Le thème central de ce livre repose sur l'idée qu'une quantité de connaissances scientifiques et techniques, dont certaines proviennent de civilisations extraterrestres, ont été tenues secrètes pendant les grandes périodes de l'histoire, et que l'homme est appelé à devenir un surhomme. Pour les auteurs, le fantastique n'est pas « l’apparition de l’impossible » mais « une manifestation des lois naturelles » quand elles ne sont pas « filtrées par le voile du sommeil intellectuel, par les habitudes, les préjugés, les conformismes ».

Le Matin des magiciens se compose de trois parties :

   « Le futur antérieur », qui critique le « scientisme » du xixe siècle et évoque l'idée d'une « société internationale et secrète, groupant des hommes intellectuellement très avancés », société qui se formerait d'elle-même, et aborde le thème des civilisations disparues et de l'alchimie.

   « Quelques années dans l’ailleurs absolu », qui s'attache à démontrer les origines occultes du nazisme et la contribution de l'ésotérisme à des théories scientifiques, dans le but de donner un exemple d'application des méthodes du réalisme fantastique. Il évoque longuement les théories de la Terre creuse.

   « L’homme, cet infini », consacrée aux capacités mentales de l'homme, à la parapsychologie, à la télépathie, à « l’esprit magique » et aux « mutants ».