivantes 20.

Ce monde nous a été inaccessible pendant longtemps. Comment Darwin aurait-il pu imaginer un tel monde sans les outils technologiques aussi performants que ceux que nous utilisons aujourd’hui ? Il n’était tout simplement pas possible de mesurer et de montrer à quel point tous les êtres vivants sont interconnectés, et que ce qui semble être le libre arbitre est possiblement influencé par d’autres êtres vivants.

Grâce aux avancées techniques et technologiques, cette interconnexion entre les visibles et les invisibles devient évidente à chaque sortie du séquenceur. Des millions de lettres d’ADN se révèlent, dévoilant les secrets cachés.

Les images sorties du séquenceur, composées de quatre lettres, visibles sur un écran, nous incitent à adopter une vision du monde différente, dont voici un exemple pour vous donner une idée. Chaque ligne est une séquence génétique correspondant à une espèce différente :

TTTATGCAGCCCGCCCGTCACTCTCCTCCTTCTTACGCTTTTGATAAAGTAAATTCCTGTCATAACAACTCAGTTTGCAAAAGACTCCATAAAGTGGTGT

TGTTCGTACGCCGCCCGTCACCCTCCTCAAGTATACTTCAAAGGACATTTAACTAAAACCCCTACGCATTTATATAGAGGAGACAAGTCGTAACAACTTA

CCATAGCGGTGTACGCTTACCATGTTACGACTTTTCACCTTTCGAGCTTAGCATCTTATAAGAAATAACCTAATTGGTGTATTTTCCATTTCCCTTCCTC

CTCGAGCCGCCCGTCACCCTCCTCAAGTAAAAACTTCACACATAATCATATTAACTATACCAAAACACGAGAGGAGATAAGTCGTAACAAGGTAAGCATA

Philippe Descola suggère que certaines formes figuratives, telles que la pictographie, le graffiti ou la caricature, se manifestent de manière universelle, transcendant les ontologies locales 21.

Est-ce que ce que j’observe pourrait être qualifié d’ontologie figurative universelle du vivant ? Je le suppose.

À travers cette idée, je propose de considérer le code génétique comme une figure universelle, non pas visible au sens strict, mais inscrite profondément dans les structures du vivant. Ces séquences, même si elles ne sont pas immédiatement figuratives comme peuvent l’être des images ou des symboles, représentent des archétypes de la vie, un ensemble de formes fondamentales partagées par toutes les espèces. Si les figures visuelles de Descola sont universellement reconnaissables par les humains, alors les séquences génétiques pourraient être perçues comme des schèmes du vivant définissant et unissant le vivant dans une ontologie partagée. Les lettres du code génétique, nécessitant un décryptage technique – comme décrit plus haut –, transcendent néanmoins les spécificités culturelles ou biologiques et se retrouvent au cœur de chaque être vivant. Les séquences génétiques pourraient être envisagées comme des expressions fondatrices de l’ontologie du vivant, des motifs fondamentaux de la vie elle-même, inscrits dans les structures de l’ADN et unissant les espèces dans un langage partagé de la vie.

Plutôt que de segmenter la réalité, elles révèlent une imbrication totale des vies, où chaque entité est intimement liée aux autres. Surtout il me semble que cela appuie l’hypothèse de cet ensemble que propose Lovelock. Au cœur de cette intrication, l’être humain perd sa centralité. Quelques lettres latines universelles, comme les autres vivants. Que j’observe une bactérie, un oiseau, une plante ou un humain, je vois une suite de lettres et quelques variations. Chaque espèce n’est qu’une partie d’un tout plus vaste, conférant une signification nouvelle à l’idée de la Terre comme superorganisme. Cette perspective souligne une interdépendance inconditionnelle entre tous les organismes, indépendamment de leur physicalité ou de leur intériorité, rendant cette idée enfin visible.

Ce décentrement peut-il être poussé encore plus loin ? Pouvons-nous envisager de symétriser 22 notre regard sur le reste du vivant et imaginer une collaboration active avec tous les êtres vivants pour enrichir nos connaissances ? Cela pourrait aboutir à une alliance et créer une communauté naturaliste non anthropocentrée, où chaque forme de vie participe à sa manière.

1. James Lovelock, La Terre est un être vivant. L’hypothèse Gaïa, Flammarion, 1999.

2. Georgina M. Mace, Hillary Masundire, Jonathan Baillie, et al., « Chapter 4 : Biodiversity », in Rachid Hassan, Robert J. Scholes, Neville Ash (dir.), Ecosystems and Human Well-being : Current State and Trends, Island Press, 2005, p. 77-122.

3. José Antonio González-Oreja, « The encyclopedia of life vs. the brochure of life : exploring the relationships between the extinction of species and the inventory of life on Earth », Zootaxa, vol. 1965, 2008, p. 61-68.

4. Terry L. Erwin, « Tropical forests : their richness in Coleoptera and other arthropod species », The Coleopterists Bulletin, vol. 36, no 1, 1982, p. 74-75.

5. Alain Dubois, « Zoological nomenclature in the century of extinctions : priority vs. “usage” », Organisms Diversity & Evolution, vol. 10, no 3, 2010, p. 259-274.

6. Pedro Cardoso, Terry L. Erwin, Paulo A. V. Borges, Tim R. New, « The seven impediments in invertebrate conservation and how to overcome them », Biological Conservation, vol. 144, no 11, 2011, p. 2647-2655 ; Leandro C. S. Assis, « Revisiting the Darwinian shortfall in biodiversity conservation », Biodiversity and Conservation, vol. 27, no 11, 2018, p. 2859-2875.

7. J’invite le lecteur à regarder des illustrations de ces espèces pour comprendre la comparaison.

8. Marine Calmet, Devenir gardiens de la nature. Pour la défense du vivant et des générations futures, Tana, 2021.

9. Plus de détails sur Vigilife

10. Colin Niel, Les Hamacs de carton, Rouergue, 2012.

11. Notamment : Opale Coutant, Cécile Richard Hansen, Benoit de Thoisy, et al., « Amazonian mammal monitoring using aquatic environmental DNA », Authorea, 24 octobre 2020.

12. L’analyse des données produites en expédition se fait souvent sur plusieurs années, avec l’aide de collaborations scientifiques, de doctorants, d’experts locaux (amateurs ou non). Cf. Vincent Prié & Sébastien Brosse, « Expédition Vigilife : Maroni 2021-2021. Rapport final », Office de l’eau Guyane / Vigilife, 2024.

13. Une des conséquences indirectes de l’orpaillage illégal. Mais pas seulement. La pauvreté et le manque d’opportunités incitent parfois les populations locales à braconner pour survivre, une activité alimentée par une forte demande internationale pour les animaux exotiques et leurs produits dérivés.

14. Il ne s’agit pas forcément de nouvelles espèces pour la science, mais pour le fleuve, ou pour la Guyane par exemple, et qui pourraient être déjà existantes dans une zone géographique limitrophe.

15. Air contenant des molécules d’ADN non désirées et risquant de contaminer les échantillons.

16. L’élution est une solution tampon qui va casser la liaison chimique – disons, une sorte de colle, pour schématiser – entre la silice et la molécule d’ADN.

17. Une base de référence est une collection de séquences d’ADN connues, associées à des espèces identifiées, qui permet de comparer et d’attribuer les séquences d’ADN issues des échantillons environnementaux à des espèces déterminées. Cette ressource est essentielle, car elle fait le lien entre biologistes moléculaires et taxinomistes, ces derniers fournissant des échantillons d’espèces formellement identifiés et validés. La qualité et la fiabilité de ces bases dépendent directement de l’expertise des taxinomistes, dont le travail minutieux garantit des correspondances précises et une meilleure compréhension de la biodiversité. En retour, ces bases enrichies deviennent des outils incontournables pour la recherche en écologie et la conservation, reliant le savoir traditionnel de classification à des approches moléculaires innovantes.

18. James Lovelock, op. cit.

19. Avery L. Russell, Tia-Lynn Ashman, « Associative learning of flowers by generalist bumble bees can be mediated by microbes on the petals », Behavioral Ecology, vol. 30, no 3, 2019, p. 746-755.

20. Lynn Margulis & Dorion Sagan, Microcosmos. 4 milliards d’années de symbiose terrestre, Wildproject, 2022.

21. Philippe Descola, Les Formes du visible, Seuil, 2021.

22 J’entends par symétriser ici l’idée d’un regard moins anthropocentré sur le vivant, où l’humain ne serait plus l’unique référence. Une manière donc d’envisager une relation de réciprocité avec les autres formes de vie, reconnaissant leur rôle et leur contribution dans la construction des connaissances.

Le peuple naturaliste

« L’activité naturaliste vient se loger dans un espace-temps précieux de l’existence, celui dont on dispose pour soi, que l’on cultive dans son domaine privé, et dont la valeur est grande car elle est la part que les hommes ne doivent qu’à eux-mêmes au moins dans l’imaginaire de la construction de soi 1. »

Vanessa Manceron

C’est au début des années 2000, dans un livre de Jean-Michel Renault, La Garrigue grandeur nature, que je découvre pour la première fois la fameuse Malmignatte Latrodectus tredecimguttatus. Encore jeune adolescent, je me plonge avec fascination dans cet ouvrage richement illustré, où plantes, insectes, reptiles, amphibiens et autres représentants de la faune et de la flore des garrigues du sud de la France sont photographiés en taille réelle, dans leur habitat naturel. Ces images nourrissent mon imaginaire et éveillent mon désir de découvrir, par mes propres moyens, chacune des espèces mentionnées. Bien qu’il ne s’agisse pas d’un guide technique comme le célèbre Guide ornitho, ce livre de vulgarisation destiné au grand public a été pour moi une source d’émerveillement et un moteur de curiosité inépuisable.

Revenons à ma fascination pour cette Theridiidae, comme Jean-Michel Renault la décrit :

Plus commune en Corse, où son nom signifie « mauvaise petite bête », cette petite araignée noire et luisante dont l’abdomen globuleux présente jusqu’à treize taches rouges ou orangées (dont une sur le dessous), est aussi appelée Veuve, parce que la femelle, deux fois plus grande (11 mm), trucide souvent le mâle après la copulation… La toile en forme de bonnet est cachée sous la végétation près du sol et retient de gros insectes qui ne survivent jamais au venin puissant de la Malmignatte. Présente localement en grand nombre dans les espaces découverts du Midi (Vaucluse, Hérault et Pyrénées-Orientales), surtout sous sa forme Lugubris (uniformément noire), cette espèce est la seule, avec l’espèce suivante [l’auteur présente la Malmignatte balafrée Steatoda paykulliana], à présenter un réel danger pour l’homme 2. Précisons qu’elle est considérée comme une sous-espèce de la funeste Veuve noire américaine 3…

Il ne m’en fallait pas plus. J’habite le Vaucluse et, en ce qui concerne les « espèces dangereuses » pour un humain, c’est plutôt tranquille d’ordinaire. Fouiner, prospecter dans la garrigue, j’ai l’habitude, je vais bien finir par tomber dessus. Il s’agit aussi d’une des espèces qui fait l’objet d’une longue description dans les Souvenirs entomologiques de Jean-Henri Fabre – célèbre naturaliste qui était établi à quelques kilomètres de chez moi 4. Mais je prospecte en vain. Pas l’ombre articulée d’un individu ! Même en Corse, ou lors de mes nombreuses explorations dans les pays du Maghreb, je n’en croise pas une seule. Il y a des espèces comme ça, dans la vie d’un naturaliste – vous ne savez pas pourquoi, mais elles vous échappent. Vous avez beau les chercher, elles restent insaisissables. De là à imaginer qu’elles vous fuient volontairement, il n’y a qu’un pas… ou qu’un fil.

C’est un ami naturaliste, héraultais, qui me remet sur sa piste, lors d’une discussion sur mes explorations en Algérie, en 2015. Je suspectais sa présence dans la région d’Aïn Témouchent, mais sans certitudes à ce moment-là. Après moult recherches bibliographiques et analyse des bases de données publiques, en réalité, je constate que cette espèce que je croyais commune ne l’était a priori pas tant que ça en France. Les mentions de cette espèce sont finalement assez rares, et très localisées. Cet ami m’informe ainsi qu’une petite population existe du côté du lac du Salagou, dans l’Hérault, et aussi très certainement non loin de Montpellier. Effectivement, quelque temps plus tard, je finirai par tomber sur elle, un peu par hasard, non loin du pic Saint-Loup en septembre 2016. Impossible de décrire la joie que cela m’a procuré. Bien supérieure à celle de l’obtention d’un diplôme, sans aucun doute. Tant de temps à y songer, à contempler des photos, pour enfin la débusquer entre une grosse pierre calcaire et une touffe de Thym Thymus vulgaris ! Je la retrouve ensuite, l’année suivante, dans le sud du Portugal, puis dans d’autres localités. Enfin elle ne se cachait plus de moi, me permettant de faire d’excellentes observations de cette magnifique espèce dans son habitat naturel. Quelle chance de pouvoir observer son comportement et certaines de ses habitudes de chasse. De reconnaître son sablier rouge ventral si singulier et sa toile en réseau assez caractéristique.

Toutes les araignées ne tissent pas des toiles pour chasser, par exemple sa voisine de roche calcaire, l’Érèse coccinelle Eresus kollari, préfère capturer les proies qui passent à sa portée. Mais dans l’ensemble, l’utilisation de soie pour s’alimenter est très largement répandue chez les Aranéides. Cette fibre naturelle protéique, extrêmement résistante, a d’autres fonctions que celle de pièges pour ces êtres vivants – si souvent et injustement craints par le Sapiens occidental. Comme celui de permettre de voyager en se laissant emporter par les vents, ou encore de s’abriter grâce à la construction de cocons protecteurs.

Une hypothèse fascinante émerge : et si, en plus de ces fonctions que je viens de citer, les toiles d’araignée pouvaient aussi être un formidable moyen d’inventorier toutes les espèces vivantes de son territoire ? Les araignées sont présentes dans presque tous les milieux, tous les écosystèmes. Les molécules d’ADN sont suffisamment volatiles pour se retrouver dans différentes matrices environnementales, donc pourquoi pas dans des toiles ?

Cette idée a été testée récemment par des chercheurs australiens, qui ont publié leurs résultats en 2024 5. Pour ce faire, ils ont prélevé des échantillons de toiles d’araignée à deux endroits en Australie. L’un des sites était le zoo de Perth, où la localisation des vertébrés est parfaitement connue. Ce cadre permet de tester l’efficacité de la méthode : si des molécules de Zèbres, qui n’existent pas naturellement en Australie, sont détectées dans les échantillons, cela prouve la précision de la méthode. Cela permet aussi de connaître l’impact du nombre d’individus sur les probabilités de capter des molécules (on sait forcément combien il y a de Zèbres dans le zoo). Ou de mesurer la distance que celles-ci peuvent parcourir et donc le niveau de détectabilité (car on sait aussi très précisément où sont les enclos des Zèbres). L’autre site connaît des conditions plus rustiques : une réserve de faune sauvage, mais non moins contrôlée car exempte de prédateurs et surtout clôturée. Dans les deux cas, la connaissance des vertébrés habitant les lieux est jugée très bonne.

C’est là que la sublime Latrodectus intervient de nouveau. Ce n’est pas la même espèce, puisqu’en Australie L. tredecimguttatus est absente, mais une proche cousine. Sa toile est collante, idéale pour attraper des proies, mais aussi hypothétiquement toutes les molécules d’ADN qui circulent dans l’air, a contrario d’une autre espèce du genre Badumna, qui, elle, a des soies ressemblant à de la laine, très efficace pour emmêler des insectes, un peu moins pour capturer de l’ADN.

Je peux affirmer que sa capacité d’inventaire est plutôt bonne, surtout pour les mammifères, puisque sur les 49 toiles collectées en février 2023, 49 % des espèces du zoo ont été identifiées, et 55 % dans la réserve de faune sauvage ! Et même 11 des 34 espèces d’oiseaux qu’accueille le zoo de Perth… Et ça sans jumelles. Je ne peux qu’être jaloux d’un tel résultat. Enfin, les naturalistes en herbe que sont les araignées de cette étude ont réussi à capter des molécules d’ADN d’Éléphant d’Asie Elephas maximus et de Girafe Giraffa camelopardalis jusqu’à pratiquement 200 mètres de distance.

Désormais, en regardant une Malmignatte dans sa toile, je pense aussi à toutes les molécules d’ADN des vivants qui l’entourent, prises dans ses filets, bien plus performants que les miens. Elle n’a pas seulement piégé ce qu’elle cherchait pour se nourrir, mais aussi ce qu’elle ne souhaitait pas : en l’occurrence le fameux éléphant qui se balance dans une toile d’araignée de la comptine pour enfants. Elle n’est plus simplement un objet d’admiration pour le naturaliste que je suis ; elle est désormais une alliée précieuse dans cette quête des vivants.

Et les plantes dans tout ça ?

« Observer un animal crée une tension, car nous savons à quel point cet instant est fugace ; observer une plante engendre la sérénité : c’est le temps lui-même qui apparaît. Sa croissance très lente, mais cependant perceptible avec de l’attention, nous permet de renouer avec le rythme temporel paisible qui était celui de notre enfance 6. »

Francis Hallé

Quand je pose la question autour de moi, dans un cadre familial ou professionnel : « Quelles sont les espèces disparues que vous connaissez ? », les premières réponses qui arrivent très rapidement sont le Dodo Raphus cucullatus, le Mammouth Mammuthus sp., le Tigre à dents de sabre Smilodon sp., le Diable de Tasmanie Sarcophilus harrisii, l’Auroch Bos primigenius. Pour les plus érudits, ils mentionnent le Grand Pingouin Pinguinus impennis, le Cormoran de Pallas Urile perspicillatus. Posez-vous la même question, il y a de grandes chances que le résultat ne diffère pas beaucoup. Bref, des vertébrés, et majoritairement des mammifères, au mieux des oiseaux. Les plantes à fleurs, qui représentent quand même un peu plus de 10 % de l’ensemble du vivant, ne sont pratiquement jamais mentionnées. Pourtant, un peu plus de 2,5 espèces végétales ont disparu chaque année au cours des deux cent cinquante dernières années, et à un rythme deux fois supérieur pour toutes celles décrites après 1900 7. Ces taux d’extinction pourraient être largement sous-évalués. Dans nos sociétés « modernes », les plantes sont donc globalement sorties du champ collectif de notre attention. Tout du moins nous n’y accordons pas autant d’intérêt qu’à la faune. Les explications sont nombreuses.

Les animaux jouent un rôle manifestement plus tangible et utilitaire dans notre quotidien. La poule nous offre ses œufs, la vache son lait, le cheval se prête aux loisirs et au débardage du bois, le mouton nous procure sa laine, parmi tant d’autres services. Ce lien utilitaire s’accompagne d’un sentiment de connexion et d’empathie plus immédiat, nous permettant de nous identifier plus aisément à un chien qu’à un pommier, aussi majestueux et nourrissant soit-il. Un simple regard échangé avec notre fidèle compagnon canin suffit à éveiller en nous l’impression profonde de comprendre ses émotions, et même qu’il partage les nôtres. Ce lien mystérieux et poignant transcende les mots, nous plongeant dans une communion silencieuse et intime, où chaque geste, chaque regard renforce notre sentiment d’appartenance à un univers partagé de sentiments et d’affection réciproque. « De l’aimer me suffit. Car, vois-tu, je ne saurai jamais s’il m’aime, jamais. Et aimer sans certitude de l’être en retour… je me demande si l’on ne tient pas ici la définition de l’amour véritable », écrit Cédric Sapin-Defour dans Son odeur après la pluie 8. Cette citation aurait-elle pu exister pour un être végétal ?

Il me semble que la perte des connaissances ancestrales sur le rôle des plantes est également une explication importante. Qui, de nos jours, connaît encore les propriétés de la Reine-des-prés Filipendula ulmaria, de la Mélisse Melissa officinalis ou de la Consoude Symphytum officinale, pour ne citer que quelques-unes des plus communes ? De plus, nous négligeons peut-être le fait que l’augmentation de la diversité végétale améliore non seulement le fonctionnement et la stabilité des écosystèmes, mais qu’elle atténue aussi les effets du changement climatique et amortit les conditions météorologiques extrêmes. Par exemple, une plus grande diversité végétale peut réduire les fluctuations de température et atténuer la sécheresse grâce à ses effets microclimatiques bénéfiques 9.

Le rôle de la culture, particulièrement à travers les livres de notre enfance, est indéniable. Il suffit que je regarde la bibliothèque de mes enfants pour m’en convaincre : ici un Petit Ours Brun, là encore P’tit Loup, Yakari avec Petit Tonnerre et Grand Aigle, Lili la chauve-souris, et des histoires de marmottes, de chamois et de tortues en abondance. Cependant, il n’y a aucune trace d’une histoire mettant en scène une Édelweiss Leontopodium alpinum, un Baobab Adansonia sp., ou une Droséracée. Je ne dois certainement pas être le seul à constater cette absence. Qu’en est-il dans la vôtre ? Ces choix éditoriaux reflètent et perpétuent une certaine vision du monde naturel, centrée principalement sur les animaux et négligeant souvent le règne végétal. Pourtant, les plantes jouent des rôles essentiels dans nos écosystèmes et nos cultures. Les récits pour enfants pourraient être un moyen puissant de transmettre ces connaissances botaniques et de sensibiliser les jeunes générations à l’importance de la flore dans notre environnement. En intégrant des histoires sur des plantes emblématiques comme celles que j’ai mentionné précédemment, nous pourrions enrichir l’imaginaire des enfants et leur offrir une vision plus équilibrée et complète du monde vivant.

De surcroît, les campagnes successives de sensibilisation à la biodiversité faites par les grandes ONG jouent probablement un rôle déterminant dans notre rapport aux vivants et à ce qui est rare ou menacé. Immédiatement surgissent des images de Pandas, de Lions, de Girafes, de Phoques, de rapaces, de Lynx, de Tigres… mais pas un seul être végétal ne me vient.

Serions-nous tous atteints de cécité ? Cette cécité théorisée par deux chercheurs 10 dans les années 1990 pour mettre en exergue l’incapacité que nous avons dans nos sociétés occidentales à remarquer les plantes autour de nous et leur importance dans les écosystèmes. Ce ne serait donc qu’un simple désintérêt, exacerbé par l’économie de l’attention qui est la nôtre. Les facteurs culturels jouent un rôle significatif dans l’explication de ce phénomène de cécité. Toutefois ils ne sauraient occulter totalement des fondements biologiques sous-jacents : les caractéristiques des plantes, telles que leur couleur parfois uniforme, leur mouvement imperceptible et leur absence de visage, captent moins l’attention de nous autres Homo sapiens. Si les plantes peuvent aussi adapter leur apparence pour se camoufler ou au contraire attirer des pollinisateurs, cela n’annule pas pour autant à nos yeux leur relative invisibilité cognitive 11.

Elles cherchent donc à se cacher de nous – on se demande bien pourquoi… Or, plus de 19 % des plantes vasculaires de France sont protégées par la loi – contre seulement 0,7 % des espèces de papillons, mais 66 % des mammifères ! Bien que protégées, sous l’influence de pressions comme les pollutions diverses et variées, la fragmentation et l’artificialisation des milieux, l’agriculture intensive, l’urbanisation, la fragmentation et la perte des habitats naturels, et les espèces invasives, les plantes déclinent. Deux autres facteurs influencent drastiquement la conservation des plantes. D’abord, le changement climatique car, en lien avec leurs préférences thermiques, de nombreuses espèces se sont déplacées sur les hauteurs (+ 29 mètres en moyenne par décennie). Mais aussi et surtout, une dépendance très forte aux pollinisateurs, puisque 78 % des espèces végétales en dépendent pour la reproduction 12. Ces deux derniers points sont confirmés en France par le suivi de 550 espèces communes 13.

C’est cette dépendance aux pollinisateurs qui a intéressé deux chercheurs danois, Philip Francis Thomsen et Eva E. Sigsgaard, en août 2017 14. Et si les plantes pouvaient nous aider à inventorier les pollinisateurs ? Les pollinisateurs laissent-ils des traces, des molécules d’ADN, de leurs passages ? D’une part nous pourrions accélérer les connaissances sur les arthropodes, en général difficiles à détecter, et d’autre part sans aucune intervention invasive 15.

Cette campagne d’inventaire a été menée sur l’île d’Amager, au sud-est de Copenhague, avec la complicité – plus ou moins volontaire – de 7 espèces de plantes (56 individus au total). Leurs noms ? Des « Composées » (Asteraceae : Centaurea jacea, Tanacetum vulgare, Eupatorium cannabinum, Solidago canadensis), des Ombellifères (Apiaceae : Daucus carota, Angelica archangelica) et une Boraginacée, la Vipérine commune Echium vulgare. Tout ce petit monde a été inspecté soigneusement avant la collecte, pour s’assurer qu’il ne subsistait pas d’animaux visibles sur elles. Puis seules les fleurs ont été stockées dans une boîte avec des blocs de glace immédiatement après l’échantillonnage et conservées à −20 °C jusqu’à l’extraction de l’ADN.

139 espèces d’arthropodes ont été retrouvées sur les plantes – dont 59 % qui étaient déjà des espèces connues sur la zone par les méthodes classiques d’inventaire. Parmi les plantes étudiées, c’est l’Angélique qui a remporté la palme du plus grand nombre d’espèces détectées, et la Vipérine commune qui a perdu ce concours auquel elle n’avait pas décidé de participer. En soi, le simple fait d’avoir réussi à retrouver autant d’invertébrés en si peu de temps et sans avoir besoin de mobiliser une myriade d’experts est déjà remarquable. Mais les informations les plus intéressantes ne se situent pas seulement à ce niveau.

Si je vous demande de citer un pollinisateur, vous pensez à qui ? Je parie sur une abeille ou un papillon de jour. En effet, en général, les études sur la pollinisation par les insectes se concentrent principalement sur les Hyménoptères (abeilles, bourdons, etc.) et les papillons diurnes, car ce sont les insectes les plus couramment associés à ce processus.

Cependant, les recherches présentées dans cette étude révèlent une plus grande diversité de familles et d’espèces parmi les Diptères et les Lépidoptères. Des pollinisateurs potentiellement importants mais peu étudiés, tels que certaines familles de mouches (Muscidae, Anthomyiidae, Chloropidae) et de papillons de nuit (Geometridae, Tortricidae), ont été identifiés. Bien que leur rôle de pollinisateurs soit reconnu scientifiquement, leur étude et leur identification restent complexes, ce qui suggère que leur importance est largement sous-estimée. Ces interactions entre plantes et insectes sont souvent peu connues, ces derniers constituant un petit peuple invisible révélé par les molécules qu’ils laissent derrière eux, hors de notre champ de vision. De plus, ces interactions pourraient aussi révéler des interactions entre insectes. Obtenir ces données sur le terrain est souvent très difficile, nécessitant de longues heures d’observation précise. En examinant plus en détail la liste des espèces associées à chaque plante, les chercheurs ont découvert une concordance intéressante : la présence simultanée d’un Hyménoptère parasitoïde Praon volucre et de son hôte, le Puceron farineux Hyalopterus pruni. Cette approche permet de dépasser la simple identification des espèces présentes, offrant une vue plus approfondie des interactions complexes au sein des écosystèmes.

Des alliances avec le vivant pour combler
notre déficit de connaissance ?

La restauration des cours d’eau altérés par les activités humaines représente un enjeu crucial à l’échelle mondiale. Chaque année, de nombreuses opérations sont menées avec des objectifs variés, tels que la réduction des risques de crue, l’amélioration de la qualité de l’eau, le soutien aux activités économiques dépendantes de ces écosystèmes et la sauvegarde de la biodiversité. Le changement climatique exacerbe considérablement la dégradation de ces milieux sensibles. Les températures plus élevées affectent fortement les plantes des fonds de vallée, adaptées à des climats frais et humides, augmentant le risque d’incendie. De plus, les précipitations plus intenses sur de courtes périodes entraînent des inondations plus fréquentes.

En 2021, deux chercheurs américains, Chris E. Jordan et Emily Fairfax, publient dans la revue WIREs Water un article intitulé « Beaver : The North American freshwater climate action plan ». Ils suggèrent que le Castor pourrait être « un élément clé du plan national d’action sur le climat », en raison de la force qu’ils représentent en Amérique du Nord, à savoir « 15 à 40 millions d’ingénieurs environnementaux hautement qualifiés 16 » ! Pour répondre à leurs besoins, ces « ingénieurs » vont modifier leur milieu de vie, essentiellement en construisant des barrages. Cette action aurait pour effet direct de ralentir l’eau, entraînant une succession de conséquences positives, telles que la réduction de l’érosion des berges, la diminution des particules sédimentaires en suspension et une augmentation de la rétention de l’eau dans la zone concernée. Il en découlerait assez rapidement la création de nouvelles zones humides, et une atténuation de la sécheresse et des inondations. C’est en ce sens que Jordan et Fairfax estiment que les Castors sont des éléments clés dans la lutte contre le changement climatique et que nous ne devrions pas travailler contre eux, mais plutôt avec eux.

Sur la base de cette idée et de cette publication, le philosophe et écrivain Baptiste Morizot développe son concept d’alliance avec les non-humains dans son livre L’Inexploré 17. Il ne s’agit évidemment pas d’une alliance au sens contractuel du terme, mais plutôt de l’idée d’une alliance objective. C’est-à-dire une coopération entre différentes parties, sans qu’elles aient a priori un objectif, une idéologie 18 ou des affinités en commun, qui se retrouvent à collaborer pour atteindre un objectif bénéfique à l’ensemble.

Il suggère ainsi que nous aurions un intérêt commun à travailler ensemble avec le « peuple Castor » afin de retrouver des faciès plus fonctionnels de nos cours d’eau et que ces actions répondraient aux conséquences du chaos climatique. Il me semble intéressant de concevoir les vivants non humains comme des partenaires dans une relation de sujet à sujet, remettant en question l’approche classique, qui les confine à une position d’objet à analyser. Si je tire le fil de ce concept, pourquoi ne pas l’étendre aux inventaires naturalistes ? Les araignées et les plantes que je donne en exemple ont bien largement contribué aux inventaires. Le niveau de connaissance des espèces et des milieux étant directement corrélé à l’attention et au niveau de protection que nous accordons aux vivants, il y a donc bien là aussi un intérêt commun. Une alliance objective. Une alliance où les vivants eux-mêmes deviennent les co-architectes d’une connaissance naturaliste qui transcende la seule observation humaine. Un peuple naturaliste composé d’Homo sapiens, d’Ombellifères et de Latrodectus… Ce collectif interespèces incarne une nouvelle manière d’appréhender la recherche et la conservation : non pas comme un acte unilatéral, mais comme une symbiose méthodologique et épistémique. Cette vision transforme les inventaires en une collaboration technique et écologique entre les êtres, tous engagés dans la préservation et la compréhension des réseaux complexes qui les relient.

Je pense également à une autre alliance – celle des scientifiques et des néophytes. Serait-il possible de faire participer chaque personne qui le souhaite à ces inventaires, sans connaissance préalable ? Là aussi nous aurions un moyen d’accroître plus rapidement le socle des connaissances du vivant.

1. Vanessa Manceron, Les Veilleurs du vivant, La Découverte / Les Empêcheurs de penser en rond, 2022.

2. D’après Alain Canard et Christine Rollard (À la découverte des araignées et autres arachnides, Dunod, 2022), la morsure de cette espèce ne seraient pas mortelle pour l’homme, mais provoquerait parfois de fortes réactions.

3. Jean-Michel Renault, La Garrigue grandeur nature, Les Créations du Pélican, 2000.

4. Voir : www.harmasjeanhenrifabre.fr/fr

5. Joshua P. Newton, Paul Nevill, Philip W. Bateman, et al., « Spider webs capture environmental DNA from terrestrial vertebrates », iScience, vol. 27, no 2, 2024, 108904.

6. Francis Hallé, Éloge de la plante. Pour une nouvelle biologie, Points, 2014.

7. Aelys M. Humphreys, Rafaël Govaerts, Sarah Z. Ficinski, et al., « Global dataset shows geography and life form predict modern plant extinction and rediscovery », Nature Ecology & Evolution, vol. 3, 2019, p. 1043-1047.

8. Cédric Sapin-Defour, Son odeur après la pluie, Stock, 2023.

9. Rémy Beugnon, Nolwenn Le Guyader, Alexandru Milcu, et al., « Microclimate modulation : An overlooked mechanism influencing the impact of plant diversity on ecosystem functioning », Global Change Biology, vol. 30, no 3, 2024, e17214.

10. James H. Wandersee, Elisabeth E. Schussler, « Preventing plant blindness », The American Biology Teacher, vol. 61, no 2, 1999, p. 82-86.

11. Ainara Achurra, « Plant blindness : A focus on its biological basis », Frontiers in Education, vol. 7, 2022, 963448.

12. J’ajoute quand même pour le lecteur curieux qu’avec le changement climatique et le déclin des pollinisateurs, certaines plantes adaptent leurs stratégies pour assurer leur reproduction. Des études montrent que les Ipomées ont augmenté la taille de leurs fleurs et la production de nectar et de pollen pour attirer davantage les pollinisateurs. Par ailleurs, de nombreuses plantes ajustent leurs périodes de floraison pour mieux correspondre aux cycles des pollinisateurs restants. Certaines espèces adoptent également des méthodes de pollinisation abiotique, telles que la dispersion par le vent ou l’eau, pour réduire leur dépendance aux insectes. Plus de details dans l’article suivant : Sasha G. D. Bishop, Shu-Mei Chang, Regina S. Baucom, « Not just flowering time : a resurrection approach shows floral attraction traits are changing over time », Evolution Letters, vol. 7, no 2, 2023, p. 88-89.

13. Gabrielle Martin, Nathalie Machon, Emmanuelle Porcher, « Flore ordinaire et changements globaux. Réponses des espèces communes vues par les sciences participatives », Le Courrier de la nature, numéro spécial, 2019.

14. Philip Francis Thomsen, Eva E. Sigsgaard, « Environmental DNA metabarcoding of wild flowers reveals diverse communities of terrestrial arthropods », Ecology and Evolution, vol. 9, no 4, 2019, p. 1665-1679.

15. Les méthodes pour étudier les insectes sont encore très souvent invasives : captures avec des filets, lampes pour les attirer, pièges létaux pour les capturer, insecticides…

16. Chris E. Jordan, Emily Fairfax, « Beaver : The North American freshwater climate action plan », WIREs Water, vol. 9, no 4, 2022.

17. Baptiste Morizot, L’Inexploré, Wildproject, 2023.

18. Sébastien Chauvin, « Les aventures d’une “alliance objective”. Quelques moments de la relation entre mouvements homosexuels et mouvements féministes au xxe siècle », L’Homme & la Société, no 158, 2005, p. 111-130.

À vos marqueurs, partez !

« La pierre n’a point d’espoir que d’être autre chose que pierre, mais de collaborer, elle s’assemble et devient temple. »

Antoine de Saint-Exupéry

Un peu plus de 8 centimètres, 10 si l’on compte son « sabre », plus de 15 centimètres avec ses antennes, de grandes pattes épineuses, entièrement vert, il s’agit du plus gros Orthoptère du continent européen et même d’un des plus grands insectes, ce qui lui vaut d’ailleurs le délicat surnom de « langouste de Provence » : la Magicienne dentelée Saga pedo en impose. C’est lors d’une prospection dans les Alpes-de-Haute-Provence, initialement à la recherche de la Vipère d’Orsini Vipera ursinii, que je l’observe pour la première fois. C’est un de ces êtres vivants qui marque encore aujourd’hui ma vie de naturaliste. Quelle émotion à la vue de cette « sauterelle » si singulière. Unique, elle l’est par bien des aspects. D’abord parce qu’elle se reproduit par parthénogenèse, c’est-à-dire sans avoir besoin de mâles – ces derniers étant a priori absents du continent européen. Je dis a priori, car le 14 juillet 2005 est découvert en Suisse pour la première fois un mâle ! Je me souviens très bien de cette nouvelle qui avait circulé dans les milieux naturalistes et particulièrement chez les orthoptéristes de l’époque. Elle avait fait l’effet d’une bombe. Y en avait-il d’autres ? Cela nous avait largement motivés à arpenter les zones connues pour héberger cette espèce, en espérant, nous aussi, trouver un mâle en France… Les hypothèses sont allées bon train pour expliquer cette observation originale. Existait-il une population avec reproduction sexuée de cette espèce en Suisse ? Ou ailleurs ? Ou était-ce un mâle « non fonctionnel », un gynandromorphe, comme cela se produit parfois chez certaines espèces de Phasmes ? Le suspense durera quelques années. Après analyse approfondie, c’est cette dernière hypothèse qui sera finalement retenue par des experts de Saga pedo. Dommage. Même après toutes ces années d’observation des vivants, je continue d’être surpris jour après jour de la diversité de comportements, de formes, qu’ils peuvent arborer…

Jusqu’à il y a très peu de temps, la Magicienne était considérée comme une espèce rare, ce qui lui a valu d’endosser le titre de seule espèce d’Orthoptère strictement protégée en Europe. Quelques sites Natura 2000 1 ont d’ailleurs été désignés en partie grâce à sa présence.

Entre 1870 et 1979, 11 individus ont été recensés en moyenne par décennie. Autrement dit, très peu. Au début des années 1980 jusqu’au tout début des années 2000, le nombre d’observations augmente, pour passer à une moyenne d’environ 9 données par an. Pas étonnant donc qu’elle soit évaluée comme rare.

Fin juin 2004, une abondance exceptionnelle d’Orthoptères est notée dans les garrigues montpelliéraines. La Magicienne dentelée ne fait pas exception à ce phénomène. Rapidement, les naturalistes de la région s’organisent pour comprendre l’ampleur de ce phénomène, largement relayé sur les listes de diffusion par courriels. Très vite les observations affluent sur cet insecte méconnu. Motivée par ces retours très positifs, l’idée de mettre en place une enquête dédiée à la recherche de la Magicienne prend forme et se développe sous l’impulsion de quatre structures – le réseau des entomologistes francophones Tela Insecta, Les Écologistes de l’Euzière, l’Observatoire naturaliste des écosystèmes méditerranéens (ONEM) et enfin le Muséum national d’Histoire naturelle de Paris –, chacune de ces structures apportant des compétences et des moyens complémentaires.

Il est alors question de mobiliser tout un réseau de naturalistes et de citoyens en quête de cette espèce. Un avis de recherche est lancé, incluant des outils permettant de la reconnaître sans risques de confusion, mais aussi des conseils pour la chercher ainsi qu’une plateforme pour saisir ses observations et les visualiser cartographiquement. Trois cent cinq témoignages sont ainsi collectés ! Mais ce n’est pas tout. Des observations sur sa répartition altitudinale, sur les différents stades larvaires, sur ses proies, ses prédateurs, les différents habitats fréquentés, etc., viennent parfaire les connaissances très maigres disponibles à ce moment-là. Fortes de ces résultats, ces structures porteuses d’enquête ne s’arrêtent pas là et les investigations se poursuivent largement l’année suivante avec plus de 300 personnes participantes, et 500 stations de localisation de l’espèce en France. L’espèce est en passe de devenir l’Orthoptère le mieux connu. Elle est aussi découverte cette même année dans un nouveau département français, les Hautes-Alpes, étendant ainsi l’aire de répartition connue jusqu’alors. En deux ans, le nombre de mailles de 10 kilomètres de côté où l’espèce est présente est multiplié par 4 et le nombre de témoignages par 9 ! C’est toute la force des sciences citoyennes. Chaque citoyen, qu’il soit scientifique de profession ou non, a la possibilité de contribuer activement à la découverte et à la production de connaissances. Il suffit d’un peu de volonté, et de temps…

La science participative poussée à l’extrême ?

« Explorer le potentiel de la science citoyenne extrême avec des étudiants danois utilisant l’ADN environnemental pour la surveillance marine » est le titre d’un article publié le 5 mars 2024 dans la revue Frontiers in Marine Science 2. Cet article relate une expérience de science participative fondée sur l’ADN environnemental. Bien que la participation de volontaires dans la collecte de données ADN ne soit pas une nouveauté – songeons par exemple à l’analyse de l’ADN dans l’eau pour étudier la répartition du Triton crêté Triturus cristatus au Royaume-Uni –, cette étude se distingue par son ampleur et le niveau d’implication des étudiants.

Depuis 2014, le projet DNA & Life au Danemark a impliqué plus de 10 000 étudiants dans des recherches en laboratoire sur l’ADNe. Ces jeunes scientifiques ne se contentent pas de collecter des échantillons d’eau comme c’est souvent le cas mais participent également à des analyses complexes, telles que la PCR en temps réel 3. Soutenu par le Muséum d’histoire naturelle du Danemark et l’université de Copenhague, ce projet, par sa nature complexe, a créé un lien fort entre chercheurs professionnels et futurs scientifiques. Au fil du temps, DNA & Life a innové en matière de science participative (d’où le terme d’« extrême ») et d’étude de l’ADN environnemental, établissant par amélioration continue une méthode fiable pour que les étudiants contribuent à la recherche sur la distribution des espèces marines. Les données recueillies sont d’une qualité équivalente à celles obtenues par des chercheurs spécialisés, ce qui est absolument remarquable au regard de la complexité de la méthode en laboratoire ! Le projet a également formé des partenariats avec des programmes gouvernementaux de suivi des espèces, intégrant ainsi les contributions citoyennes dans la science officielle.

Entre 2017 et 2023, DNA & Life s’est concentré sur la détection de diverses espèces marines à partir des traces d’ADN laissées dans l’eau de mer. Cinq espèces ont été particulièrement étudiées pour leur importance écologique et leur statut de conservation : Mnemiopsis leidyi, un plancton marin dont l’abondance fluctue avec les saisons et peut influencer la biodiversité marine ; Anguilla anguilla, l’Anguille européenne en danger critique d’extinction, nécessitant une surveillance pour comprendre ses migrations et le déclin de ses populations ; Neogobius melanostomus, le Gobie à taches noires, une espèce invasive suivie pour prévenir son impact sur les écosystèmes locaux ; et Alexandrium ostenfeldii, un plancton végétal surveillé pour protéger la santé publique en raison des toxines qu’il peut produire.

Le projet a également exploré de nouvelles façons d’impliquer les citoyens dans la science, en leur permettant de choisir leur niveau d’engagement et de participer potentiellement à l’analyse et à la publication des résultats, ce qui est exceptionnellement rare dans les sciences participatives. Cette approche, appelée « science citoyenne extrême », utilise l’ADN environnemental comme un moyen efficace et non invasif de surveiller les espèces difficiles à observer. Les résultats ont révélé des informations précieuses sur la distribution et l’abondance des espèces, essentielles pour une gestion de la conservation efficace. Malgré quelques défis, notamment pour les enseignants qui trouvent les méthodes de laboratoire parfois complexes, le projet ouvre la voie à une nouvelle forme de science participative, permettant une surveillance étendue de la biodiversité marine. De belles perspectives en vue.

Des citoyens engagés

Les sciences naturelles ont depuis longtemps bénéficié d’une approche collaborative. Autrefois, les sociétés savantes dépendaient largement des contributions de non-professionnels, qui travaillaient sur le terrain sans nécessiter de laboratoires coûteux. En France, le Muséum national d’Histoire naturelle de Paris publiait déjà des directives pour les voyageurs et les employés dans les colonies françaises. La dernière version, publiée en 1860 offrait des instructions détaillées sur la collecte, la préservation et l’expédition d’artefacts naturels, rédigées à la demande du ministre de la Marine et des Colonies. Aujourd’hui, cette tradition se perpétue grâce aux sciences citoyennes.

La « science citoyenne » est un terme aux multiples significations. Selon la définition de l’Association européenne de la science citoyenne (ECSA 4), elle désigne la participation volontaire de citoyens non scientifiques à des activités scientifiques. Ces citoyens collectent des données, les analysent et les partagent pour faire avancer la science, favorisant ainsi l’apprentissage mutuel et le transfert de connaissances. Cependant, l’une des principales limites des sciences naturelles reste la compétence en identification des espèces sur le terrain. Par exemple, identifier la Magicienne dentelée est relativement facile car elle est unique en son genre et les risques de confusion sont faibles. Sa recherche ne demande que de bonnes chaussures de marche et une lampe torche pour les observations nocturnes. Mais ce n’est pas le cas de tous les Orthoptères, qui sont parfois très compliqués à identifier sans un grand niveau d’expertise.

Les sciences naturalistes prennent de l’ampleur sous forme de collectifs citoyens proactifs comme nous l’avons vu plus haut, axés sur la veille écologique et la préservation de notre patrimoine naturel. Ces projets de science participative s’appuient fortement sur l’engagement bénévole pour la collecte de données, guidée par des protocoles rigoureux élaborés par des spécialistes. En France le programme « Science ensemble 5 » recense ainsi plusieurs dizaines de projets impliquant les citoyens, tels que « Sauvages de ma rue », ou encore le STOC-EPS – pour le « suivi temporel des oiseaux communs, par échantillonnage ponctuel simple ».

Mais parfois, même avec les outils de vulgarisation à notre disposition, le citoyen non expert se heurte à des difficultés de taxinomie. C’est le cas des poissons, pour lesquels ni la détermination sur le terrain ni les méthodes ou les autorisations nécessaires pour les étudier 6 ne sont chose aisée. Ainsi, contrairement aux outils traditionnels d’étude des poissons nécessitant une expertise taxinomique pointue, l’ADN environnemental offre une méthode plus accessible. La collecte d’échantillons, simple et directe, est à la portée de tous avec une formation minimale. Quelques heures pour devenir un préleveur dûment formé !

Il y a donc fort à parier que, dans les années à venir, cette méthode soit de plus en plus utilisée par des citoyens ou même des écoliers désireux de faire avancer la connaissance sur leur territoire. Une nouvelle force de frappe potentiellement très importante pour le futur…

Depuis le début de cet essai, je fais la démonstration de ce que nous pouvons inventorier ici et maintenant. Bien ancrés dans le présent – à quelques jours près. Mettons-nous à rêver. Serait-il possible de faire l’inventaire du vivant dans le passé ? De remonter le temps grâce aux traces d’ADN laissées par des générations de plantes, de mammifères, d’insectes ? C’est ce que vous allez découvrir maintenant.

1. Natura 2000 est un réseau de zones protégées en Europe visant à préserver la biodiversité en conciliant conservation des habitats et des espèces avec les activités humaines durables. Il repose sur les directives « Oiseaux » et « Habitats » de l’UE. Plus d’informations sur : « Explore Natura 2000 », BISE : Biodiversity Information System for Europe [en ligne].

2. Frederik Leerhøi, Maria Rytter, Marie Rathcke Lillemark, et al., « Exploring the potential of extreme citizen science with Danish high school students using environmental DNA for marine monitoring » , Frontiers in Marine Science, vol. 11, 2024.

3. La PCR en temps réel (RT-PCR) est une technique de biologie moléculaire qui permet d’amplifier et de quantifier une séquence d’ADN spécifique en temps réel grâce à des marqueurs fluorescents (c’est une molécule qui émet de la fluorescence lorsqu’elle est excitée par une source de lumière). Elle est largement utilisée pour le diagnostic médical, la recherche génétique et la biotechnologie en raison de sa sensibilité et de sa précision.

4. En savoir plus sur l’ESCA.

5. « Science Ensemble » est un programme de sciences participatives initié par Tela Botanica, Planète Sciences et le Muséum national d’Histoire naturelle. Il permet au public de collaborer avec des chercheurs sur divers projets de biodiversité.

6. Capture avec des filets, pêche avec électricité, plongée en bouteille, etc.

Reconstituer le passé

« La mémoire, c’est la mémoire des gens, la mémoire des organes, des tissus, mais aussi la mémoire des choses. Pour raconter les 10 millions d’années de l’histoire de l’homme, depuis la séparation de notre route de celle de nos cousins les plus proches, les chimpanzés, les paléoanthropologues ne disposent que d’ossements et de dents, mais la mémoire de ces objets est prodigieuse. »

Yves Coppens

Sur place depuis environ 4 h 30 du matin, je consacre toujours une petite demi-heure à rejoindre un point de vue bien caché, tout en offrant une perspective d’au moins 180 degrés pour ne rien manquer de ce qui se passe dans les gorges. En arrivant suffisamment tôt, je sais que ni la femelle ni le mâle ne m’auront repéré. Cela fait maintenant presque trois mois que je m’adonne à cette routine deux fois par semaine, et je commence à bien connaître les habitudes de ce résident des falaises. Il est maintenant 5 heures. Le mâle ne va pas tarder à faire résonner son chant mélodieux dans ce coin pittoresque de Fontaine-de-Vaucluse, digne des descriptions de Pagnol. Pendant plus de deux heures, il fera preuve d’une grande exubérance, n’hésitant pas à se percher à découvert sur un piton rocheux, laissant éclater son plumage bleu cobalt sur la roche calcaire. Je ne m’en lasse jamais. Si je devais établir un classement, le Monticole bleu Monticola solitarius, ou Merle bleu, est définitivement l’oiseau que je préfère. Son origine méditerranéenne, sa discrétion, son intelligence en présence d’un danger ou pour capturer un fugace Ascalaphe soufré Libelloides coccajus, son goût des escarpements rocheux… Tout me plaît. Je consigne chacun de ses comportements, ses lieux de chasse, ses proies. Également, la localisation de son nid, la hauteur à laquelle il l’a placé dans la falaise, les interactions avec les autres oiseaux du coin, le temps qu’il passe entre chaque ravitaillement pour ses jeunes au nid, l’alternance entre le mâle et la femelle… Je crois ne rien rater, en tout cas je l’espère. Il me faut collecter un maximum d’informations sur cette espèce menacée. Trouver des indices qui expliqueraient sa disparition progressive, et non moins alarmante.

Puis, vers 10 heures, il commence à se montrer franchement discret. Il ne chante plus depuis maintenant une bonne heure. Le soleil tape déjà très fort. Les odeurs résineuses et épicées de Ciste cotonneux Cistus albidus s’amplifient. La gamme de Lépidoptères et d’Hyménoptères présents s’étend largement, sortant progressivement de la torpeur imposée par la nuit précédente. La Fauvette orphée Curruca hortensis, que je dérangeais un peu depuis le début de ma séance, s’est totalement habituée à ma présence. Ou résignée. J’hésite. Elle aussi a cessé de chanter, et partage vraisemblablement avec moi le poids de cette écrasante chaleur. Je constate aussi les dégâts sur mes mollets. Ils sont totalement zébrés de sang frais et séché. Ça n’a rien de douloureux, c’est juste le prix à payer pour l’endroit que j’ai choisi afin de me camoufler. Le Genet scorpion Genista scorpius, les Prunus et les Chênes kermès Quercus coccifera ne me font aucun cadeau. Leurs épines sont vigoureuses. C’est le fruit d’une pression de sélection de la mégafaune qui occupait les lieux au Pléistocène jusqu’à il y a 13 000 ans à la fin de la période glaciaire. À cette époque, l’Eléphant à défenses droites Palaeoloxodon antiquus ou encore un Rhinocéros du genre Stephanorhinus n’auraient fait qu’une bouchée de ces plantes. Leurs prédateurs ne sont plus là, mais elles persistent encore et me le rappellent tous les matins où je retrouve ma zone d’affût. Mon Merle bleu a certainement connu cette époque. Nos prédécesseurs aussi. J’essaie d’imaginer à quoi cela devait ressembler. Finalement, 15 000 ans ce n’est pas si loin. L’Homo sapiens de cette époque est très mobile. Des années qu’il arpente les montagnes, les vallées, les rivières autour de lui. Qu’il observe, qu’il cueille, qu’il chasse, qu’il orne les grottes de représentations des vivants avec qui il cohabite. Rien que dans la grotte Chauvet (Vallon-Pont-d’Arc en Ardèche), ce ne sont pas moins de 14 espèces dessinées : Ours, Rhinocéros, Cerfs, Panthères, Bouquetins et tant d’autres. La célèbre grotte de Lascaux en Dordogne ne fait bien sûr pas exception, puisque l’essentiel des représentations que l’on y trouve concerne également la faune. Les interprétations sur les raisons de cet art pariétal sont nombreuses – communication, chamanisme, religion, magie – mais je ne peux m’empêcher de penser qu’il s’agit peut-être des premiers guides naturalistes ! Une manière de montrer la faune aux autres humains présents avec eux sur le territoire. De transmettre ce savoir aux enfants, aux amis, aux voisins, aux visiteurs… et aux générations suivantes. De donner un nom aux animaux. Une clé de lecture pour montrer leurs comportements. Un guide certes rudimentaire, mais néanmoins suffisant. Pour chasser, il fallait connaître les espèces, les milieux. Plus tard, pour cultiver, l’observation des cycles météorologiques, des sols, des espèces, était indispensable.

On connaît donc globalement la faune que nous avions à cette époque grâce aux peintures et aux ossements retrouvés dans les diverses grottes du secteur. Pour la flore, l’étude des pollens dans les sédiments donne également quelques indications fort utiles.

Pourrions-nous aller plus loin et reconstituer cette époque, ou une plus ancienne encore, grâce aux molécules d’ADN que tous ces vivants d’un lointain passé auraient laissées ? Et avec précision ?

Le Groenland, c’était mieux avant ?

Lorsqu’on évoque le Groenland, l’image qui nous vient à l’esprit est celle d’un paysage austère, peuplé d’Ours polaires Ursus maritimus, de Lièvres arctiques Lepus arcticus, de Lemmings Dicrostonyx groenlandicus, de Bœufs musqués Ovibos moschatus et de Rennes Rangifer tarandus se frayant un chemin à travers une toundra clairsemée, parsemée de Bouleaux rampants Betula nana qui poussent après la fonte des neiges. Ces êtres vivants, sculptés par les éléments, sont adaptés à un climat polaire, avec un hiver glacial, un été éphémère, des vents forts et fréquents et une température moyenne annuelle proche de 0 °C. Sur les quelque 2,2 millions de km2 que compte cette île, une vaste calotte glaciaire recouvre au moins 80 % du territoire.

Cependant, il fut un temps, à la fin du Pliocène et au début du Pléistocène, où le climat était radicalement différent de celui d’aujourd’hui. Malgré la rareté des fossiles trouvés dans la zone arctique, il est possible de retracer modestement les compositions biologiques de cette période grâce à divers éléments tels que les fossiles de faune et de flore, l’analyse de dépôts archéologiques ou encore l’étude des pollens et des spores fossiles.

Maintenant, supposons un instant que vous êtes un naturaliste cherchant à comprendre les mystères du passé lointain du Groenland et que vous avez la capacité de remonter le temps. Qu’allez-vous découvrir ?

Imaginez un Groenland d’antan, un monde à part, étonnamment différent de ce que nous connaissons aujourd’hui. Un lieu où le thermomètre grimpait allégrement, dépassant de dix degrés la température moyenne du Groenland contemporain. Vous découvrez que des créatures comme le Renne et le Mastodonte Mammut americanum, un herbivore géant intermédiaire entre un éléphant et un mammouth, ont autrefois foulé ces terres. Ces animaux, tous herbivores, étaient probablement nombreux, tout comme le sont aujourd’hui les Caribous, certains palmipèdes, les Lièvres et les rongeurs dans les environnements boréaux.

Les excréments de ces grands herbivores, en particulier des Mastodontes, peuvent même constituer une part significative des sédiments. En revanche, les carnivores, dont la biomasse totale est plus petite, ne sont pas représentés. Vous prenez conscience qu’à cette époque, ces géants herbivores, ces brouteurs majestueux prospéraient dans un habitat boréal plus riche et plus productif que ce que nous avions imaginé à partir des restes fossilisés de plantes. Les excréments de Mastodonte, ces témoins silencieux du passé, renfermaient des restes de diverses plantes. Cependant, ils étaient principalement composés d’aiguilles d’épinette et de samares de bouleau, révélant ainsi les préférences alimentaires de ces créatures impressionnantes. Certaines de ces plantes ne se trouvent pas aujourd’hui dans la toundra arctique humide du Groenland ni dans les déserts polaires, ce qui suggère un paysage végétal différent de celui que nous connaissons.

Cet exercice de projection est bien réel. Pas besoin d’inventer une machine à remonter le temps. L’ensemble des résultats produits sont issus de l’analyse de l’ADN environnemental de 41 échantillons de sédiments provenant de 5 sites de Kap København, dans la région de la terre de Peary, au nord du Groenland. Et ils sont le fruit d’un travail publié le 7 décembre 2022, par Kurt H. Kjær et Mikkel W. Pedersen de l’université de Copenhague, avec leur équipe, dans la célèbre revue Nature 1.

Il s’agit d’une véritable révolution. D’abord parce qu’il a été possible de retrouver des traces d’ADN de plus de 2 millions d’années ! Ensuite parce que les résultats surpassent très largement ce que nous savions à propos de cette époque sur la base des fossiles. En témoigne la présence sur ce territoire du Mastodonte qui vivait en Amérique du Nord jusqu’à il y a 10 000 ans, ou encore la composition unique de la flore de l’époque.

Pourquoi reconstituer le passé ? Qu’avons-nous à apprendre ?

Le Pléistocène, cette époque à la fois éloignée et pourtant si intimement liée à notre existence, exerce sur moi une fascination sans bornes. Les créatures sauvages que j’affectionne tant sont les héritières vivantes de cette ère révolue, portant en elles les marques indélébiles de l’évolution. Les plantes épineuses des garrigues méditerranéennes, que j’ai explorées assidûment, en sont également les témoins. De nombreuses espèces aujourd’hui disparues cohabitaient autrefois avec Homo sapiens, étant des compagnons familiers de notre espèce. Nous portons en nous, gravée dans notre ADN, la mémoire de cette époque, faisant de nous les dépositaires de souvenirs ancestraux et les témoins silencieux de l’histoire de la vie sur Terre.

Ces traces invisibles, inscrites dans nos réflexes et nos instincts, rappellent nos rencontres avec de grands mammifères. Ces interactions ont modelé notre comportement, laissant des empreintes inaltérables dans notre psyché. Celles-ci témoignent de notre lien profond avec le monde vivant, un lien qui nous place dans un continuum historique et biologique. Comment expliquer autrement notre fascination collective pour les grands prédateurs comme le Loup, le Lynx ou le Tigre ? Ces animaux éveillent en nous quelque chose d’ancien, d’universel, un écho de notre coexistence avec eux.

Mais aujourd’hui, ce lien est menacé. Le climat est en pleine mutation, une transformation plus rapide que nous n’aurions pu l’imaginer, nous confrontant à une nouvelle ère de chaos, cette fois d’origine humaine. Chaque mois, nous assistons à de nouveaux records : températures extrêmes, sécheresses dévastatrices, inondations déchaînées, méga-incendies. L’année 2024, marquée par ces superlatifs, ressemble à un cri d’alarme de Gaïa, nous avertissant de l’urgence. Aucun territoire n’est épargné, pas même le Groenland, dont le climat futur pourrait bien rappeler celui d’il y a deux millions d’années. Ce passé lointain, que nous tentons de reconstituer, devient un avertissement pour notre avenir.

Dans ce contexte, l’introduction de l’ADN environnemental dans les recherches paléontologiques redéfinit les bases mêmes de cette discipline. Traditionnellement, la paléontologie reposait sur les fossiles : ossements, empreintes, qui nécessitent des conditions spécifiques pour leur conservation. Ces vestiges, bien que précieux, n’offrent qu’une vue fragmentaire du vivant passé, souvent limitée aux espèces dotées de structures organo-minérales. L’ADNe, en revanche, par sa capacité à se préserver dans les sédiments indépendamment des processus classiques de fossilisation, dépasse ces contraintes, bien qu’il nécessite des conditions environnementales spécifiques pour sa conservation. Il offre ainsi une vision beaucoup plus exhaustive des écosystèmes, permettant d’explorer des dimensions auparavant inaccessibles.

Les découvertes récentes au Groenland, sur le site de Kap København, illustrent cette révolution. L’analyse d’échantillons de sédiments vieux de 2 millions d’années a révélé des espèces inattendues et redéfinissent notre compréhension des écosystèmes boréaux anciens, dévoilant un Groenland autrefois luxuriant, avec un climat jusqu’à 19 °C plus chaud qu’aujourd’hui.

Ce qui rend l’ADNe unique, c’est sa capacité à cartographier non seulement les espèces, mais aussi leurs interactions. Nous sortons d’un regard « espèces » pour entrer dans une vision « écosystèmes ». L’analyse de sédiments riches en matière organique ou de déjections fossilisées révèle les préférences alimentaires, les dynamiques alimentaires et les niches écologiques des espèces disparues. Par exemple, les Mastodontes consommaient principalement des aiguilles d’épinette et des samares de bouleau, des indices cruciaux sur la végétation et les interactions écosystémiques. Cela n’aurait pas été possible sur la base de fossiles.

L’ADNe étend également les capacités d’exploration à des environnements jusque-là inaccessibles. Dans des régions comme l’Arctique, où les fossiles sont rares, les sédiments deviennent des archives vivantes. Chaque grain contient potentiellement des fragments de vie passée, des micro-organismes aux grands mammifères, en passant par la végétation et les insectes. Cette approche permet de reconstruire des niches écologiques oubliées, que les méthodes traditionnelles ne pouvaient capturer. Un autre aspect révolutionnaire est la capacité de l’ADNe à repousser les limites temporelles de la recherche. Jusqu’à récemment, les analyses d’ADN ancien se limitaient à quelques centaines de milliers d’années. L’extraction d’ADNe vieux de 2 millions d’années ouvre des perspectives inédites. Ces avancées relient la paléontologie à la biologie moléculaire, offrant une vision continue de l’évolution sur des périodes bien plus longues.

Ces découvertes transforment les archives fossiles en bases de données dynamiques, où chaque période devient une leçon pour l’avenir. Elles permettent d’étudier comment les écosystèmes ont réagi à des transitions climatiques majeures, comme les cycles glaciaires-interglaciaires. Identifier les mécanismes de résilience ou d’extinction aide à éclairer les trajectoires possibles des écosystèmes modernes. Comprendre l’avenir exige une connaissance approfondie du passé. La plupart des modèles prédictifs en climatologie ou en biologie intègrent des données anciennes. Reconstituer le passé ne s’apparente pas à une simple nostalgie : c’est une nécessité impérieuse. Chaque fragment d’ADNe, chaque sédiment analysé, nous rapproche d’une compréhension globale des réponses du vivant aux changements climatiques. Cette compréhension nous offre un levier puissant, à la fois pour anticiper les transformations à venir et pour agir. Agir pour préserver, car ces fragments d’archives biologiques nous rappellent aussi ce que nous risquons de perdre. Chaque espèce qui disparaît emporte avec elle une part de la mémoire du vivant. Chaque écosystème détruit brise un lien dans la chaîne fragile qui relie le passé au futur. Reconstituer le passé nous offre peut-être une chance : celle de mieux nous préparer, d’agir avec lucidité, et peut-être de nous sauver de nous-mêmes.

1. Kurt H. Kjær, Mikkel Winther Pedersen, Bianca De Sanctis, et al., « A 2-million-year-old ecosystem in Greenland uncovered by environmental DNA », Nature, vol. 612, 2022, p. 283-291.

En résumé…

Passer de l’invisible au visible pour l’ensemble du vivant, c’est la promesse faite par l’ADN environnemental. L’ADNe nous permet de détecter des espèces rares et cryptiques qui sont extrêmement difficiles à observer par des méthodes traditionnelles. Nous avons ainsi pu confirmer la présence du Cachalot nain autour de l’île de Malpelo, une espèce rarement vue en raison de son écologie particulière et de sa difficulté de détermination sur la base de critères morphologiques. Ensuite, nous avons plongé dans les paysages enneigés à la recherche des empreintes du Lynx, démontrant comment chaque indice peut raconter une histoire riche et complexe. Qu’une espèce peut en cacher une autre. Nous avons poursuivi le voyage le long de l’immense Mékong, où nous avons retrouvé le rarissime Poisson-chat géant.

L’ADN environnemental représente une révolution dans notre manière d’appréhender et de surveiller la biodiversité. Cette technologie nous permet de détecter la présence d’espèces à partir de simples échantillons d’eau ou de neige, pour s’en tenir aux exemples cités, sans avoir besoin de capturer ou même d’observer directement les organismes. Cependant, vous l’avez compris, nous pouvons aller au-delà de la recherche d’espèces rares. Il est possible de regarder l’ensemble du vivant dans un échantillon d’eau, des bactéries aux grands mammifères, ce qui permet de mettre en place le suivi et la surveillance d’écosystèmes à grande échelle, comme cela a été fait sur le Maroni. Cette expédition a également permis de montrer que nous observions dans l’eau non seulement les espèces aquatiques, mais aussi tous les habitants du Maroni et de ses abords. De nouvelles espèces ont même été détectées grâce à cette technique.

L’ADNe, grâce à sa sensibilité élevée, permet une identification précise jusqu’au niveau de l’espèce, tout en préservant les habitats naturels et les populations en raison de son caractère non invasif. Cette méthode révolutionne les pratiques d’échantillonnage en réduisant significativement les coûts, le temps requis et l’impact sur le terrain. De plus, les avancées en techniques de séquençage et d’analyse bio-informatique optimisent le traitement des données, permettant d’obtenir des résultats plus rapidement. Ces innovations facilitent des inventaires écologiques plus fréquents, sur des échelles géographiques élargies, et offrent ainsi une vision plus complète et dynamique.

Mener des inventaires naturalistes, quelle que soit la méthode, est une entreprise passionnante mais qui reste souvent longue et fastidieuse. Nous avons vu que des alliances pourraient avoir lieu avec d’autres vivants comme les araignées, grâce auxquelles des inventaires de vertébrés ont pu être réalisés sur la base des molécules d’ADN trouvées dans leurs toiles – tout comme avec des plantes qui ont capté des milliers de brins d’ADN, facilitant ainsi l’inventaire des invertébrés venant les polliniser.

Cette alliance pour mener de grands inventaires de la biodiversité pourrait également s’étendre, ne plus se limiter à l’expertise de quelques spécialistes amateurs ou professionnels. Par l’intermédiaire des sciences citoyennes, des milliers de points d’inventaire à travers la planète sont désormais réalisables par tout un chacun. Il suffit de quelques heures pour être formé aux prélèvements de terrain, et les analyses peuvent même être réalisées avec un bon niveau de fiabilité par des étudiants non spécialistes, comme nous l’avons évoqué à travers le projet danois.

Enfin, ces inventaires que nous menions dans le présent, sur la base de ce qui est là ici et maintenant, peuvent désormais se faire pour le passé. La préservation de l’ADN dans certaines conditions a permis de retracer la faune et la flore d’il y a un peu plus de 2 millions d’années au Groenland. Cette découverte offre ainsi une vision plus complète, de nouvelles perspectives – puisqu’elles ne reposent pas seulement sur des fossiles – pour comprendre le passé des vivants ayant occupé la planète.

Grâce aux avancées du séquençage de nouvelle génération et des analyses bio-informatiques, la compréhension des vivants via l’ADNe est constamment améliorée et adaptée pour répondre aux questions spécifiques de recherche et de gestion. Par conséquent, l’ADNe constitue un outil performant complémentaire dans la besace des naturalistes.

IMMEUBLE ZÉRO

Volte-face d’Alain Damasio

– L’immeuble est depuis combien de jours en quarantaine ?

– Six mois.

– Six mois ? Le Ministère m’a dit trois semaines ? !

Jade encaisse. Le gardien, lui, tangue sur l’esplanade, dans sa combinaison blanche dégueulasse et râpée. À peine si l’on arrive à lire son regard derrière le masque transparent qui lui prend toute la face : le plexiglas a viré au jaune pisse au fil des semaines de confinement. Il est possible qu’il sourie – il pourrait aussi bien pleurer. Derrière lui, on entend des mugissements, des poings tambouriner sur les plaques d’OSB qui murent l’entrée de la tour. Sans doute des habitants qui voudraient sortir…

– Vous savez où vous êtes, quand même ? finit par lâcher, goguenard, le gardien.

– Je viens remplacer Markus Eisenberg, l’épidémiologue. Je suis spécialiste de l’ADN environnemental.

– Moi aussi, je suis spécialiste… Tout le monde est spécialiste de l’ADNe ici. On pose vos putains de filtres, on prélève, on file ça à Eisenberg… Ça fait six mois qu’on fait ça. Et personne n’a trouvé la merde qui tue nos mômes.

– Ce sont les traitements qui les tuent, jusqu’à preuve du contraire. Personne n’a osé laisser la mutation aller jusqu’au bout…

– Vous avez déjà vu un gosse contaminé ?

– Oui.

– Et vous l’avez laissé crever ?

– Non.

– Alors fermez votre gueule.

Le plus amplement possible, Jade respire. Elle avale les rafales comme des gorgées d’eau fraîche, au goulot. Le gardien est au bout du rouleau. Ça se sent physiquement. À l’odeur, à sa posture, à sa voix. Son agressivité elle-même suinte l’épuisement.

Six mois confinés, c’est inhumain pour quiconque. Encore plus avec la pression interne des morts, qu’il doit incinérer dans la chaufferie. Encore pire quand on ne trouve pas d’où ça vient : l’air, l’eau ? Une contamination bactérienne, virale ? Mycosique ? Une transmission magnétique, ou sonique qui reconfigure les molécules cibles ? Ou une brûlure mutagène liée à certaines longueurs d’onde, comme le suggèrent plusieurs physiciens ? La seule certitude est que ça ne se diffuse pas hors des immeubles, lorsqu’on les met en quarantaine. Que Marseille a été préservée grâce à cette politique à la chinoise. C’est une contamination de proximité. Ondes courtes, toucher, miasmes, spores ? Jade a son idée : elle explore la piste des acariens, notamment des sarcoptes. Elle pense que s’est développée une espèce mutagène apte à recoder le génome humain des bébés et des enfants en pleine croissance. Ça terrifie tout le monde. Mais pas elle, pas vraiment : elle se dit juste qu’on fait face à une nouvelle forme vivante, qu’il s’agit de comprendre. Que nous n’avons pas à juger.

Jade a laissé ses cheveux lâchés une dernière fois avant de plonger. Dans une heure, elle sait qu’ils seront bloqués sous un chignon et scotchés dans du plastique aseptique. Qu’elle ne respirera plus qu’à travers un masque. Pour un mois, peut-être plus. Elle a dit au revoir à ses deux fils, Nils et Malo, ce matin, elle a failli leur dire adieu. Leur père s’est contenté d’un texto, comme depuis deux ans. Il ne l’a même pas rédigé, ça puait l’IA de divorce et la complétion statistique des modèles de langage, avec l’insupportable « prends soin de toi » qui est pour Jade le sommet de l’hypocrisie relationnelle, la façon la plus veule de te dire : « Démerde-moi toute seule, tu m’as largué, assume maintenant. Va sauver le monde, moi je sauve ma petite peau. »

– Six mois en quarantaine, c’est un record à Marseille.

– C’est un record en Europe. Nous sommes l’immeuble zéro.

– …

Il y a une pointe de fierté, voire d’héroïsme, dans le timbre du gardien. D’ailleurs, il s’est un peu redressé. Jade est sidérée de ne pas avoir reçu ces informations, absolument clés, dans sa note de mission. Elle pourrait repartir, appeler le ministère de la Santé et insulter le directeur de cabinet. Pas que ça lui fasse peur. Au contraire, elle va être au cœur du réacteur, là où ça s’est déclenché. Mais pourquoi lui avoir caché ça ? L’immeuble zéro !

– Je suis désolée mais le Ministère ne m’avait pas prévenue.

– Ils préviennent personne pour pas vous foutre la trouille. Plus personne veut venir nous voir. On crève lentement, un par un. Il reste quatre gosses encore debout, on a deux femmes enceintes qui vont accoucher de monstres. On a été abandonnés.

– D’après les rapports que j’ai lus, Eisenberg a quand même avancé un peu…

– Eisenberg est un connard.

Il retire son masque une seconde pour cracher au sol. Jade prend sur elle pour ne pas reculer. La voix du type descend encore d’un cran :

– Vous, vous pouvez encore vous casser… Personne vous en voudra ici. Chacun sa gueule ! Pour moi, c’est trop tard, hein. Je peux plus les laisser seuls…

Jade lève la tête vers la tour délabrée, les balcons rongés de lierre bizarre, les déchets jetés des étages, qui jonchent les pelouses et dégoulinent des pins. Elle ne peut s’empêcher d’y voir soudain un caveau vertical, une tombe géante, sur seize étages. Chaque fenêtre un cercueil. Pourquoi entrer là-dedans ? Elle se demande ce qu’il y a en elle de si sacrificiel. Pourquoi elle n’est pas restée avec ses enfants, à séquencer tranquillement des génomes dans son labo, « à faire avancer la science » sept heures trente par jour, et à revenir le soir, les mains soigneusement lavées.

La science, elle avance là, dans cet immeuble. Ou elle n’avance plus.

La phrase a jailli toute seule dans sa tête, et cette phrase la décide. Elle noue ses cheveux, sort sa combinaison du gros sac à dos qu’elle avait posé à ses pieds et l’enfile sans que le gardien détourne les yeux.

– Vous croyez… que je peux respirer sans masque… ? Sans foutre le bordel dans la ville ? Juste quelques bouffées ?

Jade lui retourne son plus beau sourire, il se rend compte qu’il la trouve jolie, qu’il n’osera jamais lui dire, qu’il regrette d’avoir été aussi agressif.

– De ce que je sais, vous pouvez respirer autant que vous voulez dehors sans rien contaminer. Les mesures sanitaires, c’est toujours binaire et toujours un peu excessif. Tant que vous restez sur l’esplanade, le risque est epsilonesque.

– Quoi ?

– Respirez autant que vous pouvez, vous en avez besoin. Tout le monde en a besoin…

Après quelques secondes perplexes, le gardien enlève son masque, et Jade voit enfin son visage, gris jaune, allongé en ogive, plutôt agréable. Un Marocain. Par contre, il n’a pas des valises : il a des flight cases sous les yeux. Il amorce un sourire d’enfant, prend tout l’air qu’il peut et ferme les yeux sous le soleil.

– Vous êtes un héros, vous savez. C’est de gens comme vous dont notre société a besoin, M. Ottolini.

Le gardien reste les yeux fermés puis, tout doucement, il se met à sangloter, la tête renversée. De l’eau lui coule sur les joues.

– Faites ça tous les jours, trois fois par jour et autorisez-le aux habitants, sur leur balcon. Ça augmentera votre espérance de vie…

Quand Jade entre dans le hall, elle manque de ressortir tout de suite. Les cent mètres carrés de marbre sont couverts de sacs-poubelle éventrés, de couches sales, de déchets organiques, ça sent la moisissure et le champignon, la pisse humaine et la litière à chat. Cinq ou six habitants se cognent la tête contre les plaques d’OSB sans avoir même noté son arrivée. L’immeuble est sous interdiction de sortir la moindre ordure depuis quatre mois, certains déchets ont été compostés mais personne n’a osé touché aux détritus des familles avec enfants – ces familles dont les portes sont taguées en rouge sur les paliers. Un container leur avait été dédié : après trop de mois, il vomit désormais dans le hall.

Je commence mes prélèvements sur ces ordures. Par les couches des bébés. Par les tétines abandonnées des biberons. Par les brassières sales et les culottes de quatre ou six ans. Au bout de six jours, j’ai déjà retiré mon masque : à ces taux de densité des spores dans l’atmosphère, quand tu te retrouves noyée dans ce bourgeonnement de bactéries et de virus, sous cette prolifération de micro-organismes dans l’air confiné, aucun masque ne peut plus te protéger de rien, même si tu le changes toutes les heures. Une poignée d’habitants que j’ai croisés ont fait comme moi depuis longtemps. Leur instinct est juste : il existe autant de risques que les dizaines de milliers de formes de vie que tu absorbes à chaque respiration te contaminent qu’elles puissent accroître ton immunité. Et dans tous les cas, aérer les pièces, les parkings et les couloirs serait la plus saine des actions possibles. Mais les règles du ministère sont les règles – elles visent à protéger la ville, quitte à condamner les immeubles – et le minimum d’air doit ressortir dehors, tout est impitoyablement filtré. Donc tout croupit à l’intérieur, s’humidifie sans lumière, moisit et s’eutrophise. Tu longes des murs tapissés d’un mucus géant. Le bâtiment pourrait tousser : il en sortirait des glaires.

J’ai été voir Eisenberg dès le premier jour. Il habite un appartement vide du sixième étage, dont il a fait son labo. Il m’a donné accès à ses données mais il a d’abord appelé le Ministère. Lui garde H24 son masque à oxygène et sa combinaison, qu’il lave deux fois par jour. Ses quarante mètres carrés sont un hôpital qu’il récure lui-même, frénétiquement, à chaque manip. Il ne touche rien sans gants, ne mange rien sans le stériliser au bain-marie, chie dans des sachets plastiques qu’il referme sous vide d’air et urine dans une bonbonne qu’il remplit de javel à chaque pipi avant de la vider dans des toilettes connectées.

Depuis quatre-vingts jours qu’il est dans l’immeuble, il a quadrillé les seize étages, chaque appart qui a bien voulu lui ouvrir (86 %) et chaque palier, ausculté les deux escaliers de secours et les deux ascenseurs, analysé le hall, les caves et le parking souterrain. Le tout avec des mailles de cinq mètres. Difficile de faire mieux, et surtout de faire plus. Eisenberg est un père-la-rigueur de trente ans, un nolife sans wife, un pur scientifique issu de l’ère du data pour qui toute forme de vie se résume à un alphabet de quatre lettres. Il a le teint du béton lissé des couloirs et une pulsion de complétude, dans le travail, qui lui sert d’économie libidinale.

Il pense que le mutagène se trouve dans les 14 % d’appartements qu’il n’a pas pu prélever. Évidemment. Et il a demandé au Ministère de nommer une jolie fille pour réussir à faire ouvrir les portes closes des flippés, puisque dans son esprit, l’interaction sociale relève du féminin, et la manipulation psychologique des hommes ne peut s’appuyer que sur le désir sexuel.

– Je ne suis pas venue pour faire ouvrir des portes. Je suis venue pour tester une autre méthode…

Eisenberg me regarde par en dessous, sans vraiment oser me dévisager. Il pourrait être beau garçon, mais il s’est convaincu qu’il ne l’était pas. Et ça gâche tout. Il est trop propre, trop peigné, bien trop raide, il parle trop bas et lorsqu’il est gêné, il devient sec au lieu d’être touchant.

– L’ADN environnemental est la seule méthode exhaustive et fiable. Vous le savez comme moi ! J’ai prélevé tous les filtres à air. J’ai raclé les particules du sol, la surface des murs, les restes de liquides partout où je pouvais. Le mutagène est forcément quelque part ! Il circule. Tout être vivant laisse des traces. On a sa séquence ADN, il faut simplement la retrouver.

– La retrouver ne suffit pas. Il faut comprendre le processus…

– Je l’ai retrouvé quatre fois : sur les habits d’une enfant, au coude. Dans ses selles. Dans un parc à jeux sur le palier du quinzième…

– Et alors ? Ça montre juste la contamination. Ça n’explique rien.

– Oui… Ça ne donne pas l’origine. Mais ça nous guide…

– Vous vous êtes déjà dit que le mutagène pourrait être endogène à l’humain ? Que le corps de ces gosses pourrait le sécréter, comme une maladie auto-immune…

Il me regarde avec une colère qui pourrait aussi bien signer son mépris :

– Le premier bébé qui a muté n’avait pas de maladie, sa mère non plus. Il a été con-ta-mi-né. Et la contamination est née dans cet immeuble. Ici ! Au bord des calanques. Il existe sûrement une raison à ça. Peut-être les sangliers. Peut-être les embruns, avec le mistral… Je ne sais pas. Mais ça a forcément un sens que ce soit apparu ici.

– Ou pas…

Il a haussé le ton malgré lui. Son appartement ressemble vraiment à une clinique. Et lui à un médecin, pas à un chercheur.

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Pourquoi, à aucun moment, je n’ai cru que le mutagène puisse être dans les appartements restants ? Parce que le retrouver n’était pas le problème au fond, ne l’avait jamais été ? Qu’il fallait penser hors des cadres ? Chercher autrement ? J’ai réussi à faire ouvrir beaucoup de portes, au final, oui. Ça m’a pris deux semaines, beaucoup de sourires et d’écoute, et pas mal de PNL. Mais ces portes fermées protégeaient des vieux, pour l’essentiel, et des célibataires paranos. L’odeur de leur appart était ignoble, un mélange insupportable de sueur rancie et de produits ménagers.

Chez eux, j’ai prélevé dans les lits, les canapés, sur les coussins, les taies d’oreillers, les serviettes sales. Partout où je pouvais débusquer de l’acarien en quantité, et j’ai échantillonné. Sans surprise, il y avait une infinité d’espèces, un immense zoo microscopique, avec des dizaines de milliers de taxons que les bibliothèques ne connaissaient pas : n’importe lequel d’entre eux aurait pu être à l’origine ou responsable de la transmission du mutagène, comment savoir ? Comment relier ça aux déformations des squelettes, aux hypo- et hypertrophies, aux dysplasies d’organes, au pus qui suintait des oreilles des bébés ? Comment tisser une chaîne causale entre des espèces dont la plupart du temps, il n’existe pas de description, aucune éthologie ni aucune clinique ? C’est souvent l’absurdité de l’ADN environnemental et son piège : il t’enfonce dans la neige des génomes, il te prend sous l’avalanche des datas et tu tentes de crawler à la surface de la coulée en surfant sur des tableurs Excel, fascinée par tant de formes de vie, tant de micro-organismes dérisoires que l’évolution a façonnés et dont on ne peut soupçonner la niche écologique, les modes de nutrition ou de prédation, le sens même qu’il peut y avoir à ce qu’ils existent. Ils sont, c’est tout, et il doit bien y avoir une raison, non pas pour qu’ils soient, mais pour qu’ils subsistent, se reproduisent et se perpétuent au milieu du chaos des amphibioses.

Par acquit de conscience, j’ai quand même expédié mes résultats à Saclay, avec une demande de feedbacks en urgence.

Dix jours plus tard, j’avais tout. Et je n’avais rien.

On m’a retourné quelques hypothèses sur l’impact possible des sarcoptes sur les nécroses, sur l’altération des poumons par les dermatophagoides. Mais rien qui puisse expliquer la croissance de la peau entre les doigts des enfants, les protubérances coudées sur le haut du cubitus ou la modification du nez et des oreilles.

Si vous cherchez une espèce précise, l’ADN environnemental est une chose magnifique. Mais c’est une technologie absurde si vous ne savez pas qui vous cherchez. Une séquence mutagène ? Oui, une multitude de séquences possibles y étaient, dans mes échantillons comme dans ceux d’Eisenberg. Dans un berceau, dans la toile d’une épeire qui avait tissé dans la cave 101. Et alors ? Ça ne donnait ni la source de la séquence, ni l’espèce d’où cette séquence avait pu provenir et muter en touchant si profondément l’être humain.

Six semaines étaient passées. Eisenberg parlait à son PCR. La surpression de son labo, qui empêchait l’air extérieur d’entrer, déconnait par intermittence. Gants, blouses, charlottes, masques, surchaussures, tous ses stocks avaient été pillés et dès qu’une nouvelle livraison arrivait, elle était pillée derechef. Il soupçonnait le gardien, qui avait les clés, il me soupçonnait aussi, mais les voleurs passaient par le balcon, à l’évidence.

Rapidement, la structure victimaire de sa psyché n’avait pas résisté à ces vols, à la crainte de la contamination et à la certitude que ses échantillons étaient désormais pollués. Sa paranoïa délirante avait vite été diagnostiquée par l’IA des ressources humaines. C’était latent, patent. Sur ordre du Ministère, on l’avait forcé à abandonner son labo, et deux jours plus tard, il avait été exfiltré par la police sanitaire. J’étais désormais seule aux commandes.

Sauf que dans un mois ou deux, à ce rythme claustro, si je ne m’écroulais pas avant, il était probable que je vrille de la même façon.

Il fallait que je trouve, et que je trouve vite.

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Les mots de mes enfants éclataient en petites bulles de tendresse, pas plus épaisses que celles du savon, elles me maintenaient dans une dimension encore humaine, au milieu d’un monde de couloirs noirs, d’escaliers de secours et de caves de béton que je hantais à la frontale, dix heures par jour.

La rue couverte de la Cité, au troisième étage, avec ses néons clignotants et son tracé rectangulaire, quasi carcéral, frôlait le film d’horreur. Le pire est que je n’étais pas seule : tout un peuple de zombies circulaient dans ces espaces désespérants. Du sportif en short qui montait et descendait, et remontait cinquante fois par jour, et redescendait les seize étages de l’immeuble, à la petite vieille qui fouillait avec des gestes d’insecte les ordures pour alimenter son compost, en passant par toute une faune interlope, souvent incapable de parler, que tu trouvais recroquevillée en boule derrière la porte du local vélos, à rire hystériquement devant le pilier du hall, en s’y cognant, exprès, par saccades, ces ados sur lesquels tu butais au sol, petit tas de larmes, hoquetant au coin d’un palier, ou encore ce vieux monsieur sanglé à la barre, dans l’ascenseur, qui ne savait plus sur quel bouton appuyer.

Tous fuyaient sans pouvoir fuir. Tous fuyaient, tels des tuyaux percés, tous cherchaient une forme d’air impossible, et tournaient sans plus jamais avancer, comme une VMC bloquée.

Et dans quatre appartements de la tour, deux bébés et quatre enfants, inexorablement mutaient, sans que leurs parents puissent rien y faire sinon les gaver d’antibiotiques et de mutabloquants qui finissaient pas liquider la vie en eux, par les vider de toute force, à la façon d’une chimio mortelle.

C’était pour eux que j’étais venue. Pour eux que j’arpentais et requadrillais tous les espaces pour essayer de comprendre, de débusquer l’indice impossible, de prélever enfin le bon brin d’ADN qui expliquerait tout, dans une masse si et tellement bavarde de données qu’elle dépassait le nombre d’étoiles dans la galaxie.

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Quatre-vingt-sept jours après mon incarcération, à deux heures du matin, dans une énième exploration insomniaque, je me suis fait arracher ma charlotte. Flippée, j’ai levé la tête et vu une paire de baskets osciller dans le vide. Un corps était accroché aux tuyaux. Pendu. Dans l’angle nord-ouest de la rue couverte. Il m’a fallu plusieurs minutes pour surmonter le choc d’adrénaline et comprendre qui… si je le connaissais ? C’était Livio, le père de Mattéo, le gamin du douzième. Ce gamin dont le visage se déformait chaque jour un peu plus et qui avait un second coude qui avait poussé entre le premier et l’épaule. Le père lui, ne présentait aucun stigmate. Mais il n’avait pas tenu le choc. Il s’était tué avant de voir son fils devenir… autre chose… Autre chose que son fils.

Au moment où j’avais reçu mon ordre de mission, je m’étais formulé cette hypothèse, que ma rencontre avec les parents n’avait fait que confirmer.

Notre incapacité scientifique à avancer dans la compréhension des mutations venait de la panique des parents. De leur conviction, impossible à contrer tellement elle était tripale, que la mutation était un mal. Une horreur absolue, une horreur forcément létale à terme. Et tout le corps médical les confortait dans cette terreur, dans cette évidence inquestionnée qu’un corps d’enfant devait rester humain, avec un juste écartement des narines et des yeux, des oreilles rondes, deux bras et deux jambes. Un corps intransformable. À conserver intact. Tel quel. Quitte à le tuer par trop de traitements. Quitte à le tuer pourvu qu’on stoppe ou ralentisse la mutation, qui incarnait pour tous la perte de notre identité humaine, de cette configuration humaine unique qui signait notre appartenance commune à Sapiens. Et pour les parents entrait en jeu encore autre chose : un sentiment de viol génétique, d’effraction intime du code de ressemblance. Une sorte de crime de lèse-filiation. Totalement insupportable.

J’avais discuté avec le père de Mattéo, en essayant de décaler – ne serait-ce que d’un degré – sa perception de ce qui se passait. La mère, Éva, était avec nous aussi, elle écoutait sans manifester son avis, sans qu’on sache ce qu’elle en pensait, elle.

Et maintenant le père s’est suicidé et j’ai pris une échelle pour aller le décrocher et l’allonger sur le béton, en me détournant de son visage d’asphyxié, sans vouloir voir ce que ça faisait de sentir sa nuque casser, l’air manquer subitement, la mort en boule dans la trachée.

Je me suis assise à côté de lui et lui ai pris la main, puis je lui ai parlé, et j’ai répété ce que je lui avais dit. Il m’a répondu plein de colère, sa voix sifflait directement dans ma tête :

– C’est mon fils, Madame ! Je peux pas le laisser souffrir comme ça !

– Rien ne dit qu’il souffre. Il souffre du traitement, oui. Pas forcément de la mutation. La mutation vient du corps, elle est appelée par le corps. S’il mute, c’est que le corps en a besoin…

– En a besoin ? Il est contaminé ! Y a un monstre qui le bouffe de l’intérieur, qui se sert de lui pour grossir ! Un parasite ! Vous dites n’importe quoi ! Qu’est-ce que vous êtes d’abord, psy ? Médecin ? Qui vous envoie ?

– Je suis chercheuse. Je travaille pour le gouvernement.

– Eh ben allez chercher ailleurs !

– Si vous n’acceptez pas que Mattéo change, il ne peut pas l’accepter non plus. Alors il se bat contre lui-même. Et c’est encore plus douloureux. Physiquement et surtout mentalement. Laissez la mutation s’accomplir !

– Dégagez !

– Vous préférez qu’il meure ?

– SORTEZ D’ICI !

– Tous les enfants qui ont suivi ce traitement sont morts. J’ai toutes les données. Expliquez-moi pourquoi ce serait différent avec votre fils ?

– Notre amour va le sauver ! On le lâche pas une seconde. On prie pour lui !

– Vous priez qui ?

– Dieu !

– Quel Dieu ?

– Allez vous faire foutre !

J’avais attendu qu’il se calme. La mère me regardait sans animosité, comme si j’ouvrais enfin quelque chose, une fenêtre possible. Une trappe. Un soupirail en elle. Elle était enceinte jusqu’au cou, du deuxième. Et tout en elle disait :

« Je sais que ce sera pareil, je le sens… Mais je veux qu’il vive. Il vient de moi, il ne peut pas être mauvais. »

Le front du père était encore tiède au toucher. Comme une pierre qui aurait gardé un peu du soleil de la journée. Je me suis dit que sa femme avait dû accoucher depuis dix jours maintenant. Sans sage-femme, toute seule sur son canapé mauve. Peut-être que le père avait vu le bébé. Sûrement. Et qu’il n’avait pas supporté ? De mon côté, je n’avais pas eu de nouvelles, le gardien ne m’avait rien annoncé. J’avais été sonner à leur porte le jour prévu du terme, dans l’espoir d’aider. J’avais senti l’œilleton se remplir et on ne m’avait pas ouvert. Je pousse le cadavre comme pour le réveiller. Je perds la boule, je m’en fous, trop c’est trop :

– Il est né ? je lui demande.

Il me répond sans bouger les lèvres :

– Ouais…

– Il ressemble à son frère ?

– Elle. C’était une fille.

– Pourquoi « c’était » ?

– Je l’ai jetée dans le vide-ordures.

Il me semble maintenant qu’en repassant au douzième, j’avais entendu des cris de nourrisson à travers la porte, quoique ça pouvait être des souris ou des rats sur le palier, qui proliféraient.

Je n’y faisais plus attention : ces rongeurs étaient précieux pour métaboliser les ordures, au même titre que les cafards. Eisenberg avait mis des milices de chasseurs en place, fourni la chimie adéquate et ils avaient éradiqué tous les « nuisibles » sans y parvenir vraiment. Tant mieux. Depuis que j’étais là, je les avais aidés pour ma part à se reproduire en repérant leurs réfectoires. L’écosystème intérieur de l’immeuble en était plus sain. Par les fissures, ça avait attiré des prédateurs : des mésanges, des moineaux, quelques crapauds et pipistrelles. Il fallait juste accepter que parfois, ça grouille.

– Si vous me laissez analyser votre fils, j’ai plus de chances de pouvoir l’aider…

– VOUS LE TOUCHEZ PAS !

– Laisse faire la dame, corrige doucement sa femme. On sait jamais.

J’avais pu prélever des morceaux de peau, un bout d’ongle qui ressemblait à une petite griffe et de la cire dans les oreilles du gosse. L’enfant me regardait sans peur, je lui avais souri en caressant son bras arqué. Plus personne n’osait le toucher et j’avais ressenti que ça l’isolait, j’étais sûre que ma main chaude lui ferait du bien, le ramènerait au monde humain :

– Je suis venue t’aider, tu sais. Il faut que tu acceptes ce qui se passe en toi. C’est de la vie… C’est la vie qui se développe en toi et ça va te rendre plus fort, plus complet. Capable de plus de choses… Est-ce que tu entends mieux, par exemple ?

– Vous allez arrêter de lui parler et de lui bourrer le mou ! m’a coupé le père, plus anxieux que véritablement énervé.

Le gamin avait tourné la tête vers le canapé mauve et j’avais vu son oreille droite imperceptiblement pivoter. J’avais regardé où se portaient ses yeux. Un cafard brun, sur la moquette bleue. Il trottinait pour se glisser sous le canapé.

Je touche à nouveau le cadavre. Il respire du dedans. Je lui dis :

– Les séquences ADN des ongles, de la peau et des oreilles de Mattéo n’ont pas d’équivalent dans nos bases de données. Les trois ont des similitudes pourtant. L’IA les rapproche de séquences mammifères.

– Et… ?

– Tais-toi, t’es mort.

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À six heures du matin, je suis allée moi-même annoncer à Éva la terrible nouvelle concernant son mari. Elle m’a ouvert la porte de son appartement comme si elle m’attendait depuis toujours. Je n’ai pas pu l’annoncer tout de suite, alors elle m’a servi un thé fumé et elle a attendu que j’ouvre la bouche. Elle pensait que je venais pour Mattéo. Elle ne m’a paru ni surprise, ni vraiment triste du suicide de son mari. Soulagée peut-être ? Je lui ai demandé où était le bébé.

– Elle est morte… Mort-née. J’ai sorti de mon ventre une enfant morte…

Elle a répondu avec un calme parfait, en rejetant ses cheveux noirs de part et d’autre de ses épaules. Ses mains erraient sur sa tasse en petits gestes saccadés, elle était épuisée, oui, pourtant habitée d’une force, indiscutable. Je ne savais pas vraiment comment enchaîner, alors j’ai dit :

– Où est-il ? Vous avez… gardé le corps ? Ce serait intéressant de pouvoir l’étudier. Ça pourrait aider la science à comprendre…

– Je l’ai brûlée dans la chaufferie.

Elle a détourné les yeux et j’ai compris qu’elle ne savait pas mentir. Du coin de l’œil, j’observais de temps à autre Mattéo qui jouait au fond du salon, les pieds au mur, tête en bas, à faire des poiriers. Et qui ne ratait pas une miette de notre discussion. Je ne voulais pas qu’il entende la suite, aussi j’ai écrit sur un bout de papier : « votre mari l’a jeté au vide-ordures, c’est ça ? » et je lui ai tendu. Elle a lu, elle a grimacé et elle a fait « non » de la tête.

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Je voudrais vous parler de Jade. Jade a poursuivi ses recherches pendant deux autres mois. À ses enfants, elle a envoyé des messages vocaux pour leur dire que tout allait bien, que bientôt, elle sortirait, qu’elle tenait une découverte fondamentale pour l’humanité, qu’elle était totalement désolée de ne pas être avec eux et qu’elle en souffrait chaque jour, mais que parfois, dans une existence, il fallait se sacrifier pour sauver des milliers de vies.

La vérité est qu’après des mois d’isolement dans l’immeuble zéro, plus aucun partage n’avait de sens avec le dehors. L’immersion mentale était devenue trop profonde, la folie trop tangible dans ses mots, sa façon d’en parler, les lettres qu’elle ajoutait au bout de ses textos comme des codons stop, et surtout elle avait perdu le courage de les entendre, ses bibous, de souffrir de leur voix, du « tu rentres quand, maman ? ».

Tout devenait encore plus féroce depuis qu’une secte avait fini par émerger toute seule dans l’immeuble, en partie issue des deux autres couples de parents qui avaient des enfants mutants. Ses membres s’étaient baptisés « l’Air Pur ». Et leurs adeptes augmentaient chaque semaine. Ils prélevaient les filtres à air et déchiraient les toiles d’araignées, mettaient les prélèvements en tube pour en extraire l’ADN sans précaution, l’amplifiaient puis le séquençaient à l’arrache, grâce à un biologiste de labo médical qu’Eisenberg avait formé à la fin de son séjour, lorsqu’il avait suspecté Jade d’être une mutante travaillant pour la Grande Contagion. Le labo était envahi de résidents mentalement désaxés, dont le confinement avait fini par gauchir les derniers cadres. Plus aucune norme d’hygiène ne tenait – sauf la javel, la javel partout, dégoulinante des tables, en flaques sur le carrelage, qui ramonait les muqueuses et que certains buvaient en shot de quatre centilitres. Et Jade pouvait à peine travailler désormais sans les rencontrer, sans les affronter.

Leur credo ? Le pur du 100 % humain. Le pur pour seule quête. À retrouver. À restaurer. Tout ce qui sortait des séquençages bouillonnait évidemment d’espèces, si bien que pour des profanes, la sensation d’invasion, de bruissement invisible du vivant tout autour d’eux et à travers, comme un gaz, sur leur peau à grouiller, en œufs à pondre et à se diviser, tout cela électrisait la paranoïa. Ils avaient commencé par éradiquer les rats, puis les cafards, puis les insectes, les araignées, les mouches, les moucherons, les acariens… Ils descendaient vers l’infiniment petit… vers l’imperceptible d’autant plus tétanisant qu’il échappait à leurs sens directs et que seul l’ADN environnemental, tel un Évangile, pouvait leur restituer l’entière Bible de l’horreur visqueuse, le Coran cellulaire avec toutes ses sourates. Ils piégeaient les moineaux un par un, ils brûlaient les bébés souris dans la chaufferie, ils aspergeaient les couloirs d’acide, d’antiseptique et de soude, raclaient les lichens à la disqueuse, bombaient l’ascenseur à l’aérosol et passaient chaque chambranle de porte au chalumeau…

Et bientôt, ils ne mangèrent plus rien.

Pour eux, tout ce qui était vivant, sans être un humain, était toxique. Potentiellement mortel. Il fallait tout exterminer | à l’insecticide et au Butagaz | tout purifier | laver la tour à la chimie et au feu | que rien ne subsiste. Si : le minéral | et eux.

Que ce fût impossible n’était pas une objection : c’était un moteur spirituel, une quête d’autant plus puissante qu’elle ne pouvait avoir de fin. Les plus cathares jeûnèrent jusqu’à la mort. Le seizième étage, qui faisait office de temple, se transforma vite en cimetière. Quatre couples s’abstinrent simultanément de boire de l’eau car la myriade myriapode de bactéries que contenait un seul verre avaient anéanti leur espoir d’y échapper. Le biologiste, un taré, leur avait scrollé pendant des heures d’hypnose collective les colonnes de virus sur l’écran géant qu’était devenu le mur du palier, et la matrice arachnéenne des micro-organismes proliférant dans la moindre goutte de sueur, et il avait montré aussi des milliers d’images dérangeantes de cet effroyable fourmillement de mandibules qui trottine sur chaque centimètre carré de nos peaux nues.

Et puis la pulsion de vie se manifesta à nouveau, sous une autre forme, et Jade découvrit dans la chaufferie des plaques de fonte où rissolait de la viande. Une viande bizarre que les résidents rassemblés en cercle mangeaient religieusement à même le carrelage impeccable. Elle ne reconnut pas tout de suite les doigts de pied et les auriculaires. Pas tout de suite les morceaux de gras entaillés des hanches. C’est la forme oblongue d’un sein sur la plaque qui fit tilt en elle. Rien de ce qui n’était pas humain ne devait plus servir de nourriture à quiconque. Parce que manger d’autres formes de vie était en soi contaminant. Alors l’autophagie s’était « logiquement » imposée comme la nouvelle norme. Se dévorer soi-même en se mutilant, morceau par morceau. Comme si les doigts pouvaient repousser. Comme si les poitrines coupées pouvaient faire revenir un sein, à la façon dont un fruit grossit au bout d’une branche. Le gardien avait lâché dans sa tête, il avait trouvé dans cette communauté le lien qu’il avait cru perdu à jamais et il avait viré gourou. Jade comprit vite que c’était lui qui gérait la chaufferie et les rituels de dévoration. Lorsqu’il tendit la main, généreusement, à Jade, pour l’inviter au partage, elle serra un moignon sans phalanges.

Jade aurait pu partir à ce moment-là. Elle aurait dû. Partir. Les dénoncer. Mais la tour était désormais murée sur tout le rez-de-chaussée et elle avait trop le vertige pour s’enfuir en sautant d’un balcon. Surtout, elle y croyait encore. Malgré tout. Elle avait la conviction qu’elle était près de trouver l’explication aux mutations. Elle croisait, elle tissait les données dans un patchwork quotidien et confus, pourtant elle avait un fil d’Ariane, une vision, elle sentait quelque chose.

Elle avait conservé son accès au labo, qui était désert au petit matin, et elle continuait à explorer étages et caves, à orpailler l’ADN là où la secte ne passait pas – notamment dans cette zone inondée des caves, qu’elle avait redécouverte, et où, si tu acceptais de passer par la partie basse en traversant l’eau croupie à mi-cuisse, tu débouchais sur une zone assez vaste et labyrinthique qui correspondait au parking souterrain. Il n’y subsistait, depuis deux ou trois semaines, plus de présence humaine.

Enfin, c’est ce qu’elle crut d’abord. Car un prélèvement d’eau dans la mare lui fournit du génome humain. Facile à identifier puisqu’elle en avait archivé le code source : c’était Mattéo. Une seconde séquence avait assez de parenté génétique pour qu’elle devine qui passait là, elle aussi : sa mère, Éva. Et plus souvent que son fils si l’on s’en tenait aux quantités de brins que le séquenceur identifiait.

Dans cette zone de parking, Jade trouva des crottes de chauves-souris, assez récentes, mais sa prospection à la torche ne les repéra pas. Un rhinolophe, disait le PCR.

Au jour 125, Jade découvrit par hasard une goutte de lait sur un muret du parking. Elle séquença : c’était l’ADN d’Éva. Au jour 127, elle décida de camper dans un box du parking, en forant un petit trou dans la tôle pour pouvoir observer qui passait. Avait-elle laissé elle-même des traces ? Éva était-elle capable de lire son ADN aussi ? Après tout, il pouvait lui rester des filtres. Savait-elle s’en servir ? Ça semblait délirant. Toujours est-il qu’un jour s’écoula sans que personne ne vienne.

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Au jour 128, tandis qu’elle somnole, Jade entend des bruits d’eau, deux voix, et elle se secoue pour émerger. C’est bien Mattéo et sa mère.

– Tu crois qu’elle est là ? demande le gamin à voix basse.

– Il n’y a pas de raison, chuchote la mère. Tu entends quelque chose ? Concentre-toi !

– Oui… Oui… Elle est là !

Jade se blottit au fond du box, derrière le SUV garé. Elle se dit qu’elle devrait se glisser sous la voiture, si jamais ils la cherchent. Mais la mère et le fils passent devant le box sans s’arrêter. Elle voudrait sortir et les pister mais elle n’ose pas. Elle attend qu’ils reviennent. Ça ne dure pas plus d’une demi-heure. Elle les entend repasser en silence, s’enfoncer dans le couloir inondé, y patauger une petite minute et bientôt le son s’évanouit au loin vers les caves hors d’eau.

Encore un peu, elle patiente puis se décide à basculer le portail du box. La tôle grince de façon lugubre, tant pis. Ils sont loin. Elle est seule. Le noir est total. Jade balade le cercle de sa frontale, ses pas résonnent dans le vide. Elle avise sur le sol quelques gouttes d’eau qui n’ont pas encore été bues par le béton. Méticuleusement, elle piste ces petites taches sombres, ce qui l’amène à prendre la rampe vers l’étage inférieur du parking. Plus elle avance, plus la piste a séché. Bientôt, elle ne discerne plus rien. En se mettant à plat ventre avec sa frontale, en lumière rasante, elle repère tout de même de petites empreintes de baskets, à leurs crénelures, sur la poussière de ciment. Elle progresse en les traquant et parvient à un puits d’aération, dans un angle mort du parking, un puits de deux mètres de large, coupé d’une grille, qui donne sur l’extérieur, cinq mètres plus haut. Étonnamment, ce puits n’a pas été bouché, ou pas complètement : de la lumière filtre à travers une plaque d’OSB fendue ou délitée par les pluies. Jade mesure qu’il fait jour et qu’elle n’a plus aucun sens de l’heure.

Alors elle éteint sa torche et plisse les yeux. Une forme sombre pend sous la grille. La réminiscence de la pendaison de Livio la cueille. Elle grelotte, sent l’adrénaline fuser, un flash traumatique la fait vaciller, puis elle se reprend. C’est trop petit pour être un pendu, bien trop petit. Un rhinolophe ? Un grand rhinolophe alors ?

Elle est heureuse de l’avoir enfin trouvé, elle en rit presque. Pour elle, c’est un lingot de joie, un petit graal, de découvrir que des mammifères vivent ici, y trouvent leur niche écologique, font lien avec le dehors. Mais soudain, alors qu’elle pointe sa mini-torche pour mieux voir l’animal, la forme se décroche du plafond, vole en zigzag et vient se poser… sur son épaule !

Bien qu’elle n’ait jamais craint les chauves-souris, elle a un sursaut irrépressible.

Elle tend sa main gauche pour prendre délicatement l’animal, sans le serrer, il est chaud et incroyablement léger, et elle utilise sa seconde main pour qu’il ne s’échappe pas. Un peu trop fort pulse la lumière de sa frontale, si bien qu’elle lui cache quelques secondes la face de l’animal. La bête s’agite en piaillant contre sa poitrine et sans prévenir, elle sent un mordillement, qui devient petite morsure, au niveau de son sein droit… Elle tend ses bras pour écarter l’animal, sa frontale balaie le visage du chiroptère et Jade pousse un cri de terreur. La chauve-souris a un visage de bébé. De bébé de femme.

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Il lui faut un effort de maîtrise surhumain pour ne pas lâcher la chose. Jade tremble de tout son corps, des sueurs froides gouttent sous ses aisselles mais elle tient bon, ferme les yeux, tente une cohérence cardiaque, la rate, re-respire, fait redescendre son pouls, ne lâche rien. Finalement, l’animal se calme, tout en fouillant toujours sa poitrine et en ouvrant des lèvres, qu’il a humaines, comme s’il cherchait à téter. Il finit lui aussi par ouvrir grand des yeux, qu’il a tout petits. Leurs regards se croisent. Ils se voient.

Alors Jade comprend. Il cherche sa maman. Il a besoin de lait. Ses synapses à elle processent à toute vitesse, assurent les connexions au cœur de la peur, elle prend les chocs cognitifs à la volée. C’est la fille d’Éva qu’elle a dans les bras. Sa mère vient l’allaiter ici depuis sa naissance. Le père a bien jeté le bébé dans le vide-ordures mais il a dû voler dans le conduit, et d’instinct, il en est ressorti. Ou sa mère l’a récupéré. Elle l’a laissé libre. Peut-être. Ou a amené sa fille ici pour qu’elle puisse voler en liberté et sortir par là-haut, par le trou de la plaque de bois ? Et Mattéo ? Mattéo vient avec elle. Il vient voir sa petite sœur, la voir téter. La voir voler. La voir piailler avec de petits cris de souris. Et il a accepté qu’elle existe. Qu’elle vive. Il a accepté que c’est sa sœur, quand même. Vraiment. Comme sa mère a accepté que, lui aussi, vive. Qu’il continue à muter sans doute, et devienne un peu rhinolophe aussi, qui sait ? Dans sa mémoire récente, Jade reconstruit les symptômes : c’était ça les oreilles en pointe, crénelées, le nez qui s’épate en fer à cheval, l’arc des bras devenant plusieurs coudes. Quelle conne ! Tout était là !

La créature hybridée a la taille d’un nourrisson, pas plus. Ce qui fait gros, très gros pour un rhinolophe, presque monstrueux. Il reste pourtant si léger ! On le dirait enveloppé dans ses propres bras, comme s’il se consolait tout seul : ce ne sont que ses ailes repliées toutefois. Ça lui fait comme une cape, sur son torse. Jade finit par réussir à lui caresser la tête et à effleurer son visage, elle ne réfléchit plus, elle fait ce qu’elle sent, elle suit son instinct. Le rhinolophe se colle à elle et commence à somnoler. Après cinq minutes à le bercer, il dort.

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Au jour 130, j’ai demandé à être exfiltrée de l’immeuble zéro. J’ai dénoncé l’émergence d’une secte autophage, pris les vidéos qu’il fallait des cadavres auto-amputés, filmé le labo dévasté et le barbecue de la chaufferie avec les seins tranchés en quatre sur les plaques, offerts pour repas aux adolescents sous hypnose.

C’est une section commando de l’armée qui a été mandatée sur place. Elle a exfiltré tous les survivants et le gouvernement les a fait reloger dans un hôpital dédié. Les militaires ont défoncé les portes des apparts verrouillés pour y trouver derrière des cadavres et encore des cadavres.

Fort des sondages favorables à la « neutralisation », le Premier ministre, issu du Rassemblement national, a obtenu pour son unité spéciale le droit de tir sur les enfants mutants. Au final, on ne leur a pas tiré dessus, je le sais. Ils ont été brûlés directement au lance-flammes. La communication officielle dit que les parents ont agressé les militaires au couteau et que certains étaient armés d’arc, que l’armée a dû riposter en légitime défense, qu’il y a eu un accident aussi, un incendie involontaire. Mais personne n’est dupe : les familles mutantes ont été carbonisées avec leurs enfants. Pas de traces. Pas de vagues.

Deux nuits avant l’opération, je suis revenue desceller la plaque du puits d’aération et j’ai sorti Éva et Mattéo à l’aide d’une corde. Lophia, la petite sœur, voletait autour de nous. J’ai liquidé tous mes échantillons touchant aux chiroptères, vidé les bases de données correspondantes et j’ai accepté la batterie exhaustive des tests médicaux pour bien montrer que je n’avais été contaminée par rien en cent trente jours. Je veux que le mystère de l’immeuble zéro reste total.

Évidemment, j’ai été invitée sur tous les plateaux télé et radio et sur tous les réseaux pour raconter mon expérience « au cœur de l’enfer ». Pour donner mes hypothèses, mes pistes, mes doutes. Le Ministère m’avait collé une pléiade de consultants en communication et je n’ai rien respecté de leurs éléments de langage, je n’ai obéi à rien, j’ai envoyé tout bouler. J’ai juste dit et répété ce qui me semblait être le plus proche de la vérité : la contamination est génétique et elle est filiale. Elle n’aboutit pas à la mort de l’individu si l’on accepte que la mutation aille à son terme. Une nouvelle forme de vie est en train de naître. Elle a son sens et sa nécessité, elle est issue de l’évolution, comme nous tous, les vivants. Et elle en amorce une bifurcation.

Mon discours ne passe ni auprès des élites, ni auprès du grand public. On ne peut pas être intelligent à la place des gens.

Alors je me dis qu’il faut attendre, que ça fasse son chemin dans le cocon si narcissique de Sapiens, y ponde ses larves, produise sa nymphe ou son vertigo et ressorte en papillon de son crâne forclos. L’essentiel pour moi était de protéger Éva, Lophia et Mattéo, de ne pas suggérer la piste à laquelle je crois le plus : il existe une épigénétique du désir profond. Des capacités peuvent s’exapter chez l’humain, dans certains cas extrêmement rares – l’envie sublime de voler par exemple chez les mammifères. Éva avait ça en elle, dans ses tripes. Elle l’a provoqué dans l’embryon de son fils, comme une auto-mutation inconsciemment et viscéralement désirée.

Que ce soit impossible à entendre, je le conçois. Je ne vous demande pas de me croire. En attendant, j’ai écrit un court texte que j’ai fait graver sur une dalle, par une lapidaire amie, dans un site introuvable des Alpes de Haute-Provence. Quand je penserai l’humanité prête – un peu plus prête du moins – je donnerai les coordonnées GPS du site. Mon texte dit :

Sapiens a peut-être fait son temps. La vie l’emmène ailleurs. Nos ventres enfantent une nouvelle espèce qui se parle par ultrasons, sait hiberner et vole avec ses bras. Nos ventres enfantent dans la douceur des petits rhinolophes et des pipistrelles. Personne ne doit les tuer. Ce qui mue ne se tue pas. Le pur nous envoie dans le mur. Ce qui mue augmente les possibles du vivant. Est une chance pour l’altérité. Pour notre liberté d’espèce. Chiro Sapiens arrive. Laissez-le vivre.

Hier, je suis allée voir Lophia et Mattéo dans les Monges. Ils ont trouvé un hameau de biopunks qui les accepte et qui surtout se tait. Des tombes joyeuses. Lophia est magnifique et avec mon détecteur d’ultrasons, on arrive à lui parler, à échanger. Nous apprenons énormément grâce à elle sur le mode de vie des chauves-souris, leur éthologie et leur spiritualité sonique. Un jour, sans doute, nous révélerons toutes ces découvertes, tranquillement. Pour l’instant, nous apprenons à l’écouter. À nous écouter.

À accorder nos attentions.

Et à crier aussi, comme elle, au-delà de l’audible.

UN AUTRE REGARD

« La vie de chaque homme est un chemin vers soi-même, l’essai d’un chemin, l’esquisse d’un sentier. Aucun homme n’a jamais été entièrement et purement lui-même. Pourtant, chacun s’efforce de le devenir, l’un dans l’obscurité, l’autre dans la lumière, chacun comme il le peut. »

Hermann Hesse, Demian

Au moins 3 Serins cini Serinus serinus chantent dans la pinède. Il a beau être le plus petit de sa famille, il sait se faire entendre. Également, quelques Pinsons des arbres Fringilla coelebs, 12 pour être précis, dans un champ en jachère, vraisemblablement à la recherche de graines. Un Pic épeiche Dendrocopos major tambourine dans la mince ripisylve le long de la rivière Les Seynes de Sagriès. Un Rougequeue noir Phoenicurus ochruros, perché sur les vestiges d’un vieux moulin en ruine, semble contempler l’avenir du lieu. Peut-être s’apprête-t-il à en faire sa propre ZAD, non par la revendication, mais par l’attachement, comme on veille sur un territoire en y inscrivant sa présence plutôt qu’en le possédant. Un Vulcain Vanessa atalanta en vol vient se poser sur une Apiacée près de moi. Je me dis que je vais devoir attendre le printemps prochain pour revoir ce beau papillon chez moi en Savoie. Je suis dans le nord du Gard avec des amis, Vinciane Despret, philosophe du vivant, et Alain Damasio, l’écrivain de science-fiction. Il y a également Alba (Canis, plutôt loin de lupus) avec nous, qui est aussi alerte que moi vis-à-vis des habitants des lieux. Tous nos sens sont mobilisés. Je suis loin de rivaliser avec elle. Cherche-t-elle aussi à les nommer ?

On est le 24 janvier 2024 et il fait 21 °C. Nous en profitons pour nous enforester quelques instants, selon l’expression de Morizot.

« Mais je crois que tu dois surtout te demander ce que l’on perd », lance Vinciane. Alain valide et ajoute : « Il faut arrêter avec cette supposée neutralité technologique. » Voilà une bonne demi-heure que je leur explique avec enthousiasme à quel point cette technique utilisant l’ADNe est révolutionnaire. Comment elle est en train d’accélérer notre connaissance du vivant. Qu’elle va permettre à tout le monde, même aux néophytes, de réaliser des inventaires du vivant sans aucune connaissance naturaliste. Un moyen rapide de transmettre ce pouvoir d’inventaire dont chaque naturaliste dispose grâce à des connaissances acquises sur de longues périodes. Observer le vivant dans son ensemble sans a priori. Que l’on va pouvoir enfin comparer les données collectées entre elles – terminés les biais des observateurs. Et surtout, plus besoin d’électrocuter qui que ce soit (les poissons nous remercient !), nous allons enfin être discrets et non invasifs pour nombre d’espèces. Bref, d’une efficacité redoutable.

Avec cette remarque que Vinciane lance avec justesse, j’ai l’impression d’être cette Grive musicienne Turdus philomelos percutée en plein vol par le piqué foudroyant d’un Faucon pèlerin Falco peregrinus, terminant dans ses serres. Le choc est parfois si violent que l’oiseau est décapité par l’impact. Et moi, à cet instant, c’est sa phrase qui m’attrape, qui me cloue sur place. Le chant des oiseaux qui m’accompagne depuis le début de la balade s’interrompt brusquement. Évidemment. Pourquoi n’y ai-je pas pensé plus tôt ? À chaque révolution technique, nous y avons gagné : en efficacité, en confort… Mais nous y avons aussi perdu. En liberté, en autonomie…

Il y a un célèbre adage qui dit que l’on se rend compte de l’importance des choses seulement lorsqu’on les a perdues. Je n’ai pas envie d’en arriver à cette situation. Comment savoir ce que nous allons perdre avant que cela n’arrive ? Une des options est d’abord de se concentrer sur ce que nous avons exactement – quand je dis « nous », je parle bien entendu des naturalistes et plus globalement de tous les amoureux des différentes formes de vie et de leurs interactions. Puis d’en tirer le fil.

Un peu d’histoire

« Quatre de mes meilleurs chasseurs de Guyane sont morts dans l’enfer du Venezuela. En l’apprenant je ressentis une grande tristesse, doublée, je l’avoue, d’une déception : mes hommes, de ce même enfer, m’avaient envoyé, pendant plusieurs années, de multiples spécimens d’espèces que je connaissais mal. Et, après leur mort, j’eus grand-peine à trouver d’autres chasseurs qui consentissent à affronter pour moi les multiples dangers de l’Orénoque. »

Eugène le Moult, Mes chasses aux papillons

Pour saisir les origines des grandes explorations naturalistes, il faut se plonger dans le XVe siècle, au cœur de la Renaissance italienne, cette période-charnière où convergent bouleversements intellectuels, technologiques et sociétaux. Plusieurs révolutions s’y superposent, modifiant profondément la relation de l’humain à son monde : d’abord, les progrès spectaculaires en navigation, permettant d’arpenter les mers avec une précision inédite ; puis l’invention de l’imprimerie, véritable catalyseur de diffusion du savoir, dont l’impact pourrait se comparer à celui de l’intelligence artificielle aujourd’hui. Cette époque marque également un tournant dans la pensée : les savoirs religieux sont questionnés, l’Europe connaît un essor démographique et économique, et les cours royales s’érigent en mécènes pour attirer savants et artistes, nourrissant ainsi une effervescence scientifique. Enfin, la révolution copernicienne, qui déplace la Terre du centre de l’Univers, provoque un décentrement radical : l’humain, désormais relégué à la périphérie cosmique, commence à envisager le monde avec un regard nouveau, moins anthropocentrique.

C’est sur ce terreau fertile que germent, pendant plusieurs siècles, des explorations de plus en plus ambitieuses et spécialisées, façonnant notre compréhension de la planète. Si toutes ne peuvent être évoquées ici 1, il est crucial de s’attarder sur certaines d’entre elles pour décrypter les objectifs, les méthodes et les transformations qu’elles ont opérées dans le champ des savoirs. Ces entreprises témoignent d’un mouvement progressif : d’expéditions motivées par le commerce et la domination territoriale à des quêtes guidées par la curiosité scientifique et la volonté de cataloguer le vivant.

Prenons pour point de départ les figures emblématiques de Christophe Colomb (1451-1506), Vasco de Gama (1460-1524) et Fernand de Magellan (1480-1521). Ces explorateurs, bien que souvent célébrés comme des pionniers, illustrent avant tout une période où la géographie dominait les préoccupations intellectuelles. Les récits de leurs voyages, pour la plupart, s’attardent peu sur la faune et la flore des nouveaux territoires explorés. Leurs entreprises étaient mues par des ambitions essentiellement commerciales et stratégiques : établir de nouvelles routes maritimes, accéder aux précieuses épices, et maximiser l’efficacité des échanges économiques mondiaux. Si ces voyages ont permis d’élargir les frontières du monde connu, ils n’étaient pas encore animés par ce regard naturaliste, cette quête d’interroger les vivants et les écosystèmes en eux-mêmes.

Pourtant, en arrière-plan de ces entreprises marchandes se dessine une réflexion existentielle. Ces voyages, bien qu’ancrés dans une volonté d’expansion, préfigurent un changement de paradigme : celui d’un monde à cartographier, non plus seulement pour y exploiter des ressources, mais pour y déchiffrer les formes de vie et leurs dynamiques. Cette transition, lente mais inexorable, marque le passage d’une curiosité utilitaire à une exploration fondamentale, où l’étude du vivant s’imposera peu à peu comme une quête en soi.

Un Français comme pionnier… Cocorico !

Le premier véritable voyage naturaliste, c’est un Français, Pierre Belon, du Mans, qui le réalise entre 1546 et 1549. Érudit, médecin, Pierre Belon profite d’un voyage diplomatique vers Constantinople – à cette époque, lors de ce type de déplacement, il était fréquent de se faire accompagner de savants – pour voyager et assouvir sa curiosité naturaliste. Il traverse d’abord très rapidement l’Italie, puis son attention, et plus particulièrement son sens de l’observation, sont mis à profit en Grèce, en Égypte, en Terre sainte et enfin en Anatolie, territoire largement méconnu des Occidentaux. Le récit de ce voyage restera dans l’histoire car il est très largement documenté dans son ouvrage publié en 1553 : Les Observations de plusieurs singularitez et choses mémorables, trouvées en Grèce, Asie, Judée, Égypte, Arabie et autres pays estranges. Cette œuvre est remarquable à plus d’un titre. L’auteur s’essaie de manière pionnière à une comparaison entre ses observations et celles des grands savants de l’Antiquité. Pour chaque espèce, il tente de donner un nom équivalent en grec, latin, français ou encore en patois. Les débats sur la nomenclature des espèces, sur la façon de les nommer – débats que nous connaissons encore aujourd’hui – sont finalement très anciens :

Qu’on ne se doit trop fier aux appellations des choses, encore qu’elles soient vulgairement nommées, si elles ne sont bien correspondantes aux descriptions des Anciens, et convenantes à la chose qu’on décrit. Je mettrai plusieurs plantes et animaux connus pour exemple, afin de démontrer que leurs noms vulgaires sont faussement imposés. Ce que par aventure ne serait sans déplaire à quelques-uns.

En dehors du style littéraire, le fond s’inscrit, de manière étonnante, dans l’actualité plus de cinq siècles après. En plus de nommer, il observe et décrit, tant l’apparence que les comportements. Pour l’illustrer voici un extrait concernant le Chamois Rupicapra rupicapra :

J’ai bien voulu ajouter le portrait du chamois, que les Grecs ont nommé cemas. Le roi le nomme isard, mais c’est une antique diction française. Les latins l’ont nommé rupicapra, car leur demeure est entre les durs et âpres rochers, tant pour y dormir la nuit comme pour se retirer sur jour après qu’ils ont mangé les herbes des vallées.

L’Isard Rupicapra pyrenaica est aujourd’hui le nom donné à une espèce proche du Chamois des Alpes, mais vivant dans les Pyrénées.

Puis vient le tour de Francis Drake, deuxième explorateur connu à avoir effectué un tour du monde à la voile (1577-1580), initialement à vocation militaire, et qui rapporte par la même occasion des écrits précis portant sur des mammifères et des plantes 2 qu’il croise pendant son périple.

S’ensuivront de nombreuses expéditions mélangeant intérêts mercantiles – recherche de nouvelles plantes comestibles, d’épices, de plantes médicinales – et sciences naturalistes.

Au XVIIIe siècle, cela commence à devenir sérieux

C’est à partir du XVIIIe siècle que les choses prennent un tournant décisif. La navigation, de plus en plus performante grâce aux progrès techniques, ouvre des horizons auparavant inaccessibles. Si les ambitions commerciales demeurent omniprésentes en arrière-plan de ces expéditions, une volonté croissante d’élargir les connaissances sur le vivant commence à s’affirmer de manière structurée. Collecter des spécimens devient une priorité : plantes, oiseaux, mammifères et autres organismes viennent enrichir les cabinets de curiosités, ces proto-musées où le vivant est classifié, étiqueté, mais aussi parfois réduit à des artefacts privés, témoins d’un monde inconnu.

Ces expéditions, coûteuses et complexes, sont majoritairement entreprises par des Européens, soutenus par des institutions ou des mécènes avides de prestige scientifique. Parmi eux, le médecin et naturaliste Georg Wilhelm Steller (1709-1746), qui va explorer la Sibérie et l’Alaska, et collecter de nombreuses plantes, mais aussi des oiseaux, des mammifères, pour grande part des espèces totalement nouvelles et qui portent son nom aujourd’hui. Ou encore Joseph de Jussieu (1704-1779), botaniste, qui embarque avec Charles Marie de La Condamine (1701-1774) dans une mission vers l’Amérique du Sud, dont l’objectif principal est de mesurer la longueur de l’arc méridien terrestre – pour confirmer ou infirmer un éventuel aplatissement des pôles. Jussieu reste en Amérique du Sud pendant plus de trente ans afin d’y poursuivre ses études botaniques, et en améliore significativement les connaissances, singulièrement celles des rives du lac Titicaca. Deux autres naturalistes marquent aussi ce siècle : Carl von Linné (1707-1778) et Jeanne Barret (1740-1807).

Pour le premier, Carl von Linné, sa reconnaissance ne vient pas spécialement de ses nombreux voyages naturalistes puisqu’il n’en fait que très peu en dehors de la Suède d’où il est natif. Ce sont essentiellement ses étudiants ou ses collaborateurs qui effectuent pour lui des expéditions et lui fournissent de nombreux spécimens de plantes et d’animaux qui alimentent ses recherches, connues à travers ses nombreuses publications scientifiques. Cette accumulation de collections – qu’il détient en propre, mais aussi en provenance de nombreux propriétaires de cabinets de curiosités – l’incite à réfléchir à un système de classification et de « mise en ordre » des organismes vivants. Concernant Jeanne Barret, exploratrice et naturaliste, elle est la première femme à avoir fait le tour du monde pendant l’expédition de Louis-Antoine de Bougainville (1729-1811) à bord de La Boudeuse et de L’Étoile, qui sillonnent les mers entre 1766 et 1769. Fait remarquable, la présence de femmes étant strictement interdite par décret royal dans les navires à cette époque, elle embarque sous le nom de Jean Barret comme valet de Philibert Commerson (1727-1773), lui-même naturaliste, et spécialiste des poissons. La supercherie est découverte pendant le voyage, les deux naturalistes étant en réalité en couple. À eux deux ils collectent, entre autres, plusieurs milliers de spécimens de plantes contribuant ainsi significativement à améliorer les connaissances de plusieurs zones géographiques, dont l’Île Maurice.

À l’évocation de tous ces naturalistes voyageurs, je songe à toutes les espèces qui portent encore leur nom, comme un témoignage de ce passé d’explorateurs : l’Eider de Steller Polysticta stelleri – un canard marin ; la Linnée boréale Linnaea borealis – une plante rampante circumboréale ; la Bougainvillée Bougainvillea spectabilis – un arbuste endémique du Brésil ; ou encore le Tadorne de Belon Tadorna tadorna – un oiseau proche des oies et des canards facilement observable par exemple en Camargue… parmi tant d’autres.

Le début d’une professionnalisation des naturalistes

Au XIXe siècle, les naturalistes vont continuer d’explorer la planète – souvent en compagnie d’autres scientifiques – à la recherche de nouvelles espèces. Ils alimentent ainsi de nombreuses collections privées – les cabinets de curiosités sont toujours à la mode – ou les muséums d’histoire naturelle, qui jouent un rôle croissant dans le domaine des sciences. Progressivement c’est également une nouvelle ère qui s’amorce. Il ne s’agit plus seulement de prélever et d’identifier des plantes ou des animaux, on cherche aussi à trouver des explications : comment sont-ils arrivés là ? D’où viennent les variations de taille, de forme, de couleur observées çà et là entre des espèces géographiquement très proches ou lointaines ? Les explications religieuses, créationnistes, ne suffisent plus. C’est aussi à cette époque que les naturalistes changent de statut et ne sont plus seulement amateurs. Ce travail n’est plus effectué « en plus » de celui de médecin ou de militaire. Certains sont pour la première fois rémunérés, soit en vendant le fruit de leurs récoltes sur le terrain, soit directement pour leurs compétences. Deux naturalistes britanniques vont particulièrement s’illustrer durant cette période, Charles Darwin (1809-1882) et Alfred Russel Wallace (1823-1913).

Fraîchement diplômé de l’université de Cambridge, Charles Darwin est engagé par le capitaine Robert FitzRoy, de la Marine royale, comme naturaliste à bord du HMS Beagle. À ce moment-là, il n’a pas encore la reconnaissance qu’il aura vingt ans plus tard. Ce n’est qu’un jeune homme féru de géologie et d’histoire naturelle, qui part le 27 décembre 1831 du port de Devonport-Plymouth dans ce fameux voilier pour un voyage d’une durée initiale de deux ans et qui en prend finalement presque cinq.

Ce n’est pas la première expédition accueillant un naturaliste mais probablement celle qui aura le plus d’impact dans notre rapport au monde à cette époque. D’abord parce qu’elle est particulièrement bien documentée et apporte à Charles Darwin le début de sa notoriété, mais aussi parce qu’elle est le socle de sa pensée transformiste et aboutit deux décennies plus tard à sa fameuse étude sur L’Origine des espèces. Il donne enfin une histoire aux espèces, elles évoluent – terme qu’il n’apprécie guère d’ailleurs – notamment par la sélection naturelle. Elles ont aussi une ascendance commune, ce que la génétique, quelques dizaines d’années plus tard, confirmera.

C’est aussi le reflet de la manière dont les premières études sur l’écologie des espèces et les premiers inventaires se sont déroulés. Les espèces animales et végétales étaient systématiquement prélevées, en général au fusil ou par tout autre moyen permettant sa collecte. Oiseaux, mammifères, reptiles, poissons, insectes, plantes… tout y passe. Le naturaliste de l’époque est un « chasseur-cueilleur ». Certains animaux, comme les reptiles, seront disséqués sur place pour étudier leur régime alimentaire – comme lors de son exploration des Galapagos :

J’ai ouvert plusieurs de ces lézards ; leur estomac est presque toujours considérablement distendu par une plante marine broyée (Ulvae) qui pousse sous forme de feuilles minces vert brillant et sombre.

Il est aussi amusant de noter rétrospectivement, et sans jugement, le regard qui était porté parfois sur les différentes formes de vie : « L’oiseau le plus commun est un martin-pêcheur Alcedo iagonensis, qui se pose stupidement sur les branches du ricin » ; « Ces deux oiseaux ont un caractère si tranquille, si bête, ils sont peu accoutumés à recevoir des visiteurs, que j’aurais pu en tuer autant que j’aurais voulu avec mon marteau de géologue » ; « À peine quelques magnifiques papillons volent-ils paresseusement çà et là ». Je crois que ce type de commentaires a définitivement disparu des comptes rendus de terrain naturalistes plus contemporains, soit pour une approche plus froide et techniciste, soit plus poétique et philosophique à l’instar de l’œuvre de Robert Hainard (1906-1999).

Après son retour, Darwin consacre de nombreuses années à trier les échantillons et individus collectés, à les documenter, à les transmettre à ses confrères et à attendre leurs retours, tout en communiquant sur ses résultats. Ses travaux font toujours référence, et de nombreuses espèces sont encore reconnues scientifiquement comme ayant été décrites par ses soins.

C’est le Brésil, et plus particulièrement la forêt amazonienne, que choisit Alfred Russel Wallace en 1848, en compagnie d’Henry Walter Bates (1825-1892), un entomologiste, pour sa première expédition. Il se donne deux objectifs : collecter des insectes et des oiseaux pour les revendre à de riches collectionneurs en Angleterre, mais aussi rechercher des indices pour lui permettre de comprendre l’évolution du vivant – idée à laquelle il a déjà commencé à réfléchir avant son départ. Wallace prend rapidement goût à cette vie de naturaliste et repart, peu de temps après son retour en Angleterre en 1852, vers le sud-est de l’Asie. Il arrive ainsi à Singapour en 1854, et passe les huit années qui suivent à prospecter plusieurs îles indonésiennes. Il renvoie en Angleterre plus de 125 000 spécimens, majoritairement des oiseaux et des insectes de cette zone géographique. C’est ce travail qui l’aide à percer, de manière simultanée à Charles Darwin, les mécanismes d’évolution des espèces au travers de la sélection naturelle – ce qui poussera d’ailleurs Darwin à publier plus rapidement que prévu son livre L’Origine des espèces. Alfred Wallace est également connu pour être le père de la biogéographie, cette science qui étudie le rôle de la géographie dans la répartition des êtres vivants. Il est un des premiers naturalistes à s’inquiéter de l’impact des activités humaines sur le vivant. Nous sommes encore dans cette idée que les vivants occupent un environnement auquel ils s’adaptent. Cette vision ne changera que bien plus tard.

Le renouveau des grandes expéditions

Au début des années 2000, le Muséum national d’histoire naturelle de Paris (MNHN) initie un nouveau programme intitulé « La planète revisitée ». Le but ? « Redécouvrir ce que l’on croyait connaître. » L’essentiel du vivant reste encore à découvrir – on estime en connaître aujourd’hui 20 % et une centaine d’espèces disparaissent chaque jour dans le monde à cause des humains. Nous entrons alors dans un nouveau cycle d’expéditions naturalistes. Par le passé, elles ont d’abord été organisées, à des degrés divers, à des fins commerciales, politiques, géographiques, scientifiques, elles le sont désormais pour des raisons de préservation : connaître pour mieux protéger, avant que les espèces disparaissent si nous n’agissons pas.

La première expédition de ce programme, nommée « Santo 2006 », se déroule dans l’archipel mélanésien, à plus de 500 kilomètres au nord-est de la Nouvelle-Calédonie, dans la République du Vanuatu. Dirigée par Philippe Bouchet du MNHN, Hervé Le Guyader de l’Institut de recherche pour le développement (IRD) et Olivier Pascal de l’association Pro-Natura International, cette expédition réunit, entre août et décembre 2006, 203 participants, dont 153 scientifiques venus de 25 pays. Il s’agit vraisemblablement de la plus grosse expédition naturaliste jamais réalisée. La littérature et les publications sont très abondantes pour en témoigner. Plus de 1 million d’euros de budget, hors salaires, plus de 10 000 espèces végétales et animales collectées, des centaines d’espèces nouvelles pour la science, parmi lesquelles un millepattes nommé Lobiferodesmus vanuatu 3, un Scorpion Lychas santoensis 4 ou encore une demoiselle (libellule), à la fois une nouvelle espèce mais aussi un nouveau genre du nom de Vanuatubasis santoensis 5. Il est vrai, que pour cette mission, une attention toute particulière a été portée par les chercheurs sur les invertébrés, comme en témoignent les découvertes mentionnées ci-dessus. Il s’agit en effet encore aujourd’hui d’un groupe trop peu étudié au regard de sa diversité. Cela a nécessité par ailleurs dans ce cadre l’utilisation d’une grande diversité de techniques de piégeage, tant l’écologie des arthropodes est variée : piège à fosse pour les invertébrés se déplaçant au sol, permettant leur capture à l’aide d’un pot enterré contenant de l’eau savonneuse ; examen minutieux des arbres morts pour collecter les insectes xylophages ; spray insecticide pour capturer des coléoptères et des araignées vivant sur les écorces ; pièges lumineux avec un néon ou une ampoule qui attirent sur un drap blanc nombre d’insectes qui sont ensuite mis dans de l’éthanol ; ou encore, plus simplement, collecte ponctuelle, à l’aide de filets à papillons, au gré de la circulation itinérante des naturalistes dans la forêt. Ces méthodes ne s’appliquent pas seulement dans le contexte de cette mission et sont le reflet des moyens – plus ou moins – classiquement mis en œuvre dans le cadre d’inventaires sur ces animaux. Et le règne végétal dans tout ça ? En plus de la traditionnelle loupe, les botanistes missionnés lors de cette expédition ont utilisé des techniques de cordes 6 pour collecter les espèces épiphytes installées dans la canopée. Les plantes sont, après collecte, mises à sécher dans un herbier avant une mise en collection définitive.

Depuis, ce programme s’est poursuivi au Mozambique, à Madagascar, en Papouasie-Nouvelle-Guinée, en Guyane, en Nouvelle-Calédonie et récemment en Corse. Il continue d’améliorer significativement l’état de nos connaissances de la biosphère.

Ce type d’expéditions est celui qui peuple aujourd’hui nos imaginaires, nourris par les nombreux reportages diffusés sur les chaînes de télévision et les plateformes de streaming. J’ai eu la chance de participer pendant plusieurs années à ce genre de missions exploratoires, ceci bien avant de découvrir l’ADN environnemental.

Des cabinets de curiosités à la mise en collection

Le mot « naturaliste » semble apparaître pour la première fois au cours du XVIe siècle. Il qualifie les spécialistes des sciences naturelles, qui éventuellement participaient lors d’expéditions – à l’image des personnalités citées plus haut – aux collectes des plantes ou des animaux, parfois à des fins mercantiles. Aujourd’hui, un naturaliste désigne plutôt une personne, scientifique ou non, qui s’adonne à une pratique – souvent de manière passionnée – dans un ou plusieurs domaines de sciences comme la zoologie, la botanique, la géologie ou l’astronomie. Cette pratique s’effectue dans un cadre amateur et/ou professionnel, dans des instituts de recherche publics ou privés, des bureaux d’études, des associations, des espaces naturels protégés (réserves, parcs…) et même dans son jardin ou depuis un balcon.

Être naturaliste aujourd’hui, dans un monde marqué par la sixième extinction du vivant, c’est devenir à la fois le témoin attentif et l’interprète engagé des formes de vie menacées. Ce rôle dépasse la simple contemplation ou l’enregistrement de données. Il s’agit d’une quête pour comprendre les relations complexes qui unissent les espèces, tout en cherchant à préserver ces liens fragiles qui soutiennent les écosystèmes et nous connectent à eux. Le naturaliste ne se contente pas de constater le déclin : il ou elle agit en transmettant un savoir, en éveillant les consciences, et parfois en intervenant directement pour sauvegarder ce qui peut encore être sauvé.

Quoi qu’il en soit, cette dimension de la collection est très marquée chez les naturalistes, et c’est toujours le cas actuellement, bien que sous de nouvelles formes. Combien de boîtes remplies de coquilles d’escargots ? D’herbiers avec les plantes de mon jardin ou des lieux de vacances ? De plumes et de nids abandonnés stockés précieusement dans des cartons ? De coquilles d’œufs vides de différentes espèces de Mésanges ? De mues de serpents ou d’insectes ?

C’est Eugène Le Moult (1882-1965), célèbre entomologiste breton, qui de mon point de vue l’explique le mieux dans son livre autobiographique Mes chasses aux papillons. Il y raconte, lorsqu’on l’interroge sur le « pourquoi » il est devenu naturaliste, qu’il préfère répondre par le « comment ». Ce « comment » débute pour lui dans l’enfance avec un bloc de cristal de roche que son père avait découvert sur la presqu’île de Crozon. Il est ébloui par cette rencontre minérale et décide d’en conserver un morceau. Il termine son explication de cette manière :

C’est ainsi que je me mis à collectionner : cailloux, coquillages et plantes, satisfaisant, d’une part, mon amour des couleurs et des formes – autant dire de la nature tout entière – et, d’autre part, mon goût de la découverte. Ce dernier, assez vite, devint le goût de la capture.

« Ce dernier, assez vite, devint le goût de la capture. » Évidemment ! Si je replonge dans ma propre expérience, je ne peux qu’y adhérer. La capture des oiseaux pour les baguer, la capture des différents arthropodes que je croise pour les identifier et les observer, la capture des chauves-souris pour les étudier… Capturer des sons inaudibles pour moi, des ultrasons, et enfin des fragments invisibles avec l’ADNe.

Cette quête pour dresser l’inventaire du monde vivant est, jusqu’à aujourd’hui, indissociable des collections. De l’action de collecter des spécimens vivants ou non, des échantillons, des traces, des données d’observation, des prélèvements d’ADN, d’eau, de sols, des photographies, des vidéos, des sons.

Et ce n’est pas récent…

C’est à la Renaissance que les cabinets de curiosités apparaissent – soit à la même époque que le terme « naturaliste ». Dans ces chambres sont entreposées, de manière peu ordonnée, des collections très hétérogènes d’objets, de plantes, d’animaux jugés « intéressants » par leurs propriétaires – dans les premiers temps, d’abord dans les familles les plus riches, érudites ou détenant un pouvoir politique en Europe. Christine Davenne et Christine Fleurent précisent à propos des cabinets à cette période qu’il s’agit « d’un indice du statut social des propriétaires et de leur importance sur le plan diplomatique, et enfin de fournir un arsenal pédagogique destiné à l’éducation des héritiers 7 ». À l’image finalement des encyclopédies modernes.

Entre le XVIIe et le XVIIIe siècles, les cabinets de curiosités prennent une dimension de plus en plus scientifique. Les collections y sont désormais rangées, classées et ordonnées, un mouvement auquel Linné contribue largement. Là où l’art et la science se mêlaient encore – un tableau de maître côtoyant un squelette de Cerf européen Cervus elaphus, une coquille de mollusque posée au pied d’un vase antique –, on cherche progressivement à établir une séparation. Cette évolution aboutit à la création des muséums d’histoire naturelle à la fin du XVIIIe siècle, tel celui de Paris en 1793, qui recueille les collections consacrées aux sciences naturelles 8 – comme si l’on voulait définitivement marquer une frontière entre ces deux univers. Mais les cabinets de curiosités ne disparaissent pas pour autant. Au XIXe siècle, portés par la passion des amateurs et l’impulsion de grands naturalistes comme Alfred Russel Wallace, ils connaissent un nouvel élan. Cette fois, on y recherche les spécimens les plus rares, les plus étonnants, les plus exotiques. Cette frénésie de collection devient un moteur d’exploration : combien de naturalistes ont financé leurs expéditions aux confins du monde grâce à la vente de leurs « récoltes » ? Au XXe siècle, l’approche change encore. On ne se contente plus d’accumuler et de classer, on cherche à comprendre et à analyser ces collections, à en tirer du savoir plutôt qu’un simple émerveillement. Progressivement, les cabinets privés cèdent leurs trésors aux muséums publics, qui deviennent les gardiens de cet héritage scientifique et historique.

Dans l’acception générale, il me semble que lorsque l’on parle de collections d’être vivants, on pense immédiatement à celles des muséums d’histoire naturelle – aux 7 000 spécimens de la grande galerie de l’Évolution du MNHN de Paris par exemple. En réalité, cette fraction mise en exposition pour le grand public n’est qu’une toute petite partie des collections. Ce muséum abrite aujourd’hui plus de 65 millions de spécimens ! L’essentiel est mis à disposition des scientifiques pour des études comparatives, morphologiques, phénotypiques ou des descriptions d’espèces. On y trouve notamment les spécimens « types », holotype, paratype, lectotype, syntype, néotype et j’en passe 9… c’est-à-dire les individus mis en collection afin d’établir une description en bonne et due forme d’une nouvelle espèce. Quand ils ne proviennent pas d’expéditions scientifiques et de collectes, les spécimens sont issus d’individus morts en zoo, de braconnage ou des saisies douanières. Ce sont un peu plus de 100 000 individus de provenances diverses qui rejoignent les collections de Paris chaque année. Pour se faire une idée, rien que durant les deux mois de l’expédition Santo 2006 présentée dans ce chapitre, au moins 500 000 individus d’invertébrés ont rejoint ces collections.

Cette phase de tri, d’analyse, d’identification, d’étiquetage, bref de mise en collection, est très clairement la plus longue, méticuleuse et laborieuse. Toute la phase en amont, à savoir le terrain, ne correspond finalement qu’à la partie émergée de l’iceberg, la plus excitante en général pour le naturaliste explorateur. En l’écrivant, je m’aperçois que je ne sais pas si c’est aussi valable pour celui ou celle qui étudie les micro-organismes.

Pour expliquer en quoi cette phase consiste, je vais de nouveau faire appel à Eugène Le Moult. Le dernier chapitre de son ouvrage, « Conseils aux entomologistes en herbe », en plus d’inviter tous les parents à encourager leurs enfants à la pratique de l’entomologie, explique longuement comment capturer et mettre en collection le fruit des « chasses » entomologiques. Au retour de missions de terrain, les insectes prélevés sont préservés dans des sachets en papier ou des papillotes – papiers rectangulaires pliés en diagonale pour tenir les papillons les ailes fermées – à Lépidoptères. Ils arrivent desséchés. La première étape consiste donc à les ramollir en vue de leur préparation avant la mise en collection. Il existe différentes méthodes pour cela. Le Moult propose d’utiliser du sable humide qui est mis dans un récipient avec du paradichlorobenzène. Au bout de quelques jours, les insectes se ramollissent, favorisant le redéploiement de leurs ailes. Une fois cette étape terminée – si je reste sur mon exemple des papillons – il faut les piquer sur le milieu du thorax, et installer l’épingle supportant chaque papillon sur le liège tendre (aujourd’hui plutôt une matière synthétique) de l’étaloir (sorte de petite planche en bois, avec une rainure en son centre pour y installer le corps du papillon au centre et les ailes sur la planche). Puis à l’aide d’une petite bande en papier, on vient maintenir les ailes, ramollies, bien à plat. Le même travail délicat et minutieux doit être effectué avec les antennes. Au bout de quelque temps, les insectes sèchent de nouveau, cette fois dans une position permettant d’observer facilement l’ensemble des détails de leur morphologie. Ils sont enfin mis dans une boîte de collection, accompagnés d’une première étiquette avec le lieu de capture et la date, et d’une seconde, placée sous chaque individu, avec son nom scientifique et vernaculaire.

Ce travail de mise en collection nécessite des heures, des jours, des nuits et même des années pour une expédition naturaliste comme celle que j’évoque plus haut. À titre personnel, je ne saurais compter le nombre d’échantillons des expéditions que j’ai pu faire, qui restent à examiner avec attention et qui sont toujours stockés dans des laboratoires, çà et là, en attendant d’être pris en charge dans les règles de l’art. Cela est d’autant plus vrai qu’il manque de spécialistes pour la plupart des groupes taxinomiques, notamment pour ceux qui sont sans plumes ni poils, pour lesquels les connaissances ne tiennent qu’à quelques experts déjà très sollicités. Et d’autant plus vrai que la taxinomie n’a plus vraiment le vent en poupe comme le montrent les faibles moyens financiers déployés pour recruter et former de tels experts, et que les revues de taxinomie ont un facteur d’impact – ce moyen de classer les revues scientifiques entre elles et de mesurer leur visibilité – très faible (et même souvent aucun).

C’est un véritable goulet d’étranglement alors que l’enjeu est colossal pour l’amélioration des connaissances du vivant.

Mettre en collection pour décrire des espèces

Même si le processus de description d’une espèce est assez variable et dépend de l’espèce visée, des moyens à disposition et des processus éditoriaux des revues scientifiques, entre le moment de la collecte de l’individu et sa description il s’écoule facilement plus de vingt ans, comme cela été montré par exemple chez les gastéropodes 10. Par ailleurs 60 % des nouvelles descriptions d’espèces sont faites par des taxinomistes amateurs 11 ! Amateurs qui en moyenne décrivent plus rapidement de nouvelles espèces, en raison notamment de la non-nécessité pour leur carrière de publier dans des revues à fort facteur d’impact. Cet exemple souligne l’importance des non-professionnels dans le domaine de l’écologie, qui est d’ailleurs une des rares sciences où l’on reconnaît 12, même s’il est sous-estimé, le rôle de ce contingent de bénévoles passionnés. Enfin, au rythme actuel, la description des espèces restantes non décrites sur Terre pourrait prendre jusqu’à 1 200 ans et nécessiterait 303 000 taxinomistes pour un coût approximatif de 364 milliards de dollars 13 ! Autant dire qu’avec les moyens actuels et les méthodes traditionnelles, nous n’y arriverons probablement jamais… Elles auront disparu avant même qu’on sache qu’elles avaient existé. Le cauchemar ultime pour le naturaliste que je suis.

Ce constat amer – que la Convention sur la diversité biologique appelle le handicap taxinomique (taxonomic impediment 14) – est valable à l’échelle de la planète. Nous n’avons jamais eu autant besoin de connaître tous ces vivants qui rendent possibles les conditions de la vie sur Terre, et pourtant les compétences et les moyens financiers et humains continuent de manquer, voire diminuent. C’est d’autant plus problématique que les espèces qui ont fait l’objet d’une description scientifique ont tendance à avoir moins de risques de disparaître 15 que celles qui sont encore inconnues de la science, même si la simple description d’une espèce ne garantit pas automatiquement sa mise en protection par les pays. Cela s’explique toutefois par le fait que lorsqu’une espèce est décrite et répertoriée dans la littérature scientifique, elle devient visible aux yeux des organismes de conservation comme les ONG puis à ceux des décideurs politiques. Elle peut ainsi bénéficier d’efforts spécifiques visant à préserver son habitat, à réglementer son exploitation (chasse, pêche, sylviculture, etc.) ou encore à diffuser et communiquer sur son existence auprès du grand public.

Continuer à faire des collections d’êtres vivants, telles que pratiquées depuis plusieurs siècles ainsi que je vous l’ai présenté plus haut, fait depuis quelques années maintenant l’objet de débats passionnés. D’un côté, ceux qui pensent qu’il est indispensable de réorienter la manière dont les muséums d’histoire naturelle entretiennent des relations avec les espèces et les individus mis en collection – à savoir une gestion des collections qui serait plus compassionnelle 16 : en améliorant le stockage et l’enregistrement des échantillons non létaux tels que les tissus, les enregistrements, les photos par exemple ; par ailleurs en investissant dans des infrastructures qui donnent la priorité à la longévité des spécimens et des échantillons déjà collectés lors de précédentes missions ; et puis en adoptant les nouvelles technologies afin d’optimiser les pratiques de collecte pour les applications de recherche qui émergent actuellement ; ou encore en accueillant une nouvelle génération de scientifiques dans les muséums et en créant une communauté autour de la « connexion et du respect de la faune et de la flore qui nous entourent et de la planète que nous partageons ».

De l’autre côté, ceux qui comprennent le besoin de faire évoluer certaines pratiques et d’intégrer une nouvelle forme de déontologie, mais qui défendent la pratique des collections dans sa forme actuelle 17. Avec des arguments tels que : cette pratique reste indispensable pour la conservation des espèces, car par exemple une découverte comme celle de l’impact du DDT n’a pu se faire que par comparaison de coquilles d’œufs et d’oiseaux conservés dans les muséums avant l’apparition de ce pesticide ; de nombreux parcs nationaux, en Afrique et en Asie notamment, ont été définis sur la base de nombreuses espèces collectées et préservées dans des musées ; par ailleurs le lien entre la génétique et la variabilité phénotypique des espèces ne peut se faire qu’avec des collections traditionnelles ; de surcroît de nombreux pathogènes qui affectent l’être humain aujourd’hui sont à l’origine de zoonoses, et la conservation de spécimens en collection est le seul moyen a posteriori d’identifier ces nouveaux pathogènes et leur écologie. De plus, on ne sait pas de quoi demain sera fait, autrement dit, de nouvelles techniques auront peut-être besoin de ces collections pour répondre à de futures questions scientifiques, notamment en biologie. Et enfin, c’est le meilleur moyen de documenter le vivant, les descriptions d’espèces ne pouvant se faire qu’au moyen de prélèvements d’individus.

Ce débat me semble tout à fait légitime. À mesure que notre compréhension augmente sur la sensibilité que peuvent éprouver les êtres vivants, nos percepts évoluent également 18. Cette prise de conscience doit nous amener à interroger nos pratiques, que ce soit en tant que naturalistes ou simplement en tant que membres de cette communauté des vivants.

Des collections d’ADNe ?

Quant à la collecte d’échantillons d’ADN environnemental, elle n’échappe pas à ce besoin de mise en collection. Mais la tâche est globalement plus simple. Chaque échantillon environnemental est étiqueté sur le terrain, ce qui facilite le recensement une fois au laboratoire. Il n’y a pas non plus besoin de reprendre les individus un par un pour les identifier. Une fois l’ADN extrait, il contient l’ensemble des molécules d’ADN des espèces détectées sur le lieu d’échantillonnage. La mise en collection se fait donc par site. Depuis quelques années maintenant sont mis en collection des paysages acoustiques. Des séquences sonores avec l’ensemble de ce qui est entendu et enregistré par les naturalistes sur le terrain. Les espèces ne sont pas compartimentées ou séparées. Dans le cas de l’ADNe c’est la même chose. Nous mettons en collection non pas une espèce en particulier mais le paysage moléculaire. Une photographie des traces moléculaires que le vivant a laissées là. Les données sont rapidement numérisées, ce qui réduit significativement le temps de traitement après la collecte sur le terrain. Cette démarche illustre une double dynamique de mise en collection : d’une part, l’échantillon biologique, qui contient l’ADN environnemental brut, doit être stocké avec soin, car il présente des défis de conservation à long terme, notamment en termes de température et d’humidité. D’autre part, les données numériques, issues du séquençage de cet ADN, constituent une deuxième forme de collection. Ces séquences moléculaires, une fois archivées dans des bases de données, servent à l’analyse comparative et à l’identification des espèces.

Pour mieux comprendre, imaginez ceci : plutôt que de collecter séparément des spécimens de flore, de faune et de micro-organismes – chacun dans des tubes, des boîtes ou des sachets en plastique, soigneusement étiquetés et stockés dans un carton – tout est ici condensé en un unique tube de quelques millilitres. Ce tube contient l’ensemble des traces moléculaires laissées par les organismes dans un lieu donné, une sorte de « photographie » biologique intégrale. Cette concentration ne simplifie pas seulement le stockage, elle transforme aussi la manière de percevoir et d’analyser les écosystèmes, en fournissant une vue d’ensemble plus riche et plus connectée. Enfin, il est également essentiel de constituer une collection d’échantillons représentatifs de chaque espèce, servant de base pour les comparaisons avec les brins d’ADN extraits de chaque échantillon. Un peu comme la banque d’empreintes digitales utilisée par la police pour identifier un suspect.

Le passage d’une technique à une autre

Les pratiques naturalistes sont le résultat de plusieurs siècles d’innovations et d’inventions, ayant émergé d’approches initialement rudimentaires, largement inspirées des techniques de chasse et de cueillette héritées du Néolithique. Cette technique a continué d’évoluer à partir de la Renaissance pour reposer, en premier lieu, sur des techniques d’observation, sur l’analyse fine de la littérature traitant du sujet, sur des méthodes de prélèvement et de conservation des êtres vivants étudiés, sur des intuitions permettant d’interpréter des situations, des comportements. Jacques Ellul illustre ainsi la genèse de la technique :

Il est maintenant bien connu que l’activité technique est la première de l’homme. Technique de la chasse et de la pêche, de la cueillette, puis des armes, des vêtements, de la construction. Et l’on se trouve ici en face d’un mystère. Qu’y a-t-il à l’origine de cette activité ?... Phénomène mystérieux que rien ne permet d’expliquer. Par des recherches patientes, on peut trouver des zones d’imitation, les passages d’une forme technique à une autre, les facteurs de pénétration, mais au centre il reste une zone impossible à pénétrer : l’invention 19.

Progressivement, au gré de l’apparition de nouvelles techniques et de machines, la technique naturaliste change aussi. Les premières explorations naturalistes n’ont été rendues possibles que grâce à l’amélioration des techniques de navigation, de construction navale, à l’invention de la boussole ou encore de la cartographie. Avec la première révolution industrielle, l’invention de la machine à vapeur et l’essor de la mécanique, est venue aussi une nouvelle ère pour les sciences naturelles. Les technologies mécaniques ont permis de construire des instruments plus précis et robustes pour l’observation et la mesure, comme les premiers microscopes améliorés et les télescopes plus puissants. Ces outils ont permis aux naturalistes de dépasser les limites des sens humains, ouvrant ainsi de nouvelles perspectives pour l’étude du microcosme en jetant par exemple les bases de la microbiologie et de la compréhension des cellules. À la fin du XIXe siècle-début XXe, nous entrons dans ce qui est communément appelé la deuxième révolution industrielle. Elle se caractérise entre autres par l’avènement de l’électricité, de la chimie industrielle et des technologies de communication. Là encore, le champ des sciences naturelles va s’étendre. Citons la photographie et la radiographie, qui offrent des méthodes non invasives pour observer et étudier la structure interne des organismes et des matériaux ; elles ont élargi notre compréhension des processus biologiques et géologiques. Plus globalement, les échanges sont facilités entre naturalistes européens, favorisant l’émergence de certaines des plus grandes théories de biologie, comme celle de Gregor Mendel. Quant au XXe siècle, il est marqué, en science du vivant, par l’essor de la biologie moléculaire, facilité par des technologies comme le séquençage de l’ADN.

C’est l’apparition de nouvelles techniques puis de machines – de technologies – qui ont permis le développement de cette science, comme tant d’autres. Les plus grandes découvertes sont consécutives de l’apparition de ces machines, sans elles la science n’aurait pas fait de tels bonds. Par ailleurs, l’ensemble des innovations technologiques n’ont pas été imaginées à l’origine pour améliorer les sciences du vivant. Il s’agit d’une appropriation. Le GPS n’a pas été inventé pour suivre des Caribous, l’IA pour identifier des oiseaux, ni la photographie pour étudier les Gnous.

J. Ellul souligne qu’il s’agit là de l’une des caractéristiques de la technique : « Tout progrès technique comporte un certain nombre d’effets imprévisibles. » En d’autres termes, aucune technologie ne peut être totalement protégée contre des détournements ou des usages non prévus lors de sa conception, comme l’illustrent les exemples précédents. Ce point, particulièrement crucial dans le cas de l’ADN environnemental, mérite une réflexion approfondie à laquelle je reviendrai plus loin.

La mise en place d’une médiation

Arrêtons-nous un instant sur la technique. Contrairement à la plupart des techniques et des outils que j’ai présentés brièvement plus haut, l’ADN environnemental a bien été imaginé pour étudier des organismes vivants. Il ne s’agit pas d’un détournement ou d’une appropriation à proprement parler, et cela fait donc figure d’exception 20. Pour rappel, l’aventure a d’abord débuté avec les bactéries puis a continué avec la Grenouille taureau et l’Ours isabelle. Je vais m’appuyer sur les Grenouilles et les Crapauds pour développer mon propos.

Admettons que vous désiriez rencontrer des amphibiens, et plus particulièrement des anoures à l’instar de la Grenouille taureau de mon premier chapitre. Comment faudrait-il procéder ? Quelles techniques et quels moyens mettre en œuvre si vous souhaitez le faire selon les méthodes traditionnelles de ces dernières années ? D’abord il faudra apprendre à les connaître un peu. Ils ne sont pas visibles tout le temps. Prendre un ouvrage de référence et l’étudier. Vous apprendrez qu’un milieu humide est indispensable pour leur reproduction, et que le milieu terrestre leur permet de s’abriter pendant l’hiver mais aussi de s’alimenter. Vous découvrirez de nombreuses autres caractéristiques : on peut les rencontrer dans pratiquement tous les milieux, même en zone urbaine. Il y a 27 espèces en métropole, toutes protégées par la loi, renforcée en 2021. Ils se déplacent principalement en sautant. Le Crapaud commun peut vivre jusqu’à une dizaine d’années. Avant de se métamorphoser en Crapaud c’était un têtard. Le Pélobate cultripède Pelobates cultripes est capable de s’enfouir dans le sol grâce à de petits « couteaux » – en réalité un tubercule métatarsien tranchant. Leur peau est sans poils ni écailles, mais les protège plutôt bien de l’action des bactéries ou des champignons et elle assure aussi la respiration cutanée. Leurs couleurs peuvent varier, pour leur permettre de se cacher plus facilement. À la fin de l’automne ils migrent vers leurs quartiers d’hiver – parfois à quelques dizaines de mètres du lieu de reproduction. L’hiver d’ailleurs ils se cachent pour se reposer – leurs fonctions physiologiques sont pratiquement arrêtées. À la fin de l’hiver ils se dirigent tous vers une mare pour se reproduire, en général celle qui les a vus naître. La durée de reproduction est très variable selon les espèces et ce sont des processus hormonaux influencés par la pluie et la température qui va la déclencher. Pour trouver ces zones humides, ils vont s’appuyer sur les odeurs, les variations d’hygrométrie, la géophonie et la biophonie locale. L’essentiel de l’activité de reproduction se déroule la nuit. Certaines espèces ne chantent que sous l’eau – les rendant très discrètes. Apprendre leurs mœurs par espèce. À les reconnaître aussi. Se renseigner sur leur présence dans votre département ou votre commune.

Puis vient le moment d’essayer de les observer. Surveiller la météo. Choisir la bonne soirée, pas trop fraîche, idéalement humide. S’équiper convenablement, des affaires chaudes, des bottes – du désinfectant pour les bottes aussi 21 –, une lampe frontale, une lampe torche, un carnet de terrain ou une application de saisie en direct des observations et une épuisette si vous avez les autorisations nécessaires 22. Une fois sur place, de nuit, vous voilà donc au début de la quête, prêt à partir à leur recherche. La première étape est de s’installer non loin de la mare. Puis de patienter et d’écouter. Se laisser happer par leurs vocalisations et leurs mouvements. Entendre les plongeons de quelques mâles de Crapaud épineux Bufo spinosus excités. Le concert du Crapaud calamite Epidalea calamita et de la Rainette verte Hyla arborea, leurs chants s’entremêlant dans la nuit. Puis, plus discret, le Pélodyte ponctué Pelodytes punctatus. Selon votre expérience, vous allez rapidement les identifier et les consigner. Si ce n’est pas le cas, il faudra bien les mémoriser ou les enregistrer (en général un smartphone fait l’affaire). Parfois vous avez besoin de les capturer, notamment pour les espèces appartenant à la famille des Grenouilles vertes, très difficiles à déterminer. C’est là qu’intervient l’épuisette. À chaque coup d’épuisette, vous prenez aussi le risque de perturber le fond de la mare, ses habitants – pas seulement des amphibiens – souvent très fragiles. La manipulation avec les mains – même nettoyées – doit être limitée au strict nécessaire. Vous ferez aussi peut-être d’autres rencontres que celles des amphibiens. Il faudra sûrement revenir car toutes les espèces ne chantent pas en même temps. Certaines sont plus discrètes que d’autres. Arrivent plus tôt ou plus tard dans la saison.

Si vos observations ont été saisies directement sur le terrain, elles sont prêtes à être transmises aux associations locales qui œuvrent à leur suivi et à leur préservation. Sinon il faudra les saisir un peu plus tard. Force à vous.

Changeons de technique, et passons à l’ADN environnemental. Il y a désormais moins de nécessité de surveiller la météo, bien qu’il reste indispensable de se rendre sur place au printemps, lorsque les amphibiens sont encore présents sur leur site de reproduction. Vous pouvez y aller en plein après-midi ou à minuit, ça ne changera – a priori – pas grand-chose car une fois libéré dans l’eau, l’ADN peut persister plusieurs jours. La préparation en amont de la phase de terrain est relativement similaire : il faut prévoir des fiches de relevés sur lesquelles vous allez indiquer quelques paramètres standards comme les conditions météorologiques, un point GPS du lieu de prélèvement, éventuellement un dessin du site. Une fois sur place, si vous voulez être efficace, il va falloir essayer de vous mettre dans la tête d’un anoure (si j’étais un têtard, où est-ce que je m’installerais ?) 23. L’idée est de rechercher les habitats les plus favorables pour optimiser les chances de capter les molécules. Puis vous pouvez mettre vos gants en nitrile – du moins essayer, ce n’est pas toujours facile quand il fait chaud. Il faut prendre ensuite une louche stérile – pas celle de votre cuisine, mais une qui est transmise avec le kit de prélèvement –, l’accrocher à la perche. Installer également un protège-perche pour éviter les contaminations. Le prélèvement peut commencer. Pas besoin d’aller dans l’eau. C’est même à proscrire pour éviter toute contamination génétique (et aussi la destruction des abords et donc des habitants qui y vivent). Le protocole de désinfection est le même pour vos chaussures, cela servira à la fois à protéger les amphibiens et également à éviter de retrouver des molécules d’espèces qui ne sont pas présentes sur le site que vous avez décidé d’étudier. Idéalement, par mare, il vous faut prélever au moins 2 litres d’eau, soit 100 millilitres, la taille maximum de la louche, en 20 endroits tout autour de la mare. C’est l’avantage lorsque le site est de taille réduite, vous n’êtes pas obligé de puiser 30 litres, comme nous l’avons fait sur le Maroni. Vous les versez dans un sachet stérile prévu à cet effet, puis vous l’agitez pour homogénéiser le contenu. Vous ouvrez le sachet et, avec la seringue stérile fournie dans le kit, vous prélevez l’eau que vous faites passer dans un filtre 24. Une fois toute l’eau filtrée, vous ajoutez la solution tampon de préservation de l’ADN et vous pouvez refermer le filtre. Vous collez l’étiquette après y avoir inscrit la date et le numéro d’échantillon, vous pouvez le renvoyer, avec la fiche de terrain, au laboratoire pour analyse.

À ce stade, il y a plusieurs particularités frappantes dans la technique qui sont à souligner.

La première est la délégation. En utilisant la technique de l’ADNe, nous déléguons certaines de nos capacités naturelles à des dispositifs techniques, des outils. Par exemple, nos capacités sensorielles, telles que la vue pour repérer le Crapaud commun, ou l’ouïe pour entendre le chorus du Crapaud calamite, ne nous sont pas utiles ici. Ce sont les outils qui captent des informations – comme les molécules d’ADN dans l’eau – que nous ne pourrions pas détecter par nous-mêmes. Les molécules ne sont ni visibles ni audibles avec les sens d’un humain. De même, les compétences analytiques nécessaires – post-terrain – pour traiter ces échantillons d’ADN exigent des connaissances techniques spécifiques, notamment pour manipuler des machines de séquençage et interpréter les données moléculaires. Ici, une partie du travail analytique est déléguée à la technique et aux experts qui la maîtrisent.

La seconde, c’est la présence d’un médium qui agit comme un intermédiaire entre vous et les anoures. J’entends par médium un outil qui permet de capturer, transmettre ou analyser des informations que nos sens ne peuvent percevoir directement. Un exemple simple est le microscope, qui permet de voir des objets trop petits pour être observés à l’œil nu comme des bactéries.

Dans notre cas, le filtre nous permet de capturer les molécules invisibles tout en servant d’interface avec l’« environnement », ici une mare.

Ce n’est toutefois que le début du processus. Une fois au laboratoire, plusieurs techniques, comme l’extraction, l’amplification ou le séquençage de l’ADN vont être utilisées pour accéder à ces traces ou à ces indices laissés par diverses espèces de Grenouilles et de Crapauds. Jusqu’à avoir enfin nos fameux résultats. Résultats qui par ailleurs seront bien plus robustes qu’avec les méthodes d’observation directe, passant d’une détection de 57 % à plus de 97 % avec l’ADNe, selon les espèces et le contexte 25. Revenons au médium. Nous avons donc, dans le cas de l’ADNe, une technique qui nous permet de percevoir ce que nos yeux ne peuvent pas voir. Ce serait toutefois réducteur de s’arrêter là dans l’analyse de ce qui se produit en termes d’évolution de la technique pour les naturalistes.

Il y a aussi, et c’est le point le plus intéressant, il me semble, un changement de perspective. On passe d’un simple outil ou médium, à une prise en compte plus complexe de la manière dont l’outil va influencer et transformer notre interaction avec le monde. Dans le cas de l’ADNe, la technique ne fait pas que détecter l’ADN présent dans un échantillon d’eau ; elle transforme la manière dont nous comprenons la présence et l’activité des espèces dans un écosystème. Cela va bien au-delà de la simple transmission d’information. C’est ce que certains philosophes comme Bruno Latour nomment la médiation technologique 26. Toute une réalité qui nous était inaccessible jusqu’à présent le devient.

Cette médiation technologique ne fait que croître dans les sciences naturelles ces dernières années. Depuis les détecteurs d’ultrasons pour étudier les chauves-souris, en passant par les pièges photographiques, jusqu’aux GPS pour étudier les mouvements de certains mammifères, poissons ou oiseaux… une véritable médiation s’est installée, non pas pour interagir avec eux, mais pour les étudier. C’est en ça que la technique a profondément évolué ces dernières années dans l’univers naturaliste. Nous accédons désormais facilement à ce qui était invisible, inaudible. À ces espèces qui étaient cachées. À leurs comportements en continu et à long terme. Une surveillance de masse des non-humains grâce à des médiums technologisés à l’extrême. La présence d’un humain sur le terrain est de moins en moins requise tout comme le contact physique avec ceux que nous étudions – comme nous le verrons dans la partie suivante avec l’élargissement à de nouvelles techniques.

1. Pour celles et ceux qui souhaitent en savoir plus, je recommande la lecture de l’excellent livre d’Hervé Le Guyader, L’Aventure de la biodiversité. De Ulysse à Darwin, 3 000 ans d’expéditions naturalistes, Belin, 2018.

2. Robert W. Allen, An Examination of the Botanical References in the Accounts Relating to Drake’s Encampment at Nova Albion in 1579, Drake Navigators Guild, 1971.

3. S. I. Golovatch, J.-J. Geoffroy, J.-P. Mauriès, & D. Vandenspiegel, « The first, new species of the millipede family Pyrgodesmidae to be recorded in Vanuatu, Melanesia, southwestern Pacific (Diplopoda : Polydesmida) », Arthropoda Selecta, vol. 17, no 3-4, 2008, p. 145-151.

4. Wilson R. Lourenço, « Scorpions collected in the island of Espiritu Santo (Vanuatu) and description of a new species of Lychas C. L. Koch, 1845 (Arachnida, Scorpiones, Buthidae) », Zoosystema, vol. 31, no 3, 2009, p. 731-740.

5. Stefan V. Ober, & Arnold H. Staniczek, « A new genus and species of coenagrionid damselflies (Insecta, Odonata, Zygoptera, Coenagrionidae) from Vanuatu », Zoosystema, vol. 31, no 3, 2009, p. 485-497.

6. Les techniques de corde pour monter aux arbres, comme la corde simple (SRT) et la corde double (DRT), utilisent des cordes évidemment mais aussi des harnais et des dispositifs d’ascension pour grimper en toute sécurité. Ces méthodes sont essentielles pour explorer la canopée et nécessitent une formation appropriée pour minimiser les risques pris par les chercheurs.

7. Christine Davenne, Christine Fleurent, Cabinets de curiosités. La passion de la collection, La Martinière, 2011.

8. Le premier daterait de 1775, il s’agit du Muséum d’histoire naturelle de Florence.

9. Les spécimens en collections muséales, tels que l’holotype, le paratype, et le lectotype, servent de références pour la description et la classification des espèces. L’holotype est le spécimen principal pour définir une espèce, tandis que les autres spécimens (paratypes, syntypes, etc.) fournissent des informations supplémentaires sur la variation au sein de l’espèce.

10. Benoît Fontaine, Adrien Perrard, Philippe Bouchet, « Twenty-one years of shelf life between discovery and description of new species », Current Biology, vol. 22, no 22, 2012.

11. Benoît Fontaine, Kees van Achterberg, Miguel Angel Alonso-Zarazaga, et al., « New species in the Old World : Europe as a frontier in biodiversity exploration, a test bed for 21st century taxonomy », PLoS ONE, vol. 7, no 5, 2012.

12. Cette reconnaissance passe par les publications scientifiques et naturalistes, ainsi que par des publications non professionnelles qui ont marqué l’histoire des sciences. Elle se manifeste aussi à travers l’implication de ces acteurs dans différentes instances nationales, comme des comités, des associations ou des institutions spécialisées.

13. Camilo Mora, Derek P. Tittensor, Sina Adl, et al., « How many species are there on Earth and in the Ocean? », PLoS Biology, vol. 9, no 8, 2011.

14. Global Taxonomy Initiative, « What is the problem? The taxonomic impediment », Convention on Biological Diversity, 16 avril 2007 : cbd.int/gti/problem.shtml

15. Pedro Cardoso, Terry Erwin, Paulo A. V. Borges, Tim New, « The seven impediments in invertebrate conservation and how to overcome them », Biological Conservation, vol. 144, no 11, 2011; p. 2647-2655.

16. Allison Q. Byrne, « Reimagining the future of natural history museums with compassionate collection », PLoS Biology, vol. 21, no 5, 2023, e3002101.

17. Michael W. Nachman, Elizabeth J. Beckman, Rauri C. K. Bowie, et al., « Specimen collection is essential for modern science », PLoS Biology, vol. 21, no 11, 2023, e3002318.

18. À ce sujet, je renvoie le lecteur au chapitre 4, « Le sens indésirable », de l’excellent ouvrage d’Ed Yong, Un monde immense, Les Liens qui Libèrent, 2023.

19. Jacques Ellul, op. cit.

20. Même s’il est vrai qu’à l’origine les méthodes liées à l’ADN n’étaient pas spécifiquement conçues pour le suivi de la biodiversité, mais ont été détournées et adaptées à ces enjeux.

21. Pour étudier les amphibiens sans propager de maladies comme la chytridiomycose, causée par le champignon Batrachochytrium dendrobatidis, il est essentiel de désinfecter les bottes et les équipements. En général on utilise une solution de Virkon S, un désinfectant efficace, en nettoyant d’abord les bottes pour enlever la matière organique fixée, puis en les immergeant dans la solution pendant au moins dix minutes. Ensuite, on les rince abondamment avant de les faire sécher. Cette désinfection est cruciale pour prévenir la propagation de pathogènes entre les sites. Si plusieurs sont visités dans la nuit, il faut répéter l’opération autant de fois. Cf. Tony Dejean, Claude Miaud, Dirk S. Schmeller, « Protocole d’hygiène pour limiter la dissémination de la Chytridiomycose lors d’interventions sur le terrain », Bulletin de la société herpétologique de France, no 134, 2010, p. 47-50.

22. La capture et la manipulation des amphibiens est interdite par la loi. Il faut demander une dérogation auprès d’une commission régionale ou nationale selon les besoins, et remplir un CERFA.

23. Toutefois, dans de nombreux cas ce n’est pas nécessaire, car la mare est suffisamment homogène pour faire des prélèvements standardisés répartis uniformément.

24. Du type de ceux que j’ai déjà présentés dans le premier chapitre.

25. Alice Valentini, Pierre Taberlet, Claude Miaud, et al., « Next-generation monitoring of aquatic biodiversity using environmental DNA metabarcoding », Molecular Ecology, vol. 25, no 4, 2016, p. 929-942.

26. Daniel Cérézuelle, « Une nouvelle théodicée ? Remarques sur la sociologie des techniques de Bruno Latour », Revue du MAUSS, no 54, 2019, p. 367-393.

Les nouvelles techniques

« La mise en image offre déjà une première garantie de ce que le témoignage affirme, elle met à la disposition des tribunaux de l’expérimentation un matériel de discussion des fictions interprétatives. Partager les images, c’est déjà admettre que la parole seule ne suffit pas, et qu’elle ne peut pas suffire au partage des fictions 1. »

Vinciane Despret

Nous sommes actuellement confrontés à une crise majeure de la biodiversité à l’échelle mondiale, souvent décrite par les experts comme la « sixième extinction de masse ». Les activités humaines, telles que la déforestation à grande échelle, l’expansion urbaine non régulée, l’agriculture industrielle intensive et diverses formes de pollution, y compris la pollution lumineuse, contribuent au changement climatique et en subissent à leur tour les effets. Ces facteurs provoquent une fragmentation et une dégradation accélérées des écosystèmes. Les dynamiques des populations et les distributions géographiques des espèces sont profondément perturbées, rendant la surveillance et le suivi de la biodiversité de plus en plus complexes et nécessitant des approches méthodologiques innovantes.

Si l’on y ajoute les conséquences des bouleversements climatiques rapides et imprévisibles, il est essentiel d’adopter des méthodes de suivi capables de recueillir des données à grande échelle spatio-temporelle et particulièrement en temps réel. Les techniques traditionnelles, qui reposent majoritairement sur des observations directes et des inventaires ponctuels, ne suffisent plus pour saisir la complexité et la rapidité des dynamiques écologiques actuelles. J’identifie deux principales raisons supplémentaires justifiant de plus en plus l’adoption d’approches basées sur des nouvelles techniques. D’une part, la complexité croissante des questions scientifiques, alimentée par l’hyperspécialisation des chercheurs et des naturalistes. On ne se contente plus de déterminer « qui est qui », on cherche à comprendre « qui interagit avec qui », « comment », et « dans quelles circonstances ». D’autre part, il existe une demande croissante pour une objectivation à la fois quantitative et qualitative dans les sciences naturelles, afin de garantir la rigueur, la reproductibilité et la transparence des recherches. Cette approche combinée réduit les biais et améliore la validité des conclusions scientifiques. Notons aussi les contentieux – bien souvent justifiés – vis-à-vis des projets d’aménagement sur le territoire. Le dire d’expert est vite remis en cause, au profit de techniques et de technologies s’en affranchissant (est-ce bien un Crapaud calamite que vous avez observé ? Avez-vous une photo ? Une preuve ADN ?). En outre, le scepticisme croissant envers les sciences renforce cette tendance. Dans un climat où le public remet de plus en plus en question la fiabilité des sciences, il est crucial de prouver que les conclusions scientifiques reposent sur des preuves solides et des méthodes rigoureuses. L’objectivation contribue – a priori – à renforcer la confiance du public en démontrant que la recherche est transparente et vérifiable.

Malgré l’urgence de développer des stratégies de conservation plus efficaces, le domaine du génie écologique et de la conservation de la biodiversité reste limité par un manque de ressources humaines et financières. En France, l’Union professionnelle du génie écologique a publié une analyse 2 détaillée des besoins dans ce secteur, révélant son expansion notable, stimulée par des réglementations environnementales renforcées. Il emploie en 2023 environ 35 000 personnes en CDI ou CDD, et entre 3 500 et 4 000 indépendants. Cependant, 70 % des structures éprouvent des difficultés à recruter des spécialistes, en particulier pour des postes clés tels que les maîtres d’œuvre en génie écologique et les chefs de projet naturalistes. Ces difficultés de recrutement sont attribuées à un déficit de candidats qualifiés, à des conditions de travail rigoureuses, et à des niveaux de rémunération perçus comme insuffisants. Les projections pour 2030 indiquent que le secteur pourrait nécessiter entre 30 000 et 55 000 recrutements supplémentaires, avec une demande croissante de spécialisation des naturalistes (par type d’habitats et d’espèces), ainsi que l’émergence de nouvelles fonctions transversales nécessitant des compétences techniques et numériques avancées. En 2023, les métiers liés aux études naturalistes et aux inventaires de biodiversité sont parmi ceux présentant les plus grands besoins de recrutement. Le secteur affiche un taux de turnover élevé, estimé à 19 %, supérieur à la moyenne nationale, ce qui complique davantage la stabilisation des équipes. Bien que l’offre de formation spécifique ait augmenté, elle reste insuffisante, ne couvrant actuellement que 42 % des besoins annuels en recrutement. Face à ces défis, de nombreuses organisations se tournent vers des solutions technologiques avancées pour combler le déficit de main-d’œuvre qualifiée, avec un intérêt particulier pour des méthodes telles que l’ADN environnemental, illustrant un virage vers des approches plus technologiques et automatisées dans le suivi de la biodiversité.

C’est dans ce contexte multifactoriel que les nouvelles technologies ont émergé et se révèlent comme des alliées désormais indispensables. Offrant des outils puissants pour inventorier les espèces, surveiller les populations et analyser les écosystèmes à grande échelle, elles permettent de compenser les insuffisances en ressources tout en augmentant la précision et l’efficacité des études sur le vivant, ainsi que le nombre et la qualité des données générées, de plus en plus précises.

Prenons un exemple pour l’illustrer : il y a une petite vingtaine d’années, lorsque je partais sur le terrain, j’avais un GPS dans ma poche. L’appareil mesurait environ 15 centimètres de long et 4-5 centimètres d’épaisseur, avec un fond gris et un petit rétroéclairage vert pour les relevés nocturnes. En arrivant sur le site, je prenais un point GPS, ce qui permettait d’associer toutes mes observations à cet emplacement précis. Auparavant, les observations étaient souvent affiliées à une commune ou un lieu-dit, ce qui signifiait que les requêtes sur une espèce se faisaient à des échelles assez larges. On savait par exemple qu’un Chardonneret élégant avait été vu à cet endroit, mais pas exactement où. Je notais ces observations dans un petit carnet de terrain avec un crayon en bois, y inscrivant brièvement en code le nom de l’espèce et le nombre d’individus, ainsi que quelques commentaires sur le comportement ou les circonstances d’observation. De retour chez moi, je devais m’installer devant l’ordinateur, ouvrir un fichier, souvent un tableau Excel, et entrer toutes mes observations, les unes après les autres à la main, en veillant à éviter les erreurs de saisie. Puis préparer un courriel, et l’envoyer à un bénévole qui les centralisait pour une association locale ou nationale de protection de la vie sauvage. C’était long et fastidieux. Je ne compte plus le nombre de carnets où je n’ai pas fait cet effort… Ils sont d’ailleurs toujours dans une grande boîte en carton, attendant le jour où j’aurai le temps et la motivation de m’y atteler.

Puis, il y a environ dix ans, les smartphones ont fait leur apparition, accompagnés d’applications de saisie pour les observations naturalistes. Désormais, à chaque observation, j’ouvre l’application de terrain. Je peux rapidement entrer le nom de l’espèce (les premières lettres suffisent à l’identifier), le nombre d’individus observés, le sexe de chacun, le comportement (par exemple, s’il s’agit d’un oiseau, est-il en vol, posé, en train de se nourrir, de chanter, etc. ?), le stade de développement (jeune, adulte, imago, larve), ainsi que le mode d’observation (avec des jumelles, un piège lumineux, etc.).

Je peux également ouvrir une vue aérienne et pointer précisément l’emplacement où l’espèce a été observée (à l’arbre ou au buisson près), plutôt que l’endroit où je me tiens avec mon GPS. De plus, il est très facile d’ajouter une photo ou un enregistrement sonore. À la fin de ma sortie sur le terrain, il me suffit d’appuyer sur « télécharger » et mes données sont instantanément ajoutées à une base de données accessible à tous, ce qui m’épargne de longues heures de saisie devant l’ordinateur et apporte une dimension de partage nécessaire… Vous imaginez le gain de temps ? D’efficacité ? De précision ? De réduction d’erreurs de saisie ?

Regardons maintenant quelques techniques illustrant ce que les technologies de pointe permettent aujourd’hui en matière de suivi de la biodiversité. Examinons ensemble quelques cas par typologie de technologie. Bien que je ne puisse être exhaustif, je vais m’efforcer de mettre en avant des exemples représentatifs.

Le Caribou qui observe la fonte des neiges

Le Caribou Rangifer tarandus, également appelé Renne en Eurasie, est un cervidé nordique parfaitement adapté aux environnements froids. Il vit principalement dans les régions arctiques, subarctiques et boréales, notamment au nord du Canada et en Alaska. Bien que souvent associé à la figure du Père Noël, le Caribou est surtout connu pour ses migrations saisonnières, durant lesquelles il parcourt de vastes distances entre ses aires de reproduction et ses zones d’alimentation. Il occupe une place cruciale dans les écosystèmes, servant de ressource trophique majeure pour de grands prédateurs tels que le Grizzly et le Loup gris. Malheureusement, certaines populations de Caribous sont en déclin en raison du réchauffement climatique global et de la perte d’habitat (due à l’exploitation forestière, à l’extraction de ressources naturelles, aux incendies, au développement urbain…), menaçant ainsi non seulement les écosystèmes nordiques, mais aussi les cultures autochtones qui dépendent de ces animaux pour leur subsistance, leur identité culturelle et leur bien-être.

Le 20 mai 2024, Mariah T. Matias, Joan M. Ramage et leur équipe ont publié 3 une étude sur l’impact de la fonte des neiges sur le déclenchement des migrations des Caribous. Ils se sont concentrés sur la harde de Bathurst, qui a vu sa population chuter de 98 % en trente ans, passant de plus de 400 000 à moins de 8 000 individus. Le réchauffement climatique, avec ses températures plus chaudes et ses conditions météorologiques imprévisibles, perturbe la mobilité des Caribous, modifiant les lacs et les rivières qu’ils traversent pendant leurs migrations et les obligeant à dépenser plus d’énergie. Ces difficultés peuvent nuire à leur survie et à leur capacité à se reproduire. Comprendre l’effet du changement climatique sur les Caribous est crucial, bien que complexe.

Des études précédentes, menées avec des techniques traditionnelles, ont montré très peu de lien entre le moment de la migration printanière des Caribous et la fonte des neiges dans leurs zones de mise bas et d’hivernage. Elles se limitaient à observer la présence ou l’absence de neige, sans tenir compte des dynamiques précises de la fonte. Cependant, il semble que la qualité de la neige, en particulier sa profondeur et son humidité, influence davantage que sa simple présence, car elle rend les déplacements des Caribous plus coûteux en énergie. C’est pour cela que Matias et ses collègues ont eu l’idée de changer d’approche pour étudier ce phénomène, en combinant des données satellites sur la neige avec des données GPS ! Dans le détail, ils ont analysé la migration printanière de 117 femelles de Caribous – équipées d’un collier GPS – d’un troupeau du nord du Canada, en utilisant plus de 30 000 observations GPS recueillies entre 2007 et 2016. Ils ont comparé les moments de départ, d’arrivée et la durée de la migration avec des données satellitaires sur la fonte des neiges.

Contrairement aux études précédentes qui se contentaient de vérifier si la neige était présente ou non, cette recherche s’est intéressée à l’état de la neige, qu’elle soit gelée ou en train de fondre, pour mieux comprendre quand et pourquoi les Caribous se mettaient en route. Les résultats sont fascinants : ils montrent que le début de la fonte des neiges joue un rôle clé dans le déclenchement de la migration. En d’autres termes, les Caribous commencent à bouger dès que la neige commence à fondre. Cependant, leur arrivée dans les zones où les femelles mettent bas semble être davantage dictée par leur besoin de donner naissance plutôt que par les conditions de neige en chemin. Ce qui est remarquable, c’est que les Caribous semblent capables de s’adapter en suivant la progression de la fonte des neiges, ce qui pourrait les aider à s’ajuster aux changements rapides du climat. Le moment précis de la migration est ainsi davantage lié à la manière dont la neige fond qu’à sa simple présence, avec des départs souvent déclenchés par le début de la fonte principale.

La télédétection et l’imagerie satellitaire permettent désormais de cartographier les habitats à une échelle sans précédent, et offrent une vue d’ensemble des écosystèmes, facilitant la détection rapide des changements environnementaux, mais aussi, comme dans le cadre de l’étude que je viens de décrire, de la réaction comportementale à d’éventuels changements globaux. Ces résultats, cruciaux pour la conservation de cette espèce, n’auraient probablement pas pu être montrés avec les méthodes plus classiques.

Poursuivons la découverte des nouvelles technologies avec cette fois les pièges photographiques couplés à de l’intelligence artificielle.

Paparazzi passif

L’utilisation des pièges photographiques est extrêmement précieuse pour le suivi de la faune sauvage car cela permet une surveillance discrète et continue des animaux dans leur habitat naturel, sans les perturber. C’est un outil que j’utilise très fréquemment pour inventorier par exemple les mammifères d’une zone donnée, ou pour confirmer que c’est bien une Biche Cervus elaphus qui est venue la nuit dernière consommer l’intégralité des premières poires du Poirier que j’avais planté deux ans auparavant et dont j’avais pris grand soin depuis. En étant déployés sur de vastes zones géographiques, ces appareils collectent des données à une échelle bien plus large que les méthodes traditionnelles. Imaginez s’il fallait un photographe à chaque point pendant des heures ? D’autant que les animaux repèrent – par la vue, l’odorat ou l’ouïe – très souvent les photographes avant qu’eux-mêmes ne les localisent. Ces camera traps sont particulièrement efficaces pour détecter des espèces rares, nocturnes ou cryptiques, qui sont difficiles à observer directement car très discrètes voire craintives ou ayant d’immenses territoires. De plus, ils permettent de suivre – sans provoquer de dérangements – l’évolution des populations animales et d’observer des comportements spécifiques, tels que l’alimentation ou la reproduction, sur de longues périodes. Ce qui explique qu’ils sont particulièrement utilisés pour le suivi des aires de nidification de certains rapaces ou Cigognes, parfois même mis en ligne en direct et accessibles pourvu que vous ayez Internet. Les données précises obtenues grâce à ces camera traps sont essentielles pour orienter les efforts de conservation, en fournissant aux gestionnaires d’espaces naturels des informations concrètes sur la présence, l’abondance et la distribution des espèces. Leur utilisation n’est pas récente et a commencé à se répandre dans les années 1950 et 1960, mais c’est surtout à partir des années 1990 que leur usage est devenu plus courant, grâce aux avancées technologiques 4. Les premiers camera traps étaient rudimentaires, souvent basés sur des films photographiques (très longs à analyser), mais avec le développement des appareils numériques et des capteurs de mouvement, leur efficacité et leur popularité ont considérablement augmenté. Aujourd’hui, ils sont accessibles à de faibles coûts, démocratisant largement leur utilisation.

Cette méthode a toutefois un talon d’Achille. Elle génère des milliers de photographies ou de vidéos qu’il faut ensuite analyser manuellement devant son ordinateur. Trier les photos de branches qui bougent, de randonneurs qui passent, de feuilles qui tombent, de curieux qui essaient de s’emparer de l’appareil, de chasseurs de passage, de chats domestiques ou d’un Sanglier Sus scrofa flou… Au début c’est amusant. Mais passer d’innombrables heures devant l’ordinateur devient très vite rébarbatif. D’autant que la plupart du temps vous n’avez pas un magnifique Ours brun Ursus arctos en train de se gratter le dos comme j’ai pu l’observer dans les Asturies, mais des éléments parasites comme ceux que je viens de lister.

En faisant ce constat, une équipe de chercheurs français, principalement montpelliéraine, a imaginé en 2023 un programme qu’ils ont appelé « DeepFaune Initiative 5 ». Le besoin de traiter efficacement les centaines de milliers d’images générées par les camera traps, avec une intervention humaine minimale, a été un moteur clé pour ce projet.

L’apprentissage automatique, en particulier les méthodes de deep learning, a commencé à être utilisé pour la classification des images issues de pièges photographiques dans le domaine de l’écologie au cours des années 2010 6. C’est au cours de cette décennie que les avancées en reconnaissance d’images ont permis d’automatiser la reconnaissance des espèces dans les images capturées par les pièges photos. Comment ça marche concrètement ? Le deep learning – ou apprentissage profond, un sous-domaine de l’intelligence artificielle – fonctionne un peu comme le cerveau humain lorsqu’il apprend à reconnaître des objets ou des animaux dans des images. Imaginez que vous ayez une collection d’images dans les mains avec des milliers de plantes, de mammifères ou d’oiseaux. À chaque image est associé le nom de la plante ou de l’animal, identifié par un naturaliste chevronné. Le deep learning va utiliser ces images pour apprendre à reconnaître les caractéristiques de chaque espèce, comme la forme des oreilles d’une Pipistrelle commune Pipistrellus pipistrellus ou le plumage d’un Rouge-gorge familier Erithacus rubecula. Il passe par différentes étapes pour repérer les détails importants, en commençant par les formes simples comme les bords, puis en allant vers des choses plus complexes comme la texture du plumage ou la forme générale de la fleur. Une fois qu’il a suffisamment appris, il peut regarder de nouvelles images et dire, avec une grande précision, quel être vivant est sur votre image.

Ce que précisent les auteurs de ce projet est que, bien que l’apprentissage automatique ait permis des avancées significatives dans la classification d’images de la faune en Amérique du Nord et en Afrique, il manque de modèles adaptés à la faune européenne. L’initiative vise à combler cette lacune en développant des modèles spécifiques pour la France, en s’appuyant sur l’agrégation de données provenant de nombreux partenaires pour former un ensemble commun de données annotées, indispensable à la création de modèles robustes. Enfin, l’initiative a également pour objectif de rendre ces outils de classification accessibles à un large éventail d’utilisateurs, notamment à travers le développement d’une interface graphique, permettant aux utilisateurs partenaires d’utiliser les modèles sur leurs propres images, stockées localement 7.

Dans les résultats présentés dans leur étude, les chercheurs indiquent que le modèle de reconnaissance atteint une précision de 92 %, ce qui signifie qu’il identifie correctement les espèces dans la grande majorité des cas. Même lorsqu’il est appliqué à des images provenant de nouveaux lieux, il continue de bien fonctionner. Pour éviter de perdre du temps à analyser des images vides (où aucun animal n’est présent), un filtre a été mis en place pour éliminer ces images avant l’analyse. De plus, une interface simple a été développée, permettant à quiconque, même sans compétences techniques, d’utiliser cet outil sur son propre ordinateur. Cependant, les chercheurs notent que des améliorations sont encore possibles, notamment pour mieux identifier certaines espèces rares et détecter les petits animaux ou les oiseaux éloignés. Cet outil permet de gagner un temps précieux, car il n’est pas nécessaire d’avoir des compétences naturalistes pour identifier les espèces, et les données sont automatiquement classifiées… Et ce n’est pas tout. Il est non seulement possible de déterminer les espèces comme je viens de le présenter au travers de l’initiative DeepFaune, mais aussi, dans certains cas, de reconnaître automatiquement des individus sur la base de photos ! C’est ce qu’ont réussi à faire par exemple – il y a maintenant de nombreuses publications sur le sujet – Thomas A. Morrison et Douglas T. Bolger sur une population de Gnous Connochaetes taurinus 8. Ils souhaitaient connaître la fidélité à leurs aires de répartition pendant la saison des pluies d’une population en déclin du nord de la Tanzanie. Ils ont pour cela utilisé des techniques d’identification photographique avec reconnaissance automatisée pour suivre 2 557 gnous adultes. Caractérisant ainsi leurs schémas de retour dans trois aires distinctes lors de la saison des pluies, ils ont analysé la probabilité que les individus restent fidèles à ces aires, en tenant compte de facteurs tels que le sexe et le statut reproducteur. Ils ont découvert que le statut reproducteur influençait fortement la probabilité de changer d’aire de répartition d’une année à l’autre. Et tout cela grâce à des pièges photographiques et à la reconnaissance automatique des individus sur la base de rayures du Gnou.

Poursuivons ce bref tour d’horizon technologique avec la bioacoustique. Les enregistreurs automatiques ont ouvert de nouvelles perspectives pour détecter la présence d’espèces, notamment celles qui sont difficilement observables, comme les chauves-souris, que j’ai longtemps étudiées. Qu’est-ce qu’on gagne à les combiner avec des systèmes de reconnaissance automatisés ?

Quand la machine identifie le chant
de ceux qu’on n’entend pas – entre autres

La nuit est maintenant bien installée. Depuis un peu plus d’une heure aucune chauve-souris ne s’est prise dans mes filets. La dernière, une Sérotine isabelle Eptesicus isabellinus, a coupé quelques mailles et laissé au passage un trou suffisamment large pour que je m’inquiète de devoir le réparer le lendemain. Cette perspective ne m’enthousiasme guère. Pas le choix, un Petit rhinolophe Rhinolophus hipposideros aura vite fait de le repérer et de m’échapper en passant précisément à cet endroit-là. Assis dans l’herbe, je patiente en écoutant une petite famille de Chacals dorés Canis aureus, que je trouve de plus en plus téméraires. Je ne comprends pas bien leurs intentions. Ils m’ont clairement localisé, c’est certain. Cherchent-ils à communiquer avec moi ? Je suis vers Tikjda, dans le massif du Djurdjura en Algérie. Il est vrai qu’à cette heure tardive, dans ce coin reculé, il n’y pas beaucoup d’humains dehors. Même si je ne pense pas qu’ils se rapprochent de moi, c’est avec une légère appréhension que je mets mon casque sur les oreilles. Puis j’allume le détecteur. Le rétroéclairage vert fluo se met en marche. J’entends désormais un « sssschhhhrrrrrrrrrrrrr » continu, un peu comme une fréquence radio mal réglée. La molette sur le côté de mon détecteur me permet de balayer les fréquences en kilohertz. J’oscille à intervalles réguliers entre 15 kHz et 80 kHz, me permettant normalement de couvrir une bande suffisante pour capter l’essentiel des espèces du secteur. Je détecte une première espèce : 40-41 kHz, une Pipistrelle de Kuhl Pipistrellus kuhlii. C’est un peu plus haut en fréquence que ce que j’ai l’habitude d’entendre dans le sud de la France. Pas surprenant toutefois. Je décide quand même de l’enregistrer. Vient ensuite un long silence. Rien. J’attends. Je sais que je peux passer des heures sans détecter qui ce soit à cette altitude, même à côté d’un petit ruisseau comme celui où je me trouve. Tout d’un coup, sans que je comprenne pourquoi ça s’active : 26-27 kHz, la Sérotine isabelle ; 37-38 kHz, un Vespère de Savi Hypsugo savii ; 86 kHz, un Grand rhinolophe Rhinolophus ferrumequinum. Tout ce petit monde est là en même temps. J’arrive à les séparer distinctement pour me concentrer sur leur indentification. Que s’est-il passé ? Pourquoi tout d’un coup ? Je regarde l’heure et je suppose que le milieu de la nuit a dû en inciter certaines à faire une pause et à venir boire… Je continue quelques enregistrements, que j’analyserai plus tard à l’aide d’un logiciel spécialement créé pour ce type d’étude acoustique. Chaque son sera identifié avec le plus grand soin, puis classé par espèce. L’un sans relation avec l’autre. En tout cas c’est ce que je crois à cette époque.

Plus tard, ma pratique évoluera. L’arrivée des détecteurs-enregistreurs automatisés me facilitera la vie. Je n’aurai plus qu’à installer un boîtier, dans un arbre, à l’entrée de la grotte, ou dans un champ, pour que les chauves-souris soient automatiquement enregistrées. Pas seulement celles que j’aurai décidé d’enregistrer, mais toutes. Des milliers d’enregistrements par nuit. Avec ces appareils, je pourrai en installer plusieurs simultanément, dans différents lieux et configurations.

La découverte de Bernie Krause, grâce à Vinciane Despret, m’a fait changer ma façon d’écouter celles et ceux qui m’accompagnent depuis si longtemps. Krause est un pionnier de la bioacoustique, un domaine qui étudie les sons produits par les organismes vivants et les écosystèmes. Il est connu pour avoir introduit le concept de biophonie, qui décrit les sons collectifs produits par les organismes vivants dans un habitat donné, ainsi que les concepts de géophonie (sons naturels non biologiques, comme le son du vent entre deux rochers, celui de l’eau d’un ruisseau sur la pierre…) et d’anthropophonie (sons d’origine humaine). Son approche repose sur l’enregistrement et l’analyse des paysages sonores pour évaluer la santé et la biodiversité des écosystèmes. Chaque habitat est comme un grand orchestre de la nature où chaque espèce joue un rôle acoustique unique, créant une symphonie complexe qui reflète la santé et l’équilibre de l’écosystème.

Un paysage sonore… C’est là où, à mon sens, cette approche est révolutionnaire. Si je reviens à mon anecdote des chauves-souris, je n’aurais pas cherché à écouter de manière individualisée chacune d’elle, mais à écouter la symphonie produite par l’ensemble. Et même à y ajouter les nombreux Orthoptères qui émettent aussi des fréquences ultrasonores ! Depuis, lorsque j’écoute des oiseaux, je suis attentif à chaque espèce, chaque individu, mais aussi au concert dans sa globalité. En imaginant que chacun écoute l’autre, dans une relation interspécifique.

Krause a montré que les changements dans les paysages sonores peuvent indiquer des perturbations écologiques causées par des activités humaines ou des changements environnementaux. Il a également proposé la théorie de la niche acoustique, selon laquelle chaque espèce, dans un écosystème intact, adapte ses sons pour éviter le chevauchement acoustique avec d’autres espèces, facilitant une communication efficace et une coexistence harmonieuse. Krause a enregistré des paysages sonores à travers le monde depuis plus de cinquante ans, créant des archives précieuses qui documentent la diversité acoustique de divers écosystèmes et sensibilisent à l’importance de préserver ces paysages sonores naturels. Par ses ouvrages et ses enregistrements, il a contribué à la science de la conservation et a inspiré une prise de conscience de l’importance de protéger les paysages sonores naturels en tant que patrimoine écologique essentiel. Je ne peux que vous inviter à lire son livre, Le Grand Orchestre des animaux 9, pour en savoir plus.

La bioacoustique est devenue un outil essentiel pour le suivi de la biodiversité, notamment dans les écosystèmes tropicaux où la richesse en espèces est immense et les habitats souvent difficiles d’accès. Cette approche repose sur l’enregistrement des sons produits par les animaux, principalement les vocalisations des oiseaux, des amphibiens et des mammifères, ainsi que d’autres sons biotiques. L’avantage majeur de la bioacoustique est qu’elle permet de collecter des données à long terme et à grande échelle de manière non invasive et standardisée, offrant ainsi un aperçu continu des dynamiques des populations et de la santé des écosystèmes. Ces enregistrements peuvent être analysés pour détecter la présence d’espèces spécifiques, suivre les changements dans les communautés animales au fil du temps, et évaluer l’impact des activités humaines sur la biodiversité.

Avec l’accumulation massive de données acoustiques – et on parle ici de plusieurs dizaines de milliers de téraoctets de données –, l’analyse manuelle de ces enregistrements devient rapidement irréalisable, à l’image de ce qu’il se passe avec les pièges photographiques. C’est ici qu’intervient l’automatisation, en particulier l’utilisation de l’intelligence artificielle, et notamment les réseaux neuronaux convolutifs, pour identifier automatiquement les espèces à partir des enregistrements sonores. L’automatisation réduit considérablement le temps et les coûts associés à l’analyse des données tout en minimisant les erreurs humaines. Les modèles d’IA, une fois correctement entraînés, peuvent traiter des volumes importants de données et identifier avec précision les espèces présentes dans un environnement donné. Cela permet aux chercheurs de surveiller efficacement les tendances de la biodiversité, et cela même dans des écosystèmes très diversifiés comme les forêts tropicales.

Le 17 octobre 2023, Jörg Müller et son équipe publient dans Nature Communications un article qui s’intitule « Les paysages sonores et l’apprentissage profond permettent de suivre la restauration de la biodiversité dans les forêts tropicales 10 ». L’étude en question, menée dans un hotspot de biodiversité tropicale en Équateur, illustre parfaitement l’application de la bioacoustique automatisée. Les chercheurs explorent dans quelle mesure les outils de bioacoustique, combinés à des techniques de deep learning, peuvent être utilisés pour suivre efficacement la résilience du vivant dans les forêts tropicales après une exploitation intensive des terres agricoles. Plus globalement ils veulent savoir si la composition des communautés animales, telle que captée par les enregistrements sonores, peut refléter le degré de restauration écologique, et si des méthodes automatisées peuvent remplacer efficacement les analyses manuelles pour fournir des données fiables sur la biodiversité au fil du temps.

Pour ce faire, ils utilisent des enregistreurs bioacoustiques pour collecter des données sonores dans 43 parcelles situées le long d’un gradient de restauration forestière, incluant des plantations actives, des forêts en régénération et des forêts anciennes. Les données acoustiques sont analysées de deux manières : d’une part, par l’identification manuelle des espèces « vocalisantes » par des experts à partir d’extraits audio choisis, représentant les oiseaux, les amphibiens et certains mammifères ; d’autre part, par l’identification automatisée à l’aide d’un modèle de réseau neuronal convolutif préalablement entraîné avec des données collectées dans la région.

Les résultats de l’étude montrent ainsi que la composition des communautés d’animaux vocalisants, plus que la simple richesse en espèces, reflète fidèlement le degré de récupération des forêts. Les indices acoustiques combinés et la composition des communautés d’oiseaux montrent tous deux une forte corrélation avec le gradient de restauration forestière. Notamment, le modèle mathématique a non seulement bien prédit la composition des communautés d’oiseaux, mais il a également montré une bonne capacité à suivre des insectes non vocalisants, suggérant que ces outils automatisés peuvent être utilisés pour un suivi large et efficace de la biodiversité 11.

Cette étude démontre le potentiel énorme de la bioacoustique, couplée à l’automatisation, pour le suivi de la biodiversité – ici dans un écosystème tropical, mais cela devrait être d’autant plus facilement exportable dans nos milieux européens. Dans une certaine mesure, c’est déjà le cas. Probablement que vous avez déjà vu sur vos smartphones des applications d’identification automatisée des oiseaux ? Elles fonctionnent sur le même principe.

En utilisant des méthodes innovantes pour analyser de vastes ensembles de données acoustiques, les chercheurs peuvent désormais suivre la niche écologique de chaque espèce de manière plus précise, rapide et économique.

Des drones naturalistes

Pour ce dernier exemple de mon balayage technologique, je souhaite vous présenter un sujet qui montre l’utilisation de la robotique pour le suivi de biodiversité. Les drones et robots autonomes permettent de surmonter les défis liés à la surveillance des habitats difficiles d’accès pour un humain. Ils sont actuellement utilisés dans des environnements marins, forestiers, et même dans des régions reculées, pour collecter des données en temps réel sur les populations et les habitats. Nombre d’espèces, animales ou végétales, ne vivent que dans la canopée. Cela est très marqué dans des écosystèmes tropicaux comme en Guyane. Accéder à la canopée, qui est souvent située à des dizaines de mètres au-dessus du sol, nécessite l’utilisation de grimpeurs expérimentés ou de structures coûteuses, comme des tours ou des plateformes élévatrices. Certains se rappelleront peut-être du fameux « radeau des cimes » ayant permis au célèbre botaniste Francis Hallé de mener des inventaires 12. Ce dispositif, conçu dans les années 1980, consistait en un radeau suspendu sous un ballon dirigeable. Ce système permettait aux chercheurs d’accéder directement à la canopée sans perturber l’écosystème en dessous, facilitant ainsi l’observation et l’étude des plantes, des animaux et des interactions complexes dans cette partie peu explorée des forêts tropicales.

Toutefois, ces méthodes sont non seulement relativement dangereuses pour le naturaliste de terrain mais aussi souvent coûteuses. Elles limitent également la quantité d’échantillons pouvant être collectés, ce qui entrave la possibilité de surveiller la biodiversité à grande échelle dans des zones difficiles d’accès.

Dans cette perspective, des chercheurs de l’université ETH de Zurich ont développé un outil combinant robotique et ADN environnemental. Comme expliqué dans un article publié le 18 janvier 2023 dans la revue Science Robotics 13, l’objectif était de développer et de tester un drone autonome capable de collecter de l’ADN environnemental sur les branches d’arbres, afin de surveiller la biodiversité de manière plus efficace et à grande échelle. Les chercheurs visaient à relever les défis techniques posés par l’échantillonnage dans des environnements difficiles d’accès, tels que la canopée des forêts. Comment ont-ils procédé ? Les chercheurs ont développé un drone autonome équipé d’une cage sensible aux forces, c’est-à-dire qui intègre une structure protectrice autour de lui, conçue pour détecter les forces exercées lorsqu’il entre en contact avec son environnement, en particulier des surfaces comme les branches d’arbres. La cage est équipée de capteurs qui mesurent les forces dans les différentes directions, permettant au drone de s’ajuster en temps réel pour établir et maintenir un contact stable avec la surface cible. Cette technologie est essentielle pour que le drone puisse collecter de l’ADN environnemental de manière précise et fiable, même sur des surfaces flexibles ou irrégulières. Pour tester l’efficacité du drone pour la collecte d’ADN environnemental sur des arbres aux morphologies et rigidités différentes, ils ont échantillonné un total de sept arbres appartenant à cinq espèces différentes : le Cornouiller mâle Cornus mas, l’Épicéa commun Picea abies, le Tilleul à petites feuilles Tilia cordata, le Noyer noir Juglans nigra et le Forsythia intermédiaire Forsythia x intermedia.

Bilan de la récolte ? Ils montrent que le drone a réussi à collecter de l’ADN environnemental sur les branches d’arbres de manière efficace, permettant d’identifier 21 espèces, incluant des insectes, des mammifères, des oiseaux et même un amphibien. Parmi les insectes détectés, on trouve des espèces telles que le Perce-oreille Forficula auricularia, l’Abeille domestique Apis mellifera ou une Tipule Tipula paludosa. Parmi les oiseaux identifiés, on rencontre par exemple la Chouette hulotte Strix aluco et le Rouge-gorge familier Erithacus rubecula. La présence d’un amphibien, en l’occurrence un Crapaud commun Bufo bufo, est plutôt surprenante, puisqu’il n’est pas du tout arboricole. Ils expliquent que cette trouvaille est probablement due à la dispersion d’ADN de cette espèce via des projections d’eau, de boue, ou par le biais de prédateurs qui auraient transporté des fragments de son ADN vers les branches des arbres. Enfin le drone a aussi démontré sa capacité à atterrir et à maintenir un contact stable sur des branches de rigidités variées. Même si les auteurs suggèrent d’étendre l’approche à d’autres espèces d’arbres ou d’autres milieux, les résultats sont prometteurs et ouvrent la voie à des suivis dans des environnements plus singuliers, comme les forêts tropicales ou les falaises inaccessibles. Encore un nouvel outil pour les grandes expéditions scientifiques de demain !

Des outils technologiques comme alliés

Les avancées techniques et technologiques récentes sont en train de profondément transformer les sciences du vivant. Ces technologies permettent d’aller là où nous ne pouvions pas accéder auparavant, d’effectuer des inventaires à grande échelle plus rapidement et à moindre coût, de réduire les erreurs d’identification, et de surveiller les espèces et les individus avec une précision inégalée. Ces capacités élargies ouvrent des perspectives sans précédent pour les naturalistes et les biologistes de la conservation.

Les outils traditionnels tels que les jumelles, les filets à papillons ou les guides de terrain ont longtemps été les compagnons indispensables des chercheurs sur le terrain. Bien que ces outils conservent leur valeur, ils se trouvent aujourd’hui complétés par une panoplie d’instruments technologiques qui augmentent notre pouvoir d’observation de manière incomparable. Des drones équipés de capteurs à ADN aux pièges photographiques automatisés, la diversité des technologies disponibles transforme notre manière d’interagir avec le vivant. Grâce à ces innovations, nous pouvons désormais capturer des données dans des environnements difficiles d’accès, suivre les migrations d’espèces en temps réel, et documenter des comportements animaliers sans perturber les habitats naturels.

L’une des avancées les plus significatives, en dehors de l’ADNe évidemment, est l’utilisation des drones. Ces appareils permettent de couvrir de vastes zones avec une rapidité et une précision autrefois inimaginables. Ils sont utilisés pour cartographier des écosystèmes, surveiller des populations d’espèces menacées et détecter des changements dans l’habitat qui pourraient signaler des perturbations écologiques 14. Les drones permettent également d’accéder à des zones ou à des milieux reculés, minimisant l’empreinte humaine sur des environnements sensibles tout en maximisant la collecte de données pertinentes.

Dans le même temps, les progrès en télémétrie et en suivi GPS ont permis une surveillance continue et détaillée des mouvements des animaux à l’instar du Caribou. Ces données sont cruciales pour comprendre les habitudes migratoires, les stratégies de reproduction et les réponses aux changements environnementaux, tels que la déforestation ou le réchauffement climatique.

L’intégration de l’intelligence artificielle (IA) et de l’apprentissage automatique dans le traitement des données a encore élargi les possibilités d’analyse. Ces techniques permettent de traiter de vastes ensembles de données, souvent inaccessibles à l’analyse humaine, pour détecter des tendances subtiles ou des corrélations qui pourraient échapper à l’observation directe. L’IA est utilisée pour identifier automatiquement des espèces dans des images ou des enregistrements audio, facilitant ainsi les efforts de surveillance à grande échelle tout en réduisant la charge de travail des chercheurs.

Les outils numériques et les big data ont également modifié la manière dont les données sont collectées, stockées et analysées. Autrefois, même s’ils subsistent encore un peu, les carnets de terrain et les observations manuelles constituaient l’épine dorsale de la recherche en sciences naturelles. Aujourd’hui, ces méthodes cèdent progressivement la place à des bases de données en ligne et à des plateformes collaboratives, où des millions de données sont compilées quotidiennement. Ces données massives permettent de réaliser des analyses plus fines et plus complexes, fournissant des cartographies précises sur l’évolution des populations animales et végétales, particulièrement en relation avec les changements climatiques, les pollutions ou la perte d’habitats.

Indéniablement, ces innovations marquent un tournant décisif dans l’histoire des sciences naturelles. Elles ouvrent la voie à une nouvelle ère, où technologie et naturalistes de terrain se mettent au service de la compréhension du vivant. Cependant, face à cette évolution rapide dans l’utilisation de ces nouvelles techniques, une question se pose pour le naturaliste : est-ce moins « authentique » ou sans intérêt pour autant ? Pourrions-nous perdre en autonomie ? En engagement ? En perception intuitive ?

1. Vinciane Despret, La danse du cratérope écaillé. Naissance d’une théorie éthologique, La Découverte / Les Empêcheurs de penser en rond, 1996.

2. UPGE, France 2030. Étude prospective : quels emplois et quelles compétences pour le génie écologique à Horizon 2030 ? Synthèse du rapport d’étude de juin 2023, juin 2023 [en ligne].

3. Mariah T. Matias, Joan M. Ramage, Eliezer Gurarie, Mary J. Brodzik, « Snowmelt onset and Caribou (Rangifer tarandus) spring migration », Remote Sensing, vol. 16, no 13, 2024.

4. Allan F. O’Connell, James D. Nichols, K. Ullas Karanth, Camera Traps in Animal Ecology : Methods and Analyses, Springer, 2011.

5. Noa Rigoudy, Gaspard Dussert, G., Abdelbaki Benyoub, et al., « The DeepFaune initiative : a collaborative effort towards the automatic identification of European fauna in camera trap images », European Journal of Wildlife Research, vol. 69, no 6, 2023, p. 113.

6. Mohammad S. Norouzzadeh, Anh Nguyen, Margaret Kosmala, et al., « Automatically identifying, counting, and describing wild animals in camera-trap images with deep learning », Proceedings of the National Academy of Sciences, vol. 115, no 25, 2018.

7. Cf. ici plus de détails, notamment pour le lecteur qui voudrait essayer le logiciel : www.deepfaune.cnrs.fr/

8. Thomas A. Morrison, Douglas T. Bolger, « Wet season range fidelity in a tropical migratory ungulate », Journal of Animal Ecology, vol. 81, no 3, 2012, p. 543-552.

9. Bernie Krause, Le Grand Orchestre des animaux. Célébrer la symphonie de la nature, Flammarion, 2018.

10. Jorg Müller, Oliver Mitesser, H. Martin Schaefer, et al., « Soundscapes and deep learning enable tracking biodiversity recovery in tropical forests », Nature Communications, vol. 14, 2023, 6191.

11. Justin Kitzes, & Lauren Schricker, « The necessity, promise and challenge of automated biodiversity surveys », Environmental Conservation, vol. 46, no 4, 2019, p. 247-250.

12. Se référer par exemple à Francis Hallé, La Vie des arbres, Bayard, 2011.

13. Emanuele Aucone, Steffen Kirchgeorg, Alice Valentini, et al., « Drone-assisted collection of environmental DNA from tree branches for biodiversity monitoring », Science Robotics, vol. 8, no 74, 2023.

14. Katherine Sarah Christie, Sophie Louise Gilbert, Casey L. Brown, et al., « Unmanned aircraft systems in wildlife research : current and future applications of a transformative technology », Frontiers in Ecology and the Environment, vol. 14, no 5, 2016, p. 241-251.

Une révolution contre-culturelle ?

« Je crois que les éthologistes qui observent et étudient les animaux, comme l’avaient si bien pris à cœur avant eux les naturalistes, proposent, pour nombre d’entre eux, un projet semblable : rendre compte, multiplier les manières d’être, c’est-à-dire “les manières d’éprouver, de sentir, de faire sens et de donner de l’importance aux choses” 1. »

Vinciane Despret

Il me semble assez clair qu’il existe une véritable culture naturaliste en France et dans le reste du monde ; la pierre angulaire que nous partageons est en premier lieu de reconnaître et de connaître les vivants. Pas tous les vivants, bien évidemment – mais une partie de ceux avec qui nous cohabitons sur un territoire. Cette démarche s’accompagne d’une attention minutieuse portée à l’observation des espèces, à la recherche de la moindre variation phénotypique, de nouvelles localisations ou d’indices subtils permettant d’approfondir notre compréhension, tant sur le plan morphologique qu’éthologique. Chaque détail compte, qu’il soit issu d’une observation visuelle, olfactive ou auditive, dans cette quête perpétuelle de savoir et de connexion avec le monde naturel. Tous nos sens sont mobilisés.

Au fil des siècles, ces connaissances se sont transmises par des voies orales et écrites – souvent par des amateurs – enrichissant progressivement notre aptitude à identifier et à classer les espèces lorsque nous les observons. Il s’agit là de l’une des dimensions essentielles de la culture naturaliste : l’élaboration d’une grammaire et d’un vocabulaire précis pour décrire le vivant. Au fil des siècles, un champ lexical rigoureux s’est développé, permettant de caractériser chaque espèce avec exactitude. Ce langage riche et précis, fondé sur des descriptions morphologiques, comportementales et écologiques, est indispensable pour garantir la clarté et la précision des échanges entre naturalistes. Il s’agit d’un véritable cadre scientifique, où chaque mot est soigneusement choisi pour désigner une structure anatomique, un phénotype particulier ou un comportement observé. Cette évolution lexicale, transmise de génération en génération, a permis non seulement de mieux décrire le vivant, mais aussi de structurer la pensée naturaliste elle-même. Pour que le lecteur puisse bien comprendre à quoi je fais référence, voici quelques exemples.

Décrire morphologiquement quelques espèces (en premier lieu une plante, puis un bourdon) :

Tige et feuilles à poils non apprimés < 0,5 mm ; capitules normalement > 8 mm de diamètre ; hémiligules munies d’une large bande pourpre à la face inférieure ; akènes mûrs majoritairement > 1 mm sans le pappus, celui-ci à écailles réduites et ≠ coalescentes ; plante normalement non stolonifère… Bellium nivale 2.

Barbe de soies de la mandibule 2-6 à pilosité rouge, parfois celle des tergites 2 et 3 plus ou moins sombre. Article antennaire 3 clairement plus court que le 5. Marge terminale du sternite 6 avec un bourrelet le plus souvent bien délimité. Pilosité du tibia 3 comme B. pratorum… Bombus monticola 3.

Décrire l’écologie et la répartition d’une espèce :

D’un point de vue écologique, Lophozia decolorans semble se comporter en acidiphile. Elle a néanmoins été observée à la fois sur substrats calcaire et siliceux, soulignant l’importance des phénomènes de décalcification de surface 4.

Cymindis scapularis Schaum : espèce à distribution axiale alpine stricte rencontrée en Rhône-Alpes dans les montagnes de l’Est où elle rejoint dans le sud la zone C. etrusca Bassi, entraînant la cohabitation locale des deux espèces 5.

À travers cette grammaire spécialisée, c’est une forme de respect pour la complexité du vivant qui s’exprime. Chaque groupe d’espèces se voit doté d’un vocabulaire spécifique qui le distingue et le rend reconnaissable au sein de l’immense diversité du monde naturel par la communauté naturaliste. Ce langage technique que nous employons constitue un médium indispensable pour les naturalistes, car il permet de nommer, classer et ordonner la diversité du vivant. Nommer les espèces mais aussi leurs caractéristiques intrinsèques, les habitats et les phénomènes biologiques, ne se limite pas à une simple désignation : cela cristallise des connaissances et des classifications accumulées au fil des siècles. Sans cette capacité à nommer, une grande partie de la richesse naturelle resterait invisible et incompréhensible.

Les récits naturalistes, abondants et variés, ont contribué à la perpétuation de cette culture, au même titre que les méthodes d’inventaire, qui se sont affinées au fil du temps. Loin d’être dépendantes de technologies sophistiquées, ces pratiques reposent encore sur des outils relativement simples, mais essentiels : guides de détermination, jumelles, loupes, filets de capture et collections scientifiques. Ces instruments, bien que rudimentaires en apparence, demeurent fondamentaux pour la recherche de terrain et la reconnaissance précise des espèces, permettant de documenter chaque variation morphologique ou comportementale avec rigueur. C’est cette combinaison de traditions et de techniques qui continue à alimenter la culture naturaliste, en la rendant à la fois accessible au plus grand nombre, et rigoureuse.

Enfin la culture naturaliste est bien plus qu’une simple accumulation de connaissances sur le vivant : elle incarne une manière d’appréhender le monde à travers le prisme de la nature et des sciences naturelles, où chaque être vivant devient sujet de contemplation voire d’étude. Ancrée dans des valeurs d’harmonie, elle s’efforce d’instaurer une relation équilibrée entre l’espèce humaine et ses cohabitants. Le naturaliste ne se contente pas de classifier ou de nommer les espèces – il lui arrive d’ailleurs très souvent de ne pas savoir lorsqu’il est face à l’inconnu –, il cherche à comprendre les interconnexions profondes entre les êtres vivants et leurs milieux. Chaque organisme fait partie d’un vaste réseau dynamique.

Tout comme le vivant, cette culture n’est pas figée. Elle évolue avec le temps, intégrant des problématiques contemporaines telles que la conservation des espèces ou l’adaptation au changement climatique, qui résonnent avec les préoccupations écologiques actuelles. Vanessa Manceron l’exprime ainsi en introduction de son ouvrage Les Veilleurs du vivant :

Le vacarme des alertes qui se multiplient avec une intensité et un rythme accrus depuis deux décennies sur l’état sinistre de nombreux milieux, arasés, bétonnés, pollués, défigurés, plastifiés, dépeuplés, épuisés et mortifiés, tient éveillé. Les naturalistes amateurs ne dorment, ni ne souffrent non plus d’une surdité et d’une cécité confortables face à l’érosion du vivant. Ils sont même ceux sans lesquels la mise en visibilité de la disparition des espèces et l’idée même de Sixième extinction n’auraient pu voir le jour 6.

Il est indéniable que ces alertes jouent un rôle puissant dans le sentiment d’urgence qui envahit les naturalistes. L’urgence d’accélérer l’extension de la connaissance. L’urgence d’alerter. L’urgence de transmettre ce savoir. L’urgence de permettre au plus grand nombre de produire de la connaissance. L’ADN environnemental évolue et est propulsé dans les rangs des solutions pour répondre à cette urgence – modifiant cette culture naturaliste dans toutes ses composantes, jusqu’à nous en faire perdre notre grammaire ? Et changer la communauté naturaliste ?

Une science accessible à tous – vers une confiscation ?

Depuis le début de ce livre, tout particulièrement dans ce chapitre, j’ai largement insisté sur le rôle des amateurs dans l’histoire des sciences naturelles, mais également dans les fonctions qu’ils jouent encore aujourd’hui en taxinomie, c’est-à-dire dans la description des espèces, et aussi dans l’amélioration des connaissances, sur la répartition biogéographique de celles-ci par exemple. Ce rôle témoigne de la relative accessibilité de cette science, même sans culture académique et surtout sans moyens financiers importants.

Nous l’avons vu également dans la première partie, l’ADN environnemental permet d’accélérer les inventaires de biodiversité à une vitesse que nous n’avons jamais connue. Et plus globalement, cette technique révolutionne notre connaissance du vivant en révélant tout ce qui échappait jusqu’à présent aux méthodes traditionnelles, largement utilisées par les amateurs comme par les professionnels. Les prélèvements de terrain peuvent être effectués par tout un chacun après une petite formation de quelques heures, rendant accessibles des connaissances acquises sur plusieurs siècles, démultipliant la force de frappe et accélérant les inventaires pour répondre à l’urgence. Il est aussi possible, avec un encadrement important et l’équipement de laboratoire nécessaire, de faire les analyses de laboratoire dans un cadre universitaire comme cela a été fait au Danemark.

Toutefois, il serait inexact de laisser penser que techniquement, utiliser l’ADN environnemental – du prélèvement à la restitution des données – est aussi accessible qu’une paire de jumelles et un guide de terrain. Il y a bien sûr un coût financier à chaque analyse, certes réduit comparativement à une expertise humaine rapportée à un taux horaire, mais nécessaire à chaque inventaire, et un minimum de connaissances à avoir en biologie pour interpréter correctement les données. Je m’interroge donc sur la possibilité que cet outil puisse venir accaparer un savoir et des connaissances face au monde naturaliste amateur et professionnel ? Toutes ces connaissances confisquées par un simple prélèvement d’eau ou de sol, quelques machines et des résultats fournis par un logiciel…

Ce ne serait finalement pas la première fois que les amateurs se verraient dépossédés d’un savoir-faire. Cette idée est explorée de manière fascinante dans la thèse de doctorat de Marion Thomas 7. Elle y analyse l’histoire de l’éthologie, en mettant en lumière les études sur le comportement animal en France sous la IIIe République. Son travail souligne comment les chercheurs français ont abordé le comportement animal et humain en mobilisant des ressources intellectuelles, sociales, culturelles et idéologiques. Un des chapitres m’a particulièrement marqué : il met en lumière le rôle central des amateurs dans l’éthologie avant l’émergence de Konrad Lorenz 8.

Bien avant que cette discipline ne se formalise sous son impulsion, elle s’appuyait sur le travail patient et minutieux d’amateurs passionnés, de naturalistes autodidactes et d’observateurs non institutionnalisés. Ces acteurs ont posé les bases des premières connaissances sur le comportement animal, ouvrant la voie à l’intégration de l’éthologie dans le cadre académique. Comme nous l’avons déjà vu, des figures telles que Charles Darwin et Alfred Russel Wallace, bien qu’ils aient été plus tard reconnus comme des scientifiques de premier plan, ont commencé leur carrière en tant que naturalistes amateurs, contribuant de manière significative à l’avancement des connaissances en biologie et zoologie. Leurs travaux ont jeté les bases des futures études comportementales plus structurées. Par ailleurs, les sociétés savantes, telles que les sociétés linnéennes, ont joué un rôle crucial en offrant un espace où amateurs et professionnels pouvaient échanger des idées, collaborer et enrichir mutuellement leurs travaux, ce qui a permis de faire avancer la recherche dans ces domaines avant leur formalisation académique.

Lorenz lui-même reconnaissait le rôle des amateurs, comme le souligne Marion Thomas. Il valorisait grandement leurs contributions à l’éthologie. Lorenz insistait sur l’importance d’un engagement émotionnel profond envers les animaux, considérant qu’un véritable éthologue devait « tomber amoureux » des espèces qu’il étudiait pour bien comprendre leur comportement. Il admirait particulièrement les amateurs tels que les chasseurs, et surtout les naturalistes du XIXe siècle, qu’il voyait comme des pionniers de l’éthologie, dotés d’une patience et d’une passion exemplaires pour observer les animaux dans la nature.

Même après l’institutionnalisation de l’éthologie, Lorenz a continué à défendre l’approche amateur, affirmant que l’observation dans l’environnement naturel restait essentielle pour comprendre le comportement animal. Cette valorisation s’inscrit dans un contexte historique où la distinction entre amateurs et professionnels était moins rigide, montrant que, selon Lorenz, l’éthologie était avant tout une question de passion et d’engagement émotionnel.

Cependant, et c’est bien là le point clé qui m’intéresse ici tout particulièrement dans ce que Marion Thomas développe, Konrad Lorenz a bien sûr joué un rôle central dans la formalisation de l’éthologie en tant que discipline scientifique, mais ce processus a progressivement déplacé les amateurs du centre de cette discipline vers une position plus marginale. Avec Lorenz et d’autres, l’éthologie a été transformée en une science reconnue, couronnée par le prix Nobel en 1973. Cette reconnaissance internationale a marqué une transition vers une discipline académique formelle, nécessitant des méthodes rigoureuses basées sur l’observation systématique, la reproduction expérimentale et l’analyse comparative.

Lorenz a introduit des protocoles scientifiques plus homogènes qui ont standardisé l’éthologie, mais ont également érigé des barrières d’entrée plus élevées pour ceux qui n’avaient pas accès aux outils scientifiques ou à la formation académique requise. En définissant l’éthologie comme une science nécessitant une formation spécifique et des compétences techniques, Lorenz et ses collègues ont indirectement exclu les amateurs de la participation au développement scientifique de la discipline. Bien que Lorenz ait toujours valorisé les contributions des amateurs, il a simultanément consolidé l’idée que pour être un « véritable éthologue », il fallait non seulement une passion pour les animaux, mais aussi une formation scientifique rigoureuse. Cette dualité existe toujours dans le monde naturaliste : l’ornithologue amateur passionné versus l’ornithologue professionnel titulaire d’un doctorat par exemple. Elle tend toutefois à s’atténuer, le niveau des amateurs étant reconnu comme très élevé.

Cette ambivalence a repositionné les amateurs en tant que figures respectées mais à la marge dans le domaine de l’éthologie. Désormais il existe une domination de l’éthologie par des professionnels et des chercheurs académiques. Les amateurs sont relégués à un rôle secondaire. Bien que ces derniers aient continué à contribuer à l’observation et à la diffusion de l’éthologie, leur influence sur les découvertes scientifiques majeures s’est nettement réduite, les écartant ainsi de l’évolution de cette discipline. C’est ce que Marion Thomas nomme « une confiscation ».

J’ai déjà observé ce phénomène, et il me semble très similaire à l’avènement de la détection ultrasonore des Chiroptères. Autrefois, l’étude des chauves-souris se limitait à l’usage de lampes torches pour les repérer dans des bâtiments, sous des ponts ou dans des grottes, ainsi qu’à l’utilisation de simples filets de capture. Hormis les autorisations nécessaires, la démarche ne demandait pas beaucoup de matériel, ni de protocoles scientifiques très complexes. C’était globalement accessible à quiconque s’y intéressait. Les contributions scientifiques provenaient donc largement du monde amateur. Puis sont apparus les détecteurs d’ultrasons, de nouveaux outils techniques, puissants, permettant d’entendre l’inaudible, de l’enregistrer et de l’analyser sur ordinateur. Il fallait désormais s’équiper d’un détecteur d’ultrasons performant, dont le prix pouvait varier de 1 500 à 5 000 euros pour les meilleurs modèles, ainsi que d’un ordinateur, d’un logiciel d’analyse sonore avec une licence parfois payante, d’un enregistreur coûtant quelques centaines d’euros, de cartes mémoire et de disques durs pour stocker les enregistrements, et il fallait suivre une formation en bioacoustique, respecter des protocoles standardisés pour la collecte des sons, en sus d’autres équipements et démarches nécessaires. Ce changement a suscité au début une forte résistance de la part de nombreux chiroptérologues amateurs. Rétrospectivement, je crois que c’était le signe d’une crainte de confiscation, la peur de voir l’étude des animaux qu’ils chérissaient tant leur être retirée. Ils redoutaient d’être marginalisés en n’utilisant pas les derniers outils modernes, qui rendaient l’étude des chauves-souris plus « sérieuse » mais aussi plus coûteuse, alors que cette passion était jusque-là tout à fait abordable pour peu que l’on puisse s’offrir une lampe de poche. Aujourd’hui, tout cela appartient au passé. Les derniers résistants se sont résignés. L’utilisation des détecteurs est devenue la norme, les nouveaux arrivants dans ce domaine n’ayant pas connu « l’avant ».

Revenons-en à l’ADN environnemental – vous voyez sans doute où je veux en venir… ? Il offre du sérieux – c’est une technique standardisable, une capacité d’inventaire démultipliée, des biais observateurs inexistants ou presque. Ne suis-je pas, en assurant le développement et la promotion d’une telle technologie, en train de confisquer une expertise aux amateurs naturalistes ? Tout comme Lorenz l’a fait en son temps, tout en reconnaissant pourtant le rôle majeur des amateurs.

Adieu Serendip ?

Été 2024. Maxime Robert – comédien, metteur en scène et improvisateur – me propose, dans le cadre d’un stage à l’École des vivants 9, d’intervenir pour parler des vivants qui peuplent le lieu où nous nous trouvons. Ce stage est une immersion dans l’univers de l’improvisation théâtrale biomimétique, où se croisent les dynamiques de la scène et celles de la nature. Rapidement, notre discussion tourne autour de ce qu’est un naturaliste et, plus précisément, de la manière dont je pratique cette discipline. Nous sommes sous le Tilleul Tilia europaea à l’entrée du réfectoire, ce Tilleul qui, en cette saison, bourdonne de vie. Il abrite Rhopalocères et Hyménoptères dans ses branches, des chauves-souris en quête de Phalènes à la nuit tombée, et les accolades humaines des participants à la fin des stages.

Je parle beaucoup. Vite. Peut-être trop, comme le font les passionnés. Maxime écoute attentivement, mais pas seulement avec l’oreille du spectateur : il mobilise aussi celle de l’improvisateur. Nos échanges explorent spontanément les analogies entre ma pratique naturaliste et sa pratique de l’improvisation. Dans ces deux univers, l’incertitude est une matière première, un espace fertile à cultiver. À un moment, il me lance :

– En fait, ton truc, c’est juste un éloge de l’incertitude ?

Cette remarque agit comme un déclic. Elle synthétise une intuition que je n’avais jamais formalisée. Sa phrase résonne en moi ; elle ne me quittera plus. Elle cristallise ce qui constitue le cœur de ma démarche : embrasser l’incertain, explorer sans savoir exactement ce que l’on va trouver, sans avoir l’assurance d’un résultat. Dans l’improvisation comme dans le naturalisme, l’incertitude n’est pas un obstacle à surmonter, mais la condition même d’une quête authentique. C’est un état d’ouverture, où chaque instant porte en lui la promesse d’une surprise.

Cela m’évoque un passage de La Panthère des neiges de Sylvain Tesson (Gallimard, 2019) :

Je l’avais rencontré un jour de Pâques, au cours d’une projection de son film sur le loup d’Abyssinie. Il m’avait parlé de l’insaisissabilité des bêtes et de cette vertu suprême : la patience. Il m’avait raconté sa vie de photographe animalier et détaillé les techniques de l’affût. C’était un art fragile et raffiné consistant à se camoufler dans la nature pour attendre une bête dont rien ne garantissait la venue. On avait de fortes chances de rentrer bredouille. Cette acceptation de l’incertitude me paraissait très noble – par là même antimoderne.

Une acceptation de l’incertitude, dit-il. Comme une réalité à laquelle nous serions soumis. Hors de notre contrôle. Est-ce à dire que cette acceptation est une forme de résignation ? Ou une forme de liberté intérieure – un éclair de lucidité ?

Je ne suis pas certain de partager cette idée d’acceptation. Je crois au contraire que l’incertitude est recherchée par les naturalistes, inconsciemment dans la plupart des cas. Il n’y a aucune garantie de succès dans la démarche. Ce n’est pas le résultat qui compte, mais bien le processus dans lequel on s’inscrit. Une longue marche d’approche, les heures d’affût et d’observation, d’écoute, de mise en alerte de tous les sens. Le besoin de l’inattendu dans cette société où tout est disponible tout le temps. De cette rencontre fortuite et inespérée. De celle qui n’était pas dans le champ du certain. Comme ce Cassenoix moucheté Nucifraga caryocatactes qui est dans mon jardin depuis quelques jours et dont je n’espérais pas la visite. Ou cette Grue cendrée Grus grus, qui tourne au-dessus du laboratoire – identifiable à ses cris caractéristiques, que mon ouïe a perçus pendant une réunion alors que je ne m’y attendais pas. Il y a un refus de s’enfermer dans une logique de contrôle – elle serait vaine de toute façon. Une résistance silencieuse aux impératifs de la société moderne à être performant et productif.

Pourtant il y a un « mais ». Ou un « en même temps » – à la mode. C’est là où la technique vient créer une nouvelle ambivalence, et contredire tout ce que je viens d’écrire quelques lignes plus haut. En particulier avec l’ADN environnemental. Je m’explique.

Imaginez que vous soyez en affût. Attendant un renard, ou un blaireau, par exemple. Le « viendra-viendra pas » deviendra vite votre mantra. Avec l’ADN environnemental, la détection se fait de manière indirecte. Même si le renard n’est physiquement pas visible, vous pouvez trouver ses traces, des molécules qu’il aura laissées dans son habitat – même infimes. Les incertitudes liées à l’observation directe se réduisent comme peau de chagrin.

Je continue. Nous l’avons vu au début de cet ouvrage, la sensibilité est accrue par rapport aux méthodes d’observation dites traditionnelles. Vous augmentez les probabilités de détection des espèces rares ou en faible densité. Il en va de même pour la couverture spatio-temporelle de vos observations. Les traces peuvent rester plusieurs jours dans le milieu et la surface d’investigation peut être bien plus grande que vos capacités – aussi bon naturaliste que vous soyez. Puis il y a tous ces vivants invisibles. Les micro-organismes notamment, qui sont souvent oubliés ou ignorés. Ces invisibles deviennent visibles. La part d’incertitude et d’inconnu s’estompe encore un peu plus.

Et enfin, un point clé pour les naturalistes, la détermination des espèces. Il y a une dimension très incertaine dans cet acte de nommer une espèce, de l’identifier sur la base de critères morphologiques, acoustiques ou comportementales. Il peut y avoir des hybrides – deux espèces proches qui vont se croiser par exemple – ou des variations inhabituelles de coloration ou de forme qui vont duper le naturaliste, même le plus aguerri. Avec l’ADN, le débat est clos. Tout se passe comme si toute possibilité de discussion devenait tout simplement inenvisageable. Les séquences d’ADN sont ce qu’elles sont – c’est-à-dire sans option d’interprétation.

Encore une incertitude qui disparaît – a priori. L’ADN environnemental a sacrifié la sérendipité sur l’autel de l’efficacité et de la performance. Les trois princes légendaires de Serendip, originaires de l’actuel Sri Lanka, qui faisaient des découvertes heureuses par hasard, sont au tapis. En PLS.

Maxime, en éclairant les analogies entre ma pratique de naturaliste et celle de l’improvisation, m’a offert une clé précieuse : la sérendipité. Plus qu’un simple accident du chemin, la sérendipité est un éloge de l’imprévisible, une revendication du non-maîtrisé. Elle n’est pas qu’une passivité face à l’incertitude, mais une posture active : celle de réapprendre à attendre, de s’engager dans une quête où le dénouement reste incertain, et d’embrasser ce qui échappe à nos schémas préétablis. Dans un monde obsédé par l’efficacité et la performance, où chaque instant est calibré pour maximiser des résultats, la sérendipité n’est pas un vestige romantique. Elle devient une forme de résistance subtile mais essentielle : un rappel que la véritable richesse réside dans ce qui nous échappe, dans les découvertes imprévues, dans ce que nous ne savions même pas chercher.

Cette discussion avec lui, imprévisible dans sa nature et dans ce qu’elle a révélé, incarne parfaitement ce pouvoir transformateur de la sérendipité. Ce n’étaient pas tant les mots échangés qui importaient, mais ce qu’ils allaient déclencher pour moi : un éclair inattendu, qui a donné un nouveau sens à ma réflexion et à ma pratique. Cet épisode démontre que l’inattendu, lorsqu’il est accueilli avec ouverture, peut devenir une source intarissable d’émerveillement et d’apprentissage, nous reconnectant à l’essence même de nos quêtes, qu’elles soient naturalistes ou humaines.

1. Vinciane Despret, Habiter en oiseau, Actes Sud, 2019.

2. Jean-Marc Tison & Bruno de Foucault (coord.), Flora Gallica. Flore de France, Biotope/Société botanique de France, 2014.

3. Felix Amiet, Andreas Müller, Christophe Praz, Apidae 1 : Allgemeiner Teil, Gattungen, Apis, Bombus / Partie générale, genres, Apis, Bombus, « Fauna Helvetica 29 », CSCF/SEG, 2017.

4. Leica Chavoutier, Vincent Hugonnot, Mousses, hépatiques et anthocérotes du département de la Savoie (France), FMBDS, 2013.

5. Ibid.

6. Vanessa Manceron, op. cit.

7. Marion Thomas, Rethinking the History of Ethology : French Animal Behaviour Studies in the Third Republic (1870-1940), thèse sous la direction de Jonathan Harwood, Centre for the History of Science, Technology and Medicine (CHSTM), University of Manchester, 2003.

8. Avant d’aller plus loin, pour ceux qui lisent les notes de bas de page, je vais présenter succinctement Konrad Lorenz (1903-1989) : éthologue autrichien, considéré comme l’un des fondateurs de l’éthologie moderne, il est célèbre pour ses travaux sur l’imprégnation chez les animaux et sa théorie de l’agression. Il a été lauréat du prix Nobel de physiologie ou médecine en 1973 et a grandement contribué à l’étude du comportement animal. Il est aussi à l’origine de cette idée que les hommes seraient programmés pour se comporter comme des dominants et donc les femmes des dominées ; il n’a vraisemblablement pas toujours été très précurseur dans ses analyses…

9. Je reviendrai plus loin pour détailler de quoi il s’agit !

Big Brother is watching you

« Si vous désirez une image de l’avenir, imaginez une botte piétinant un visage humain… éternellement. »

George Orwell, 1984

Il est 3 h 10 du matin, dans les gorges du Gardon (Gard). Assis sur le capot de ma fourgonnette, je tourne inlassablement mon antenne parabolique à 360 degrés, le bras tendu au-dessus de ma tête, tout en ajustant un bouton avec l’autre main pour balayer différentes fréquences. La nuit est calme. La fatigue commence à peser, et depuis près d’une heure maintenant je n’ai capté aucune chauve-souris. On est loin de l’effervescence du début de la nuit, lorsque tous les Murins à oreilles échancrées Myotis emarginatus sortaient du village pour partir en chasse. À présent, il y a un creux. Ils se reposent probablement dans une cabane en pierre abandonnée ou à l’entrée d’une grotte. J’enchaîne déjà depuis plusieurs nuits, et je commence à m’habituer à ce nouveau rythme, aidé par une consommation excessive d’un soda bien trop sucré.

Soudain, le talkie-walkie se remet à crépiter :

« Équipe 3, la numéro 107, azimut 230. »

Enfin, ça bouge. Deux autres équipes répondent :

« Azimut 120. »

« Azimut 180 pour nous. »

Une rapide triangulation est tracée sur une carte en papier.

« Elle semble retourner au gîte. Elle est dans une ripisylve près de Saint-Chaptes. »

Je remonte rapidement dans la voiture, fenêtres grandes ouvertes. La piste caillouteuse sur laquelle je me trouve est vite avalée pour rejoindre la route principale. Direction Saint-Chaptes. Le trajet se fait au son des bips et des grésillements des talkies-walkies, qui annoncent l’évolution de la situation. J’ai installé une antenne sur le toit de ma voiture, certes non directionnelle, mais l’intensité des bips me permet de savoir si je me rapproche ou non de ma cible. Les kilomètres défilent, je traverse rapidement les villages où la plupart des humains sont profondément endormis. Je me demande ce que je fais là, la fatigue se fait de plus en plus pesante. Ne serais-je pas mieux dans mon lit moi aussi ?

Par chance, cette fois-ci, je la retrouve rapidement. Elle est bien là où la triangulation nous a conduits. J’arrive même à l’apercevoir en vol grâce « à un coup de lampe torche », ce qui dans le jargon naturaliste signifie éclairer rapidement une zone cible. Je note le point précis, cela servira à faire une description ultérieure de ses habitats de chasse. Il faut dire que le Murin à oreilles échancrées est lui aussi – comme la plupart des Chiroptères – dans une situation critique, malgré son statut de protection européen et national. Mieux connaître ses habitudes et ses lieux de chasse est essentiel pour éviter de l’impacter, par exemple lors de futurs aménagements routiers dans le secteur.

Depuis quelques jours, il porte un petit émetteur sur son dos, de quelques grammes à peine, que j’ai installé avec des camarades en la capturant à la sortie de son gîte. Cet émetteur tombera seul au bout de quelques jours. L’avantage de cette méthode est qu’elle permet de suivre non plus simplement un Myotis emarginatus anonyme, mais une femelle clairement identifiée, qui a son propre nom 1, et dont nous connaissons l’origine – c’est-à-dire son lieu d’habitation. Ce que je pourrai vous raconter à son sujet ne sera pas une généralité, comme dire qu’elle fréquente les ripisylves du Gardon. Non, je pourrai dire qu’elle s’est alimentée sur ce tronçon de ripisylve situé entre X et Y, dans la commune de XX, à telle heure. Je connais aussi l’endroit exact par lequel elle est passée pour venir chasser à cet endroit. Je sais qu’elle est rentrée à son gîte à 5 h 22 du matin. Bref, j’ai accès à une multitude d’informations sur elle, sur son éthologie, qu’il m’était impossible d’obtenir jusqu’à présent, même avec des captures ou des écoutes ultrasonores. Je pénètre dans son intimité.

En 2024, plus de dix ans après cette petite histoire, la technologie de suivi a considérablement évolué. Il n’est plus indispensable de passer des nuits entières à les suivre avec une antenne. Il « suffit » désormais de les capturer et d’installer un GPS. La balise GPS, légère et conçue pour ne pas gêner les mouvements de l’animal, est fixée sur son dos à l’aide d’une colle chirurgicale non toxique ou d’un petit harnais. Une fois installée, la balise envoie en temps réel des signaux GPS qui permettent de suivre précisément les déplacements de la chauve-souris, collectant des données sur ses itinéraires de vol, ses lieux de repos et ses zones d’alimentation pendant plusieurs jours. Puis la balise se détache d’elle-même 2. Les données collectées permettent de visualiser l’ensemble des informations sur des vues aériennes et d’en tirer des enseignements passionnants et indispensables pour la conservation des espèces étudiées. Que de nuits j’aurais pu sauver si j’avais eu accès à cette technique à l’époque ! En même temps, que de soirées inoubliables avec mes collègues et amis à discuter de nos découvertes en revenant de nos missions nocturnes aurais-je perdues…

Collecter des données, toujours plus de données. Il faut suivre, dénombrer, quantifier, inventorier, surveiller… Surtout surveiller. Pas seulement la rivière qui passe sur sa commune. Non. Toutes les rivières. Tous les fleuves. Tous les milieux. Toutes les espèces. Y compris celles que nous ne connaissons pas encore.

Partout dans le monde le vivant disparaît. S’éteint. Ou plutôt est éteint, par l’influence humaine. Quoi de plus normal alors que de s’alarmer, et en réponse à cela de se mettre à le surveiller pour son propre intérêt ?

Dans 1984, George Orwell, imagine une société où « Big Brother is watching you » est bien plus qu’un simple slogan. C’est une réalité oppressante qui s’impose à tous les citoyens. Le Parti, porté par la figure de « Big Brother », surveille constamment tout le monde, partout, à chaque instant, grâce aux télécrans, aux microphones ou encore aux espions disséminés dans tous les recoins de l’Océania – l’un des trois super-États. Cette expression que j’utilise en tête de chapitre est l’illustration parfaite de la perte totale de la vie privée. Surtout, le Parti ne se contente pas de surveiller les actions visibles, il veut contrôler ce qu’il se passe dans l’esprit de chacun. Pire, le Parti utilise ce slogan pour manipuler les gens en leur faisant croire que leur sécurité et leur bonheur dépendent de cette surveillance constante. La soumission est totale. On comprend alors que ce slogan ne résume rien de moins que l’essence même d’un pouvoir absolu, exercé jusque dans les moindres recoins de l’esprit humain.

Sommes-nous aussi en train de mettre en place cette surveillance de masse pour les non-humains dans un esprit orwellien ? – grâce aux nouvelles techniques et technologies disponibles pour les sciences du vivant ?

Assistons-nous à la naissance d’une DGSI des non-humains ? Une surveillance généralisée de tout le vivant – d’Escherichia coli au Cachalot nain ?

Dans nos sociétés occidentales, une idée profondément ancrée veut que toute légitimité politique ou toute crédibilité, quel que soit le sujet, repose sur l’usage des données – souvent jusqu’à l’excès. Une véritable tyrannie des chiffres s’impose, où l’autorité semble dépendre davantage de l’accumulation quantitative que de la réflexion qualitative.

Les naturalistes et les écologues, depuis les années 1980, n’y échappent pas. Les données donnent l’air sérieux. Comment faire autrement, notamment dans l’espace public, sans prendre le risque de passer pour le « simplet du village » avec des histoires d’oiseaux et de petites fleurs 3 ? Il faut des data. Nous sommes même à l’ère du « big data ». De la donnée sur tout. Tout le temps. Partout. Mais est-ce vraiment sans conséquences ? Et pour quelle fin surtout ?

La bourse au big data

Les naturalistes ne sont bien sûr pas les premiers à avoir utilisé ce que l’on nomme communément aujourd’hui le big data 4. Leur origine remonte essentiellement aux besoins de gestion de grandes quantités de données par les gouvernements et le secteur militaire du siècle dernier. Pendant la Seconde Guerre mondiale, des ordinateurs comme l’ENIAC 5 étaient utilisés en cryptanalyse, posant les bases du calcul intensif. Dans les années 1960 à 1970, des agences comme la NASA ont aussi accumulé des données massives pour les missions spatiales, renforçant les capacités de traitement. Le secteur financier a été le premier à adopter le big data à grande échelle dans les années 1980 pour automatiser les transactions. Puis dans les années 1990 à 2000, Internet et les réseaux sociaux ont popularisé leur usage avec des entreprises comme Google et Amazon, pour ne citer que les plus grosses, exploitant ces données pour analyser les comportements. La finance, les gouvernements, les militaires, les entreprises dites de la tech sont donc à l’origine de l’utilisation massive de la data. Je crois que je peux le dire sans trop me tromper, la logique sous-jacente est toujours la même : optimiser, contrôler et prédire…

Est-ce la même logique qui est appliquée en écologie ? Regardons cela de plus près. En écologie, ces données massives et complexes proviennent de diverses sources, qui sont utilisées globalement pour observer, analyser et modéliser des phénomènes naturels. Ces données incluent des informations climatiques, géologiques, biologiques, afin de capter des tendances sur de longues périodes et à de larges échelles. Ce sont principalement des technologies de pointe qui les collectent : des vues satellitaires offrant une précision de l’ordre du centimètre ; des stations de mesure déployées à travers le globe, enregistrant en temps réel des paramètres comme la température, l’humidité, la vitesse du vent ou les concentrations de CO2 ; des drones équipés de capteurs, comme ceux évoqués précédemment, permettant la surveillance de zones sensibles ; des systèmes GPS fournissant une quantité colossale de données sur l’écologie des espèces, comme leurs migrations ; et enfin, pour conclure cette liste non exhaustive, l’ADNe, qui ouvre la voie à une collecte massive d’informations.

Toutes ces technologies génèrent des quantités de données sans précédent nécessitant un traitement à grande échelle. Elles contribuent ainsi à modéliser les interactions entre les espèces et les habitats.

Cependant l’intérêt majeur du big data en sciences naturelles n’est pas vraiment là, mais bien plus dans la capacité qu’elles ont à faciliter une anticipation accrue. Anticiper des incendies. Anticiper des impacts. Anticiper des phénomènes extrêmes.

Anticiper, le nouveau dogme ?

En écologie, cette recherche d’anticipation se traduit donc principalement par l’utilisation de modèles prédictifs et du big data, pour comprendre et projeter dans le temps et l’espace les dynamiques des écosystèmes, de la biodiversité et du changement climatique. Pour aller un peu plus dans le détail, cela permet par exemple d’essayer d’anticiper les risques d’extinction d’espèces ou d’évolution d’une forêt face aux changements du climat. Les possibilités sont infinies.

Voilà donc l’idée : réduire l’incertitude. Contrôler les risques d’un monde changeant. Donner une vision de l’avenir, sur la base de données chiffrées et donc nécessairement sérieuses. Proposer un plan d’action. L’intention est louable. N’oublions pas que, pour la plupart des acteurs de la conservation de la nature, le quotidien est rempli de mauvaises nouvelles. Il faut lutter contre la peur – la peur de voir disparaître celles et ceux que nous aimons. L’anticipation est ainsi vue comme un gage de résilience. Même si je vois bien l’intérêt de la démarche, je m’interroge quand même. Cette anticipation basée sur du big data ne comporte-t-elle pas des risques significatifs pour notre rapport aux vivants ? Ne risquons-nous pas de simplifier à outrance des phénomènes biologiques complexes, en réduisant le vivant à des formules mathématiques, des patterns calculables et prévisibles ? D’autant plus dans un monde fluctuant et imprévisible. Les écosystèmes sont par essence des réseaux d’interactions dynamiques et imprévisibles. Les enfermer dans des modèles pourrait conduire à ignorer des facteurs essentiels à leur équilibre que nous ne connaissons pas encore – que nous ne pouvons imaginer ou observer.

Derrière le mot « anticiper » se cache inévitablement le mot « intervenir ». Car pourquoi chercher à anticiper si ce n’est pour agir ? L’anticipation devient alors le prélude à la modification ou à l’optimisation de processus naturels selon des prédictions. Mais jusqu’où devons-nous aller ? Si anticiper une extinction signifie intervenir sur un habitat, comment définir les limites de cette intervention ? Modifier un écosystème, même dans l’intention de le protéger, revient à manipuler des réseaux d’interactions complexes, dont nous maîtrisons imparfaitement les mécanismes. Ne risquons-nous pas, en cherchant à corriger un déséquilibre, d’en créer d’autres, imprévus et plus graves ? Les écosystèmes ne sont pas des mécanismes linéaires. Ils sont dynamiques, imprévisibles, et l’intervention, basée sur des modèles, pourrait réduire leur complexité à des schémas simplifiés, inadéquats.

Se pose une question éthique : en intervenant ainsi, ne prenons-nous pas le rôle d’arbitres du vivant, décidant quelles espèces doivent être sauvées et selon quels critères ? Cette posture, entre bienveillance et démiurgie, nous oblige à réfléchir aux conséquences profondes de notre désir de contrôle sur la nature…

Sommes-nous tombés dans un piège ?

Un piège que les écologues auraient eux-mêmes ouvert, nous dit Vincent Devictor. Il complète en précisant que la biodiversité est en fait tout simplement non mesurable.

Autrement dit, la biodiversité est tout à la fois la diversité vivante et ce qui rend possible sa diversification. Soit autant de propriétés et de processus complexes, mal connus et qui ne se résument pas à une quantité mesurable 6.

À chercher à tout mesurer et tout quantifier, nous serions donc tombés dans un piège qui viendrait discréditer – plutôt que créditer – ce qui était l’ambition initiale d’une approche chiffrée de l’écologie. Tout autant de portes ouvertes pour remettre en cause les diagnostics posés et les méthodes employées.

Il est évident que l’accessibilité de plus en plus facilitée aux nouvelles technologies accroît significativement l’accès à des données en tout genre. Les envies d’anticipation et de contrôle poussent à collecter de plus en plus de données. Des données plus précises. Ce qui est moins évident, c’est l’utilité de tout cela. Si la finalité est bien la préservation du monde vivant, est-ce que cette massification de données nous y aide vraiment ? Avons-nous vraiment besoin de plus de données pour mieux protéger ? Le mieux-connaître pour mieux protéger serait-il inexact ?

Toujours dans Gouverner la biodiversité, Vincent Devictor soutient que, bien que la quantification des processus écologiques soit utile pour établir des diagnostics, elle tend à favoriser une gestion abstraite et globalisée de la biodiversité, axée sur des indicateurs numériques plutôt que sur la compréhension des dynamiques écologiques spécifiques et contextuelles. Cette « gouvernementalité du vivant par les nombres », selon ses termes, transforme la biodiversité en une série de mesures comptables qui risquent de réduire la richesse du vivant à des statistiques. Ce modèle gestionnaire, en se concentrant sur la collecte de données au détriment des interconnexions et des processus complexes propres à chaque écosystème, illustre parfaitement ce que Charles Goodhart avait formulé : « Lorsqu’une mesure devient un objectif, elle cesse d’être une bonne mesure. » À force de privilégier les chiffres comme indicateurs de succès, on pervertit leur usage initial, détournant l’attention des véritables enjeux écologiques. Tout comme l’avertit la loi de Campbell, une focalisation excessive sur des indicateurs numériques finit par corrompre les processus mêmes qu’ils étaient censés éclairer. Devictor remet donc en question l’idée que l’accumulation de données se traduit automatiquement par une meilleure protection, mettant en évidence les effets contre-productifs d’une gouvernance écologique trop centrée sur la quantification.

L’accumulation de données ne peut pas tout. Collecter des données à grande échelle comme nous pouvons désormais le faire avec l’ADN environnemental n’est pas LA solution. En tout cas pas l’unique solution à un problème qui ne peut être globalisé. L’apport de la technique est rassurant. Et excitant, aussi, par les découvertes scientifiques et l’amélioration des connaissances sur le vivant qu’elle permet. Mais ce n’est pas parce que vous avez des bons indicateurs de suivi de la performance de votre entreprise que vous garantissez avec certitude que les salariés d’une entreprise ont réellement des bonnes conditions de travail ni même que votre outil de production fonctionnera bien l’an prochain. Mesurer ne sauvera jamais une espèce. Il faut plus – il faut autre chose. D’autres approches doivent être envisagées à cette fin. C’est ce que nous allons voir dans le prochain chapitre.

1. En général nous donnons toujours un petit surnom sympa plutôt qu’un code alphanumérique impersonnel pour en parler entre nous à la fin de la nuit.

2. Nous la récupérons ensuite un peu plus tard, en général au pied du gîte ou elle était précédemment.

3. Benjamin Allegrini, « COP16 Biodiversité : “L’extinction massive du vivant peine à s’imposer médiatiquement” », La Croix, 30 octobre 2024.

4. Ashley I. Naimi, Daniel J. Westreich, « Big Data : a revolution that will transform how we live, work, and think », American Journal of Epidemiology, vol. 179, no 9, mai 2014, p. 1143-1144.

5. ENIAC (Electronic Numerical Integrator and Computer) est le premier ordinateur électronique numérique généraliste, conçu en 1945 par les États-Unis pour réaliser des calculs complexes, notamment dans des applications militaires comme la cryptanalyse et les trajectoires balistiques. Il marque un tournant dans l’histoire de l’informatique en posant les bases des systèmes de calcul intensif.

6. Vincent Devictor, Gouverner la biodiversité, ou comment réussir à échouer, Quæ, 2021.

En résumé…

Mon parcours de naturaliste est une quête – à l’instar de tous mes prédécesseurs. Une quête des vivants. Une recherche de ceux que notre société moderne invisibilise. Que nos sens invisibilisent aussi parfois. Une immersion lente et minutieuse dans l’univers du vivant. L’écoute attentive des oiseaux, les ultrasons des chauves-souris, les odeurs humifères des grottes m’ont construit. Scruter les plantes, les insectes, les oiseaux, c’est suivre une voie patiemment tissée d’observations, d’instants où les sens, pleinement éveillés, nous mettent en contact avec une vie foisonnante et mystérieuse. C’est ainsi que s’est façonné mon regard, porté par une passion profondément enracinée et une curiosité perpétuelle.

L’essor de techniques comme l’ADN environnemental me laisse dans un dilemme, celui d’une efficacité redoutable mais déconcertante. Grâce à cette méthode, les empreintes invisibles des espèces se révèlent dans une simple goutte d’eau, dans quelques grammes de sol, sans avoir à capturer, à observer directement. Tout se passe désormais dans le laboratoire, où nous décryptons des brins d’ADN pour savoir qui vit ou a vécu là. Je ne m’y habitue pas. C’est certes une avancée inouïe – une révolution technique qui nous promet une connaissance quasi totale de la biodiversité. Mais elle met une distance, une médiation technologique. Les données prennent le pas sur l’expérience sensorielle. Cette évolution modifie mes percepts – cette alliance que j’avais nouée de manière si intime avec le vivant.

Pendant des siècles, les naturalistes ont vécu des expéditions d’un autre genre, guidés par l’envie de découvrir des lieux inconnus, avec comme arme la patience et la proximité physique avec les êtres observés. Ils arpentaient les forêts, les montagnes, les rivages, récoltaient des spécimens qu’ils mettaient en collection, et peu à peu les premiers muséums d’histoire naturelle se sont constitués. Ces collections sont des trésors uniques, témoignant de siècles d’émerveillement, d’efforts acharnés, de voyages marqués par la soif de savoir – et de reconnaissance par ses pairs. C’est toujours le cas aujourd’hui. Mettre en collection des spécimens vivants a pourtant pris une teinte différente : le contexte écologique critique et les avancées technologiques appellent à repenser la collecte, à envisager des méthodes de conservation moins invasives et, peut-être, moins interventionnistes.

Être naturaliste, ce n’est pas seulement compter, déterminer, classer. C’est une symbiose où les sens guident autant que l’intellect. On s’attache à observer la manière unique qu’a chaque être vivant d’habiter le monde, de faire territoire comme le dirait Vinciane Despret. Ces détails infimes ouvrent des fenêtres sur une intimité partagée avec des formes de vie que je crois comprendre sans langage a priori commun. Il s’agit d’un langage sensoriel, intuitif, où chaque observation nourrit une sensibilité envers l’autre, envers le fragile maillage du vivant. Aujourd’hui, pourtant, ces pièges photographiques, ces enregistrements sonores, ces prélèvements d’ADN semblent mettre le naturaliste à distance de cette interaction directe avec le vivant. La forêt ou la mare deviennent des sites de prélèvement des data, perdant parfois le mystère et la richesse de leur singularité – simplifiant parfois ce qui est complexe.

La médiation technologique croissante, tout en dévoilant des dimensions cryptiques du vivant, transforme en profondeur notre regard sur la nature. Ces technologies, qui nous ouvrent à l’invisible, redéfinissent également ce que signifie être naturaliste. Elles instaurent une réalité où la forêt, la rivière, l’océan et le ciel sont en permanence sous observation, dans une forme de surveillance de masse qui me questionne. Ce que je recherche, ce ne sont pas uniquement des statistiques, des taux de présence ou des indices d’abondance, mais ce moment de présence partagée où chaque mouvement d’aile ou de feuille parle de la vie. Ce qu’elle fait à nos corps. Il me faut les deux. Comme le soulignent avec pertinence Masashi Soga et Kevin J. Gaston dans un article publié en 2024 1, la diminution des activités de terrain ne se traduit pas seulement par un recul des observations directes du vivant : elle compromet également la transmission des savoirs naturalistes, l’acquisition des compétences d’identification et l’éveil des vocations scientifiques. Cette désaffection pour le terrain engendre une rupture générationnelle, menaçant la continuité des engagements envers la conservation. Les générations futures risquent de perdre ce lien affectif et sensible avec la nature, pourtant fondamental pour susciter des actions de préservation significatives. Par ailleurs, ce recul érode l’intérêt des étudiants pour les carrières en écologie, entraînant un affaiblissement du renouvellement générationnel des chercheurs et des experts. La formation de spécialistes capables de décrypter avec précision les dynamiques écosystémiques et d’articuler une connaissance ancrée du vivant en pâtit également. Ainsi, le travail de terrain, bien plus qu’une simple pratique scientifique, s’avère un socle épistémologique et culturel, dont l’érosion remet en question la pérennité même de notre compréhension des écosystèmes.

La culture naturaliste elle-même est fondée sur une langue précise, un vocabulaire unique qui s’est construit au fil des siècles et qui, pour moi, représente une forme de respect. Décrire une espèce, un habitat, c’est bien plus que nommer : c’est donner corps à une réalité qui est souvent restée invisible pour la plupart des humains. La faire exister. Ce langage, fait de détails morphologiques, de comportements particuliers, s’est transmis à travers les générations et crée aujourd’hui un lien entre ceux qui partagent cet amour pour le monde sauvage. Cette grammaire du vivant est au cœur de ce que signifie être naturaliste, mais elle est mise au défi par les techniques modernes qui traduisent chaque espèce en données, en codes, en pixels ou en séquences d’ADN. Bien sûr, cela simplifie et accélère la recherche, mais que devient notre compréhension sensible, intuitive ?

Ces nouvelles techniques, bien que vraisemblablement utiles, nous rendent-elles meilleurs observateurs ou simplement plus efficaces ?

Au fond, je crois que la démarche naturaliste repose sur une forme d’amour et de considération envers toutes les formes de vie. J’ai passé des heures à m’imprégner des sons, des couleurs, des textures qui composent ce monde. C’est une immersion sensorielle qui me semble essentielle à l’acte même d’observer. C’est pourquoi je me demande, face à la sophistication grandissante des outils, si nous ne risquons pas de perdre cette sensibilité qui fait la richesse de l’expérience naturaliste. Peut-être est-ce un chemin vers une connaissance plus précise, mais aussi un éloignement de cette connexion directe avec le vivant, une séparation progressive entre nous et le monde que nous avons tant cherché à comprendre. Je me sens toujours attiré par cette intimité avec la nature, ce lien qu’aucune technologie, aussi performante soit-elle, ne permettra. C’est une alliance que je continue d’entretenir malgré les avancées, malgré les changements. Car observer, c’est avant tout être présent, dans l’instant, et faire partie de cette vie qui nous entoure, sans la capturer, sans la réduire, sans la détruire.

1. Masashi Soga, & Kevin J. Gaston, « Extinction of experience among ecologists », Trends in Ecology & Evolution, 9 janvier 2025.

BIOPUNK

« Ce n’était que plus tard qu’il avait entendu parler d’une nouveauté, du lieu, juste à la périphérie de Paris, où pour la première fois, le Royaume de Féerie avait vu le jour. Enfin sorti des méandres de la clandestinité, il prenait chaque jour davantage d’ampleur, impatient d’entrer dans l’histoire 1. »

Paul J. McAuley

Si je résume brièvement Féerie de Paul J. McAuley, on suit Alex Sharkey, un bio-hacker spécialisé dans la manipulation génétique – un « pirateur de gènes » pour être précis – mais aussi le célèbre naturaliste Alfred Russel Wallace 2. Alex Sharkey, engagé par la mafia, modifie des « poupées », humanoïdes sans conscience, pour leur conférer fertilité et pensée autonome. Ces êtres, devenus conscients et appelés « fées », échappent au contrôle humain et se réfugient dans des lieux désertés comme Disneyland Paris, transformé en sanctuaire onirique. La libération de ces organismes modifiés déclenche une cascade d’instabilités et de menaces virales, une « Croisade » religieuse se forme. La société est totalement transformée. En bref, sans révéler tous les aspects de ce roman !

Cette œuvre de science-fiction est considérée comme une des premières du genre biopunk, proche du cyberpunk. Le biopunk a pour ambition – ou pour caractéristique – d’explorer les conséquences des avancées biotechnologiques sur l’individu ou sur la société et plus généralement sur l’environnement. La manipulation génétique et la modification du vivant qui permettent de transformer nos corps en créant des êtres hybrides ou augmentés sont au cœur du genre. Dans cet univers fictionnel, la biotechnologie devient aussi un outil de contrôle social, exploité par des gouvernements ou des entreprises pour surveiller ou manipuler le vivant. Des résistances et des révoltes sont mises en scène contre ces dérives scientifiques et les effets écologiques délétères qui en découlent. D’une manière générale, il s’agit pour les auteurs de ce genre d’interroger les limites de la science où le vivant est devenu un terrain d’expérimentation.

Parmi les nombreuses critiques qui émergent, la déshumanisation et l’instrumentalisation des corps, ou encore les dérives et les dangers de l’arrogance scientifique, font partie des thèmes qui m’ont inspiré dans cette réflexion et cette quête des vivants, qui est aussi une quête de sens. Exercer un regard critique sur la confiance parfois excessive dans la science et la technologie pour nous sauver de nos crises me semble plus que nécessaire.

Est-ce que le biopunk pourrait nous donner quelques solutions ? Ou, à défaut de solutions, quelques pistes qui reviennent fréquemment dans les œuvres classés comme biopunk : la résistance individuelle et collective, voire une rébellion face aux technologies de contrôle ; développer une éthique de l’utilisation des nouvelles technologies ; décentraliser les technologies en les rendant au maximum open source ; une acceptation et une humilité face à la complexité de la vie ou encore un retour à un équilibre respectueux de la nature.

Concernant les deux derniers points, il s’agit moins d’une critique de la science que du rapport qu’entretiennent les humains avec le vivant. Il est question des liens. Il est question de nos modes d’attention.

Une attaque concernant les liens ?

Combien de mètres nous séparent ? Je dirais une cinquantaine. Elle est là. Je dis « elle » car c’est une femelle. Pour l’instant je distingue surtout une masse sombre. Puis, de temps en temps, sa tête et le reste. Nous sommes proches et à découvert. Je dis « nous » car nous sommes six naturalistes passionnés, à venir passer quelques jours dans ce coin sauvage des Asturies pour espérer apercevoir un Ours.

Je ne respire presque plus. Du moins j’ai cette sensation. Mon cœur bat très vite, comme celui de mes compères de mission. En tout cas je le suppose. Ce n’est pas ma première observation, mais c’est la plus proche. Elle mange tranquillement dans un Nerprun Rhamnus alpina, cet arbre dont elle tire sa subsistance en cette période.

J’alterne les moments où je la regarde avec ou sans jumelles – le temps est comme suspendu. Puis le besoin de les reprendre se fait sentir. Pourtant je ne suis pas loin. Un réflexe naturaliste. Pavlovien, dirons certains. Je ne sais pas m’en passer. Comme les lunettes pour quelqu’un qui a des problèmes de vue, j’imagine. Ou un moyen de me rassurer ?

Certains d’entre nous prennent des photos. Je sais qu’elles seront réussies. J’en fais aussi quelques-unes pour la forme. Je n’aime pas ça. Je n’ai jamais aimé ça, contrairement à nombre de naturalistes que je connais. Trop encombrant. Et surtout j’ai l’impression que l’appareil photo met un filtre entre elle et moi. Avec les « bêtes » que j’observe habituellement, ça casse le lien invisible que j’ai l’espoir de tisser. Les photos selon moi restent un moyen de documenter des études, des articles – ou pour des camarades qui en ont besoin pour leurs projets académiques. De sensibiliser aussi. D’ailleurs souvent j’utilise mon smartphone – ce qui n’est pas vraiment ce que l’on pourrait appeler « photographier ». De mon point de vue, ne pas photographier signifie m’immerger pleinement dans l’instant présent. Observer plus profondément. Créer une connexion subtile et intime. Je préfère garder une mémoire vivante de chaque rencontre – plutôt que de figer cette expérience dans une image. Cela m’obligerait à me concentrer sur la technique, à régler mon appareil, à ne pas bouger, à ne pas trembler. Pourtant j’apprécie une belle photo – le regard que certains arrivent à porter et à restituer sous la forme d’une image pleine de sensibilité.

Puis elle se met à découvert et nous observe. Je peux me plonger dans ses yeux. Un iris brun châtaigne. Le regard vif saisissant. Transperçant. À quoi pense-t-elle ? Je m’amuse à me projeter à sa place. Elle est loin de nos préoccupations humaines. Il paraît que sa vue n’est pas très bonne. En tout cas, elle doit bien nous sentir. Très bien même, au regard de la journée passée. Aucun doute qu’elle nous a identifiés comme Homo sapiens.

Nous ne bougeons pas. Elle ne décèle rien d’inquiétant et reprend ce qu’elle était en train de faire pour, quelques minutes plus tard, s’éloigner d’un pas tranquille. Bien moins intéressée par cette rencontre que nous. Nous faisons de même, et repartons dans la direction opposée sans un bruit pour ne pas la déranger, dans un silence religieux. Les larmes aux yeux pour certains, tant l’intensité de la rencontre était forte. Plus loin, après avoir repris nos esprits, nous partageons ce que nous avons vécu. Nous n’avons pas tous la même capacité à verbaliser cette expérience vive. Je fais partie de ceux qui peinent à mettre des mots sur leur ressenti et, au fond, je regrette de ne pouvoir exprimer toute la gratitude que j’éprouve d’avoir vécu cet instant, d’avoir eu la chance immense de partager quelques minutes de sa vie. Je regrette aussi de ne pas savoir traduire ce ressenti en mots adéquats. Je repars marqué par cette observation, dont nous parlons encore ensemble quatre ans plus tard et dont je ne pourrai jamais oublier la beauté et l’intensité.

Des émotions fortes de connexion profonde avec le vivant, des expériences, j’ai cette chance d’en avoir vécu beaucoup. Celles avec des grands mammifères restent toutefois toujours très singulières. Les Asturies ont pour moi ce caractère très particulier aussi. Depuis le bord de la route, vous pouvez observer, avec de l’attention, de bons yeux et une bonne paire de jumelles, sans trop de difficulté, un Ours, ou plusieurs dans la même heure. Cela me procure à chaque fois un sentiment très ambivalent : à la fois la joie d’observer ce grand mammifère en pleine santé, en relative abondance, dans un écosystème européen ; puis, en même temps, une drôle de sensation. On m’a enlevé le plaisir de la rencontre fortuite et inespérée. L’inattendu. L’incertitude. Le plaisir du pistage aussi. Du pistage surtout. De l’effort que nécessite normalement l’observation de tout grand mammifère. Le mérite de la patience, de l’attente. C’est comme prendre un télésiège pour observer un beau panorama. Arrivé en haut, je le vois, le paysage est magnifique. Mais ce n’est pas le même si j’ai parcouru 1 300 mètres de dénivelé positif pour le voir.

Quand j’arpente les sentiers forestiers asturiens, sans Ours à portée d’œil, les émotions qui me traversent sont toujours puissantes. J’avance à peu près comme si j’étais arrivé en retard à une pièce de théâtre. Elle a commencé. C’est beau, mais je ne veux déranger personne. J’ai un peu honte aussi d’être là sans respecter le cadre fixé. Je sais qu’il y autour de moi des Loups, des Cerfs, des Ours ou encore le Chat forestier Felis silvestris. Surtout, je sais que non seulement ils sont présents, mais surtout qu’ils sont nombreux, comme en témoignent les traces de pas, les excréments, les poils qu’ils laissent un peu partout. J’ai oublié cette sensation. Nous avons collectivement, particulièrement en France métropolitaine, oublié ce que c’était de circuler dans un tel contexte. Se sentir petit. Fragile aussi.

1. Paul J. McAuley, Féerie, J’ai Lu, 1999.

2. Pour le lecteur qui se demande ce que Wallace vient faire ici : il s’agit en réalité du pseudonyme d’une petite fille qui jouera un rôle clé dans l’histoire.

Involution

L’oubli, c’est pour moi ce qu’il y a de pire. Oublier, c’est changer de référentiel. C’est s’habituer, très vite, à ne plus entrer en contact. S’habituer à ne plus croiser un Chevreuil. À ne plus rien entendre. Mon grand-père paternel, chasseur de « petit gibier », me racontait ses parties de chasse dans la plaine du Vaucluse. Des Perdrix, des Lapins, des Lièvres et des Grives partout. Plus jeune je me disais déjà qu’il exagérait. Ses origines méditerranéennes, sûrement. Cela ne me semblait pas possible car trop loin de ce que je pouvais observer par moi-même, c’est-à-dire plus grand-chose dans cette plaine de moins en moins bocagère. Qui plus est, l’expert c’était moi – lui ne faisait que chasser. Aujourd’hui je le comprends. Je comprends ce qu’il voulait exprimer. Il avait connu une situation que je ne connais pas. Mon référentiel s’est déporté. Ma relation avec ces êtres vivants n’est forcément pas la même. Je me désespère aujourd’hui de ne plus observer ce que je voyais enfant. Ce n’est pas si loin. Alors parfois j’ai besoin de partir dans ces endroits sauvages, pour ne pas oublier, pour me rappeler que nous devrions croiser à chaque coin de forêt une Biche, un Renard, une Bondrée apivore – que je ne devrais pas être surpris de voir autant d’Ours dans la même journée.

Nos liens avec le monde sauvage se coupent aussi parce qu’il disparaît. De manière sourde. Plus nous nous coupons de ces liens, plus le phénomène s’aggrave et moins nous souhaitons, voire supportons, cette cohabitation. Nous étions dans une grande colocation. Elle se vide progressivement. Jusqu’à être seul ou presque. Il reste le chat. Nous prenons des habitudes de vieux garçon. Plus possible de supporter le moindre dérangement, le bruit du voisin. Et si, par malchance, un nouveau cohabitant décide de se réinstaller ? Il faut lui fixer un cadre, un périmètre, lui expliquer la partie du frigo qu’il a le droit d’utiliser. Surtout, le colocataire n’a pas son mot à dire. Après tout, il n’est pas propriétaire.

Je m’inquiète de ça. C’est ce que l’on appelle le « syndrome de la ligne changeante ». Un phénomène bien connu depuis la fin des années 1990 1. Chaque génération s’habitue à un environnement de plus en plus appauvri, sans se rendre compte de ce qui a été perdu. En particulier, la disparition des grands mammifères, qui jouent un rôle crucial dans les écosystèmes, illustre cette déconnexion progressive. À mesure que ces espèces disparaissent, nous nous habituons à leur absence, et notre référentiel de ce qui est « normal » change. Pensez aussi au pare-brise de votre voiture pendant les vacances d’été : cela vous arrive souvent aujourd’hui de vous arrêter pour le nettoyer tellement il est couvert d’insectes ?

Ce glissement perceptuel risque d’émousser notre sensibilité à la préservation du monde sauvage. À mesure que les générations futures grandiront dans un environnement où ces animaux et ces plantes auront disparu, la mémoire de leur présence s’effacera peu à peu, accélérant ainsi une extinction silencieuse du vivant.

C’est Alain Damasio qui m’a mis sur la piste de cette supposée neutralité technologique et ses travers, dans une anecdote que j’ai déjà racontée précédemment. Pour Damasio, le capitalisme, combiné avec la technologie, coupe ou anesthésie nos liens essentiels avec les autres, avec le cosmos, avec le vivant, et aussi avec nous-même, menant ainsi à une perte de notre humanité, car ces liens sont ce qui nous permet de rester connecté au vivant. La symbolique de cette idée est représentée par son concept de « technococon », décrivant ces environnements ultratechnologiques où nous nous replions, isolés des autres et du monde vivant. Illustrant comment la technologie, en offrant un confort et une sécurité apparente, peut en réalité nous enfermer et nous éloigner de la richesse de l’interaction avec l’altérité. La vitalité d’un être repose sur sa capacité à se confronter à ce qui lui est extérieur. Or, la technologie, en facilitant la création de bulles sociales et culturelles homogènes, réduit cette confrontation nécessaire à notre humanité, ce qui peut entraîner une dévitalisation de nos existences.

Je ne critique pas la technologie qu’on nous offre parce qu’elle serait inerte ou stupide, non responsive ou robotisante. Je la critique parce qu’elle nous dévitalise en nous donnant l’illusion de faire plus de choses… qu’on fait pourtant moins bien. Je la critique parce que j’ai la conviction que ce qui a forgé la noblesse de notre humanité a tenu à cette confrontation constante (que nous n’avions jamais esquivée jusqu’à peu) avec l’altérité : l’altérité du minéral et des formes de vie, si multiples, celle de l’étranger qu’on apprivoise et du phénomène inconnu qu’on va finir par décrypter, l’altérité radicale de la mort, du dehors et de l’incompréhensible 2.

Damasio critique notre époque pour son incapacité à accueillir l’altérité, préférant l’indifférence ou le rejet, et montre comment la technologie, en renforçant cette tendance, contribue à nous transformer en « individus absolus », isolés et protégés, mais au prix de la perte de notre relation aux autres et au monde.

Au début du printemps dernier, j’ai eu la chance d’observer un couple de Gélinottes des bois Tetrastes bonasia dans une sapinière du massif de Belledonne. C’était vers 5 h 30 du matin, le mâle perché sur une plaque de neige, la femelle discrètement cachée au pied d’un sapin. Leur apparition fugace, leur observation curieuse de ma présence avant de disparaître dans l’obscurité de la forêt, m’ont rempli d’un bonheur intense. Mon rythme cardiaque s’est accéléré, conscient de la rareté et de la fragilité de cet instant partagé avec ces oiseaux fantomatiques. C’était une connexion directe, imprévisible, qui m’a profondément marqué.

En revanche, lorsque j’utilise des technologies, comme les pièges photographiques ou les enregistreurs automatisés des cris de Chiroptères, l’émotion n’est pas la même. Bien que ces outils m’aient permis de capturer des données précieuses, l’expérience manque de cette intensité sensorielle : il n’y a ni les odeurs de la forêt, ni les bruits, ni la sensation de la brise ou du froid qui accompagnent un affût nocturne. Ces technologies, en me déchargeant de la présence physique sur le terrain, m’ont parfois fait perdre des moments inattendus et précieux.

Après avoir passé du temps en plein air, j’éprouve toujours un profond sentiment de sérénité, émerveillé par la beauté des paysages, la diversité des plantes ou le chant des oiseaux. En comparaison, l’utilisation de la technologie me laisse souvent dans un état plus pragmatique, concentré sur l’efficacité et les résultats, plutôt que sur l’expérience directe. En fin de compte, la technologie, en nous offrant une version filtrée et domestiquée de la nature, ne risque-t-elle pas de nous priver de cette rencontre essentielle avec l’altérité ? Une privation qui pourrait conduire à un appauvrissement de notre expérience du vivant. En affaiblissant notre lien sensible et intime avec le monde naturel, la technologie pourrait nous rendre moins réceptifs à la richesse et à la diversité de la vie qui nous entoure. Pourtant, les choses ne sont pas si simples. Lorsque je vais sur le terrain, même pour poser des enregistreurs automatisés ou prélever de l’ADN environnemental, mes sens restent en éveil. J’écoute, je sens, j’observe toujours ce qui m’entoure. Certes, je sais que les outils technologiques prendront en charge une grande partie du travail, mais paradoxalement cela me libère parfois pour regarder au-delà de mes objectifs initiaux. Prenons un exemple concret. Si je sais que je dois faire un inventaire des libellules de cette rivière qui traverse mon village, je vais devoir y aller à une heure particulière de la journée, disons quand il commence à faire chaud, autour de 9 heures en été. Je vais scruter les plantes aquatiques pour trouver des exuvies, puis avec mes jumelles je vais essayer d’observer certaines espèces pour les déterminer. Si cela est nécessaire, je vais utiliser mon filet pour les capturer. Mon attention est à 90 % focalisée sur les libellules. C’est très difficile de faire autre chose, au risque sinon de passer à côté de certaines espèces ou de comportements que je recherche dans le cadre de mon inventaire. Maintenant, imaginons que je fasse cet inventaire par ADNe. Je vais aller sur cette même rivière, faire une filtration d’eau. Je sais que je peux me reposer sur les résultats que je vais obtenir. Indéniablement, j’aurai plus de facilité à regarder plus largement. À passer du temps sur cette araignée qui a fait sa toile entre deux Iris des marais, ces Hirondelles qui viennent boire, cette Menthe aquatique, ces Fourmis qui transportent une chenille…

Quand ce lien aux vivants existe et qu’il est puissant, je ne crois pas qu’il puisse être coupé réellement. Altéré temporairement peut-être. Mais pas coupé.

1. Daniel Pauly, « Anecdotes and the shifting baseline syndrome of fisheries », Trends in Ecology & Evolution, vol. 10, no 10, 1995, p. 430.

2. Alain Damasio, Vallée du silicium, Seuil, 2024.

Conservation

Ce lien unique avec le vivant s’exprime par une sensibilité particulière, souvent marquée par une profonde admiration pour l’infinie diversité des formes de vie. Cette admiration va de pair avec une attention aux détails et une capacité à contempler le vivant avec une patience accrue, permettant aux naturalistes de percevoir des comportements et des caractéristiques qui pourraient échapper à une observation plus superficielle, non impliquée. Ce lien profond n’est pas seulement scientifique ou technique, il est profondément affectif. Pour beaucoup d’entre nous, le monde sauvage est une source d’inspiration, d’apaisement et de bonheur, que certains auteurs comme Robert Hainard traduisent parfaitement dans leurs écrits – ou encore le fameux Jean-Henri Fabre, que j’ai déjà présenté, qui écrivait avec une grande tendresse sur les insectes qu’il observait, manifestant ainsi un respect profond pour ces êtres vivants souvent ignorés voire détestés. Ce respect se traduit parfois par une forme de sacralité, où chaque espèce est perçue comme ayant une valeur intrinsèque, poussant les naturalistes à défendre ceux qui n’ont pas voix au chapitre dans l’aménagement du territoire en s’opposant à la destruction des habitats naturels. Par ailleurs, l’observation de la nature s’accompagne souvent d’une activité imaginative voire créative. J’ai parlé de Robert Hainard, et j’aurais tout aussi bien pu parler des œuvres photographiques de Vincent Munier ou du duo G&K (Stéphane Guiran et Katarzyna Kot) pour leur travail sur les grands vivants 1. Enfin, les récits narratifs et poétiques des naturalistes révèlent leur attachement émotionnel aux êtres vivants, mêlant parfois nostalgie, poésie et réflexion philosophique sur la place de l’humain dans la nature. C’était là encore un des grands questionnements d’Hainard.

1. « La forêt qui murmure » : www.grandsvivants.org/bialowieza

UNE FIN QUI AMORCE UN DÉBUT

Nous arrivons donc à la fin de ce livre et il me faut conclure. Alors vous vous dites peut-être : « Finalement tu es pour ou contre l’ADN environnemental ? Selon toi, c’est une bonne chose ou non ces nouvelles techniques ? » Quoi de plus vrai ? Je commence par un long éloge de cette technique, avec ses découvertes toutes plus incroyables les unes que les autres. Au point de la qualifier de révolutionnaire. C’est le cas d’ailleurs – je n’ai pas changé d’avis en cours d’écriture. Puis, dans une seconde partie, la réflexion se complexifie. Toute une ambivalence s’installe, celle que je ressens lorsque j’utilise ces nouvelles techniques. Ou qu’elles m’utilisent – je ne sais plus très bien. Alors pour ou contre ? La controverse serait trop simple. Cette logique binaire – héritée d’une économie de l’attention 1 qui structure de plus en plus nos sociétés modernes – est précisément ce qu’il faut proscrire ici. Le débat ne se résout pas dans une opposition stérile entre progrès et rejet. Il se déplace ailleurs, vers une question bien plus fondamentale : celle des modalités de notre rapport au monde, notre régime d’attention. Comment ces technologies transforment-elles notre manière de faire monde, de cohabiter avec un cosmos qui n’est ni silencieux, ni réduit à la seule présence humaine ? Un cosmos peuplé d’altérités vivantes. Des voix, parfois ténues, nous rappellent que nous ne sommes pas seuls, et que notre hubris d’Homo sapiens solitaires a peut-être trop longtemps étouffé ces relations essentielles.

RÉTROSPECTIVE INTROSPECTIVE

Ce n’est qu’à la fin de cet essai que je commence véritablement à en prendre conscience. Depuis le début, je porte – et supporte – ce sentiment lancinant de n’effleurer que la surface du sujet. D’en tracer les contours sans jamais véritablement m’y plonger. Peut-être que je l’évitais inconsciemment. Les enjeux que je tente d’articuler – la mise à distance opérée par la technique, la tension persistante entre pouvoir et puissance – restent en suspens, comme s’ils attendaient un point de bascule qui leur donnerait enfin leur pleine résonance. Chaque développement semble graviter autour d’un centre que je n’atteins pas. Je glisse. Je survole. Un sentiment de frustration intellectuelle s’installe.

Reprenons un peu l’argumentaire. L’ADNe, dans sa capacité à embrasser simultanément le passé et le présent, propose une nouvelle chronique du vivant. Il ne se limite pas à exhumer des écosystèmes disparus, à réactiver des traces enfouies : il inscrit également le vivant contemporain dans un régime d’analyse continue, où chaque interaction, chaque présence, chaque déplacement devient un fragment intégrable à un système global de connaissance. Cette double temporalité – rétrospective et actualisante – confère à l’ADNe un pouvoir inédit. Il ne construit pas seulement une archive. Il produit une mémoire dynamique, capable de s’étendre sur des échelles temporelles multiples. Mais cette dynamique, loin de garantir une relation au vivant, engage un processus de réduction et de désincarnation : elle transforme l’altérité ontologique du vivant en une matérialité lisible, manipulable, traduite dans un langage technique. Que l’ADNe travaille sur les traces d’un passé révolu ou sur les traces d’un présent, il opère selon une logique identique : celle d’une extraction qui aplatit l’expérience du vivant en la réduisant à un régime informatif. La richesse du vivant, dans sa dimension sensible, relationnelle, est dissoute dans une abstraction. Ce que l’ADNe capture, ce ne sont pas les êtres eux-mêmes, mais leurs traces décontextualisées, réorganisées dans un réseau interprétatif qui les inscrit dans des logiques gestionnaires et technocratiques.

Je poursuis l’idée. Ainsi, même lorsqu’il engage le présent, l’ADNe reproduit cette tension constitutive d’une « nécrologie dynamique 2 » : une mémoire vivante qui, au lieu de restituer le vivant dans sa plénitude ontologique, le reconduit à un état d’objet, un « être lu » plutôt qu’un « être rencontré ». Une ontologie figurative 3. Il cartographie les relations sans jamais les habiter. Il met en lumière les interactions, il en chiffre la richesse sans leur donner chair. Au fond, l’ADNe offre une approche singulièrement dévitalisée du vivant, à la limite du morbide. Peut-on vraiment se satisfaire d’une technique qui semble en contradiction avec son objectif ? Peut-on espérer élargir nos savoirs sur ce qui vit grâce aux matrices de silice et d’électricité, des instruments qui traduisent la diversité bourgeonnante du vivant en une abstraction clinique, glacée ? C’est un glissement étrange, presque irréconciliable : des cabinets de curiosités, où chaque spécimen était une invitation au toucher, un corps visible, entier, suspendu dans le temps – jamais tout à fait mort – à l’opacité des disques durs, où le vivant, figé et codé, tourne à l’infini dans une matérialité inerte.

Cette mémoire en mouvement demeure étrangère à l’essence du vivant : non seulement sa résistance à l’abstraction, mais surtout sa capacité à métaboliser, à transformer, à produire de la nouveauté. Là où le vivant absorbe le soleil pour en faire du bois, de la sève, des feuilles, là où il crée et varie en permanence, l’ADNe, à l’image du numérique, reste enfermé dans une logique de l’information. Une donnée produit une autre donnée, toujours identique dans sa nature, simplement répliquée, triée, indexée. Ce que l’ADNe révèle, il ne le crée pas : il classe, il taxinomise, il complète des séquences, mais il ne métabolise rien. Il ne s’auto-varie pas, il ne s’auto-crée pas. Le vivant, lui, est autopoïèse : une faculté à se régénérer et à s’inventer dans une dynamique perpétuelle. C’est cela, peut-être, le paradoxe ultime : une mémoire qui, tout en se prétendant active, désactive les principes fondamentaux qui font du vivant une altérité irréductible, une force créatrice qui m’anime en tant que naturaliste.

UNE CRISE PLUS PROFONDE : NOTRE RELATION AU VIVANT

Nous y voilà. Ce paradoxe ne se limite pas à l’ADNe, il est le symptôme d’une crise plus fondamentale, celle d’un mode de rapport au vivant qui s’est progressivement effacé sous les dynamiques de la modernité. Ce que l’ADNe met en lumière, dans son ambition à la fois exhaustive et instrumentale, ce n’est pas simplement une transformation des outils d’analyse ou de nos pratiques scientifiques. Il dévoile une dynamique sous-jacente propre à notre époque : celle d’une abstraction croissante, où l’altérité du vivant – sa singularité, son irréductibilité à nos cadres d’analyse – est absorbée, sinon dissoute, dans des dispositifs qui privilégient la lisibilité, la classification, la quantification et l’intégration à des régimes de savoir et de pouvoir. La performance plane ici comme une ombre mortifère.

Cette tendance à l’abstraction – ou extinction de l’expérience 4 – n’est pas qu’un effet collatéral de la technologie. Elle incarne une déconnexion structurelle entre l’humain et ce qui l’entoure – l’environnement comme on aime l’appeler – en déplaçant le vivant de sa présence vécue vers un régime de data. L’ADNe, en cela, est archétypal : il illustre cette perspective décrite par Hartmut Rosa 5, où la modernité perfectionne notre aptitude à rendre le monde disponible : non pas dans le sens d’une rencontre sensible ou d’une résonance, mais d’un accès rationalisé, orienté vers une mise en usage systématique et une réduction du vivant à une ressource exploitable. Ce processus arrache le vivant à son contexte sensible, en le convertissant en une donnée abstraite et manipulable. Je parlerais plus particulièrement d’un détachement méthodique qui offre une connaissance sans engagement, une mémoire sans corps, une trace sans rencontre. Il ne nous met pas en relation avec le vivant – il nous en éloigne tout en simulant une proximité. Cette orientation s’inscrit dans un système technocratique plus vaste, où le face-à-face avec le vivant est remplacé par des interfaces. Là où la présence incarnée exigeait autrefois du frottement, de la friction, et parfois même de l’effort – ressentir le froid du torrent pour traquer un Euprocte des Pyrénées Calotriton asper, endurer de longues heures d’affût dans la forêt, accepter la morsure d’une Noctule commune Nyctalus noctula – lors d’une capture, nous choisissons aujourd’hui l’abstentiel, le distanciel. Cette évolution traduit une économie des désirs propre à notre époque : avoir tout, tout de suite, ne rien accepter qui nous résiste. Ce qui était autrefois une construction patiente, un désir raffiné forgé par l’attente, se dégrade en une pulsion instantanée, un besoin immédiat que l’on consomme sans délai. La technique de l’ADNe, en cela, cristallise cette tendance. Il promet de tout déchiffrer, de tout savoir d’un écosystème en un seul prélèvement : une technologie fascinante, jouissive, irrésistible, qui court-circuite les efforts, les fatigues, les attentes. C’est une forme de « naturalisme fast-track » : une satisfaction immédiate, débarrassée de la lenteur et de la complexité du terrain. Là où autrefois le naturaliste devait s’immerger dans un milieu, apprendre à lire ses signes et à coexister avec les vivants, l’ADNe offre une lecture instantanée, froide, mais terriblement efficace.

Les interfaces médiatisent ainsi notre rapport au vivant en le rendant simplifié et accessible, mais elles désensibilisent autant qu’elles rationalisent. Nous voyons, mais nous ne touchons plus. Nous savons, mais nous ne ressentons plus. Nous analysons, mais nous ne comprenons plus. Cette désactivation de l’altérité du vivant, ce passage du désir à la pulsion, traduit une crise plus profonde : celle de notre relation au vivant tout entier. Une crise où l’évitement de l’effort, de l’engagement physique et de l’imprévu reflète un désinvestissement global de la rencontre réelle, celle qui transforme et implique.

Il faut se rendre à l’évidence. Notre attention d’humains modernes envers le vivant a changé. Elle est fragmentée. Distante. Hypertrophiée. Captive aussi – de nos smartphones, de nos écrans, et de cette avalanche incessante de sollicitations que notre monde nous impose. Il devient difficile d’y échapper, même dans des domaines qui se veulent au plus proche du vivant, comme les sciences naturelles. Nous ne vivons plus dans un monde de cohabitation sensible, mais sur une Terre que nous traitons comme notre propriété exclusive. Une Terre où les autres espèces ne sont plus perçues comme des alliées ou des partenaires, mais gérées comme de simples colocataires indifférentes à nos décisions, quand elles ne sont pas directement domestiquées, exploitées ou dominées avec une cruauté souvent inconsciente. Ce n’est pas seulement une gestion du vivant qui est à critiquer, mais bien cette soumission systématique du monde vivant à nos seuls intérêts, là où il faudrait apprendre à cohabiter, à reconnaître et à tisser des alliances véritables.

Le vivant n’est plus rencontré : il est mesuré, calculé et objectivé. Nous traduisons la richesse qualitative des êtres vivants et de leurs comportements en données numériques, dans un processus de computation du réel qui rationalise ce qui, par essence, échappe à toute rationalisation : la vie elle-même. Ce que nous traversons aujourd’hui va bien au-delà d’une crise écologique ou technologique. C’est une crise ontologique, une perte radicale de la relation au sens fort. Ce basculement, où le vivant est réduit à un objet de gestion, nie son rôle fondamental. Ces vivants ne se contentent pas d’exister : ils font et rendent le monde habitable. Ils ne sont pas de simples ressources, mais des alliés potentiels – par ces alliances vitales que Baptiste Morizot et Suzanne Husky illustrent si magnifiquement dans Rendre l’eau à la terre 6, à travers la figure du Castor, cet architecte de la nature.

UN SUJET POLITIQUE ?

Le vivant s’effondre. S’éteint. Mes nuits douces avec. Ma joie aussi, quand j’y pense trop souvent. Il ne s’effondre pas seulement en nombre d’espèces, mais aussi en quantité d’individus, en interactions et en interdépendance. Les nouvelles technologies viennent me rassurer. Nous rassurer. Elles nous donnent un sentiment de pouvoir et de contrôle. Malgré tout l’intérêt qu’elles peuvent avoir, ces nouvelles techniques viennent aussi réduire notre temps d’attention aux vivants. Il y a une déconnexion sensorielle. Un affaiblissement de l’attention directe. Nos attentions sont éclatées. Nos émotions mises sous plastique – sous vide même. Détournées aussi : les résultats deviennent l’objectif premier, peut-être même le seul et unique. Pire, il y a une urgence des résultats. Ce n’est plus une quête du vivant, mais une quête d’efficacité. Une quête de données.

Elles alimentent des bases de données, qui alimentent à leur tour des recensions, des articles et des rapports. Ceux-ci alertent de l’état de santé des espèces et de nos écosystèmes – ou nourrissent notre compréhension des processus écologiques en cours. Et pour quel résultat ? Pouvons-nous vraiment dire que les choses bougent ? Que la prise de conscience politique est là ? Au moment où j’écris ces quelques lignes, le WWF vient de sortir son rapport annuel : un effondrement de plus de 73 % du vivant en cinquante ans 7. Alors oui, il y a quelques bonnes nouvelles – ciblées sur des espèces en particulier. Mais dans l’ensemble ça continue de se dégrader, fortement même. C’est donc une incongruité. D’un côté nous n’avons jamais eu autant de données sur le vivant. De l’autre, l’action politique reste largement inefficace voire destructrice. Nous continuons d’accumuler des preuves et des données détaillées sur l’ampleur de la crise, mais ces informations ne se traduisent pas en actions politiques concrètes et structurées. Pire, ces données peuvent être considérées comme un obstacle, car elles se concentrent sur la quantification et les statistiques de la biodiversité, tout en détournant l’attention des causes profondes et des responsabilités politiques. Cette approche rend la crise abstraite et bureaucratique, au lieu de provoquer une réaction politique immédiate et décisive. La biodiversité est traitée comme un sujet technique géré par des indicateurs et des experts, sans implication réelle des décideurs pour engager des changements structurels nécessaires.

Le problème est donc politique. La crise du vivant a été dépolitisée – probablement même sciemment – neutralisant ainsi toute prise ou possibilité de combat. Pour Vincent Devictor – que j’ai déjà cité plus haut – cette dépolitisation se manifeste par un discours politique qui, au lieu de considérer la biodiversité comme un commun exigeant des décisions fortes et souvent conflictuelles, l’aseptise en la réduisant à un simple problème de gestion, mesurable et traitable par des experts. Cette réorientation narrative détourne l’attention des rapports de force économiques et sociaux qui sous-tendent la crise écologique. Certes, des acteurs et des instances existent, mais ils manquent cruellement de moyens et de soutien politique fort pour agir efficacement. Ainsi, les promesses environnementales se multiplient, mais leur mise en œuvre reste souvent fragmentaire et insuffisante, créant une forme de « politique sans politique ».

En isolant la préservation de la biodiversité des dynamiques de pouvoir et des conflits réels, ce repli technocratique perpétue le « business as usual ». Il empêche de reconnaître et d’affronter les vraies causes de cette crise, qui nécessiteraient un engagement politique et démocratique fort. Étonnamment – ou pas – cette dépolitisation semble même répondre à une logique plus vaste : celle des gouvernances libérales ou autoritaires, où tout ce qui pourrait nuire aux pratiques productivistes, à l’extraction des ressources, à la croissance et, surtout, à la consommation perpétuelle, est soigneusement désarmé.

Mais ce ne sont pas seulement les gouvernants qu’il faut interroger. Cette dépolitisation trouve un écho profond dans la volonté majoritaire des peuples eux-mêmes de préserver un niveau de vie perçu comme essentiel. Un « niveau de vie » dont le maintien, au bénéfice d’une seule espèce, contribue irrémédiablement à l’érosion de la diversité de la vie sur Terre. C’est un modèle où chacun aspire à rouler et à se déplacer à sa guise, se nourrir sans effort, acheter chaque année un nouveau portable, regarder des séries en ligne grâce à l’énergie fossile ou encore être climatisé en été. En disant cela, je ne m’en exclus pas. Chacun sait à quel point il est difficile de s’en extraire. Ce confort, devenu une valeur quasi intouchable, nourrit une forme de myopie volontaire : une difficulté collective à voir – ou à vouloir voir – que changer cette trajectoire exigerait de remettre en question des habitudes profondément ancrées.

Les gouvernants l’ont bien compris : ils multiplient les promesses environnementales, mais pour ne surtout pas agir en profondeur, évitant de heurter ce désir majoritaire de confort. C’est pourquoi il devient impératif de dépasser cette logique dépolitisée, non seulement au niveau global, mais surtout en réinvestissant la puissance d’agir locale. Défendre les interactions vivantes et locales – sur certains sites, dans des biorégions spécifiques, ou encore autour d’espèces prioritaires – n’est pas simplement une stratégie parmi d’autres. C’est une pratique fondamentale, une manière de recréer du sens et de retisser des liens avec le vivant là où ils se jouent réellement : dans la matérialité des lieux, dans la singularité des relations, et dans l’immédiateté des écosystèmes.

La résistance trouve sa force dans ces territoires concrets, car ces lieux ne sont pas des idéalisations : ils incarnent la possibilité d’une reconquête relationnelle avec le vivant. S’engager localement, c’est refuser l’homogénéisation des logiques globales et redonner un poids existentiel à la présence des vivants, à leurs habitats et à leurs interactions. Ce sont des alliances spécifiques, des gestes répétés, des promesses tenues dans la durée, qui permettront de briser l’inertie systémique. En d’autres termes, le local n’est pas une réduction ; c’est le foyer d’une transformation qui pourrait résonner bien au-delà de ses frontières.

C’est là que la question du changement de régime d’attention revient en force, pour repolitiser la crise en sortant de cette vision managériale du vivant, pilotée par des données. Quelles que soient les nouvelles techniques employées, elles ne doivent pas remplacer une forme d’attention directe, sensible, lente et inattendue. Elles doivent accompagner. Bref, il nous faut construire, reconstruire et nourrir une culture du vivant selon l’idée de Baptiste Morizot 8. Cette culture n’est pas une simple accumulation d’informations ou de connaissances naturalistes. Elle est vécue, expérimentée sur le terrain et en relation avec d’autres. C’est l’art du pistage, qui apprend à lire les traces et à habiter un lieu. C’est la cueillette, qui reconnecte à la saisonnalité et à la générosité des haies bocagères. C’est la cuisine, où le vivant se transforme en expériences sensorielles communes, en plaisirs partagés, en convivialités riches. Ce sont les jeux sonores qui nous réapprennent à écouter le monde, ou les nuits à la belle étoile qui nous recentrent au cœur des forêts de Hêtres, dans le froid qui vivifie et accompagne le hululement envoûtant de la Chouette hulotte Strix aluco. C’est un tissage permanent, une réinvention de rituels qui célèbrent et renforcent nos liens au vivant, tout en donnant un sens à ces relations. Ce type de culture n’est pas qu’un savoir : c’est un apprentissage collectif, une pratique où le corps, les sens et la communauté sont engagés. Elle n’est pas une réponse technique, mais une manière de refaire monde avec le vivant, en l’intégrant pleinement dans nos gestes, nos imaginaires et nos façons d’habiter la Terre.

Nous y revoilà donc – notre relation au vivant.

ALORS COMMENT FAIRE ?

Comment rétablir ce lien essentiel, ce rapport confisqué et mutilé, au vivant ? Cette interrogation ne se limite donc pas au champ d’une discipline ou à l’exercice d’un métier. Elle transcende la pratique naturaliste pour interroger les fondations mêmes de notre rapport au monde. Elle pointe une déliaison plus radicale, celle d’une modernité qui a systématiquement distendu, fragmenté et parfois tranché les relations entre les humains et les non-humains, transformant une cohabitation sensible en un régime de rationalisation et de gestion. Le naturaliste, dont je revendique ici la perspective, constitue une figure d’entrée pertinente – au-delà de mon histoire personnelle – pour explorer cette fracture. Son sens de l’observation, son régime d’attention, son immersion prolongée dans les dynamiques du vivant en font un témoin privilégié de ce qui se défait et de ce qui pourrait encore être sauvegardé. En tant qu’avant-poste, le naturaliste capte les premiers signes d’effondrement du vivant ; il en observe les mécanismes et en mesure les impacts. C’est dans cette position que j’ai inscrit jusqu’ici ma réflexion. Mais cette figure, bien que nécessaire, reste insuffisante. Elle offre une perspective partielle, un point d’entrée vers une problématique qui dépasse son cadre spécifique. Car cette crise du lien au vivant ne concerne pas uniquement les naturalistes. Elle s’étend bien au-delà, impliquant chaque individu, chaque société qualifiée de « moderne ». Elle interroge notre manière collective d’habiter le monde et de penser notre relation aux formes de vie qui le composent. Il ne s’agit pas seulement de savoir si les naturalistes, avec leur expertise et leurs outils – aussi sophistiqués soient-ils – sont en mesure de retisser ces liens que la modernité technologique et économique a délabrés. Il ne s’agit pas non plus de relations qu’induisent les nouvelles technologies chez les naturalistes. Il s’agit de savoir si, en tant que communauté humaine, nous sommes encore capables de concevoir ce lien autrement que comme une relation utilitaire, désincarnée et fonctionnelle.

Ces questions, je les porte avec une conscience aiguë de leur urgence et en même temps une frilosité non feinte. Vous le voyez bien maintenant, elles ne concernent donc pas seulement le métier de naturaliste – elles touchent à notre manière même d’habiter le monde. Le vivant ne peut être réapprivoisé par une simple accumulation de savoirs ou d’outils – je l’ai suffisamment écrit. Il réclame un engagement profond. Une présence radicale. Une attention incarnée. Retrouver ce lien, ce n’est pas seulement connaître, c’est réapprendre à sentir, à toucher, à s’émerveiller. Ce n’est pas seulement observer ; c’est entrer en résonance.

Et cette résonance, loin d’être une harmonie simple ou fusionnelle, est une tension dynamique, un ajustement permanent entre le familier et l’étrange, entre ce que nous partageons avec le vivant et ce qui nous échappe. Je ne crois pas qu’elle me soit propre, nombre de naturalistes la perçoivent. Car le Pic noir Dryocopus martius, le Xylocope violet Xylocopa violacea ou le scarabée Pique-prune Osmoderma eremita ne sont pas de simples altérités radicales. Ils sont aussi nos proches, nos familiers : nous partageons avec eux bien plus qu’une planète. Nous partageons une histoire commune, des brins d’ADN, des cellules, parfois même des besoins identiques – boire, respirer, consommer la lumière devenue matière grâce aux plantes. Cette parenté ne nous rapproche pas seulement biologiquement, elle nous traverse, elle nous constitue. Mais elle ne supprime pas l’étrangeté, cette altérité résiduelle propre à chaque espèce, à chaque être. C’est cette tension, ce va-et-vient entre parenté et étrangeté, qui donne sa profondeur à notre rapport au vivant.

Entrer en résonance avec le vivant, comme le suggère là aussi Hartmut Rosa 9, c’est effleurer les fils d’une immense toile vibrante. Chaque interaction, chaque mouvement fait frissonner cette toile, envoyant des ondes à travers ses maillages subtils. Chaque pas en forêt, chaque regard, chaque geste éveille une vibration qui résonne à la fois hors de nous et en nous. Comme l’Argiope frelon Argiope bruennichi, qui perçoit grâce à ses soies dans la moindre secousse 10 la présence d’un autre, nous sommes invités à sentir, à écouter ces échos du vivant qui nous traversent et nous relient. Mais cette toile n’est pas faite d’harmonie seule : elle capte aussi les tensions, les dissonances, les luttes et les collaborations. Elle est à la fois fragile et résiliente, tendue entre des relations antagonistes et synergétiques qui tissent l’étoffe du monde.

Elle nous rappelle que nous faisons partie d’un spectre relationnel vaste, complexe et souvent contradictoire – un spectre qui inclut les interactions trophiques et les réseaux d’entraide, la prédation et le parasitisme, le mutualisme et le commensalisme, la compétition et la coopération. Chaque relation, qu’elle soit antagoniste ou synergique, participe à l’équilibre dynamique des écosystèmes, où le conflit et la collaboration coexistent en tension permanente. Ce n’est pas un idéal lointain, mais une réalité éclatante dans sa complexité, à la fois sublime et déroutante dans la richesse de ses dynamiques.

Or, aujourd’hui, nous avons réduit ce spectre infini de relations à une seule tonalité : l’exploitation du vivant à notre unique profit. Cette tonalité univoque détruit les fils de la toile, brise les maillages, assèche la résonance. C’est cette toile vibrante qu’il nous faut réapprendre, non pas pour retrouver une harmonie perdue, mais pour réintégrer cette complexité relationnelle, cet équilibre dynamique entre prendre et donner, entre vivre et laisser vivre. C’est là, peut-être, le véritable enjeu : transformer notre manière d’être vivants en redécouvrant, à chaque pas, cette immense trame qui nous traverse et nous dépasse.

En 2021, avec Alain Damasio et Sophie Zed, j’ai cofondé l’École des vivants, une initiative qui, dès ses débuts, a rassemblé une centaine d’artistes, d’intellectuels, de militants, de scientifiques et d’agriculteurs. Cette école s’inscrit dans une double perspective : répondre à la dépolitisation des relations humaines et proposer une approche concrète pour reconstruire une culture du vivant. Notre démarche dépasse la sensibilisation passive ou la simple transmission de connaissances. Elle s’ancre dans une philosophie de l’expérience où le corps, lieu premier de l’apprentissage, joue un rôle central. L’École des vivants repose sur l’imbrication de trois champs : l’art comme praxis 11 esthétique, l’action politique comme articulation collective des affects – une manière de vivre ensemble et de prendre des décisions partagées – et le naturalisme comme un savoir orienté vers la création de liens, vers le renforcement de notre attachement aux autres formes de vie. Car ce que nous cherchons, c’est précisément cela : retrouver cette capacité à être touché, à être affecté par le vivant. Recréer ce lien intime et sensible qui fait que chaque Mésange, chaque Orthoptère compte. Que leur existence n’est pas seulement un objet d’étude ou de gestion, mais une présence qui nous engage, qui nous attache à eux. Retisser ces liens, c’est reconnaître que nous faisons monde ensemble, dans une relation mutuelle où l’affection, la cohabitation et le soin deviennent des actes fondateurs.

Ces trois dimensions ne fonctionnent pas indépendamment. Elles s’interpénètrent pour constituer ce qui pourrait être une ontologie relationnelle, où la relation est première, où les liens précèdent et forment tout. Ce sont ces liens, tissés avec le règne animal autant que végétal, qui nous constituent : ils font de nous des sujets, des partenaires, des complices, des alliés. Vous vous souvenez, au début du livre, de ma rencontre avec une Fauvette mélanocéphale ? Ce n’était pas une simple anecdote, mais une expérience fondatrice. Ce moment, où je l’ai observée pour la première fois, a dépassé la curiosité ornithologique. Ce n’était pas seulement un oiseau dans mon champ de vision ; c’était un éclat d’autre qui m’observait en retour. Par ses vocalisations discrètes, par ses mouvements précis, elle a franchi une frontière invisible pour s’inscrire profondément en moi. Cet instant, en apparence anodin, a marqué un tournant profond dans ma vie. Ce n’est pas un simple effet de style si j’ai choisi de commencer cet essai par cette rencontre : elle a redéfini ma manière de voir, de ressentir, de penser. Cette Fauvette n’a pas seulement enrichi ma connaissance des oiseaux ; elle a profondément transformé mon rapport au vivant, ancrant en moi une manière d’être au monde. Depuis, mes études, ma carrière, mes choix de lieux de vie, mes rencontres humaines jusqu’à mes destinations de vacances, tout a été influencé, consciemment ou non, par cet instant fondateur. Même ce moment précis où je suis en train d’écrire et de me livrer à vous.

Dans une ontologie relationnelle, le vivant n’est pas un objet extérieur que l’on contemple ou manipule. Il est un sujet avec lequel nous sommes en cohabitation permanente. Un sujet en nous, hors de nous et à travers nous. Une étoffe vibrante, faite des liens qui tissent nos actes, nos promesses et nos vécus. Chaque relation – qu’elle soit avec une Fauvette, une Girolle, un Carabe ou un Ours – nous façonne et nous transforme, tout comme nous influençons à notre tour ce réseau complexe d’interdépendances.

Prenons l’exemple des stages que je coanime avec Vinciane Despret et Floriane Ponchon. Nous y engageons les participants dans une immersion sensorielle et cognitive dans les différents habitats humains et non humains du lieu : hêtraie, lande à Genêt Genista sp., ravins, pelouses xérophiles. La priorité n’est pas donnée à une transmission informative mais à un processus d’incarnation : les concepts naissent d’une rencontre perceptive, où le corps humain est mis en jeu dans sa pleine capacité à toucher, à sentir, à écouter, et ainsi à ouvrir un espace de coprésence avec le vivant. Concrètement ? C’est prêter attention au chant sec et rythmé d’un Bruant fou Emberiza cia dissimulé dans les pelouses à thym, suivre des yeux le vol lourd et rapide d’une Perdrix rouge Alectoris rufa que nous apercevons, ou s’émerveiller devant la majesté silencieuse d’un Vautour fauve Gyps fulvus, traversant d’un seul battement d’ailes une distance que nous mettrions des heures à parcourir.

Ce rapport corporel constitue un pivot théorique essentiel : l’attachement au vivant se forme par le corps, non par la seule médiation intellectuelle. Lorsque l’on touche une Couleuvre vipérine Natrix maura  12 par exemple, ce n’est pas uniquement la texture râpeuse ou l’odeur poissonneuse qui opèrent. Ce qui se joue, c’est une confrontation entre des altérités ; la Couleuvre, dans sa dualité de calme et de peur qu’elle incarne fatalement, franchit la séparation symbolique pour devenir un autre perceptible, un écho immédiat avec le corps humain. C’est ici que se fonde une véritable connaissance : celle qui ne naît pas dans les livres ou les idées abstraites, mais qui surgit dans l’intensité d’une expérience charnelle. C’est le frisson sur la peau lorsqu’un corps étranger devient tangible, la prise de conscience que ce que l’on touche n’est pas inerte mais vibrant, plein de vie. C’est le moment où le savoir cesse d’être un concept pour devenir une empreinte sensorielle : la rugosité d’une écaille qui reste gravée dans la paume, le souffle imperceptible d’une créature en alerte, ou le mélange troublant de peur et de fascination qui traverse le corps humain. Dans cette rencontre, le savoir s’ancre dans le sensible, dans ce vécu direct qui nous transforme et nous lie plus profondément au monde.

La dimension artistique amplifie ce processus. Par exemple – selon l’idée géniale de Marcus Coates 13 – ralentir le chant d’un oiseau permet de le transposer dans une temporalité accessible à notre corps d’humain : chanter ce chant, l’intérioriser, nous engage dans une exploration commune du rythme et de la respiration. Il ne s’agit plus d’une simple reconnaissance auditive, mais d’un apprentissage symbiotique, où le chant devient un pont entre espèces, matérialisé par la voix.

À cela s’ajoute la question du « faire ». Faire territoire, dans le sens le plus pratique, reproduit un geste partagé par mammifères et oiseaux : celui d’inscrire sa présence dans l’espace, de s’approprier un lieu non pour l’exploiter mais pour l’habiter. Cet acte fondateur ne relève pas d’une simple appropriation, mais d’une transformation réciproque : en affectant un lieu, en le modelant par nos gestes et nos attentions, nous lui permettons de nous affecter à son tour. Un territoire n’est pas une abstraction géographique ; il se construit dans cette relation dynamique entre un sujet et un milieu. Je me souviens d’un moment précis lors d’un stage : une participante avait silencieusement distribué des cailloux peints à chacun d’entre nous, nous invitant à former un cercle face à une vallée. Ce geste, à la fois simple et chargé de signification, avait rassemblé nos présences autour d’un autel improvisé. Dans ce moment suspendu, notre cercle et nos gestes avaient attiré l’attention des vautours fauves au-dessus de nous, comme si un lien céleste s’était noué. En focalisant notre attention sur ce point précis, elle avait fait territoire : par le rituel proposé, par le cercle que nous formions, et par cette connexion entre la terre et le ciel, une nouvelle perception de cet espace était née. Ce n’était plus un simple lieu : c’était devenu un territoire, un espace investi de sens, un milieu qui nous transformait à son tour.

Ce que promeut l’École des vivants, c’est une culture bricolée, où le savoir se manifeste au moment adéquat, lorsque le désir d’apprendre en est le moteur. Une telle pédagogie exige une rupture avec les cadres académiques classiques : elle ne transmet pas seulement des informations, mais cultive un désir, une attention. En cela, elle redéfinit l’acte même de transmettre comme un art, où la co-construction prime sur la simple diffusion de données. Elle vient percuter la pratique traditionnelle. La façon de transmettre.

L’École des vivants s’inscrit ainsi dans une double démarche : épistémologique, en redéfinissant la connaissance comme interaction incarnée ; et politique, en posant la question des affects et des liens collectifs comme base d’une culture du soin. C’est dans cette imbrication que réside son ambition : ouvrir des espaces d’attention et de cohabitation avec le vivant, pour réimaginer nos façons d’habiter le monde.

Je m’arrête là. Après tout, cette expérience est avant tout une découverte à vivre. Aucune conceptualisation ne peut véritablement saisir la richesse de ce qui s’y éprouve.

Optimisme

Qu’il s’agisse de l’ADN environnemental ou d’autres techniques : elles sont là. Bien installées avec nous Homo sapiens. Pour le mieux comme le pire. Avec un dénominateur commun (quand elles ne sont pas accompagnées d’une hygiène et d’un mode d’emploi pour ne pas se laisser complétement aspirer) : elles nous coupent de nos liens. De cette communauté de vivants à laquelle nous appartenons.

Loin d’être la réponse à tous les maux, la culture naturaliste peut inspirer. Non pas par ses dimensions scientifiques ou techniques, mais par la relation qu’elle cultive avec les chiroptères, les orchidées, les odonates, les mycètes, les musaraignes, les anthocérotes, les reptiles et les procaryotes. Dans son essence intime. Dans ce qui la fait vibrer.

Elle sait ce qu’est le vivant. Elle sait vivre avec depuis tant de siècles. Le vivant, la biodiversité, la nature – qu’importe la manière de le désigner. Elle sait qu’il ne s’agit pas seulement de chiffres. De données. De concepts.

Elle sait que comprendre le vivant, c’est se laisser traverser par lui, l’éprouver dans notre chair et dans nos sens.

Elle sait qu’avec la vue, elle peut distinguer chaque variation morphologique, même infime, d’une plante, d’un oiseau, d’un mammifère. Reconnaître sa forme, sa taille, son état de santé et son âge. Décrire ses comportements, l’observer en parade, en combat, en jeu ou en danse. Elle sait s’extasier devant sa beauté.

Elle sait qu’avec l’ouïe, elle peut entendre, avant même de le voir, un Merle noir Turdus merula se déplacer dans le tapis de feuilles d’un noisetier. Percevoir l’Écureuil roux Sciurus vulgaris décortiquer une pomme de pin avant même de l’apercevoir. Reconnaître si ce Pinson des arbres Fringilla coelebs, qui chante ou crie, est un mâle ou une femelle. Si le cri est celui d’une jeune Mésange charbonnière Parus major ou d’une adulte. Elle entend la saison dans le brame du Cerf. Elle entend la famille de Loirs jouer dans les Hêtres, reconnaît le son des faines qui tombent, le vent qui se glisse dans les Cannes de Provence.

Elle sait qu’avec le toucher, elle peut identifier les aiguillons d’un Hydne sinué Hydnum repandum. Sentir les écailles d’une Coronelle lisse Coronella austriaca qui glisse entre ses doigts, la peau verruqueuse d’un Crapaud calamite Epidalea calamita, les coups de bec d’une Mésange bleue Cyanistes caeruleus sur son éponychium lors d’une opération de baguage. Elle perçoit la douceur du labelle d’une Ophrys bourdon et reconnaît les diatomées sous ses pieds nus lorsqu’elle marche dans la rivière.

Elle sait qu’avec l’odorat, elle peut reconnaître l’odeur chaude, moutonneuse, d’un Cerf élaphe avant même de l’entendre ou de le voir. Identifier la présence du Satyre puant, Phallus impudicus, avant même de le trouver à l’abri d’un épicéa. Elle sent l’arrivée du printemps, la pluie imminente, la décomposition de ceux qui vivaient il y a peu. Elle reconnaît les traces olfactives qu’un Loup gris laisse sur son passage.

Cette culture naturaliste ressent. Elle sait par l’expérience, par la lente immersion dans l’incertitude et dans l’inattendu.

Elle sait aussi que vivre avec le vivant, c’est accepter l’altérité, la multiplicité des formes, des êtres, des manières d’habiter le monde. Elle comprend que la véritable richesse est dans cette diversité prodigieuse, et que chaque être vivant, qu’il rampe ou qu’il vole, porte en lui un fragment essentiel de cet équilibre qui nous manque. Elle est libre, mouvante, robuste, prête à s’adapter et à se renouveler sans cesse.

Enfin, cette culture nous invite à une redécouverte : celle de notre appartenance profonde à un tout plus vaste que nous. Elle nous invite à écouter, à ressentir, à être attentifs aux signes subtils du monde qui nous entoure, à modifier notre attention, à comprendre que le vivant ne se décrypte pas seulement avec la raison, avec les données, avec la technique, la connaissance, mais avec tout notre être.

Elle sait que notre relation au monde passe par notre corps. Elle est toujours là, prête à se déployer.

Un Chardonneret élégant Carduelis carduelis, une Courtilière Gryllotalpa gryllotalpa ou une Anémone pulsatille Pulsatilla vulgaris ne peuvent se réduire à une simple somme d’informations ou de données. De même, notre relation avec eux ne peut se limiter à une observation distante ou désincarnée. Ce sont des présences singulières, des fragments vivants d’un monde partagé, qui appellent non seulement à être étudiés, mais aussi à être ressentis, perçus et intégrés dans une relation intime et vibrante. C’est une affaire de corps, de présence et d’attention. Les cinq sens que je viens de présenter, ces médiateurs premiers, sont des portes d’entrée vers une immersion plus profonde.

Mais ne nous arrêtons pas là. Comprendre le vivant, c’est aussi le percevoir dans ses rythmes thermiques 14 et calorifiques, dans les variations de la lumière qui caresse une écorce d’Érable sycomore Acer pseudoplatanus ou l’humidité qui envahit l’air avant la pluie. C’est ressentir le poids du corps qui saute d’un rocher, la pression de l’eau sur la peau qui nous rapproche d’un Barbeau fluviatile Barbus barbus, ou le frisson d’un vent qui porte une odeur encore inconnue. Ces sensations, si souvent négligées, sont pourtant la matière brute de nos liens avec le vivant, ce qui nous ancre et nous attache à lui. Mais au-delà des sens, c’est une question d’attention : cette ressource si précieuse, capturée par les sollicitations incessantes de nos écrans, de nos algorithmes et de leurs tunnels sans fin. Ce que je propose, ou plutôt ce que cette réflexion appelle, c’est une écologie de l’attention, telle que l’a formulée Yves Citton 15. Une attention libérée, arrachée à la capture du temps, réorientée vers l’incertitude et l’ouverture. La sérendipité. C’est réapprendre l’attente, ce temps suspendu d’une balade en forêt, où rien ne se passe, et pourtant tout advient. C’est s’immerger dans l’inconnu, cet état où l’on accepte de « rendre le monde indisponible » pour accueillir la possibilité d’être transformé par lui.

Les réseaux numériques capturent et conditionnent ; les réseaux vibratoires du vivant, eux, résonnent et transforment. Chaque nœud dans cette toile du vivant est une invitation à être touché, ému, à augmenter notre capacité d’attachement et de compréhension. Bien sûr, je ne propose pas de revenir simplement au corps en rejetant l’information ou la technique, mais d’articuler ces deux approches. Nous devons soumettre l’ADNe – et avec lui toutes les technologies – à l’exigence d’un rapport incarné. Non pas pour déchiffrer simplement le monde, mais pour le défricher. Non pas pour tout contrôler ou tout quantifier, mais pour s’accorder aux rythmes du vivant : ceux, fulgurants et éphémères, des papillons, ou ceux, presque imperceptibles dans leur lenteur, des arbres.

Ce temps retrouvé, celui d’un affût patient près de l’entrée d’un terrier de Blaireau Meles meles, ou d’une écoute attentive des notes claires d’une Chouette de Tengmalm Aegolius funereus à la lisière d’une forêt de conifères, devient paradoxalement le plus vivant des temps. C’est un temps où l’attente se transforme en éveil, où les attachements se nouent, où les liens se retissent. Dans cet espace suspendu naît une intelligence relationnelle, celle qui nous enseigne à cohabiter de manière féconde et joyeuse avec le Renard roux Vulpes vulpes, l’Agrion de Mercure Coenagrion mercuriale ou le Moineau domestique Passer domesticus. Cette écologie de l’attention n’est pas un simple retour nostalgique vers le passé : elle est une promesse, un horizon à réinventer. Elle incarne un engagement à redonner au monde sa profondeur, à réinscrire notre existence dans une symphonie vibrante d’altérités et de parentés.

Peut-être est-ce là, dans cet équilibre fragile entre le senti et le su, entre l’immédiateté de la rencontre et la richesse de la connaissance, que réside notre véritable « manière d’être vivants 16 ».

C’est ce que la culture naturaliste m’a transmis, ce qu’elle m’a enseigné : une manière d’être au monde que je porte en moi. Qui a fait le moi. Une manière que j’espère transmettre, ici et maintenant, à ceux et celles qui souhaitent renouer avec le vivant.

1. L’origine de l’économie de l’attention remonte aux travaux d’Herbert A. Simon, un économiste et psychologue américain qui, dans les années 1970, a souligné que l’abondance d’informations entraîne une rareté de l’attention, cette dernière devenant ainsi une ressource économique clé. Cette idée a été popularisée et développée avec l’essor des technologies numériques et des plateformes en ligne, où capter l’attention des utilisateurs est devenu central pour les modèles économiques basés sur la publicité et les données.

2. Merci à Alain Damasio pour cette belle association.

3. Cf. dans cet ouvrage le chapitre « Une révolution naturaliste ».

4. Masashi Soga, & Kevin J. Gaston, « Towards a unified understanding of human-nature interactions », Nature Sustainability, vol. 5, no 5, 2022, p. 374-383.

5. Hartmut Rosa, Rendre le monde indisponible, La Découverte, 2020.

6. Baptiste Morizot, Suzanne Husky, Rendre l’eau à la terre, Actes Sud, 2024.

7. Rapport Planète vivante 2024. Un système en péril, WWF, 2024.

8. Baptiste Morizot, « Nouer culture des luttes et culture du vivant », Socialter, 5 janvier 2021.

9. Hartmut Rosa, Résonance. Une sociologie de la relation au monde, La Découverte, 2021.

10. En plus des molécules d’ADN d’autres vivants du secteur…

11. Ce concept a été repris et transformé par des penseurs modernes et contemporains, comme Karl Marx qui l’a placé au cœur de sa philosophie, en insistant sur la praxis comme activité révolutionnaire et transformative reliant la théorie critique à l’action sociale.

12. Opération réalisée par des professionnels dûment autorisés. Tous les serpents sont protégés en France. La capture est interdite.

13. Pour les plus curieux, je vous invite à consulter ce lien sur son travail : « Dawn Chorus by Marcus Coates (Fabrica 2015) », YouTube.

14. Afin de ne pas alourdir le texte, j’ajoute ici une information à ce sujet, très intéressante. Dans un article daté de 2024, une équipe de chercheurs montre que les mémoires phénoménologiques, ancrées dans les expériences personnelles et les émotions, peuvent jouer un rôle clé dans la conservation de la nature. Contrairement à la mémoire logico-scientifique, ces mémoires transmettent des significations culturelles, des récits et des valeurs qui renforcent l’attachement aux écosystèmes. Elles permettent de conserver une conscience des conditions environnementales passées, souvent oubliées, et de percevoir les transformations à long terme liées à la crise de la biodiversité. En mobilisant les émotions, elles encouragent des actions concrètes en faveur de la nature et rendent les enjeux de conservation plus accessibles et engageants. L’article souligne que pour être efficaces, les stratégies de conservation doivent intégrer ces mémoires sensibles, en complément des données scientifiques, et encourager leur transmission par des pratiques culturelles, des récits et des traditions. Laura Juillard, Anne-Catherine Prévot, Priscilla Duboz & Enguerran Macia, « Les mémoires phénoménologiques peuvent promouvoir la conservation de la nature », Natures Sciences Sociétés, vol. 32, no 2, 2024, p. 165-173.

15. Yves Citton, Pour une écologie de l’attention, Seuil, 2014.

16. Baptiste Morizot, Manières d’être vivant, Actes Sud, 2020.

Remerciements

Mes premiers remerciements vont à la Fauvette mélanocéphale Curruca melanocephala, qui a tracé la voie de mon parcours. Elle est, en quelque sorte, à l’origine de celui que je suis aujourd’hui.

À Éric de Kermel, pour avoir supposé ce projet avant moi, mais aussi pour son amitié, sa relecture, ses conseils d’écrivain et d’amoureux sensible de la nature. À la Grive draine Turdus viscivorus, fidèle compagne des matins d’écriture à l’aube, dont le chant m’accompagnait à 5 heures, lorsque je devais retrouver la plume.

À Henri Trubert, mon éditeur, pour sa confiance, son soutien et ses conseils tout au long de cette aventure. J’ai appris que la Faux était importante pour écrire. À la Fauvette à tête noire imitatrice Sylvia atricapilla, qui ponctuait mes réflexions de petits sursauts interrogatifs, m’aidant à prendre du recul lorsque j’avais besoin de sortir de l’écran.

À Alain Damasio, pour sa générosité, ses commentaires incisifs, décisifs, et surtout pour m’avoir guidé dans une autre quête : celle de cette phrase qui cogne, et qui libère ce que l’on a enfoui dans les tripes. À la Biche Cervus elaphus, gourmande des poires de mon jardin, qui m’a rappelé avec malice les cycles implacables de la nature.

À Aurélie Lacoeuilhe, dont les relectures précieuses ont éclairé chaque étape de cette rédaction. Ses conseils ont affiné mes pensées. Son soutien a porté mes doutes. Son regard a été un ancrage essentiel. Mes mots ne sauraient rendre justice à l’importance de ce qu’elle a offert à ces pages. Au Chevreuil Capreolus capreolus, qui n’a pas résisté aux laitues du potager, me rappelant combien partager nos espaces est une véritable cohabitation.

À Vinciane Despret, dont le regard unique sur les oiseaux a profondément transformé le mien. Pour cela, et pour ses conseils, sa relecture, sa manière inspirante de penser et d’écrire, je lui adresse ma gratitude. Vivement le prochain stage. Au Moineau domestique Passer domesticus, ces quatre couples nichant sur ma maison, qui se sont généreusement servis de mes myrtilles, groseilles et cassis, rendant légers les moments plus difficiles.

À Tony Dejean, pionnier de l’ADNe, dont l’expertise m’a permis d’explorer cet univers avec profondeur. Pour ses retours éclairés – d’une précision remarquable – et pour ses encouragements. Il est temps maintenant d’aller pister ensemble le Pic tridactyle Picoides tridactylus – avec des jumelles, bien sûr !

À Coline Gaboriaud et Alice Valentini, spécialistes de l’ADNe, pour leur relecture, leur expertise, et leur collaboration inestimable. J’ai de la chance de vous avoir pour associées. À Vincent Prié, pour le partage toujours vibrant et haut en couleur de ses expéditions naturalistes avec l’ADNe dans le sac à dos.

À toute l’équipe fondatrice et motivée de Vigilife : Baptiste Mulot, Franck Pressiat, David Mouillot et Albane Loiseau.

À toute l’équipe fondatrice et inspirante de la Zeste (Zone d’expérimentation sociale terrestre et enchantée), que je n’ai pas encore mentionnée : Audrey Vermeulen, Shantih Breikers, Yves et Lucie Chardon et Maguy Fruleux.

À toutes les espèces qui ont choisi de tisser des alliances avec le jardin : le Bouvreuil pivoine Pyrrhula pyrrhula, le Murin à oreilles échancrées Myotis emarginatus, l’Accenteur mouchet Prunella modularis, le Bourdon terrestre Bombus terrestris, la Mante religieuse Mantis religiosa, le Sureau de montagne Sambucus racemosa, et les 87 Pipistrelles communes Pipistrellus pipistrellus avec qui je cohabite.

À toutes les belles rencontres faites à ou autour de l’École des vivants, et qui perdurent encore aujourd’hui : le Torcol fourmilier Jynx torquilla qui niche dans le Noyer Juglans regia, Ivan Baudoin pour sa relecture attentive et ses nombreuses remarques et suggestions pertinentes, le Monticole de roche Monticola saxatilis, hôte ponctuel mais précieux à côté du chapiteau, Maxime Robert pour son apport aussi imprévu qu’essentiel, le Vespère de Savi Hypsugo savii qui trouve refuge derrière le volet du grand gîte, Clara Muller pour son magnifique poème qui ouvre cet essai avec tant de grâce, et la Magicienne dentelée Saga pedo, qui honore de sa présence la pelouse xérophile du Trainon. À Anouck Rayé pour sa relecture et ses remarques avisées. À la Chouette hulotte Strix aluco de la hêtraie, qui a sauvé mon honneur plusieurs soirées. À David Moinard, pour m’avoir fait découvrir l’univers fascinant de Marcus Coates.

À celles et ceux qui étaient là sans être là : famille, amis, naturalistes, penseurs.

Et enfin, à ma mère, première relectrice de mes notes naturalistes d’adolescent et qui continue, encore aujourd’hui, à m’accompagner dans cette aventure.

Références

Sont mentionnées ici les principales références utilisées que je n’ai pas citées sous une forme bibliographique dans le texte.

Barthélémy, Jean-Hugues, Duhem, Ludovic, Écologie et Technologie. Redéfinir le progrès après Simondon, préface de Catherine Larrère, Paris, Éditions Matériologiques, 2022.

Darwin, Charles, Le Voyage du Beagle. L’édition illustrée du carnet de voyage et du journal de bord, Paris, Delachaux et Niestlé, 2018.

Demeulenaere-Douyère, Christiane (dir.), Explorations et Voyages scientifiques de l’Antiquité à nos jours, Paris, Éditions du CTHS, 2008.

Freney, Jean, et Laurent, Frédéric, Une brève histoire de la microbiologie. De la découverte des bactéries et des virus à la révolution de la génomique, Paris, Éditions Eska, 2024.

Hainard, Robert, Mammifères sauvages d’Europe, 4e édition, Neuchâtel/Paris, Delachaux et Niestlé, 1997.

Hainard, Robert, Recours à la nature sauvage, préface de Stéphane Carbonnaux, Bats, Utovie, 2008.

Hainard, Robert, Le Miracle d’être. Science et nature, Paris, Sang de la Terre, 1997.

Latour, Bruno, Truong, Nicolas, Habiter la Terre, Paris, Les Liens qui Libèrent, 2022.

Marcuse, Herbert, L’Homme unidimensionnel. Essai sur l’idéologie de la société industrielle avancée, traduit par Monique Wittig et l’auteur, Paris, Les éditions de Minuit, 1968.

Næss, Arne, Écologie, communauté et style de vie, traduit par Charles Ruelle, postface d’Hicham-Stéphane Afeissa, Bellevaux, Éditions Dehors, 2020.

Office national des forêts (ONF), Les Petites Bêtes des jardins de Guyane, ONF, 2020.

O’Riordan, Timothy (éd.), Environmentalism, 2e édition révisée, Londres, Pion Ltd, 1981.

Palka, Laurent (dir.), Microbiodiversité. Un nouveau regard, Paris, Éditions Matériologiques, 2018.

Perrein, Christian, Biohistoire des papillons. Diversité et conservation des lépidoptères rhopalocères en Loire-Atlantique et en Vendée, Rennes, Presses universitaires de Rennes, 2012.

Ramade, François, Éléments d’écologie. Écologie appliquée, 7e édition, Paris, Dunod, 2022.

Serre Collet, Françoise, Grenouilles, crapauds & Cie. Parlez-moi d’anoures..., 2e édition, Versailles, Quæ, 2023.

Tardieu, Vincent, Barnéoud, Lise, Santo. Les explorateurs de l’île-planète, Paris, Belin, 2007.

Tassy, Pascal, Martin, Patrick, Lecointre, Guillaume (coord.), « Taxinomie et évolution : permanence et actualité. Textes de Claude Dupuis (1927-2020) », Biosystema, no 32, Éditions Matériologiques, 2023.

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Cette édition électronique du livre

L’ADN fantôme
de Benjamin Allegrini
a été réalisée le 31 mars 2025 par Melissa Luciani
pour le compte des Éditions Les Liens qui libèrent.

ISBN : 979-10-209-2293-9

ISBN numérique : 979-10-209-2263-2

Table

1. Couverture
2. L’ADN fantôme
3. Titre
4. Copyright
5. Dédicace
6. BIOGENÈSE

7. UNE RÉVOLUTION NATURALISTE

1. En quête des espèces cryptiques
2. Observer l’ensemble
3. Le peuple naturaliste
4. À vos marqueurs, partez !
5. Reconstituer le passé
6. En résumé…
7. Immeuble zéro, Volte-face d’Alain Damasio

8. UN AUTRE REGARD

1. Un peu d’histoire
2. Les nouvelles techniques
3. Une révolution contre-culturelle ?
4. Big Brother is watching you
5. En résumé…

9. BIOPUNK

1. Involution

2. Conservation

10. UNE FIN QUI AMORCE UN DÉBUT
11. Remerciements
12. Références
13. Les Liens qui Libèrent
14. Achevé de numériser