Lorsqu'il monta sur le trône de saint Pierre quelques mois après la mort de l'empereur d'Allemagne, Henri VI, Lotario dei Seigni n'avait pas encore reçu la prêtrise. Sous le nom d'Innocent III, le nouveau pontife avait d'abord consacré son énergie à libérer l'Église des chaînes avec lesquelles l'Allemagne l'avait liée.
Jusqu'à sa mort, le 28 septembre 1197, Henri VI, fils du très redouté Frédéric Barberousse, avait fait régner la terreur dans les territoires vassaux de l'Empire, particulièrement en Italie. Ceux qui s'opposaient à lui étaient torturés et mutilés avant de pourrir au fond d'infâmes cachots. Mains tranchées et yeux crevés étaient les moindres des châtiments qu'il appliquait sans aucune miséricorde.
En 1196, sous le prétexte d'une nouvelle croisade, Henri VI avait décidé de soumettre la Sicile normande afin de franchir plus facilement la mer. Il y était parvenu avec une armée de soixante mille hommes, infligeant à ses ennemis les tortures les plus horribles. Ainsi, le roi de Sicile avait eu sa couronne clouée sur sa tête ; un de ses fils, aveuglé, avait été jeté dans un cul de basse-fosse ; les autres avaient été suppliciés des plus effroyables manières avant d'être brûlés vifs.
C'est dire si la mort de ce cruel empereur avait provoqué des manifestations de joie. Mais sa disparition avait aussi entraîné l'anarchie. Les villes italiennes s'étaient soulevées, massacrant avec férocité les rapaces officiers de l'Empire. Philippe de Souabe, le jeune frère de l'empereur, avait même failli être écorché vif.

Pour la papauté, la mort d'Henri VI était l'occasion inespérée de se libérer du joug allemand. Quand les grands électeurs de la diète, incapables de se mettre d'accord, avaient élu deux empereurs : Othon de Brunswick soutenu par les guelfes et Philippe de Souabe par les gibelins qui appuyaient les Hohenstaufen, Innocent III n'avait pas pris parti, laissant les deux camps s'affaiblir mutuellement.
Après cette élection, les puissances de la Chrétienté avaient pris position en fonction de leurs alliances. Philippe de Souabe - Hohenstaufen - avait été soutenu par le roi de France Philippe Auguste, tandis qu'Othon de Brunswick recevait l'appui des villes lombardes et de son demi-frère Richard Coeur de Lion.

Ce n'est que quatre ans après la mort d'Henri VI, en 1201, qu'Innocent III s'était senti suffisamment fort pour afficher ses préférences guelfes et reconnaître Othon de Brunswick comme empereur, alors que le frère d'Henri VI avait pourtant été homme d'église, ayant brièvement siégé comme évêque de Wiirzburg